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454用于西红柿基因组测序

最近,西红柿基因组学会完成了一个农业种植西红柿品系Solanum lycopersicum的基因组图谱,以及一个野生型西红柿品系S. pimpinellifolium的基因组图谱,并将其与已知的土豆基因组以及其他植物比较,寻找与水果有些特性相关的基因,相关文献在Nature杂志作为封面文章发表1。 西红柿不但是重要的经济作物,也作为研究有花植物非常重要的研究模型。通过更多的西红柿不同品种的测序研究,能够掌握更多性状相关的信息,从而帮助农业育种以及有花植物研究工作。 此次研究中使用了454 GS FLX测序,获得了Solanum lycopersicum基因组约900Mb的数据,与Sanger测序结果结合,拼接出700Mb的基因组图谱,仅含有91个scaffolds。以此为基础,对野生型的S. pimpinellifolium基因组则通过短读长平台进行测序,获得约740Mb数据。两个基因组共发现54......阅读全文

真核生物基因组-4

(2) 苯丙酮尿症 苯丙酮尿症(PKU)的病因是患者肝细胞缺乏苯丙氨酸羟化酶,使体内的苯丙氨酸不能正常代谢为酪氨酸,导致血清中苯丙酮酸浓度升高。现已知苯丙氨酸羟化酶基因定位于12q24.1,此基因全长约90kb,含13个外显子,在中国人中已发现10余种点突变,这是造成酶活性缺乏的原因。 2.

EST技术及其在基因全长cDNA克隆上的应用策略

第二军医大学细胞生物学教研室;上海200433 何志颖;姚玉成(综述);胡以平(审校)关键词:EST技术;“电子”基因克隆;生物信息学;基因摘要: 随着人类基因组计划的顺利进行,EST技术被广泛应用于基因识别、绘制基因表达图谱、寻找新基因等研究领域。利用人类基因组研究不断产生的数据,从ES

Nature Methods:2016年最值得关注的八大技术

  《Nature Methods》盘点2015年度技术,选出了最受关注的技术成果:单粒子低温电子显微镜(cryo-EM)技术。 除此之外,也整理出了2016年最值得关注的几项技术,分别为:细胞内蛋白标记(Protein labeling in cells)、细胞核结构(Unraveling nuc

科学家绘制完成世界首张大熊猫基因组序列图谱

新华网深圳10月11日电  题:科学家绘制完成世界首张大熊猫基因组序列图谱     新华社记者 彭勇     中国科学家11日在深圳宣布:世界首张大熊猫基因组序列图谱绘制完成。科学家们说,它将为保护和人工繁育这个被称为“中

Nature:人类细胞图谱研究先锋Aviv Regev

  Aviv Regev是一位生物分析专家。现在,她正致力于绘制人体的每一个细胞。  计算生物学家Aviv Regev喜欢做一些看似不可能完成的任务。2011年,她与分子遗传学家Joshua Levin合作,测试了RNA测序的几种方法。科学家们在测试几种技术的极限,以查看哪种方法表现最佳。他们用降解

我国科学家绘制出毛白杨基因组序列框架图

  我国林木基因组学研究取得突破。北京林业大学的科学家们选用百年古树作为测序的样本,利用最新的全基因组鸟枪法测序和拼接策略,绘制完成了毛白杨的基因组序列图谱,标志着毛白杨分子育种进入基因组时代。  在“985”平台建设资金支持下,北林大林木育种国家工程实验室的专家们用短短的6个月完成了这一

世界首份个人DNA图谱即将出炉 正进行质量复核

57年前,美国生物学家詹姆斯·沃森与弗朗西斯·克里克共同发现了脱氧核糖核酸(DNA)分子结构的双螺旋模型,并因这项基因研究领域的重大突破获得诺贝尔奖。今天,沃森成为自己研究的受益者——他将成为世界第一份完全破译的“个人版”基因组图谱的拥有者。  仅用两年完成海量工程 据英国《独

DNA测序技术的现状和发展(十)

五、更多阅读1. 核糖体印记与深度测序技术将核糖体图谱(ribosome profiling)和深度测序(deep sequencing)相结合,研究人员可以从基因组水平监测蛋白质的翻译状况。深度测序的强大功能对生物学研究的各个领域都产生了极大的影响。在诸如全基因组测序等方面,新技术的高效性和经济性

OPGEN全基因组图谱应用系列——鞭虫全基因组测序

鞭虫是一种常见的土壤传播寄生虫,地理分布广,感染率高,寄生于人体盲肠,导致人体慢性感染,对人类危害巨大。鞭虫的全基因组测序研究由著名的桑格研究院(Wellcome Trust Sanger Institute)完成,发表在世界顶级期刊《Nature Genetics》上。该研究通过对2种不同

