我国学者应用液体核磁刻画CTCF多点识别DNA的动态特性
稳态强磁场实验装置(SHMFF)用户中科大生命科学学院施蕴渝院士/吴季辉教授团队的阮科副教授和张志勇教授利用液态核磁共振结合小角度X射线散射等技术,在对人源多功能转录因子CTCF的结构与功能研究中取得重要进展。相关成果在线发表在《物理化学快报杂志》上。CTCT与DNA相互作用示意图 多功能转录因子CTCF含有11个串联锌指,在基因表达过程中起着关键性的作用。它在基因组中有着多种结合位点;通过与这些不同的结合位点结合,CTCF可以使得线性的染色质成环,形成拓扑结构,并在此基础上进一步架构为染色质的三维空间构象。虽然CTCF的11个串联锌指的可塑性是其识别基因组中多个位点的必要因素,但这11个锌指的动力学性质却未有深入研究。 研究课题组因此将CTCF的11个串连锌指区域作为一个整体,利用液态核磁共振的方法得到了CTCF ZFs 1-11的化学位移指认,并解析了每一个锌指的核磁结构。据了解,这是核磁目前解析的具有最多数目结构域......阅读全文
核糖体结合位点理化特性
核糖体的主要成份为蛋白质和rRNA,二者比例在原核细胞中为1.5:1,在真核细胞中为1:1,每个亚基中,以一条或二条高度折叠的rRNA为骨架,将几十种蛋白质组织起来,紧密结合,使rRNA大部分围在内部,小部分露在表面。由于RNA的磷酸基带负电荷超过了蛋白质带的正电荷/负电性,易与阳离子和碱性染料结合
核糖体结合位点的理化特性
核糖体的主要成份为蛋白质和rRNA,二者比例在原核细胞中为1.5:1,在真核细胞中为1:1,每个亚基中,以一条或二条高度折叠的rRNA为骨架,将几十种蛋白质组织起来,紧密结合,使rRNA大部分围在内部,小部分露在表面。由于RNA的磷酸基带负电荷超过了蛋白质带的正电荷[/ur颂翘逑?颂翘逑郧康肿u
我国学者应用液体核磁刻画CTCF多点识别DNA的动态特性
稳态强磁场实验装置(SHMFF)用户中科大生命科学学院施蕴渝院士/吴季辉教授团队的阮科副教授和张志勇教授利用液态核磁共振结合小角度X射线散射等技术,在对人源多功能转录因子CTCF的结构与功能研究中取得重要进展。相关成果在线发表在《物理化学快报杂志》上。CTCT与DNA相互作用示意图 多功能转录
染色质架构蛋白CTCF结合人类基因组位点的机制研究取得..
近日,国际著名学术期刊《Cell Research》杂志在线发表了上海交通大学系统生物医学研究院比较生物医学中心吴强课题组和中科院北京生物物理所王艳丽课题组合作研究成果,“Molecular mechanism of directional CTCF recognition of a diver
核糖体结合位点
核糖体结合位点(ribosomebinding site,简称RBS),是指mRNA的起始AUG上游约8~13核苷酸处,存在一段由4~9个核苷酸组成的共有序列-AGGAGG-,可被16SrRNA通过碱基互补精确识别的序列。
甲基化干扰法鉴定与蛋白结合的DNA位点
放射性标记DNA探针的制备l 聚丙烯酰胺凝胶的制备1.按照(三)中操作流程灌制非变性聚丙烯酰胺凝胶。将10×TBE稀释成0.5×的工作浓度。聚丙烯酰胺的工作浓度取决于待测DNA片段的大小,200bp左右的片段需要4~5%的凝胶,小于100bp的片段应灌制6~8%的凝胶。 l DN
精确转录因子结合位点绘图
“掌握转录因子活动控制高等生物发育的基本原理非常有用,”纽约大学生物学系教授Stephen Small说。“更具体地讲,这项机理的发现为由于转录因子受到干扰的突变基因导致胚胎发育深层破坏和一系列疾病提供了一个潜在的治疗途径。” 这项研究发表于《Genes & Development》,参与研究
转录因子定义和结合位点
定义人类金属巯基因调节区转录因子(transcription factor)是一群能与基因5`端上游特定序列专一性结合,从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。结合位点转录因子的结合位点(transcription factor binding site,TFBS)是转录因子
