生化与细胞所揭示YB1调控3’剪接位点识别的重要功能
6月22日,国际学术期刊Nucleic Acids Research在线发表了中科院上海生命科学研究院生化与细胞所惠静毅研究组题为YB-1 binds to CAUC motifs and stimulates exon inclusion by enhancing the recruitment of U2AF to weak polypyrimidine tracts的研究论文。该研究结果揭示了YB-1蛋白在调控3’剪接位点识别中的重要功能。 YB-1蛋白是一个多功能的DNA/RNA 结合蛋白,它在转录和翻译调控中均能发挥重要作用。近年来的一些报道表明,YB-1是一个剪接体相关蛋白并参与可变剪接,但是它调控剪接的分子机制并不清楚。本项研究发现,YB-1能够特异地结合含有CAUC或CACC核心序列的RNA,并证明了CAUC序列是一类新的剪接增强子。利用细胞表面吸附分子 CD44基因作为模型,研究阐明YB-1通过结合C......阅读全文
HBV相关的肝细胞癌外显子组研究
肝癌(Hepatocellular Carcinoma, HCC)是一种严重威胁人们健康的恶性肿瘤,每年约有70万患者死于肝癌。在中国,肝癌每年发病人数超过25万人,其发病主要与乙肝病毒感染、酒精肝、食物受黄曲霉毒素污染等原因有关。肝癌的高致死率主要是由于其具有很强的侵润和转移能力,特别是常常侵
HBV相关的肝细胞癌外显子组研究
肝癌(Hepatocellular Carcinoma, HCC)是一种严重威胁人们健康的恶性肿瘤,每年约有70万患者死于肝癌。在中国,肝癌每年发病人数超过25万人,其发病主要与乙肝病毒感染、酒精肝、食物受黄曲霉毒素污染等原因有关。肝癌的高致死率主要是由于其具有很强的侵润和转移能力,特别是常常侵
原代细胞永生化?
原代细胞因它可以模仿人体的新陈代谢逐日成为科研学者青睐的研究工具,但是原代细胞曾是出了名的难培养,需要耗费大量的时间、成本和资源。即使细胞捱过了极其严苛的解离步骤,但污染仍然是一个隐患,有可能让几天的成果化为乌有。此外还存在其他细胞污染、生长缓慢以及数量有限的问题。 细胞系因容易培养且产量可观
Nature子刊:测序循环肿瘤细胞的外显子组
科学家们首次对循环肿瘤细胞(CTC)进行了单细胞外显子组测序,这样的技术可以为人们展示肿瘤演化、转移和应答药物的具体过程。 前列腺肿瘤很容易转移到骨组织,而这样的转移很难用传统方法进行检测。这个问题大大影响了医生们对癌症的监控和治疗。现在一项新研究指出,只需要简单抽血就可以解决这个问题,监
Nature子刊:外显子组测序揭示体细胞突变
半侧巨脑综合症HME是一种罕见的严重大脑发育畸形,患者大脑两个半球之一过度生长,造成大脑发育不对称。在患有严重癫痫的儿童中常常诊断出这种疾病,而其病因还鲜为人知。目前该疾病的治疗手段是通过手术摘除大脑的患病部分,但手术会对患者的语言和认知能力造成损害。 加利福尼亚大学的研究团队发现,半侧巨
大批量小细胞肺癌外显子组测序完成
本周《自然―遗传学》上的两份报告介绍了科学家针对82个小细胞肺癌样本的外显子组测序分析工作。他们为干预治疗找到了数个潜在标靶。 小细胞肺癌(SCLC)是一种侵入性癌症,其肿瘤较难被发现。这种肺癌很少能通过手术治愈,从而使得对肿瘤的基因组的系统性分析变得困难。这也是首次科学家得出82个SCL
什么是外显子?
