NatureMethods新方法能矫正RNAseq测序的技术偏差
基因表达分析正越来越多地用于癌症的诊断和检测，是生物学研究的主要工具，一种新型的计算方法可以提高基因表达分析的准确性。 来自卡耐基梅隆大学和纽约州立大学石溪分校的研究人员称，他们的方法（被称作Salmon）能够矫正转录组测序技术（RNA-seq）中的技术偏差。而且这种技术预估基因表达水平的速度也与其它快速方法相当。 他们的方法已发表于3月6日的Nature Methods杂志，并且Salmon的资源代码已经被成千上万的用户免费下载。 来自卡耐基梅隆大学计算生物学系的助理教授Carl Kingsford说，Salmon为RNA-seq实验及其可能存在的偏差提供了更丰富的计算模型。为这种技术越来越多的应用于疾病和其压型的分类、了解发育过程中的基因表达变化、以及跟踪癌症的进程等提供了重要的保障。 尽管生物体基因的构成是静态的，但是个体基因的活动是随着时间的推移而变化的，这使得基因表达成为理解生物体工作方式，以及疾病过程中发......阅读全文
Nature－Methods新方法能矫正RNAseq测序的技术偏差
基因表达分析正越来越多地用于癌症的诊断和检测，是生物学研究的主要工具，一种新型的计算方法可以提高基因表达分析的准确性。 来自卡耐基梅隆大学和纽约州立大学石溪分校的研究人员称，他们的方法（被称作Salmon）能够矫正转录组测序技术（RNA-seq）中的技术偏差。而且这种技术预估基因表达水平的速度
Nature－Methods：单细胞RNAseq方法的比较
随着大家对单细胞转录组分析的兴趣日益增加，开展单细胞RNA-seq的方法也在不断涌现。近日，斯坦福大学的研究人员比较了市场上各种单细胞RNA扩增方法，以系统评估单细胞RNA-seq方法的灵敏度和准确性。他们的研究结果发表在《Nature Methods》在线版上。 目前，整个转录组的高
Nature－Methods发布新RNA测序技术
Santa Cruz公司和Rochester大学的研究人员开发了一种新的RNA测序技术。他们通过这一技术发现了许多此前未被检测到的调控性小RNA。这一成果发表在八月三日的Nature Methods杂志上。 这个新技术可以在细胞中灵敏检测到带有化学修饰（甲基化）的小RNA。“tRNA是生物体内
Nature－Methods：纳米孔测序仪潜力无限
来自英国Oxford Nanopore公司的MinION是第一台商业化的纳米孔测序仪。它在带来无限希望的同时，也承受着高错误率的质疑。英国伯明翰大学的Nicholas J. Loman和爱丁堡大学的Mick Watson在最新一期的《Nature Methods》上撰文，称新开发的工具让纳米孔测
Nature－Methods：放在背包里的测序仪
人们盼星星、盼月亮，总算等到了纳米孔测序仪开放试用。如今，1000多个实验室测试了MinION测序仪，并发表了结果。他们在这一期的《Nature Methods》上介绍了他们的使用体会。而更多的产品也在开发之中。 纳米孔（nanopore）技术让核酸分子穿过直径只有几纳米的孔而确定其序列。这个
Nature－Methods：潜力惊人的掌上测序仪
来自加拿大和英国的研究人员采用牛津纳米孔公司（Oxford Nanopore）的掌上基因组测序仪MinIONTM，首次测序和从头组装了活体生物——大肠杆菌的全基因组。 研究的主要作者、安大略癌症研究所课题负责人Jared Simpson博士说，发表在《自然方法》（Nature Methods）
Nature－methods发布单细胞测序新技术
来自瑞典Ludwig癌症研究所及Karolinska研究所的研究人员，在最新一期(9月22日)的《自然方法》(Nature Methods)杂志上报告了一项获得重大改良的新技术，可以利用它来分析单细胞中的基因表达——这一性能与从基础研究到未来癌症诊断的一切事物均存在关联。 资深作者Ri
Nature－Methods：极准确的新测序技术
传统的高通量测序会产生不少错误，掩盖基因组中的罕见突变。前不久科学家们开发了一种新测序法，能够成功从背景噪音中分离出信号，实现极为准确的测序。 肿瘤是异质性细胞的混合体，测序可以检测其中的罕见突变，但成本较高而且容易出现错误。华盛顿大学的研究团队为此开发了新测序技术，将靶序列纯化与高精度的DN
Nature－Methods发布基因组测序新工具
