PNAS：RNA测序解开“为什么大多数克隆动物胚胎会失败？”
生物通报道：自从20年前英国科学家成功克隆出克隆羊多莉已经20年了，但是克隆哺乳动物仍然是一个挑战。最近，由美国和法国研究人员进行的一项新研究，阐释了为什么大多数克隆胚胎可能会失败。 多莉羊是利用“体细胞核转移”技术克隆出来的，来自一个成年细胞的细胞核被转移到已经去核的未受精卵子中，然后电击以启动细胞生长。然后，胚胎被转移到受体母羊，它孕育胚胎直到出生。 克隆牛是重要的农业技术，并可用于研究哺乳动物的发育，但是成功率很低，通常只有不到百分之10的克隆动物存活到出生。大多数的损失是由于胚胎死亡，在植入过程中失败，或发育出有缺陷的胎盘。 RNA测序技术突出了动物克隆中的问题 12月8日在美国国家科学院院刊PNAS发表的一项研究中，UC戴维斯系进化和生态学教授Harris Lewin，和他在法国和美国的同事使用RNA测序，来研究胚胎植入过程中克隆奶牛的基因表达，旨在更好地了解导致无性系高比例妊娠失败的分子机制。 Lewi......阅读全文
重组DNA的分离、克隆与测序实验手册3
G. Bacterial cell maintenanceFour strains of E. coli are used in these studies: JM101 for M13 infection and isolation (4), XL1BMRF' (Stratagene) f
差异表达－cDNA－的重新扩增、克隆与测序实验
试剂、试剂盒 琼脂糖凝胶蒸馏水 DNA 点样染料甘油蒸馏水 溴酚蓝 二甲苯腈 FF溴化乙锭溶液任意引物（H-AP)cDNAdNTP 混合液未标记的锚定引物载体特异性引物PCR 缓冲液Tris-HClKClMgCl2明胶 TaqDNA 聚合酶仪器、耗材 电泳装置离心管热循环仪薄壁 PCR 管UV 透射
重组DNA的分离、克隆与测序实验手册6
Electroporation ProtocolPreparation of Electro-competent Cells:1. Grow XL1-Blue cells on a tetracycline plate (20 ug tet/ml of LB agar)2. Inoculate 3
差异表达－cDNA－的重新扩增、克隆与测序实验
从丙烯酰胺凝胶上切下潜在的差异表达 cDNA 之后，用同一种锚定-任意引物组合重新扩增 cDNA, 反应条件与最初 PCR 相同。重新扩增的产物，可以进行克隆和测序，以供进一步分析。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。试剂、试剂盒琼脂糖凝胶蒸馏水DNA 点样染料甘油蒸馏水溴
应用Arraystar－ChIRP测序和RNA测序于糖尿病性肾病研究
美国德克萨斯大学安德森癌症研究中心Farhad R. Danesh教授主要从事肾脏病理的基础与临床研究。近期，其实验室通过Arraystar RNA-seq发现lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠体内低表达。表达谱芯片及Arraystar CHIRP-seq等证明，Tug1能够直接结合PGC
应用Arraystar－ChIRP测序和RNA测序于糖尿病性肾病研究
美国德克萨斯大学安德森癌症研究中心Farhad R. Danesh教授主要从事肾脏病理的基础与临床研究。近期，其实验室通过Arraystar RNA-seq发现lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠体内低表达。表达谱芯片及Arraystar CHIRP-seq等证明，Tug1能够直接结
应用Arraystar－ChIRP测序和RNA测序于糖尿病性肾病研究
美国德克萨斯大学安德森癌症研究中心Farhad R. Danesh教授主要从事肾脏病理的基础与临床研究。近期，其实验室通过Arraystar RNA-seq发现lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠体内低表达。表达谱芯片及Arraystar CHIRP-seq等证明，Tug1能够直接结合PGC
Nature：史上最大型RNA测序研究成果
来自日内瓦大学医学院的研究人员领导一个欧洲科学家小组，发布了一张人类功能性遗传变异的综合图谱。这一研究发表在9月15日的《自然》(Nature)和《自然生物技术》(Nature Biotechnology)杂志上，提供了有史以来RNA水平上最大的人类基因组与基因活性关联数据集。 了解每