DNA-酶-I-足迹法对-DNA-上的蛋白质结合位点作图实验
DNA 酶 I 足迹法对 DNA 上的蛋白质结合位点作图实验 实验材料 新鲜组织、培养的细胞、来自细胞或组织的蛋白成分
DNA-酶-I-足迹法对-DNA-上的蛋白质结合位点作图实验
实验材料 新鲜组织、培养的细胞、来自细胞或组织的蛋白成分试剂、试剂盒 细胞匀浆缓冲液细胞重悬缓冲液细胞淋洗缓冲液乙醇Ficoll 400甲酰胺染色液MgCl2 CaCl2 溶液NaClNonidetP-40酚:氯仿磷酸盐缓冲液聚乙烯醇终止液组织匀浆液组织重悬缓冲液台盼蓝染料DNA 酶 I
DNA-酶-I-足迹法对-DNA-上的蛋白质结合位点作图实验
本方案介绍在放射性标记的 DNA 片段上确定蛋白质结合位点的作图方法。本方案使用 DNA 酶 I 切割 DNA, 而在替代方案中是用羟自由基断裂 DNA。如果希望得到优化足迹法反应的建议,请参见本方案最后部分的疑难解析以及优化 DNA 酶 I 足迹法反应的栏目。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)
核糖体结合位点生物合成
抗体是由核糖体合成细胞内定位核糖体的功能就是将mRNA上的遗传密码(核苷酸顺序)翻译成多肽链上的氨基酸顺序。因此,它是肽链的装配机,即细胞内蛋白质合成的场所,细胞合成的蛋白质可分为两类:外输性蛋白和内源性蛋白。1.外输性蛋白:主要在固着核糖体上合成,分泌到细胞外发挥作用,如抗体蛋白、蛋白类激素、酶原
骨桥蛋白的结合位点的介绍
OPN分布广泛并受多种因素的调控,能与许多物质结合。 (1)结合多种整合素受体:已发现αvβ1、αvβ3、αvβ5、α5β1、α8β1、α4β1和α9β1等7种整合素能与OPN结合,2个α4β1整合素结合部位位于OPN的N-末端凝血酶片酸的38 aa结构域上,α9β1能结合凝血酶断裂的OPN
核糖体结合位点的形成
真核细胞的大小亚基是在核中形成的,在核仁部位rDNA转录出45SrRNA,是rRNA的前体分子,与胞质运来的蛋白质结合,再进行加工,经酶裂解成28S,18S和5.8S的rRNA,而5SrRNA则在核仁外合成28S,5.8S及5SrRNA与蛋白质结合,形成RNP分子团。为大亚基前体,分散在核仁颗粒
核糖体结合位点的形成
真核细胞的大小亚基是在核中形成的,在核仁部位rDNA转录出45SrRNA,是rRNA的前体分子,与胞质运来的蛋白质结合,再进行加工,经酶裂解成28S,18S和5.8S的rRNA,而5SrRNA则在核仁外合成28S,5.8S及5SrRNA与蛋白质结合,形成RNP分子团。为大亚基前体,分散在核仁颗粒区,
核糖体结合位点的简介
核糖体结合位点是指起始密码子AUG上游的一段富含嘌呤的非翻译区。包含SD(Shine-Dalgarno)序列。 RBS序列(生物):所谓RBS,是指起始密码子AUG上游的一段非翻译区.在RBS中有SD(Shine-Dalg-arno)序列,长度一般为5个核苷酸,富含 G,A,该序列与核糖体16
蛋白质结合位点的定义
分子中能与配体形成稳定相互作用的特定部位。蛋白质的结合位点通常是由多肽链上的一些相互分离的氨基酸残基通过肽链折叠在空间上聚集到一起,形成特定的空间排布方式。
核糖体结合位点的定义
核糖体结合位点(ribosomebinding site,简称RBS),是指mRNA的起始AUG上游约8~13核苷酸处,存在一段由4~9个核苷酸组成的共有序列-AGGAGG-,可被16SrRNA通过碱基互补精确识别的序列。
α微管蛋白:新的药物结合位点
微管(Microtubule)是抗肿瘤药物研发的重要靶点。微管是“细胞的骨架”主要成分之一,在许多细胞重要事件中起着关键作用。微管是由α-和β-微管蛋白(Tubulin)异二聚体可逆地组装成而成的线性管装结构(图1)。 图1:微管蛋白已知的六个结合位点及微管蛋白组装形成微管示意图 目前,微管
核糖体结合位点的分类介绍