十月十七日Nature Methods杂志发表的一项研究显示，新测序技术与新算法的结合可以为人们揭示复杂基因组的详细信息。加州大学戴维斯分校和Pacific Biosciences公司的研究人员的FALCON-Unzip算法能够将长读取测序数据装配成高度准确、连续和正确定相的二倍体基因组。 随
Nature－Methods：针对LncRNAs的新型精准基因测序技术
现在有一种新的基因测序技术-“捕获测序'（CaptureSeq），能使我们以更高的分辨率去探索人类基因组。它优于现有的基因测序技术，能精确捕捉测量许多具体的活性基因样品（即使基因的表达时间仅按分钟水平计算）。这个技术对癌症研究具有革命性的影响。在实际应用中，可用于包括许血液肿瘤的诊断。这篇文章由
华人学者Nature－Methods发表超强测序分析工具
拷贝数变异在癌症中起到了重要的作用，但要把它们一一找出来并不是一件容易的事。St. Jude儿童研究医院的科学家们在五月四日的Nature Methods杂志上介绍了一种强大的测序分析工具，CONSERTING。该软件能在二代全基因组测序时非常准确的鉴定拷贝数变异，而且已经免费对全世界的研究者们
Nature－Methods发布宏基因组测序新工具
微生物几乎是无所不在的，它们对生态环境和人体健康起到了不容忽视的作用。然而人们对微生物的了解还相当匮乏，因为许多微生物是无法在实验室中培养的。宏基因组学是了解这些微生物的重要途径，但宏基因组测序并不是一件容易的事儿，就像是把许多拼图拆散混在一起，然后在毫无参考的情况下拼接。 最近Nature
Nature－Methods：高分辨率的测序技术
悉尼Garvan医学研究所的研究人员在Nature Methods杂志上发表文章展示了一种新测序技术的强大实力。文章指出，CaptureSeq（Capture Sequencing）能够大大提高基因组分析的分辨率，为基础研究和癌症诊断带来革命性的启示。 CaptureSeq结合了基因捕获技术和
Nature－Methods：两轮捕获+双重测序－成就史上最精准的测序！
传统的高通量测序会产生不少错误，掩盖基因组中的罕见突变。前不久科学家们开发了一种新测序法，能够成功从背景噪音中分离出信号，实现极为准确的测序。 肿瘤是异质性细胞的混合体，测序可以检测其中的罕见突变，但成本较高而且容易出现错误。华盛顿大学的研究团队为此开发了新测序技术，将靶序列纯化与高精度的DN
两篇Nature－Methods发布突破性测序技术
澳大利亚基因组研究者开发了一种人工合成的“镜像”DNA序列——Sequins。这一突破性技术能帮助人们更好地进行基因组分析，有望成为将基因组测序推向临床的一大助力。 人类基因组是包含六十多亿DNA碱基的复杂序列。现在测序一个人的基因组已经比较方便了，但随之而来的基因组分析问 题依然令人头疼。为
华人学者Nature－Methods发布单细胞测序重要工具
新一代测序技术（NGS）大大增进了我们对疾病（比如癌症）的理解。不过NGS的研究对象是细胞群体，会掩盖细胞之间的异质性。正因如此，单细胞测序（SCS）技术受到了越来越多的关注。 德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员开发了首个用于单细胞DNA测序的突变检出程序，Monovar。这一重要成果发
华人学者Nature－Methods发布单细胞测序重要工具
新一代测序技术（NGS）大大增进了我们对疾病（比如癌症）的理解。不过NGS的研究对象是细胞群体，会掩盖细胞之间的异质性。正因如此，单细胞测序（SCS）技术受到了越来越多的关注。 德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员开发了首个用于单细胞DNA测序的突变检出程序，Monovar。这一重要成果发
Nature－Methods－|－朝思暮想：单细胞蛋白质组测序之梦
近期，Nature Methods 杂志技术编辑Vivien Marx发表文章 A dream of single-cell proteomics，探讨了单细胞蛋白组学的发展，提出了该技术有可能会面对的问题和潜在解决方案。单细胞蛋白质组测序的梦想并不遥远（Credit: S. Larochell
钱书兵博士Nature－Methods发表新测序技术
细胞有一套精妙的机制，根据环境变化调整蛋白质合成的速率。翻译调控大多发生在起始阶段，通过快速改变蛋白的表达水平，帮助细胞灵活应对外界压力。 尽管人们早就意识到翻译起始的重要性，但直接检测单个mRNA的起始率一直比较困难。对起始密码子进行系统性作图，精确检测相应的起始率，无疑将为翻译调控领域带来
潘滔教授Nature－Methods发布RNA测序重大突破