断裂基因中的编码序列。外显子(expressed region)是真核生物基因的一部分。它在剪接(Splicing)后会被保存下来,并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列,又称表达序列。
外显子应用机理
应用聚合酶链反应-单链构象多态性(polymerasechainreaction-singlestrandconformationpolymorphsim,PCR-SSCP)及DNA直接测序技术检测68例SAD患者和65名正常老年人的早老素-1基因第5外显子。
【卡梅德生物】细胞永生化方法介绍:EBV细胞永生化
一、简介:在科学研究领域,细胞永生化已被证明是一种变革性技术,为研究人员提供了源源不断的细胞,用于研究各种生物过程和解开疾病之谜。实现细胞永生化的最显著方法之一是使用EB病毒,这是一种具有使人类B淋巴细胞永生化独特能力的显著病毒。本文探讨了EBV细胞永生化方法及其在生物学领域的广泛应用。 二、EB病
外显子测序发现急性红细胞白血病新突变
急性红细胞白血病(AEL)是白血病(AML)亚型中的一种,在老年人白血病中的占比较高。相对于其他类型的AML,AEL病人有更加poor-risk的细胞遗传学异常和不良的预后。虽然针对AEL的外显子突变位点发现已有一些报道。但是,针对AEL的完整突变谱发现还没有相关报道。研究人员运用外显子组测序技
外显子测序发现急性红细胞白血病新突变
急性红细胞白血病(AEL)是白血病(AML)亚型中的一种,在老年人白血病中的占比较高。相对于其他类型的AML,AEL病人有更加poor-risk的细胞遗传学异常和不良的预后。虽然针对AEL的外显子突变位点发现已有一些报道。但是,针对AEL的完整突变谱发现还没有相关报道。研究人员运用外显子组测序技术,
外显子测序发现急性红细胞白血病新突变
急性红细胞白血病(AEL)是白血病(AML)亚型中的一种,在老年人白血病中的占比较高。相对于其他类型的AML,AEL病人有更加poor-risk的细胞遗传学异常和不良的预后。虽然针对AEL的外显子突变位点发现已有一些报道。但是,针对AEL的完整突变谱发现还没有相关报道。研究人员运用外显子组测序
外显子测序发现急性红细胞白血病新突变
急性红细胞白血病(AEL)是白血病(AML)亚型中的一种,在老年人白血病中的占比较高。相对于其他类型的AML,AEL病人有更加poor-risk的细胞遗传学异常和不良的预后。虽然针对AEL的外显子突变位点发现已有一些报道。但是,针对AEL的完整突变谱发现还没有相关报道。研究人员运用外显子组测序技
西安交大李磊Cell-Res用单细胞外显子组测序研究肾细胞癌
生物通报道:肾细胞癌(RCC)占成人恶性肿瘤的3%,和肾肿瘤的90%~95%。转移性疾病通常会对放疗和化疗产生耐药性。免疫治疗表现出15%至20%的有限反应率。肿瘤干细胞(CSCs)是肾癌发生、发展以及耐药性的关键参与因子。以前的研究已经表明,RCC是一种遗传学明显不同的成人癌症,具有相对较低的
猪脂肪干细胞(永生化)细胞特性
1) 细胞来源于实验动物正常脂肪组织。2) 细胞鉴定:CD44免疫荧光染色为阳性。3) 经鉴定细胞纯度高于90%。4) 不含有 HIV-1、 HBV、HCV、支原体、细菌、酵母和真菌。5) 细胞生长方式:长梭状细胞,贴壁培养。
Hacat细胞-人永生化角质形成细胞
细胞培养知识:1.应如何避免细胞污染?细胞污染的种类可分成细菌、酵母菌、霉菌、病毒和霉浆菌。主要的污染原因为无菌操作技术不当、操作室 环境不佳、污染之血清和污染之细胞等。严格之无菌操作技术、清洁的环境、与品质良好之细胞来源和培养 基配制是减低污染之方法。2.如果细胞发生微生物污染时,应如何处理?直接
猪脂肪干细胞(永生化)细胞详述
根据不同来源及分化阶段,干细胞可分为胚胎干细胞和成体干细胞胚胎干细胞具有分化为多种不同组织的能力,但在伦理上存在争议。成体干细胞因其来源广泛、增殖能力强等特点,现已成为组织工程学研究的首选种子细胞。其中,脂肪干细胞作为组织工程修复的种子细胞,因其具有来源丰富、取材容易、增殖能力强等优点,正受到越来越
外显子插入的定义
