刘思金小组揭示纳米材料的环境健康风险
日前，中国科学院生态环境研究中心环境化学与生态毒理学国家重点实验室刘思金研究组通过多种DNA甲基化检测和测序手段，揭示了不同纳米材料在低剂量暴露下对全基因组DNA甲基化水平的影响规律 。相关研究成果近日在线发表于《先进材料》杂志。 在内外源性刺激下，DNA甲基化水平可发生快速变化以改变细胞的应激和代谢状态，因此DNA甲基化水平改变被视为细胞/机体响应内外源性刺激的敏感的早期指标。目前，对于纳米材料暴露导致DNA甲基化水平改变的变化规律和相关机制等方面存在诸多未知。 该研究发现，纳米银和氧化石墨烯增加基因组甲基化胞嘧啶含量，而相比之下纳米金、碳纳米管、纳米二氧化钛和纳米氧化锌的效应并不明显。高通量的全基因组甲基化测序、基因归类分析和相关的细胞毒性与生理功能评价显示，纳米银和氧化石墨烯引起的DNA甲基化改变可导致多种代谢过程和信号通路的异常，特别是细胞膜相关蛋白与膜骨架蛋白、能量代谢和离子通道蛋白等。这些变化导致细胞出现常......阅读全文
Nature－Genetics：单细胞全基因组DNA甲基化组新发现
北京大学北京未来基因诊断高精尖创新中心，北大生命科学学院与第三医院等处的研究人员发表了题为“Single-cell DNA Methylome Sequencing of Human Preimplantation Embryos”的文章，利用单细胞DNA甲基化组高通量测序方法，首次在单细胞分辨
揭示全基因组DNA甲基化、半甲基化与遗传突变的新方法
5月31日，中国科学院北京生命科学研究院研究员孙中生团队与北京大学肿瘤医院合作，在Briefings in Bioinformatics上，发表了题为A new approach to decode DNA methylome and genomic variants simultaneousl
基因组DNA甲基化分析方法
早期的基因组DNA甲基化分析技术，如SssI甲基转移酶分析法、氯乙醛反应法、免疫学抗体技术等，已经不能满足现代表观遗传学研究的需求。今年来常用的基因组甲基化的方法有以下两种。1. 甲基化敏感扩增多态性实验甲基化敏感扩增多态性实验技术被用于检测双向型真菌的DNA甲基化，它是在扩增片段长度多态性技术的基
在基因组范围定位DNA甲基化
DNA甲基化在哺乳动物基因表达中扮演了重要角色。尽管通过线粒体遗传且随时间稳定，但是细胞分化、疾病或环境影响都会改变DNA甲基化的模式。近年来，科学家们开发出多种新方法，试图在基因组范围定位DNA甲基化。 尽管从理论上来说，全基因组亚硫酸氢盐测序能让研究人员全面观察甲基化组，但它还是面临技
刘思金小组揭示纳米材料的环境健康风险
日前，中国科学院生态环境研究中心环境化学与生态毒理学国家重点实验室刘思金研究组通过多种DNA甲基化检测和测序手段，揭示了不同纳米材料在低剂量暴露下对全基因组DNA甲基化水平的影响规律 。相关研究成果近日在线发表于《先进材料》杂志。 在内外源性刺激下，DNA甲基化水平可发生快速变化以改变细胞的
全基因组测序解读重要甲基化机制
DNA看起来只是AGTC四种碱基的简单排列，可一旦它与组蛋白包装形成染色质，情况就复杂得多了。组蛋白主要有四种，分别是H2A、H2B、H3和H4。这些组蛋白要么令DNA盘绕起来保持沉默，要么将DNA解开允许基因表达。组蛋白上的化学修饰(如甲基化)，能够影响它对基因的控制。 H3K4me3是
全基因组甲基化定量检测技术ＬＵＭＡ
LUMA介绍 基因组DNA甲基化(Genomic DNA Methylation, GDM)的变化被认为是正常和病理细胞过程中的重要的事件，有助于正常发育和分化以及癌症和其他疾病。在此，我们介绍一种新的方法评估全基因组DNA甲基化，称为荧光甲基化检测(Luminometric Methyl
全基因组甲基化定量检测技术ＬＵＭＡ
LUMA介绍基因组DNA甲基化(Genomic DNA Methylation, GDM)的变化被认为是正常和病理细胞过程中的重要的事件，有助于正常发育和分化以及癌症和其他疾病。在此，我们介绍一种新的方法评估全基因组DNA甲基化，称为荧光甲基化检测(Luminometric Methylat
