新方法可校正CRISPR筛选的癌症基因依赖性数据中的假阳性
在一项新的研究中，布罗德癌症依赖性图谱（Broad Cancer Dependency Map）团队将来自342种癌细胞系的基于CRISPR的数据添加到他们不断增加的癌症基因依赖性目录中，并且提供一种新的方法来确保这些数据的准确性。相关研究结果于2017年10月30日在线发表在Nature Genetics期刊上，论文标题为“Computational correction of copy number effect improves specificity of CRISPR–Cas9 essentiality screens in cancer cells”。 基于CRISPR的全基因组敲除筛选是确定细胞基因依赖性---也就是细胞存活和/或增殖所需的基因---的强大工具。然而，这样的CRISPR筛选对一种被称作拷贝数效应（copy number effect）的现象较为敏感。拷贝数效应指的是细胞中重复复制的基因（正如癌......阅读全文
新方法可校正CRISPR筛选的癌症基因依赖性数据中的假阳性
在一项新的研究中，布罗德癌症依赖性图谱（Broad Cancer Dependency Map）团队将来自342种癌细胞系的基于CRISPR的数据添加到他们不断增加的癌症基因依赖性目录中，并且提供一种新的方法来确保这些数据的准确性。相关研究结果于2017年10月30日在线发表在Nature Ge
CRISPR女王：她的生命被CRISPR照亮
一位多年来埋头于实验室枯燥生活的微生物学家，突然有一天由于基因编辑技术站在了聚光灯下 现年48岁的Emmanuelle Charpentier在过去二十年学术生涯中辗转去过了5个国家九所不同的研究院，“我总是不得不从零开始，亲自构建新的实验室，”她说。45岁之前Charpentier还无法雇
CRISPR的前世今生：酸奶中的CRISPR
两年前，一个缩写为CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，规律间隔成簇短回文重复序列）的基因编辑工具横空出世，席卷了许多实验室。而在这一系统被开发的数亿年前，细菌和古细菌就利用其非常精确的对几乎每个基因组中
NatureMethods发布CRISPR新技术：CRISPRX
斯坦福大学遗传学系，药理学系的几位学者合作，开发出了一种为原位蛋白质工程重利用体细胞超突变的新技术―― CRISPR-X ，这将能帮助科学家们创建复杂的原始遗传突变文库，分析完善蛋白质工程。这一研究成果在线公布在10月31日的Nature Methods杂志上，文章的通讯作者是斯坦福大学Micha
CRISPR的前世今生：酸奶中的CRISPR
两年前，一个缩写为CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，规律间隔成簇短回文重复序列）的基因编辑工具横空出世，席卷了许多实验室。而在这一系统被开发的数亿年前，细菌和古细菌就利用其非常精确的对几乎每个基因组中
CRISPR专家发表CRISPR/Cas9综述
CRISPR技术的确在科学界掀起了基因组编辑的狂潮。在Pubmed中快速检索“CRISPR”，目前已有1400多项结果。也相继有专家为该技术撰写了综述论文，例如：Science综述：CRISPR-Cas9系统的历史和未来；北大魏文胜最新发表CRISPR综述。 最近，来自美国加州大学伯克利分校和
CRISPR实验指南：如何检测CRISPR脱靶突变（一）
张锋实验室的一位研究生：Winston Yan的项目就是利用CRISPR-Cas9基因组编辑系统的一个突变来敲除调控小鼠胆固醇的基因。“最终的目的是为治疗应用铺平道路，”Yan说，他最近完成了他的研究生工作，同时也第一次遇到CRISPR脱靶效应的问题。 CRISPR能帮助研究人员快速有效地对基
Nature－Methods发布CRISPR新技术：CRISPRX
斯坦福大学遗传学系，药理学系的几位学者合作，开发出了一种为原位蛋白质工程重利用体细胞超突变的新技术—— CRISPR-X ，这将能帮助科学家们创建复杂的原始遗传突变文库，分析完善蛋白质工程。 这一研究成果在线公布在10月31日的Nature Methods杂志上，文章的通讯作者是斯坦福大学Mi
NBT－|－小分子配合CRISPR系统实现靶基因的剂量依赖性激活
