NatureMethods新方法能矫正RNAseq测序的技术偏差
基因表达分析正越来越多地用于癌症的诊断和检测，是生物学研究的主要工具，一种新型的计算方法可以提高基因表达分析的准确性。 来自卡耐基梅隆大学和纽约州立大学石溪分校的研究人员称，他们的方法（被称作Salmon）能够矫正转录组测序技术（RNA-seq）中的技术偏差。而且这种技术预估基因表达水平的速度也与其它快速方法相当。 他们的方法已发表于3月6日的Nature Methods杂志，并且Salmon的资源代码已经被成千上万的用户免费下载。 来自卡耐基梅隆大学计算生物学系的助理教授Carl Kingsford说，Salmon为RNA-seq实验及其可能存在的偏差提供了更丰富的计算模型。为这种技术越来越多的应用于疾病和其压型的分类、了解发育过程中的基因表达变化、以及跟踪癌症的进程等提供了重要的保障。 尽管生物体基因的构成是静态的，但是个体基因的活动是随着时间的推移而变化的，这使得基因表达成为理解生物体工作方式，以及疾病过程中发......阅读全文
Nature－Methods：抗体验证指南首次出炉
据估计，因抗体质量不佳，生命科学领域每年的损失达到8亿美元。同时，这也造成了无数的实验失败，浪费了宝贵的样本和科学家的青春。尽管科学界已经意识到这个问题，但目前仍然缺乏抗体验证的整体框架。 为了刺激研究界实现更高标准的抗体重复性，国际抗体验证工作组（IWGAV）近日出台了一套指南。这些指南发表
Nature－Methods新年展望：细胞核结构
今年第一期《Nature Methods》评出了2015的年度技术——单颗粒冷冻电镜（cryo-EM）。除此之外，该杂志还对一些热门技术进行了一番展望，包括细胞内蛋白标记、精准光遗传学、高多重成像、亚细胞图谱分析等等。 “位置高于一切”是房地产的金科玉律，这句话也同样适应于哺乳动物基因组。基因
Nature－Methods发布肿瘤综合检测新技术
癌症是瑞士的第二大常见死亡原因。许多原因导致了在尖端医学时代仍然难以治愈这一疾病。例如，肿瘤有可能是由不同的肿瘤细胞亚群所构成，每个细胞亚群具有自身的特性，对治疗产生差异性的反应。并且，体内的癌细胞和健康细胞彼此通讯及互作。而随后肿瘤如何形成以及是否形成转移灶则取决于肿瘤细胞从环境中接收到的信号
Nature－Methods发布突破性成像技术
苏黎世联邦理工学院的研究人员开发了一种新显微成像技术，首次实现了在活体三维组织中选择性成像单个细胞。这一成果发表在五月十八日的Nature Methods杂志上。 研究人员用这一技术在斑马鱼幼鱼的神经系统中获得了惊人的微观图像。他们不仅展示了脊髓中的运动神经元，还以另一种颜色突出了其中一个神经
Nature－Methods公布2015年度技术
时近岁末，各大杂志接连进行了年终盘点，12月30日的《Nature Methods》也盘点了年度技术，选出了2015年最受关注，影响广泛的技术成果：单粒子低温电子显微镜（cryo-EM）。 一个蛋白质或蛋白质复合物的三维结构可以提供有关其生物学功能的重要见解。作为一种结构测定技术，单粒子cry
Nature－Methods：绘制大脑神经活动图谱
由于斑马鱼幼鱼是透明的，而且它们的大脑尺寸较小，方便在显微镜下进行观察，因此这种模式动物是体内观察中枢神经系统活动的理想模型。 7月27日Nature Methods杂志公布了一项最新研究成果，来自霍德华修饰医学院Janelia Farm研究院的一组研究人员利用光片照明（light-sheet
Nature－Methods发布首个DNA精确模拟平台
模拟可以将实验手段无法直接观察到的活动呈现在人们眼前。科学家们日前开发了首个能够精确模拟DNA的平台，有助于研究DNA的结构改变，以及DNA与蛋白和药物的互作。 分子动力学可以解析发生在不同时间尺度上的过程（从皮秒到分钟），适用于不同规模的分析体系（从纳米到米）。这一技术能用来模拟DNA的各种
Nature－Methods：单细胞TCR研究进展
引言：今年三月份，来自英国的科学家Michael Stubbington博士和TapioLönnberg博士一起，基于Fluidigm公司C1 mRNA测序样本及相应数据，开发出一套用于研究T细胞基因序列信息的开放型分析工具---TraCeR，同时结合T细胞亚群的转录组数据分析，从而进一步揭示在不同
Nature－Methods公布2018年度技术