昆虫全基因组DNA的提取
实验概要利用改进的CTAB 法提取昆虫全基因组DNA。主要试剂1. 蛋白酶K[美国Merck公司]2. 三羟甲基氨基甲烷(Tris)[美国Amresco公司]3. Taq DNA聚合酶及dNTP[NEB公司]4. 琼脂糖及溴化乙锭(EB)[美国Amresco公司生产]5. 乙二胺四乙酸钠(Na2ED
生态中心在纳米材料的环境健康研究方面取得进展
中国科学院生态环境研究中心环境化学与生态毒理学国家重点实验室刘思金研究组在纳米材料诱导细胞DNA甲基化修饰改变与表观遗传毒性方面取得新进展，相关研究成果近日在线发表于《先进材料》(Advanced Materials，DOI:10.1002/adma.201604580)。 由于纳米材料独特的
线虫基因组中存在DNA甲基化现象
2012年10月18日，吉林大学和华大基因合作完成的旋毛形线虫不同发育阶段DNA甲基化差异分析的相关研究成果在国际著名期刊《基因组生物学》(Genome Biology)上发表。该研究首次证实了线虫基因组中存在DNA甲基化现象，改写了长期以来认为线虫中没有该表观遗传修饰的历史，同时也使以DN
折叠DNA有望精准制备纳米材料
DNA纳米折纸术已被应用于光学材料的诸多领域。图片来源：科界App DNA折纸术虽然给纳米材料带来了无限的想象空间，但是，想要随心所欲地折叠DNA链，说起来容易做起来难。 DNA只能是双螺旋结构吗？当然不是，它还可以是网状、方形、心形，甚至可以拼出复杂的“中国地图”。 需要通过光学显微镜才能查
折叠DNA有望精准制备纳米材料
DNA只能是双螺旋结构吗？当然不是，它还可以是网状、方形、心形，甚至可以拼出复杂的“中国地图”。 需要通过光学显微镜才能查看的DNA链，科学家竟然也能像折纸一样，把它们有目的地折叠成各种纳米结构，这也被称为DNA纳米折纸术。 作为一种精确高效的DNA自组装方法，DNA纳米折纸术应用的范围越来
基因组直接测序法检测DNA的甲基化
基因组直接测序法是过去一直沿用的DNA甲基化的研究方法，用Maxam—Gilbert化学裂解法对基因组DNA进行处理，并以连接介导的PCR来放大信号强度，然后进行序列分析。此法是基于5mC在标准的Maxam—Gilbert胞嘧啶化学裂解反应中不被裂解，故5mC可通过在测序胶上缺少对应于胞嘧啶降解反应
进行全基因组甲基化检测需要多少钱
建库是5000块钱一个库，测序就是1500每G，看您要测多少G的数据量，信息分析大概要5000块钱左右吧。。。
两篇PNAS：蛋白纳米孔检测DNA甲基化
两个独立的研究团队利用通道蛋白实现纳米孔测序，成功鉴别了5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶。这两篇文章发表在同一期的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。 基因组所蕴含的编码信息，包括DNA序列和核苷酸修饰两个部分。其中，动态的DNA甲基化模式，是基因表达的重要调控者，与细胞分化、胚胎发育和癌症
DNA“手”组装先进纳米粒子材料
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516364.shtm
人类基因组DNA甲基化数据分析
近期来自电子科技大学，清华大学等处的研究人员从CpG岛等基本定义出发，阐述了高通量DNA甲基化的检测技术以及针对芯片技术与下一代测序技术的低水平数据处理方法，并重点对比了基于机器学习理论对CpG位点及CpG岛甲基化水平的预测算法，以及所利用的特征对预测效果的影响与发展趋势。 DNA甲基化是表观
全DNA纳米机器人可探索细胞过程
用DNA建造一个微型机器人，并用它来研究肉眼看不见的细胞过程——这不是科幻小说，而是法国国家健康与医学研究院（Inserm）、国家科学研究中心和蒙彼利埃大学的科学家们认真研究的主题。这种高度创新的“纳米机器人”能够更密切地研究在微观水平上施加的机械力，这对许多生物和病理过程至关重要，代表了一项