Nature:回顾人类基因组计划的25年

   25年前,人类基因组计划启动了,时至今日,它所提供的经验仍旧指引着由它开启的,以团队协作为基础的科学研究。  1989年,人类基因组计划启动前,纽约冷泉港实验室举行的的班伯里会议。弗朗西斯·柯林斯与詹姆斯·沃森位于前排。  25年前,新落成的美国国家人类基因组研究中心(即现在的国立人类基因组研

小麦基因组测序 为第三代育种绘制“高清地图”

  不久前,中国科学院遗传与发育生物学研究所发表于国际著名期刊《自然》的论文称,该所研究团队已完成小麦A基因组测序和染色体精细图谱绘制。这是继2013年,该团队成功绘制出小麦A基因组祖先种乌拉尔图小麦基因组草图并发表于《自然》之后,在此领域的又一项重大成果。图片来源于网络   中国科学院遗传与发育生

哈佛欲在网上公开10位知名科学家DNA信息

北京时间10月22日消息,据英国《每日电讯报》报道,美国哈佛大学正在启动一个名为“个人基因研究项目”的实验,将对10位目前知名的科学家的DNA进行研究,并会将这些科学家独特的DNA奥秘公布在互联网上。 志愿公开DNA的科学家包括哈佛大学著名心理学家史蒂芬·平克、实习航天员阿瑟·戴森以及杜克

金鱼草:植物遗传学研究的“先驱者”

   大约5-6千万年前,具有两列对称花的显花植物金鱼草的“祖先”出现了。  经历数千万年的进化,今日所见的金鱼草诞生了,其花色愈发多样,“颜值”越来越高。绽放之时,花瓣“裂”为上下两唇,上唇为对称的两裂,下唇3裂,酷似一条金鱼,也因此得名为“金鱼草”。  金鱼草因何“降生”在这个世界?金鱼草花体变

基因图谱:为个性化医疗创造条件

看病就医时,只要向医生出示一张存有个人基因图谱信息的“基因名片”,就能享受到个性化的医疗服务;医生会根据你的个人基因图谱信息,分析确定你容易患哪些疾病,并有针对性地开出最有效的药方。科学家们预测,随着科学技术的加速发展,解读自己身体的基因“密码”,将不再是遥不可及的梦。不久的将来,个人基因图谱将走向

蛋白质组学概念的起源和发展

  蛋白质组学的诞生和发展,离不开多学科和技术的逐渐交叉融合。这些学科技术包括(但不限于)基因组学、生物化学、分析化学、自动化、基于电磁场的精密质谱仪、信号处理、数理统计和计算机科学。近年来,分子医学、大数据技术和人工智能的发展,进一步加速推动了蛋白质组学的成长,使之在精准医疗领域展示出越来越大的应

《纽约时报》唱衰基因研究 尚未发挥医学作用

  基因组学研究是近20年来最受关注的科研项目之一,许多媒体曾宣传它在癌症、糖尿病、老年痴呆症等疑难杂症治疗方面具有广阔前景,投入大量科研经费的多国政府也对其寄予厚望。6月13日,美国《纽约时报》在头版刊出“唱衰”基因组学研究的评论文章,认为这项研究还停留在基础阶段,要用于临床还有很长的路

青年科学家王俊获“影响世界华人大奖”提名

  青年科学家王俊,日前获得由凤凰卫视联合海内外十余家知名华文媒体和机构评选的“影响世界华人大奖”提名。  王俊现任深圳华大基因研究院执行院长,同时也担任丹麦哥本哈根大学、丹麦奥胡斯大学、北京大学、香港中文大学多所知名高校的客座教授。他2012年年入选《自然》杂志评选的“科学界年度十

解开花鲈的基因密码

  “破译鱼类基因组序列,完成其基因组精细图谱的绘制意义重大,可以为开展鱼类重要经济性状的遗传解析、基因组选择育种以及良种培育提供基因组资源和技术支撑,使鱼类遗传育种研究进入一个全新的阶段。”中国水产科学研究院黄海水产研究所(以下简称黄海所)研究员陈松林在接受采访时表示。花鲈基因家族分析 陈松林供图

中国首份个人基因组图谱将在1年内出炉

    随着今天DNA双螺旋结构的发现者,美国人詹姆斯·沃森成为“世界上首位获得自己基因组图谱的个人”的消息公布后,关于个人基因组图谱能为相关领域研究和实际应用带来何种现实意义,个人基因测序离世人还有多远,中国何时出现属于国人自己的个人基因组图谱等一系列问题再次引发人们

