《Cell》：如何根据癌症基因组图谱分析肿瘤
时至今日，这一计划已经取得了许多成果，最新Cell杂志公布了泛癌症图谱（Pan-Cancer Atlas），这也是癌症基因组图谱（TCGA）的收官项目，同期Cell杂志介绍了根据癌症基因组图谱分类的肿瘤类型列表，以及相关的一些主要发现（每种肿瘤类型的标记论文）。 生物通报道：2005年美国国立癌症研究协会（NCI）和国家人类基因组计划研究协会（NHGRI）各投入资金5千万美元，准备进行一项为时3年的癌症基因组试验性质的计划，主要目的是分析全面测序癌症基因序列改变是否对了解癌症和获得新的诊断治疗方法有一定的帮助。 时至今日，这一计划已经取得了许多成果，最新Cell杂志公布了泛癌症图谱（Pan-Cancer Atlas），这也是癌症基因组图谱（TCGA）的收官项目，同期Cell杂志介绍了根据癌症基因组图谱分类的肿瘤类型列表，以及相关的一些主要发现（每种肿瘤类型的标记论文）。4 在数据生成方面，该项目已经取得无可争议的成功。......阅读全文
癌症基因组项目(TCGA)完成之反思
经过美国不懈的努力，涉及上万个癌基因的癌基因组项目正式告一段落。该项目在2006年开始，预计花费1亿美元进行研究，并且癌症基因组图谱（TCGA）现在已经成为国际癌症基因组协会最大的组成部分，该项目汇聚了来自16个国家的科学家，并发现了接近10万个与癌症相关的基因突变。 现在的问题是，下一步怎么
《Cell》：如何根据癌症基因组图谱分析肿瘤
时至今日，这一计划已经取得了许多成果，最新Cell杂志公布了泛癌症图谱（Pan-Cancer Atlas），这也是癌症基因组图谱（TCGA）的收官项目，同期Cell杂志介绍了根据癌症基因组图谱分类的肿瘤类型列表，以及相关的一些主要发现（每种肿瘤类型的标记论文）。 生物通报道：2005年美国国立
透过大规模基因组分析推出－泛癌症图谱－开启癌症治疗
【Technews科技新报】美国国立卫生研究院（NIH）资助的研究团队已经完成了一份详细的基因组分析，这个被称为泛癌症图谱（PanCancer Atlas）的研究结果收录了 27 篇论文，并包含了 33 种癌症、1 万多个种不同肿瘤分子和临床讯息的数据资料。 泛癌症图谱主要是针对癌症基因组
全球癌症基因组图谱计划又一研究突破
最近，发表在国际杂志the New England Journal of Medicine上的一篇研究论文中，来自从事癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas）研究计划的科学家通过进行研究，对第二种常见类型的肾癌的两种类型进行了分子特性的分析，并且对这种常见类型的肾癌进行了
NIH－340万美元资助癌症基因组图谱研究计划
美国国立卫生研究院于当地时间7月2日宣布，决定对八个单位（或个人）进行为期两年、总值340万美元的资助，以支持癌症基因组图谱研究计划（Cancer Genome Atlas pilot program）。 癌症基因组图谱计划是美国国立癌症研究所和美国国家人类基因组研究的合作项目，于2005年晚期，
Nature重要成果：绘制癌症的全面分子图谱
根据一项获得美国国立卫生研究院(NIH)支持的新研究发现一种乳腺癌亚型与难治性高分级浆液性卵巢癌具有许多共同的遗传特征。研究结果表明两种癌症具有相似的分子起源，这可能推动比较乳腺癌和卵巢癌亚型的治疗学数据。 研究人员利用癌症基因组图谱(TCGA)生成的部分数据，根据来自825名乳腺癌患者样
Nature重要成果：绘制癌症的全面分子图谱
根据一项获得美国国立卫生研究院（NIH）支持的新研究发现一种乳腺癌亚型与难治性高分级浆液性卵巢癌具有许多共同的遗传特征。研究结果表明两种癌症具有相似的分子起源，这可能推动比较乳腺癌和卵巢癌亚型的治疗学数据。 研究人员利用癌症基因组图谱（TCGA）生成的部分数据，根据来自825名乳腺癌患者样本的综合
Cell年度论文：值得关注的几大关键词
近期Cell杂志公布了2018年年度论文，共包括五篇Snapshots，两篇Reviews，以及八篇Articles和Resources，其中五篇Snapshots涉及五大新兴领域，值得关注。 TCGA-Analyzed Tumors 2005年美国国立癌症研究协会（NCI）和国家人类基因组