从全血中纯化基因组－DNA－实验方法
试剂、试剂盒 乙醇 异丙醇 RNA 酶 A 全血 仪器、耗材 琼脂糖凝胶电泳
从全血中纯化基因组－DNA－实验方法
用于从全血（10 ml) 中分离基因组 DNA 的 Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒建立在一个四步程序基础上的。纯化程序的第一步包括血红细胞的裂解、可溶部分的弃除，随后是白细胞及其细胞核的裂解。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。试剂、试剂盒乙醇异丙醇RNA 酶 A
从全血中纯化基因组－DNA－实验方法
试剂、试剂盒 乙醇异丙醇RNA 酶 A全血仪器、耗材 琼脂糖凝胶电泳离心管Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒实验步骤 一、材料1. 缓冲液、溶液和试剂乙醇，70%，室温异丙醇, 室温RNA 酶 A将 RNA 酶 A 溶解于 DNA 再水合液中至终浓度为 4 mg/ml, 煮沸 10min 以去
Illumina推出Nextera－DNA－Flex全基因组测序制备产品
近日，Illumina宣布推出一款全新的全基因组测序(WGS)文库制备产品——Nextera DNA Flex，它让全血和唾液样本省去了样本制备，也让文库制备流程跳过了一些繁琐步骤，比如DNA的机械片段化、定量和归一化。Nextera DNA Flex提供了一个快速、整合的流程，适合广泛的应用，
定位全基因组范围DNA修复的新方法
北卡罗来纳大学的研究人员近日开发出一种全基因组范围的测序分析，可定位DNA切除修复。这种被称为切除修复测序（XR-seq）的方法发表在新一期的《Genes & Development》杂志上。 这项研究的通讯作者是北卡罗来纳大学医学院生物化学及生物物理系的Aziz Sancar以及芝加哥大学人
DNA甲基化预测
实验概要本实验分别对DNA片段、基因、启动子和外显子进行了甲基化的计算预测，并且随机选择了1000甲基化的和1000未甲基化的个体进行预测。用于甲基化预测的特征有：GC相关特征、四联体频率、转录因子结合位点(TFBSs)。所有预测方法均采用Weka提供的软件进行。实验步骤1. DNA甲基化数据本研究
DNA甲基化分析
The influence of methylation on the promoter activity and gene expression and the involvement of DNA methylation in carcinogenesis caused an extensive
中国科学家首次发现线虫基因组存在DNA甲基化现象
中国科学家最新研究成果首次证实在旋毛虫基因组中发现了甲基转移酶并证实了ＤＮＡ甲基化的存在，改写了长期以来认为线虫中没有该种表观遗传修饰的历史。同时也使以ＤＮＡ甲基化序列做靶标进行抗寄生虫药物研发成为可能，为抗旋毛形线虫病的药物开发提供了全新思路。 吉林大学人兽共患病研究所和华大基因研究院合作完成的
DNA甲基化的原理
DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的DNA甲基化是指DNA序列上特定的碱基在DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase，DNMT）的催化作用下，以S—腺苷甲硫氨酸（S—adenosyl methionine，SAM）作为甲基供体，通过共价键结合的
什么是DNA甲基化？
DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性
DNA甲基化技术介绍
DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。介绍DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的DNA甲基化是指DNA序列上特定的碱基在DNA甲基转移酶（DN