目前以CRISPR-Cas9为基础的基因编辑及基因调控技术已取得众多成果，除最基本的靶位点DNA切割/修复外，通过将Cas9与不同的因子组合，还可实现靶位点的碱基编辑、表观基因组编辑以及基因表达的激活/抑制。其中表观基因组编辑和基因表达的激活/抑制是通过将失活型Cas9（dCas9）与转录调控因
首个CRISPR/Cas9靶序列数据库
近期，来自美国国立卫生研究院和瑞典乌普萨拉大学的研究人员，在国际著名学术期刊《Nucleic Acids Research》上发表的一项研究中，首次提出了一个已在斑马鱼中经过实验验证的CRISPR/Cas9靶序列数据库。 CRISPR及CRISPR相关蛋白（Cas9），是在古细菌和细菌中发现的
CRISPR/Cas9抗体—CRISPR/Cas9研究
能够方便而精确的对DNA和核苷酸序列进行编辑，是科研工作者们长期以来的梦想。CRISPR/Cas9系统的诞生和成熟标志这这一梦想逐渐变为现实。CRISPR/Cas9系统，作为第三代基因编辑技术，它的本质其实是细菌中一种对付诸如病毒等外来DNA的防御系统。此系统的工作原理是 成簇的、规律间隔的短回
反CRISPR噬菌体合作克服CRISPRCas免疫
英国埃克塞特大学的研究人员发现，一种被称为噬菌体的病毒在面对迎面而来的攻击时，首先削弱细菌的防御力，然后再杀死细菌。 这一发现是一个关键性突破，它将有助于改善噬菌体疗法，治疗危机生命的细菌感染。 细菌有防御系统，例如众所周知的CRISPR-Cas，以保护自身免受病毒侵袭。像军备竞赛一样，噬菌
Cell：重磅！揭示抗CRISPR蛋白阻断CRISPR系统机制
想象一下细菌和病毒一直处于军备竞赛之中。对很多细菌而言，一种抵抗病毒感染的防御线是一种复杂的RNA引导的“免疫系统”，即CRISPR-Cas。这个免疫系统的核心是一种识别病毒DNA和触发它破坏的监视复合物。然而，病毒能够反击，利用抗CRISPR蛋白让这种监视复合物不能够发挥功能。但是，在此之前，
CRISPR先驱Nature解析新一代CRISPR系统
在4月20日《自然》（Nature）杂志上的一篇新研究论文中，科学家们描绘了一种新型细菌CRISPR-Cpf1系统的分子细节，这为实现其他的基因编辑应用，如平行靶向多个基因打开了可能的途径。 领导这一研究的任职于德国马克思普朗克感染生物学研究所和瑞典于默奥大学的Emmanuelle Charp
避免假阳性结果
2008年9月美国应用生物系统公司推出超高灵敏度的5500三重四极杆串联质谱系统和Qtrap5500三重四极杆串联质谱-线性离子阱质谱复合系统。这为要求超高灵敏度的药物研发、食品安全残留检测、环境激素分析、毒物分析等相关领域提供了可靠的技术平台。该系统以独特的质谱数据采集方式——四极杆-
安捷伦推出CRISPR－激活和干扰－(CRISPR－a/i)－的混合文库
安捷伦通过基于 CRISPR 的产品扩展了 SureGuide 产品系列，从而加速疾病研究 基于 CRISPR 的全新转录激活和干扰 (a/i) 文库 2017年10月20日，北京——安捷伦科技公司（纽约证交所： A）今日宣布首次将 SureGuide 混合 CRISPR 文库扩展到功能基因
吴志坚发布CRISPR重要成果：CRISPR敲除治疗疾病
美国国立卫生研究院眼科研究所的一组研究人员报道了最新成果：他们通过一种病毒载体直接向眼睛输送了基于CRISPR-as9的治疗元件，成功在视网膜变性小鼠中阻止了视网膜色素变性。这一研究成果公布在3月14日的Nature Communications杂志上，文章的通讯作者是美国国立卫生研究院眼科研究
科学家成功利用CRISPR技术实现剂量依赖性的基因表达激活
近日，一项刊登在国际杂志Nature Biotechnology上的研究报告中，来自北卡罗来纳大学Eshelman药学院等机构的科学家们通过研究开发了一种新方法，能够利用CRISPR基因编辑技术进行剂量依赖性的基因表达激活，文章中，研究人员描述了如何利用这种技术以一种可替换的方法来改变基因表达以
CRISPR大战落下帷幕
美国ZL局审查与上诉委员会近日就CRISPRZL纠纷作出裁决，麻省理工学院和哈佛大学共同创建的布罗德研究所可继续保有此前获批的“基因剪刀”技术ZL。这意味着这场价值数十亿美元的ZL案纠纷以张锋一方获胜暂告一段落。CRISPR技术先驱（从左到右）：George Church、Jennifer Do
