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2月王牌聚焦:人体内微生物研究推陈出新

近年来人体肠道微生物组成为了研究“新宠”,这方面研究主要聚焦于细菌,那么人体内的病毒,噬菌体呢?2月的系列进展也许能给出部分答案。 芝加哥洛约拉大学的一组研究人员分析来自181位女性患者膀胱中收集到的序列数据,从他们研究的200个细菌基因组中鉴定出大部分细菌都有的450多种可能的噬菌体序列。超过一半的这些病毒序列从未出现在任何数据库中过,这表明它们可能是泌尿道特有的噬菌体。 作者表示,“这些噬菌体一次又一次地出现,在所有的微环境中,每次针对病毒群体的测序,提及的噬菌体都很少,此次发现了这么多噬菌体,这表明我们不知道的事情还很多。”大肠杆菌中分离出来的一种新型噬菌体的电子显微照片。尾巴结构表明它属于Myoviridae科。 “因为病毒组的研究很困难,因此我们对我们体内的病毒,以及它们与健康,疾病的关联知之甚少。为了填补这方面的知识空白,做这些研究是非常重要的,”英国曼彻斯特大学的医学微生物学家Chloe James(未参......阅读全文

Nature Biotechnology:噬菌体治疗方法的微生态机制

  近些年,集约化农业发展中的不合理措施,如化肥农药的持续过量投入以及经济作物的单一连作等,导致土壤微生物群落结构严重失衡,生态功能急剧削弱。土壤养分周转不畅、污染难以消解、土传病害频发就是土壤微生态失衡重要证据,这些也是农业资源与环境领域亟待解决的难题。  来自南京农业大学资源与环境科学学院沈其荣

有史以来最大噬菌体被发现了

  病毒感染细菌,就像流感病毒感染人类一样。  据加州大学伯克利分校的科学家们领导的一项最新研究显示,在人体肠道中发现了一些所谓的最大噬菌体,它们周期性地破坏细菌,就像季节性流感爆发使人体处于低谷一样。  这些“巨噬菌体”的基因组比普通噬菌体大10倍,比人类先前发现的任何噬菌体大两倍,它们只存在于食

CRISPR序列帮助理解噬菌体-宿主相互作用的演变历史

  近日,一项刊登在国际杂志The ISME Journal上的研究报告中,来自美国能源部联合基因组研究所的研究人员利用来自北加州铁山公司的宏基因组数据库和专门的工具,在CRISPRs的帮助下成功地在生态系统研究中将宿主和噬菌体进行了连接。未经培养的微生物和其噬菌体之间的相互作用可以影响局部生态系统

鳄鱼血和青蛙皮被认为是新一代抗生素来源

据美国《探索》杂志报道,抗生素耐药性威胁不能小看:世界卫生组织预测一些疾病的治疗可能在未来10里会遭遇没有效果的可怕后果,其中包括疟疾、肺结核和肺炎。事实上,美国70%的医疗细菌感染每年导致9万美国人死亡。据美国疾病控制与预防中心表示,这些医疗过程中感染的细菌至少耐一种消炎药。为了避免人类面临这样的

华中科大连发五文:发布lncRNA、泛素修饰等重要数据库

  近年来,随着“精准医学”计划的发布,如何有效整合海量的高异质性、高复杂性生物医学大数据成为生命科学和医学领域的重大命题和挑战。  近日,华中科技大学生命科学与技术学院的“健康大数据”团队陆续发表了5篇论文,公布了多个重要的数据库,这些成果同期刊发在1月4日的Nucleic Acids Resea

我们皮肤上存在大量病毒“暗物质”

  近年来,科学家们在微生物组研究中已经取得了较大的进展。现在,宾夕法尼亚大学的研究人员又将目光转向了病毒组研究。他们发表在mBio杂志上的研究显示,健康人类皮肤上的绝大多数DNA病毒是前所未见的,属于病毒“暗物质”。  我们体内居住的细菌(微生物组)对身体健康和疾病发展起到了至关重要的影

Brit J Pharmacol:噬菌体是对抗抗生素耐药的最佳选择吗?

  噬菌体是能感染细菌并在其体内繁殖的病毒,它们在对抗抗生素耐药和其它人类健康威胁上有相当大的潜力。如今,在噬菌体被发现的一百周年,一篇发表在British Journal of Pharmacology的综述文章研究了将噬菌体发展为能促进健康且具有商业效益的生物药所面临的挑战和机遇。  在这篇综述

P1噬菌体转导试剂盒使用说明

P1噬菌体转导试剂盒产品说明书(中文版)主要用途P1噬菌体转导试剂是一种旨在通过供体大肠杆菌制备具有部分细菌基因的噬菌体,感染特定受体大肠杆菌,获得细菌之间基因片段的转移,而获得遗传重组的权威而经典的技术方法。该技术经过精心研制、成功实验证明的。其适用于通用型非特异性基因片段的转导。产品严格无菌,即