按核糖体存在的部位可分为三种类型:细胞质核糖体、线粒体核糖体、叶绿体核糖体。 按存在的生物类型可分为两种类型:真核生物核糖体和原核生物核糖体。 原核细胞的核糖体较小,沉降系数为70S,相对分子质量为2.5x103kDa,由50S和30S两个亚基组成;而真核细胞的核糖体体积较大,沉降系数是80
转录因子的结合位点的相关介绍
转录因子的结合位点(transcription factor binding site,TFBS)是转录因子调节基因表达时,与基因模板链结合的区域。按照常识,转录因子(transcription factor)的结合位点一般应该分布在基因的前端,但是,新的研究发现,人21和22号染色体上,只有2
如何确定细胞群是否抗体a结合位点
如何确定细胞群是否抗体a结合位点A、抗体是由体液免疫中的浆细胞产生的,能与抗原发生特异性结合,A错误;B、浆细胞可以产生抗体与抗原发生特异性结合,B正确;C、记忆细胞是在特异性免疫反应即体液免疫和细胞免疫过程中产生的,C错误;D、与靶细胞接触使其裂解死亡是效应T细胞,D错误.A、T细胞能分泌淋巴因子
核糖体结合位点的生物合成
抗体是由核糖体合成 细胞内定位 核糖体的功能就是将mRNA上的遗传密码(核苷酸顺序)翻译成多肽链上的氨基酸顺序。因此,它是肽链的装配机,即细胞内蛋白质合成的场所,细胞合成的蛋白质可分为两类:外输性蛋白和内源性蛋白。 1.外输性蛋白:主要在固着核糖体上合成,分泌到细胞外发挥作用,如抗体蛋白、
细胞化学词汇核糖体结合位点
中文名称:核糖体结合位点外文名称:ribosomebinding site定 义:核糖体结合位点(ribosomebinding site,简称RBS),是指mRNA的起始AUG上游约8~13核苷酸处,存在一段由4~9个核苷酸组成的共有序列AGGAGG-,可被16SrRNA通过碱基互补精
核糖体结合位点的相关介绍
核糖体是最小的细胞器,光镜下见不到的结构。在1953年由Ribinson和Broun用电镜观察植物细胞时发现胞质中存在一种颗粒物质。1955年Palade在动物细胞中也看到同样的颗粒,进一步研究了这些颗粒的化学成份和结构。1958年Roberts根据化学成份命名为核糖核蛋白体,简称核糖体Ribo
核糖体结合位点的基本介绍
核糖体结合位点(ribosomebinding site,简称RBS),是指mRNA的起始AUG上游约8~13核苷酸处,存在一段由4~9个核苷酸组成的共有序列-AGGAGG-,可被16SrRNA通过碱基互补精确识别的序列。 核糖体结合位点是指起始密码子AUG上游的一段富含嘌呤的非翻译区。包含S
研究发现aTF与缺刻DNA的结合位点并建立小分子检测平台
中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室微生物生理代谢研究组首次发现原核生物別构转录因子(allosteric transcription factor,aTF)在体外能够结合缺刻的DNA结合序列,并利用这一发现建立全新的小分子检测方法平台。相关工作以长文(Research Art
液体核磁与小角度X射线散射刻画CTCF多点识别DNA动态特性
中国科学技术大学生命科学学院施蕴渝院士/吴季辉教授团队的阮科副教授和张志勇教授利用液态核磁共振结合小角度X射线散射等技术,在对人源多功能转录因子CTCF的结构与功能研究中取得重要进展。相关成果以“Dynamic Nature of CTCF Tandem 11 Zinc Fingers in M
DNA-酶-I-超敏感位点作图
实验材料 真核细胞 试剂、试剂盒 缓冲液 A EDTA 乙醇 裂解缓冲液
DNA-酶-I-超敏感位点作图
DNA 酶 I 超敏感位点作图法经常用于定位真核基因的调控区。由于还未被理解的原因,基因带有对 DNA 酶 I 切割敏感的分开的序列,而且这些所谓超敏感位点图谱是随基因的激活状态而变化的(Weintrauband Gmudine1976)。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)下册,作者:〔美〕J.