《自然—遗传学》发表我国科学家水稻研究成果引关注

  由中科院上海生命科学研究院、北京基因组研究所、中国水稻研究所等单位合作的研究成果《水稻地方品种重要农艺性状相关基因的全基因组关联分析》,日前在线发表在《自然—遗传学》(Nature Genetics)杂志上。  该研究报道了中国水稻地方品种的全基因组的遗传多态性和单倍体型图谱,并对籼稻

作物基因组学研究进展(二)

⑵小麦基因组研究小麦是全球最重要的粮食作物之一,小麦的稳产和增产对我国乃至全世界粮食安全的影响举足轻重。近年来由于全球气候变化、环境变化的影响,小麦生产面临严峻的挑战,对于小麦的育种和品种改良工作提出了新的要求。普通小麦(Triticum aestivum L.)是3个不同亚基因组形成的异源

中国科学家领衔完成第一张蒙古人基因组图谱

来自纽约9月14日的消息,由深圳华大基因研究院(Shenzhen Genomics Institute)领导的国际研究小组即将公布“蒙古人”的“第一张基因组测序图谱”。 深圳华大基因研究院即中科院北京基因组研究所的分支机构,对于此次测序活动,他们表示,对世界上超过20亿人口的蒙古人种进行测序得到

多国合作编纂“小麦字典”:六倍体小麦基因测序完成

  一本小麦基因组学“字典”就此诞生了。  8月17日,《科学》在线发布了一项历时13年的研究:完整版六倍体小麦“中国春”的基因组图谱。这一成果由国际小麦基因组测序联盟(IWGSC)牵头,署名作者来自20余个国家的70多家机构。  这本“字典”能干吗?小麦倒不倒伏、耐不耐旱、种子是大还是小、营养价值

新一代测序技术(下)-SOLiD (ABI)

 【摘要】 2005年454公司首推划时代的新一代测序仪,从而引发了测序市场上454、Illumina、ABI等公司在新一代测序技术上的比拼高潮。也正是这种你追我赶,让绘制人类全基因组图谱由过去的耗费4.37亿美元和13年时间,骤然缩短到如今SOLiD 3运行一次即获得50GB可定位测序数据。新一代

2019年,中国“大农业”里那些高科技

   今年,我国“大农业”科研领域又诞生了诸多令人惊奇的发现,每一条都与我们息息相关。它们涵盖了观赏农业、林业、作物、医学等各个领域,包括睡莲、玉米、硅藻等进展。为了展现这些成就,本报特此就我国农业科学家今年发表的大部分重要论文进行梳理,以飨读者。野生玉米大刍草、SK、现代玉米自交系ZHENG58的

“人类基因组图谱”20年——30亿碱基“拼出”大科学时代

   20年前,2001年2月,被誉为生命科学“登月计划”的“人类基因组计划”(HGP)发布首张人类基因组图谱。  这是人类生命科学发展历史上的重要“分水岭”。  20年来,曾作为单一学科独立发展的生命科学迎来多学科交叉融合、新技术前沿汇聚的“大科学”时代。  中国科学院北京基因组研究所特聘研究员于

RFLP技术和RAPD技术-3

一个较为详细的遗传连锁图谱不仅对该物种的遗传学基础研究有重要意义,同时对该物种的育种研究也很有帮助。Potlethwait和Stephen 等用RAPD技术进行斑马鱼遗传连锁图谱的制作。Liu把RAPD技术应用到鲶鱼基因图谱研究中。孙效文等建立了鲤鱼的遗传连锁图谱。图谱有RAPD分子标记56个,

中科院发布改革开放四十年40项标志性重大科技成果

  12月19日,中国科学院发布改革开放四十年40项标志性重大科技成果。  中科院以“三个面向”为线索,在系统梳理改革开放40年来广大科研人员取得的众多重大科技成果基础上,发布面向世界科技前沿成果15项、面向国家重大需求成果15项、面向国民经济主战场成果10项。  习近平总书记在庆祝改革开放40周年

科学家绘制高精度类人猿基因组图谱

一个国际科研团队宣布,他们新近绘制出红毛猩猩和黑猩猩这两种类人猿的高精度基因组图谱。与过去类似研究不同的是,这次没有参照人类基因组图谱,因此更准确地揭示了人类与类人猿的基因差异。 利用第三代基因测序技术和先进的拼接方法,美国华盛顿大学等机构研究人员绘制出的这个高精度基因组图谱,对人与类人猿基因组

新一代测序技术的先锋-SOLiD系统

2008年12月  作为上世纪生命科学领域最重要的技术发明之一,测序技术深刻地改变了我们对生命本质的理解和掌控能力。假如没有测序技术,基因序列就无法确定,酶切、克隆、反转录、cDNA、PCR、SNP、RNAi等等研究技术也就根本无从谈起,生命科学领域也不会有今日的蓬勃发展。无人不晓的GenBank;