专家称抗生素研发跑不赢耐药菌 减弱研发动力

研究人员检查菌种 四川抗菌素工业研究所所长易八贤  国内现存唯一一家国家级抗生素工业研究所位于成都  因为“超级细菌”带来的风暴,45岁的易八贤最近颇受关注。易八贤任所长的四川抗菌素工业研究所(以下简称研究所)与他本人同龄,45年来先后研发了100余种抗生素,是目前国内现存唯一的国

BMC System Biology发布超大规模进化树构建软件

  中国科学院昆明动物研究所马占山团队与天津大学教授邹权、厦门大学科研人员联合发布了为千兆(GB)级基因序列数据构建进化树的软件HPTree。该软件使用谷歌Hadoop并行技术和美国加利福尼亚大学伯克利分校Spark集群大数据技术作为并行处理平台,利用计算机集群对基因序列大数据进行分割处理和整合,相

昆明动物所等发布超大规模进化树构建软件

  近日,中国科学院昆明动物研究所马占山团队与天津大学教授邹权、厦门大学科研人员联合发布了为千兆(GB)级基因序列数据构建进化树的软件HPTree。该软件使用谷歌Hadoop并行技术和美国加利福尼亚大学伯克利分校Spark集群大数据技术作为并行处理平台,利用计算机集群对基因序列大数据进行分割处理和整

噬菌体疗法重出江湖,会是抗生素耐药菌的新克星吗?

  利用CRISPR改造的微生物使细菌的免疫应答攻击其自身。  对病毒进行基因改造,使之引发细菌“自杀”,或许是对抗抗生素耐药性感染的下一个手段。  根据上周在美国蒙大拿州举行的2017年度CRISPR大会上的一份报告,多家公司已经利用CRISPR基因编辑系统改造了这类被称为噬菌体的病毒,使之能够杀

CRISPR技术的前景因免疫反应而蒙上阴影

  通过基因组编辑来纠正异常,这个概念似乎简单明了。几十年来,科学家也一直尝试用基因编辑来开展治疗,获得了不同程度的成功。最大的障碍来自基因导入系统,它往往使用病毒,具有一定的风险。图片来源于网络  2013年,研究人员首次利用CRISPR-Cas9系统来编辑哺乳动物细胞的基因组,对编辑发生的位置有

“国际噬菌体协同创新中心”在大连理工大学揭牌

   日前,由中国微生物学会医学微生物与免疫学专业委员会噬菌体学组主办、大连理工大学承办的第三届噬菌体国际学术研讨会在大连理工大学举行。“国际噬菌体协同创新中心”正式揭牌。该中心以“为噬菌体科技创新高地提供动力”为使命,采取“产学研协同,区域协同,开放合作”的发展战略。对凝聚国内外噬菌体领域研究开发

后微生物组时代 首次发现人体特有的病毒组

  我们人体中的病毒会影响微生物群体的结构和行为,但是关于身体许多区域的噬菌体,也就是感染细菌的病毒,科学家们所知甚少。近期一组研究人员发现,在膀胱中整合进细菌基因组的是噬菌体要比细菌本身多得多,这项出乎人意料的研究发现公布在1月29日的the Journal of Bacteriology杂志上。

测序污染有多危险,如何防范与去除?

  一些研究表明,目前已经公布的基因组存在多种污染,随着这个问题越来越突出,我们需要找出方法来应对  Supratim Mukherjee在进行数据分析的时候,发现数以百计的微生物基因组中会重复出现同一种噬菌体序列,这令他感到很惊讶。这位来自劳伦斯伯克利国家实验室的生物信息学家最开始是为了比对这些微

测序污染有多危险,如何防范与去除[实验手册]

  一些研究表明,目前已经公布的基因组存在多种污染,随着这个问题越来越突出,我们需要找出方法来应对  生物通报道:Supratim Mukherjee在进行数据分析的时候,发现数以百计的微生物基因组中会重复出现同一种噬菌体序列,这令他感到很惊讶。这位来自劳伦斯伯克利国家实验室的生物信息学家最开始是为

测序过程中出现“流氓基因”污染

  Supratim Mukherjee在进行数据分析的时候,发现数以百计的微生物基因组中会重复出现同一种噬菌体序列,这令他感到很惊讶。这位来自劳伦斯伯克利国家实验室的生物信息学家最开始是为了比对这些微生物的代谢途径,但后来他发现了几乎无处不在的序列,“我以为我们发现了一些新的东西,”他回忆道,“在

昆明动物所发布精准诊断一类疾病的核心使能技术

  近日,中国科学院昆明动物研究所马占山团队发布了两项生物信息技术(算法和软件),这两项技术可用于精准诊断菌群相关疾病指标的研发,也可用于其它环境微生物群系监测的研究。其技术报告以The P/N (Positive-to-Negative Links) ratio in complex networ