岁末，Nature Methods年度技术出炉——无限制行为动物成像（Imaging in freely behaving animals）。 入选理由为：成像技术和荧光传感器的技术进步帮助科学家们更加详细分析动物各种行为背后的神经元活动，这些动物包括大鼠，小鼠，鱼，果蝇和线虫。 一般来说，
单核RNA测序的芯片现已上市
高通量的单核RNA测序方法——DroNc-Seq才刚刚在《Nature Methods》上发表。一转眼，相应的芯片已经上市。Dolomite Bio公司针对DroNc-Seq推出一款新的芯片，可实现高通量的单核RNA-Seq分析。 DroNc-Seq方法在Broad研究所的张锋（Feng
体外转录测序揭示RNAseq的终极误差
高通量RNA测序（RNA-seq）是了解转录调控的一种强大技术。利用RNA-seq，我们不仅可以更好地进行传统的基因差异表达分析，而且还可以全面地研究可变剪接、RNA编辑、等位基因特异性表达和确定新的转录本（编码RNA和非编码RNA）。 与更成熟的、以RNA表达分析为基础的微阵列相反，RNA-
体外转录测序揭示RNAseq的终极误差
高通量RNA测序（RNA-seq）是了解转录调控的一种强大技术。利用RNA-seq，我们不仅可以更好地进行传统的基因差异表达分析，而且还可以全面地研究可变剪接、RNA编辑、等位基因特异性表达和确定新的转录本（编码RNA和非编码RNA）。 与更成熟的、以RNA表达分析为基础的微阵列相反，RNA-
华人学者Nature－Methods发表CRISPR新工具
基因网络指导着细胞的正常功能，这个网络受到干扰就可能引发疾病。动态操纵转录组的能力对于研究基因网络的作用机制非常重要。斯坦福大学的研究人员在CRISPR–dCas9的基础上实现了可诱导的复杂转录调节，这项研究发表在十月二十四日的Nature Methods杂志上，文章通讯作者是斯坦福大学的华人学
Nature－Methods提出癌症分型新方法
肿瘤几乎从来就没有共享过完全相同的遗传突变，这一事实使得人们为更好地将癌症类型分门别类、以及开发出更有效的靶向性治疗所付诸的科学努力面临困难重重。 在发表于9月15日《自然方法》(Nature Methods)杂志上的这篇新研究论文中，来自加州大学圣地亚哥分校研究人员提出了一种称作为基
Nature－Methods发布CRISPR新技术：CRISPRX
斯坦福大学遗传学系，药理学系的几位学者合作，开发出了一种为原位蛋白质工程重利用体细胞超突变的新技术—— CRISPR-X ，这将能帮助科学家们创建复杂的原始遗传突变文库，分析完善蛋白质工程。 这一研究成果在线公布在10月31日的Nature Methods杂志上，文章的通讯作者是斯坦福大学Mi
Nature－Methods：Cas9大有潜力
提到目前最热门的基因组编辑工具，非CRISPR/Cas莫属。今年以来，国内外多个研究小组聚焦这一领域，在Science、Nature和Cell等杂志上发表多项重要成果，而生物公司也迅速推出相关产品。 CRISPR/Cas系统经过改造，可实现多个哺乳动物系统内高效可靠的RNA导向基因组修饰，
Nature－Methods发布CRISPR/Cas9新技术
麻州大学医学院的科学家们开发出了一种新的CRISPR/Cas9技术，其可以精确地在几乎所有的基因组位点如外科手术般编辑DNA，同时避免标准CRISPR基因编辑技术中看见的一些潜在的有害脱靶改变。通过配对CRISPR/Cas9系统与一个可编程的DNA结合结构域(CRISPR/Cas9-pDBD)，
Nature－Methods：单细胞TCR研究新进展
引言 今年三月份，来自英国的科学家Michael Stubbington博士和Tapio Lönnberg博士一起，基于Fluidigm公司C1 mRNA测序样本及相应数据，开发出一套用于研究T细胞基因序列信息的开放型分析工具 ---TraCeR，同时结合T细胞亚群的转录组数据分析，从而进一步
Nature－Methods：RNA牛人用CRISPR打造研究利器
非编码RNA（ncRNA）是指不编码蛋白质的RNA。从上世纪六十年代的tRNA、八十年代的rRNA、到九十年代的microRNA，ncRNA在不断给人们制造惊喜。科学家们也逐渐意识到ncRNA并不是垃圾，而是许多基础生命过程的核心，有着广泛的生物学功能。 为了更好的研究ncRNA功能，哈佛大学
9102，《Nature－Methods》上scRNAseq“天天”见