计算小RNA分子的单细胞测序新法
最近，卡罗林斯卡学院的研究人员开发出了一种单细胞程序，测量了单个胚胎干细胞中短的非编码RNA序列的绝对数量。这种新方法可以加深我们对于“基因是如何被调节、不同的细胞类型如何发展”的理解。相关研究结果发表在10月31日的《Nature Biotechnology》。当我们基因中的信息被使用时――例如构
单细胞RNA测序发现新的免疫细胞
最近在《Nature Immunology》发表的一项新研究，详细检测了一组新发现的免疫细胞（被称为ILC）。通过对单个扁桃体细胞的基因表达进行分析，瑞典卡罗林斯卡学院的科学家们，发现了三个以前未知的ILC子群，并揭示了关于“这些细胞在人体中如何发挥功能”的更多信息。 先天淋巴细胞（ILC）是
单细胞RNA测序，众多研究都pick它
多细胞测序和单细胞测序，你pick谁？如今，大多数研究人员也许会选择后者，因为不一样的角度，会带来不一样的见解。 多细胞测序和单细胞测序，你pick谁？如今，大多数研究人员也许会选择后者，因为不一样的角度，会带来不一样的见解。单细胞测序的最初动力来自癌症研究，可帮助人们了解肿瘤异质性和肿瘤微环
Nature发布突破性双RNA测序技术
由来自德国、奥地利和美国的研究人员组成的一个研究小组发现，采用一种允许在感染过程中同时研究细菌与宿主小RNA的新技术，可以揭示出两者转录谱的改变。 在发表于《自然》（Nature）杂志上的研究论文中，这一研究小组描绘了他们的技术，为什么这一技术对于更多地了解细菌感染机制非常有用，以及在研究中获
DNA芯片技术和RNA测序有啥不同？
日本推理小说家东野圭吾的作品《白金数据》中描述了这样一个未来世界：日本政府秘密建立名为“白金数据”的数据库。该库搜集了全国人民的DNA数据，通过对犯罪分子留在现场的毛发、体液等证物进行比对，警方可以高效、快速、准确锁定真凶。借助“白金数据”的帮助，一个检举率100%、冤案率0%的理想法制社会构建完
Science公布单个循环肿瘤细胞RNA测序结果
由麻省总医院，哈佛大学主持的一项最新研究发现了前列腺癌细胞对一种常见的癌症治疗方法产生抗性的原因，研究人员完成了前列腺癌单个循环肿瘤细胞的RNA测序，其中找到了非经典Wnt信号所起的关键作用。 这一研究成果公布在9月18日的Science杂志上。 Androgendeprivationthe
鹌鹑PIWI基因的克隆及其结合小RNA的鉴定
PIWI 蛋白能通过与多种内源非编码小RNA结合在表观水平和转录后水平调控基因的表达。然而在家禽中，PIWI蛋白的生物学功能及其结合小RNA的作用机制尚不清楚。扬州大学动物科学与技术学院陈国宏教授课题组对该作用机理进行了研究*，研究成果发表在2012年12月刊的PLoS ONE上。PIWI 基因
更便宜、更全面的单细胞RNA测序技术
康奈尔大学生物医学工程学院助理教授Iwijn De Vlaminck课题组开发了一款更健全的、低成本的方法解决了这个问题，不仅推动了单细胞基因组学发展，而且为感染和免疫生物学研究提供了一条新途径。这篇题为“Simultaneous Multiplexed Amplicon Sequencing
RNA测序描绘人类视网膜的完整基因图
来自马萨诸萨州和哈佛医学院的调查者们发表了人类视网膜的基因表达图。Drs. Michael Farkas和他的研究员们报告了视网膜上基因表达的完整的目录。 视网膜是眼睛后的神经组织。主要的功能是接受光的信号，并把光的信号转化为神经信号并传送给脑，从而形成我们的视觉。如果把眼睛比作照相机
单细胞测序，解密小RNA分子的未知功能
随着科研人员对各种遗传疾病和癌症的深入挖掘，单细胞基因组方法捕获的信息变得越来越重要。卡罗林斯卡学院（ Karolinska Institute）的研究人员近日公布了一种新方法，这种方法可以读取个体胚胎干细胞中短的、非编码RNA序列，有助于人们更好地理解基因如何调控不同细胞类型的发展。相关结
教你轻松玩转环状RNA测序加机制研究（一）
从表达谱至海绵机制完美进阶，教你轻松玩转环状RNA测序加机制研究文章导读：禽白血病病毒J亚群(ALV-J)属于逆转录病毒属，慢病毒亚科的家族成员，可引起禽类多种肿瘤性疾病，如骨髓细胞瘤、肉瘤、血管瘤、肾肿瘤和成红细胞增多症，以及禽类骨髓白血病，导致受感染鸡的高死亡很率。该分散的ALV-J菌株分布广泛
m5C－RNA甲基化测序介绍