当ChatGPT遇上CRISPR
在探索CRISPR基因编辑系统的过程中，研究人员从温泉、泥炭沼泽、粪便甚至酸奶中搜寻各种微生物。现在，由于生成式人工智能的进步，他们可能只需按一下按钮就能设计出这些系统。 据《自然》报道，日前，研究人员公布了他们使用一种名为蛋白质语言模型的生成式人工智能工具，设计CRISPR基因编辑蛋白质的细
基因编辑crispr原理
ZFNZFN，即锌指核糖核酸酶，由一个 DNA 识别域和一个非特异性核酸内切酶构成。DNA 识别域是由一系列 Cys2-His2锌指蛋白（zinc-fingers）串联组成（一般 3~4 个），每个锌指蛋白识别并结合一个特异的三联体碱基。锌指蛋白源自转录调控因子家族（transcription fa
基因编辑crispr原理
ZFNZFN，即锌指核糖核酸酶，由一个 DNA 识别域和一个非特异性核酸内切酶构成。DNA 识别域是由一系列 Cys2-His2锌指蛋白（zinc-fingers）串联组成（一般 3~4 个），每个锌指蛋白识别并结合一个特异的三联体碱基。锌指蛋白源自转录调控因子家族（transcription fa
“希望之光”——CRISPR技术
2020年4月17日早晨，“STAT”网站发布了一篇新闻报道，该报道指出科学家正在测试将CRISPR技术应用于新冠肺炎的快速检测。作为近几年大热的一个全新的基因编辑技术，CRISPR与中国也颇有渊源。拥有“CRISPR之父”之称的著名科学家张锋是出生于中国河北石家庄的华裔科学家，更是当今最受关注的华
CRISPR的优势分析
前言时至今日，很多研究者仍着迷于研究细菌CRISPR系统的功能，以及如何借助对相关机制的理解来产生新的技术。CRISPR系统目前在临床诊断与基因疗法中的研究成果也在不断涌出。近日，Sherlock Biosciences公司宣布其基于CRISPR技术的新冠病毒试剂盒已获得美国FDA的紧急使用
基因编辑crispr原理
ZFNZFN，即锌指核糖核酸酶，由一个 DNA 识别域和一个非特异性核酸内切酶构成。DNA 识别域是由一系列 Cys2-His2锌指蛋白（zinc-fingers）串联组成（一般 3~4 个），每个锌指蛋白识别并结合一个特异的三联体碱基。锌指蛋白源自转录调控因子家族（transcription fa
antiCRISPR沉默CRISPRCas9系统的分子机理
中国科学院生物物理研究所王艳丽课题组和加拿大多伦多大学Karen Maxwell课题组的合作论文Inhibition of CRISPR-Cas9 ribonucleoprotein complex assembly by anti-CRISPR AcrIIC2 在《自然-通讯》（Nature
antiCRISPR沉默CRISPRCas9系统的分子机理
王艳丽课题组和加拿大多伦多大学Karen Maxwell课题组的合作论文“Inhibition of CRISPR-Cas9 ribonucleoprotein complex assembly by anti-CRISPR AcrIIC2”在《Nature Communications》杂志在
什么是PCR假阳性？
假阳性是指出现的 PCR 扩增条带与目的靶序列条带一致，有时其条带更整齐，亮度更高。产生的原因有：①引物设计不合适：选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性，因而在进行 PCR 扩增时，扩增出的 PCR 产物为非目的序列；②靶序列太短或引物太短；③靶序列或扩增产物的交叉污染。解决方法有：操作轻柔，防止
ELISA假阳性结果和细胞假阴性结果
假阳性结果和假阴性结果1、标本的采集与保存ELISA试剂盒当标本采集保存不当产生溶血时，红细胞中的血红蛋白释放到血清中，血红蛋白具有过氧化物酶的性质，其通过吸附或“PP效应"（蛋白质间相互吸附的现象）结合后，可催化A、B液显色而造成假阳性标本采集保存不当致细菌污染，菌体中可能含有内源性HRP，会产生
单细胞测序数据分析中，如何避免假阳性结果？
在单细胞测序数据分析中，为避免假阳性结果，可以采取以下几种策略： 1. 严格的数据质量控制 - 对原始数据进行仔细的评估，去除低质量的细胞、测序深度不足或存在大量技术噪声的数据。 - 检查基因表达的分布是否符合预期，排除异常的数据点。 2. 合适的统计学方法和阈值设定