丹麦新发现 调节肠道微生物可治疗糖尿病和肥胖

  丹麦科技大学的科学家日前确定了此前未知的500种人体肠道微生物以及多达800种能够感染人体肠道细菌的病毒(噬菌体)。研究人员称,该发现让人们看到了人体肠道内此前从未见过的宏伟图景。随着更多的肠道微生物被发现以及各个菌落之前的关系被理清,未来科学家将有望通过增加或删除某些细菌的方式来治疗糖尿病、哮

The scientist:近期最受关注的基因组测序 TOP4

  The scientist杂志集中盘点了近期最受关注的一些基因组测序成果,中国学者的草鱼基因组测序格外引人注目。  种属:猛犸象(Mammuthus primigenius)  基因组:~4 billion bp  研究人员从距今四万多年的猛犸象残骸提取DNA, 测序并组装了迄今为止最完整的两个

抗生素无效时:古老病毒大战超级细菌

  静脉注射噬菌体后的 48 个小时之内,加州大学圣地亚哥医学院教授托马斯·帕特森缓缓睁开了眼睛。由于细菌感染,他已经昏迷了两个月。他从枕头上抬起头来,认出了自己的女儿并吻了吻她的手。很快,帕特森的血压开始稳定,白血球计数也开始下降。  噬菌体正通过他的血管,抵达他被感染的脏器,然后,干掉那些差点杀

Nature子刊:制服“超级细菌”抗药性的妙药,来自动物粪便

  一类能专门杀死细菌的病毒——噬菌体,将来也许有一天会解决日益增长的超级细菌”感染问题。最近,贝勒医学院(BCM)等机构的科学家们发现,噬菌体可以有效地减少小鼠体内的细菌水平,包括对多种抗生素抗性的“超级细菌”,从而显著改善小鼠的健康。这一结果发表在《自然》子刊《Scientific Report

“专性猎杀” “精准靶向”——噬菌体的强大之处远不止如此

   噬菌体是环境中普遍存在的一类专门侵染细菌的病毒。此前,科学家对噬菌体能否抑制土壤中的病原菌不甚了解。  当地时间12月2日,《自然-生物技术》发表南京农业大学资源与环境科学学院最新研究成果。该成果揭示,噬菌体不仅可以“专性猎杀”和“精准靶向”土传青枯病的病原菌,降低其生存竞争能力;同时还能够重

噬菌体的检查及效价测定(一)

一、目的:1. 了解噬菌体效价的含义及其测定原理。2. 学会检查噬菌体的方法。3. 掌握用双层琼脂平板法测定噬菌体效价的操作技能。二、原理:噬菌体是一类专性寄生于细菌和放线菌等微生物的病毒,其个体形态极其微小,用常规微生物计数法无法测得其数量。当烈性噬菌体侵染细菌后会迅速引起敏感细菌裂解,释放出大量

微生物学技术:噬菌体的检查及效价测定

一、目的:1. 了解噬菌体效价的含义及其测定原理。2. 学会检查噬菌体的方法。3. 掌握用双层琼脂平板法测定噬菌体效价的操作技能。二、原理:噬菌体是一类专性寄生于细菌和放线菌等微生物的病毒,其个体形态极其微小,用常规微生物计数法无法测得其数量。当烈性噬菌体侵染细菌后会迅速引起敏感细菌裂解,释放出大量

噬菌体的检查及效价测定

1、目的:1.1 了解噬菌体效价的含义及其测定原理。1.2 学会检查噬菌体的方法。1.3 掌握用双层琼脂平板法测定噬菌体效价的操作技能。2、原理:噬菌体是一类专性寄生于细菌和放线菌等微生物的病毒,其个体形态极其微小,用常规微生物计数法无法测得其数量。当烈性噬菌体侵染细菌后会迅速引起敏感细菌 裂解,释

噬菌体的检查及效价测定

实验方法原理噬菌体是一类专性寄生于细菌和放线菌等微生物的病毒,其个体形态极其微小,用常规微生物计数法无法测得其数量。当烈性噬菌体侵染细菌后会迅速引起敏感细菌裂解,释放出大量子代噬菌体,然后它们再扩散和侵染周围细胞,最终使含有敏感菌的悬液由混浊逐渐变清,或在含有敏感细菌的平板上出现肉眼可见的空斑──噬

首次发现细菌病毒携带动物DNA

  科学家发现,侵入细菌的一种病毒中潜伏着很多能表达出毒性蛋白的基因。这些基因本非病毒基因组的基因,而是来自于黑寡妇毒液基因以及其他一些动物的DNA。研究者们认为,要么是病毒偷窃了其他生物的基因,要么是其他生物的DNA入侵了病毒基因组。  病毒是一种充满争议的生物。他们几乎可以入侵感染三界(动物、植

7月11日Nature杂志生物学精选

  封面故事:肠道中的噬菌体   噬菌体在哺乳动物肠道中与它们的细菌宿主大量自然共存。抗生素处理会负面影响肠道环境,造成免疫和代谢缺陷。以前,肠道平衡的破坏主要是在细菌层面上被研究的,但在这项研究中James Collins及同事却采用 “比较元基因组学”方法来分析在用抗生素处理后小鼠肠道