如何利用TCGA数据库进行深度癌症研究及发大牛文章？
玩转数据库，助你发牛文！ 癌症研究究竟有多难？让我们来捋一下基本思路：首先，要有一定数量的高质量肿瘤临床样本；其次……等一下，是不是在“首先”这一步就卡住了？癌症研究中的高质量的肿瘤样本不但要有切除适当的肿瘤瘤体和癌旁组织，还需要每个病人的各项病理指征、家族病史、治疗手段、疗效以及对病人不
如何利用TCGA数据库进行深度癌症研究及发大牛文章？
玩转数据库，助你发牛文！癌症研究究竟有多难？让我们来捋一下基本思路：首先，要有一定数量的高质量肿瘤临床样本；其次……等一下，是不是在“首先”这一步就卡住了？癌症研究中的高质量的肿瘤样本不但要有切除适当的肿瘤瘤体和癌旁组织，还需要每个病人的各项病理指征、家族病史、治疗手段、疗效以及对病人不间断的随访信
Nature子刊：非编码RNA癌症药物基因组图谱新突破
近日，匹兹堡大学药物遗传研究中心的杨达和张敏课题组借力于一种名为弹性网络回归（Elastic Net regression）的机器学习模型，从1,001个肿瘤细胞系的高通量长非编码RNA表达谱（long noncoding RNAs, lncRNAs）与265种抗癌药物敏感性数据中，挖掘出了27
肿瘤免疫火得飞起，更新后的TIMER－2.0数据库真心好用！
肿瘤微环境中免疫细胞的组成和丰度是影响肿瘤进展和免疫治疗效果的重要因素。由于直接测量方法的局限性，计算算法通常用于从肿瘤转录组图谱推断免疫细胞组成。这些估计的肿瘤免疫浸润人群与肿瘤的基因组和转录组学变化相关，提供了对肿瘤免疫相互作用的见解。今天我们就一起来看这个肿瘤免疫分析的又一神器——TIME
－Nature：癌症基因组计划宣布完成，下一步路在何方？
癌症基因组图谱计划（The Cancer Genome Atlas，TCGA）是国际癌症基因组联盟（International Cancer Genome Consortium）最大的项目。该项目于2006年启动，耗资1亿美元，旨在绘制1万个肿瘤基因组图谱。目前，来自16个国家的科学家合作完成了
最大动物基因组图谱——南极磷虾基因组图谱破译
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/3/495141.shtm ? Cell官网截图。黄海水产研究所供图 日前，由中国水产科学研究院黄海水产研究所联合青岛华大基因研究院、德国阿尔弗雷德?魏格纳研究所、澳大利亚联邦科学
《自然》：人类癌症的致癌全景图
用于新型癌症治疗方法的临床试验设计，一般来说都是集中在肿瘤起源所在的组织，然而近期由纪念斯隆-凯特琳癌症中心的研究人员完成的一项研究则发现了一种新的方法：基于基因组标记进行研究，而不是针对机体器官组织进行研究。 这一研究成果公布在9月26日的Nature Genetics杂志上，同时还
利用DNA图谱诊断癌症
作为无创产前诊断等相关领域技术的首创者，来自香港中文大学的卢煜明（DennisLo）教授最早就曾发现孕妇外周血中存在“漂流”的胎儿DNA，也就是说，假设每毫升母亲样品相当于1000个基因组，则总共含有1900条母亲的21号染色体，100条整倍体胎儿的21号染色体或150条21三体胎儿的21号染色
最全癌症基因图谱公布－有望提前数十年识别出肿瘤突变
癌症是一种基因病，由体细胞癌基因突变引起。早在2001年对首个人类基因组进行测序后，肿瘤的全面基因组表征就成为癌症研究人员的一个主要目标。从那时起，测序技术和分析工具取得的进展使得这个研究领域蓬勃发展。 2月5日，Nature杂志及其子刊同期发表了20余篇关于癌症研究的文章，由来自37个国家、
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human can
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cance
新发现！非编码DNA突变也可引发癌症－|－Nature子刊