m5C RNA甲基化简介通过分析近几年的国自然立项，可以发现RNA甲基化这两年的基金项目呈指数级增长的趋势：特别是从2015年的5项到2017年的25项，项目增长尤为显著。仅2018年1月的RNA甲基化文献就达到25篇，可以说RNA甲基化的发展已经到了井喷阶段，多篇文章荣登CNS级别期刊。RNA甲基
浅谈单细胞RNA测序的技术与分析难点
如今，单细胞生物学是一个热门话题。而在这一领域中，最前沿的则是单细胞RNA测序（scRNA-seq）。传统“批量的”RNA测序方法（RNA-seq）可以一次处理成千上万个细胞，并得到变异的平均水平。但是没有两个细胞是完全相同的，而scRNA-seq则可以揭示出每个细胞独特的微妙变化，甚至可以揭示全新
教你轻松玩转环状RNA测序加机制研究（二）
3.gga-miR-373 通过与YAP1的3’UTR区结合负调控YAP1的表达，并且过表达gga-miR-375可减弱EMT生信预测揭示YAP1是gga-miR-375的潜在靶基因，进一步的双荧光素酶报告基因证实了gga-miR-375可通过结合YAP1的3’UTR区抑制YAP1的表达；在体外细胞
PLoSONE：鹌鹑PIWI基因的克隆及其结合小RNA的鉴定
PIWI 蛋白能通过与多种内源非编码小RNA结合在表观水平和转录后水平调控基因的表达。然而在家禽中，PIWI蛋白的生物学功能及其结合小RNA的作用机制尚不清楚。扬州大学动物科学与技术学院陈国宏教授课题组对该作用机理进行了研究*，研究成果发表在2012年12月刊的PLoS ONE上。 P
王泽峰研究员发布RNA测序重要成果
细胞周期的推进很大程度上依赖于周期性基因表达。王泽峰（Zefeng Wang）研究员领导北卡罗来纳大学的研究团队，绘制了细胞周期的高分辨率转录组图谱，揭示了周期性基因与癌症之间的新关联。这项重要的研究成果于七月一日发表在Cell Research杂志上。王泽峰研究员2015年将实验室移到中国上海
Science发文：RNA测序有助于发现罕见基因变异
近日，来自纽约基因组中心、哥伦比亚大学等机构的研究团队在Science发表了RNA测序应用的最新研究成果，文章题为“Genetic regulatory variation in populations informs transcriptome analysis in rare disease
纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述
RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中，转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本，可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时，cDNA测序也极大
RNA测序技术如何绘制全基因组转录终止？
近日，南方科技大学生命科学学院翟继先团队利用纳米孔单分子RNA测序技术绘制了拟南芥全基因组水平转录终止图谱。该方法能同时捕获包括已转录过polyA位点的 readthrough转录本、完成3’末端切割的5’或3’切割产物、以及已完成或正在进行多腺苷酸化（polyadenylation）的转录本在
－GEN：RNA测序，能否成为精准医疗的主力军？
基因组学在过去几年中的进步对我们掌握分子生物学和遗传学发挥了巨大的影响。在实验室中，下一代测序（next-generation sequencing ，NGS）已经被用于多个方面，包括鉴定新的基因组、DNA测序、转录组测序和表观遗传学。在临床上，NGS已经被迅速接受为一种极具
Science发表有里程碑意义的RNA测序研究
全基因组关联研究（GWAS）鉴定了数百个心血管代谢疾病（CMD）的风险位点。这些DNA位点大多位于非编码区域，但人们对相应的基因调控机制还知之甚少。西奈山伊坎医学院的研究人员对六百名冠心病患者的不同组织进行了基因分型和RNA测序。 “通过分析多个组织的基因表达数据，我们鉴定了在单一组织起作用的
潘滔教授Nature－Methods发布RNA测序重大突破
来自芝加哥大学、德克萨斯大学奥斯汀分校的研究人员报告称，他们开发出了一种新方法实现高效定量高通量tRNA测序。这种叫做DM-tRNA-seq的技术适用于在所有生物体中开展tRNA研究。这一重要的研究成果发布在7月27日的《自然方法》（Nature Methods）杂志上。 芝加哥大学生物化学和