《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域，截至2019年9月，Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期，小编和大家一起分享这些重要的研究成
9102，《Nature－Methods》上scRNAseq“天天”见
《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域，截至2019年9月，Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期，小编和大家一起分享这些重要的研究成
Nature：RNAseq疾病诊断潜力不容忽视
全外显子组测序（WES）和全基因组测序（WGS）对于罕见的孟德尔遗传病的检测能力最高只能达到50%，基于这两种手段，我们对于遗传多样性带来具体生物学功能差异和临床疾病病因的解释能力是十分有限的。Cummings课题组曾使用RNA测序（RNAseq）对肌肉疾病进行了准确的检测，证实了RNAseq在
Nature－Methods：评估荧光蛋白的光激活效率
光控的荧光探针，是对局部进行超高分辨率显微分析的核心。其中，荧光蛋白可以通过基因编码，实现与目的蛋白的1:1标记。所以，荧光蛋白探针特别适合于单分子计数。 近日，ICFO的科学家们首次在单分子水平上，确定了多个荧光蛋白的光激活效率，这一参数对于单分子计数非常重要。文章发表在一月五日的Nat
遗传学大牛Nature－Methods发布CRISPR重要成果
CRISPR-Cas9系统使得研究人员能够编辑许多生物体和细胞类型的DNA序列。然而，科学家们也日益认识到可以利用它来激活基因的表达。为此，他们构建出了大量可激活Cas9蛋白的合成基因来研究基因功能或在潜在的治疗方法中弥补不充足的基因表达。 哈佛大学Wyss生物启发工程研究所核心教员、系统生物
Nature－Methods：评估荧光蛋白的光激活效率
光控的荧光探针，是对局部进行超高分辨率显微分析的核心。其中，荧光蛋白可以通过基因编码，实现与目的蛋白的1:1标记。所以，荧光蛋白探针特别适合于单分子计数。 近日，ICFO的科学家们首次在单分子水平上，确定了多个荧光蛋白的光激活效率，这一参数对于单分子计数非常重要。文章发表在一月五日的Nat
Nature－Methods：全面检测CRISPR脱靶效应的新策略
CRISPR/Cas9基因组编辑目前正应用得如火如荼，但若要转化到临床应用，准确检测脱靶效应则是必不可少的。近日，麻省总医院的研究人员开发出一种新策略，能够鉴定全基因组范围的CRISPR/Cas9脱靶突变。 之前，在全基因组范围鉴定脱靶效应的细胞方法也时有报道，但这些方法可能错过低频率的脱靶突
Nature－Methods：大规模定点突变的新方法
定点突变是序列-功能研究中不可或缺的工具。然而，传统的方法能力有限。华盛顿大学的研究人员开发出一种新方法，能够以大规模并行的方式开展单个氨基酸的定点突变。这项成果于1月5日发表在《Nature Methods》杂志上。 目前的定点突变方法能力有限，每次只能靶定几个碱基，且操作繁琐，成本高昂。为
Nature－Methods：高质量的组蛋白PTM抗体
美国芝加哥大学的研究人员开发出质量稳定的重组抗体，能特异识别组蛋白H3的三甲基赖氨酸残基，适合各种表观遗传学应用。这一成果于近日发表在《Nature Methods》在线版上。 组蛋白的翻译后修饰(PTM)在表观遗传调控中发挥重要作用。组蛋白PTM的抗体是表观遗传学研究(如染色质免疫沉
Nature－Methods：超快速的基因组分析工具
近年来，测序市场呈现出百花齐放的美好局面。这使得测序的成本不断下降，但同时也带来了数据分析的难题。经济而又高效地处理全基因组测序的数据，相信是每个人的愿望。如今，一个开源的基因组分析平台也许能满足你的愿望。 这个平台被称为SpeedSeq，由华盛顿大学医学院等机构的研究人员开发。它利用低成本的
Nature－Methods：测量细胞力的最新方法
就像很小的建筑工人一样，细胞在3D空间中“构建”胚胎组织和器官。这是一项复杂的任务，需要细胞之间进行不断的沟通，协调它们的动作，产生形成复杂组织形态的机械力。 长期以来，生物学家一直在研究，这些结构形成时细胞和它们的行为之间的联系，但是直到现在，还没有发现细胞产生用来形成这些结构的力。目前