中文名称外显子插入英文名称exon insertion定 义一个或者多个外显子从一个基因参入到另一个基因中去的现象。其结果是使剪接更有多样性,造成可读框移动,出现翻译终止密码子而使蛋白质合成中止或产生新的蛋白质。是进化中出现新事物的一个源泉。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),基因表达与调控
外显子混编的功能
即新的基因是由原来的基因打断后的断片混编而成的,或者是由编码蛋白质结构域的基因片段混编而成。这种基因片段可能就是外显子,因此称为外显子混编。
外显子的基因反应
剪接方式并不是唯一的(参看替代剪接),所以外显子只能在成体mRNA中被看出。即使是使用生物信息学方法,要精确预测外显子的位置也是非常困难的,外显子的识别及其拼接都是难题。 真核生物的基因,其线性表达被内含子阻断,这就是所谓的断裂基因(英语splitgene),该现象的发现者RichardJ.Robe
外显子跳读的概念
中文名称外显子跳读英文名称exon skipping定 义跳过一个或多个外显子剪接为成熟的mRNA,是mRNA剪接多样性中的一种主要方式。应用学科遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)
什么叫跨外显子
这是针对逆转录pcr而言,所谓的跨外显子就是一个引物(比如上游引物)、出现在两个外显子交界,那么做RT-PCR时,dna 由于2个外显子被内含子隔开,引物就不会起作用了
外显子捕获与扩增
实验材料 大肠杆菌菌株 HB101 质粒 pSPL3 COS-7 细胞 载体 pBluescriptⅡ 大肠杆菌 DH5α
外显子重复的定义
中文名称外显子重复英文名称exon duplication定 义(1)一个基因内部产生一个或者多个外显子的复制拷贝。(2)两分子同种前体RNA进行反式剪接时,成熟RNA分子上出现重复的外显子序列。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),基因表达与调控(二级学科)
细胞凋亡的观察生化检验
细胞凋亡的观察:1、HE染色、光镜观察:凋亡细胞呈圆形,胞核深染,胞质浓缩,染色质成团块状,细胞表面有“出芽”现象。2、丫啶橙(AO)染色,荧光显微镜观察:活细胞核呈黄绿色荧光,胞质呈红色荧光。凋亡细胞核染色质呈黄绿色浓聚在核膜内侧,可见细胞膜呈泡状膨出及凋亡小体。3、台盼蓝染色:如果细胞膜不完整、
细胞凋亡的观察生化检验
细胞凋亡的观察: 1、HE染色、光镜观察:凋亡细胞呈圆形,胞核深染,胞质浓缩,染色质成团块状,细胞表面有“出芽”现象。 2、丫啶橙(AO)染色,荧光显微镜观察:活细胞核呈黄绿色荧光,胞质呈红色荧光。凋亡细胞核染色质呈黄绿色浓聚在核膜内侧,可见细胞膜呈泡状膨出及凋亡小体。 3、台盼蓝染色:如果细胞膜
细胞凋亡的观察生化检验
细胞凋亡的观察:1、HE染色、光镜观察:凋亡细胞呈圆形,胞核深染,胞质浓缩,染色质成团块状,细胞表面有“出芽”现象。2、丫啶橙(AO)染色,荧光显微镜观察:活细胞核呈黄绿色荧光,胞质呈红色荧光。凋亡细胞核染色质呈黄绿色浓聚在核膜内侧,可见细胞膜呈泡状膨出及凋亡小体。3、台盼蓝染色:如果细胞膜不完整、
外显子捕获与扩增1
本方案以哺乳动物穿梭载体 pSPL3 为例,描述了外显子扩增的方法,内容分为以下五个阶段。阶段 1: 文库的构建; 阶段 2: 电穿孔法将文库转染 COS-7 细胞; 阶段 3:mRNA 的提取; 阶段 4: 反转录 PCR; 阶段 5: 克隆分析。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)上册,作者:
外显子的操作步骤介绍
⑴基因组DNA经“霰弹法”切成小片段后,克隆在位于“外显子捕捉序列”下游的克隆位点上。 ⑵将这些重组载体汇总后感染反转录病毒的专宿包装细胞系(ecotropicretroviralpackagingcellline)——ψ2细胞系。ψ2细胞提供蛋白质产物使载体(自身不能合成病毒蛋白质)成为反转
外显子捕获的操作步骤
(1)基因组DNA经“霰弹法”切成小片段后,克隆在位于“外显子捕获序列”下游的克隆位点上。(2)将这些重组载体汇总后感染反转录病毒的专宿包装细胞系(ecotropicretroviral packaging cell line)——ψ2细胞系。ψ2细胞提供蛋白质产物使载体(自身不能合成病毒蛋白质)成