来自芝加哥大学、德克萨斯大学奥斯汀分校的研究人员报告称，他们开发出了一种新方法实现高效定量高通量tRNA测序。这种叫做DM-tRNA-seq的技术适用于在所有生物体中开展tRNA研究。这一重要的研究成果发布在7月27日的《自然方法》（Nature Methods）杂志上。 芝加哥大学生物化学和
《Nature－Methods》更便宜、更全面的单细胞RNA测序技术
微流控技术革新促进了单细胞RNA测序发展，它为单细胞基因组学提供了一种低成本、高通量的方法。然而，这种方法捕获完整RNA转录信息的能力有限。（图片来源：Cornell） 康奈尔大学生物医学工程学院助理教授Iwijn De Vlaminck课题组开发了一款更健全的、低成本的方法解决了这个问题，不
RNASeq和线粒体测序介绍
如今NGS已能够快速经济地阅读数亿个reads，所及之处远超越基因组学（如RNA测序使转录组学发生革命性变化）。尽管NGS取得了诸多进步，但依然存在一些重大的挑战。日前，牛津大学举办的“NGS七周年大会”聚焦了NGS面临的挑战，此次会议阐述了NGS领域最令人生畏的障碍，同时也阐述了跨越这些障碍的技术
《Nature－Methods》大脑地图图解
多年来，出现了多种“大脑地图”，每一种都关注不同的大脑过程，从新陈代谢到认知功能。虽然这些地图很重要，但单独使用它们会限制研究人员从中得出的发现。 现在，来自蒙特利尔神经学研究所的一个团队和其他研究人员在一个地方汇集了40多张现有的大脑地图。这个被称为神经图谱的数据库有望帮助科学家发现不同大脑
Nature－Methods发表单细胞重亚硫酸盐测序技术
Babraham研究所和Wellcome Trust Sanger研究所的科学家们开发了一个单细胞表观遗传学检测技术，并将其发表在七月二十日的Nature Methods杂志上。这一成果可以帮助人们解读，环境怎样影响人类的发育和遗传性状。 “表观遗传学标志”是指DNA上的化学或蛋白标签，它们在
Nature－Methods发表论文报道5醛基胞嘧啶测序新技术
2015年9月7日，北京大学生命科学学院伊成器研究组在《Nature Methods》杂志在线发表题为“Bisulfite-free, base-resolution analysis of 5-formylcytosine at the genome scale”的研究论文（DOI: 10.1
Nature－Methods－|－单细胞多模态测序的未来：UDAseq如何引领新革命？
近年来，单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）在揭示复杂生物系统和探索遗传学及临床研究中取得了突破性进展。然而，仅依赖单一的转录组信息往往难以区分分子相似但功能差异显著的细胞类别。因此，融合多种模态信息的单细胞测序技术逐渐成为研究热点，通过同时获取单个细胞的多维数据，研究人员能够更全面地解析细胞
Nature－Methods揭示AIDS的惊人动态
Emory大学的科学家们利用一种新成像技术，首次在活体动物（恒河猴）中获得了全身性的艾滋病毒复制实时图谱，揭示了猴艾滋病毒SIV出人意料的藏身处。这项发表在Nature Methods杂志上的研究显示，当猴子接受抗逆转录病毒（ARV）药物治疗时，机体不同位置残留的病毒量并不相同。研究人员开发的新
Nature－Methods：预测干细胞的命运
多伦多大学的研究人员开发出了一种方法，可以快速地筛选人类干细胞以及更好地控制它们的转化。这一技术有潜力应用于再生医学和药物研发。研究结果发表在本周的《自然方法》(Nature Methods)杂志上。 这项研究工作是由多伦多大学加拿大生物工程学首席科学家Peter Zandstra
Nature－Methods新年展望：高多重成像
今年第一期《Nature Methods》评出了2015的年度技术——单颗粒冷冻电镜（cryo-EM）。除此之外，该杂志还对一些热门技术进行了一番展望，包括细胞内蛋白标记、精准光遗传学、高多重成像、亚细胞图谱分析等等。 荧光团之间的光谱重叠，是成像复杂生物学结构的一个主要障碍。这种限制让绝大多
Nat－Methods发布新的DNA测序技术
最近，英国诺丁汉大学的科学家们首次证明，我们有可能实时地、有选择性地测定DNA序列片段，从而大大减少了分析生物样品所需的时间。 在Nature子刊《Nature Methods》上发表的一篇论文，描述了一种新的技术，可高度选择性的进行DNA测序，这种技术被称为“'Read Until”。这种方