基因与癌症的关系远比人类已了解的更加复杂。近日，美国科学家在一项新研究中鉴定出了近200个在不同的癌症中发挥作用的非编码DNA突变。 图片来源：Nature Genetics（doi:10.1038/s41588-018-0091-2） 在人类基因组中，有98%的信息是看似无用的“垃
Nature：癌症研究领域面临分岔路口
自从上世纪70年代第一个致癌基因被发现开始，研究人员一直在渴望能将致癌突变编录成册。 每一个突变基因都有潜力使我们更加了解是什么导致了这种疾病?我们如何治愈它。 国际化的癌症基因组计划 上周，18400人来到加州圣地亚哥参加美国癌症研究协会的年会，会议展示了最新研究进展。研究人员
新发现！非编码DNA突变也可引发癌症－|－Nature子刊
基因与癌症的关系远比人类已了解的更加复杂。近日，美国科学家在一项新研究中鉴定出了近200个在不同的癌症中发挥作用的非编码DNA突变。 image.png 图片来源：Nature Genetics（doi:10.1038/s41588-018-0091-2） 在人类基因组中，有9
迄今最综合癌症基因组图出炉－确定约300个致癌基因
美国科学家在探究癌症的基因根源方面取得重要成果。据美国圣路易斯华盛顿大学官网近日消息，来自该校医学院等机构的科学家完成了对1.1万个肿瘤（涵盖33种癌症）的基因测序和分析工作，得到的迄今最综合癌症基因组图谱（TCGA）详述了引发癌症的基因突变。最新研究为提高癌症疗法的疗效和研发新药物提供了路线图
全球首份癌症病例图谱发布
日前，《科学》杂志刊登了瑞典科学家的重磅成果——全球首份癌症病例图谱“Atlas”，将数千种特定癌症相关基因与患者生存情况联系起来，发掘出32种不以癌症类型分类、但与80%人类癌症相关的“公共”基因，可作为潜在新药研发的精准靶点。新图谱被认为是肿瘤临床实践革命性改进的重要推手。 据《麻省理工技
癌症基因组——癌症研究和云计算的里程碑
图片来源：https://www.nature.com/articles/d41586-020-00308-w 2001年，人类基因组计划完成，整个计划花费约30亿美元，1985年提出，1990年正式启动，历经十余年。肿瘤是最热门的研究领域之一，该领域的研究者们一直希望可以借助测序手段去表征肿瘤的
6篇Nature齐发！癌症基因组计划成果成井喷之势
除了Nature一次性发表6篇论文外，Nature Genetics杂志发表了3篇，Nature Communications发表9篇，Nature Biotechnology一篇，详细报道BioArt后续会陆续发布。文章合集网址：https://www.nature.com/collectio
－“10,000个癌症基因组计划”宣告完成
旨在绘制出1万个肿瘤基因组景观图谱的美国重大科研项目——“癌症基因组图集”（The Cancer Genome Atlas，TCGA）计划已正式宣告结束。这一于2006年启动，耗资1亿美元的研究项目现在是国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consort
Nature公布大麦基因组图谱
大麦是世界上最重要的粮食作物之一，17日Nature公布了目前为止最完善的大麦基因组测序图谱。这项由美国农业部主导的大工程，在德国、日本、芬兰、澳大利亚、英国、美国和中国科学家们的共同努力下，历经六年终于取得了重大进展。大麦基因组图谱将成为人们提高大麦产量、增强大麦抗虫抗病能力、增加大麦营养价值
中科院Cell子刊揭示癌症模块化特征
来自中科院上海生命科学研究院计算生物学研究所的研究人员，开发出了一种无偏倚适应成簇(adaptive clustering)方法，综合分析了卵巢癌的基因组、表观基因组和转录组的全景图，由此揭示出了卵巢癌不良预后的潜在模块化特征。这一研究成果发表在8月8日的《Cell Reports》杂志
Nature：基因组研究让两类癌症合而为一
根据癌症基因组图谱(TCGA)计划一项针对结肠与直肠癌组织样本的大型研究，尽管解剖位置不同分别起源于结肠或直肠，结肠和直肠组织的基因组改变模式是相同的，这使得研究人员得出结论可将这两种癌症类型合而为一。 在多种类型的基因组分析中，结肠癌与直肠癌的结果几乎是难以区分的。最初，TCGA研究网络