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《Cell》:如何根据癌症基因组图谱分析肿瘤

时至今日,这一计划已经取得了许多成果,最新Cell杂志公布了泛癌症图谱(Pan-Cancer Atlas),这也是癌症基因组图谱(TCGA)的收官项目,同期Cell杂志介绍了根据癌症基因组图谱分类的肿瘤类型列表,以及相关的一些主要发现(每种肿瘤类型的标记论文)。 生物通报道:2005年美国国立癌症研究协会(NCI)和国家人类基因组计划研究协会(NHGRI)各投入资金5千万美元,准备进行一项为时3年的癌症基因组试验性质的计划,主要目的是分析全面测序癌症基因序列改变是否对了解癌症和获得新的诊断治疗方法有一定的帮助。 时至今日,这一计划已经取得了许多成果,最新Cell杂志公布了泛癌症图谱(Pan-Cancer Atlas),这也是癌症基因组图谱(TCGA)的收官项目,同期Cell杂志介绍了根据癌症基因组图谱分类的肿瘤类型列表,以及相关的一些主要发现(每种肿瘤类型的标记论文)。4 在数据生成方面,该项目已经取得无可争议的成功。......阅读全文

最全癌症基因图谱公布 有望提前数十年识别出肿瘤突变

  癌症是一种基因病,由体细胞癌基因突变引起。早在2001年对首个人类基因组进行测序后,肿瘤的全面基因组表征就成为癌症研究人员的一个主要目标。从那时起,测序技术和分析工具取得的进展使得这个研究领域蓬勃发展。  2月5日,Nature杂志及其子刊同期发表了20余篇关于癌症研究的文章,由来自37个国家、

透过大规模基因组分析推出 泛癌症图谱 开启癌症治疗

  【Technews科技新报】美国国立卫生研究院(NIH)资助的研究团队已经完成了一份详细的基因组分析,这个被称为泛癌症图谱(PanCancer Atlas)的研究结果收录了 27 篇论文,并包含了 33 种癌症、1 万多个种不同肿瘤分子和临床讯息的数据资料。   泛癌症图谱主要是针对癌症基因组

Nature:14项人类癌症研究的里程碑式进展

  癌症目前仍然是全世界人类最大的杀手之一。近日,Nature Genetics 和 Nature Medicine 联合发表了题为:Nature Milestones in Cancer 的文章,总结了21世纪以来癌症研究旅程中的14个重要的里程碑事件,以展示在理解癌症和开发新疗法方面取得的重大进

《自然》:人类癌症的致癌全景图

  用于新型癌症治疗方法的临床试验设计,一般来说都是集中在肿瘤起源所在的组织,然而近期由纪念斯隆-凯特琳癌症中心的研究人员完成的一项研究则发现了一种新的方法:基于基因组标记进行研究,而不是针对机体器官组织进行研究。   这一研究成果公布在9月26日的Nature Genetics杂志上,同时还

Cell年度论文:值得关注的几大关键词

  近期Cell杂志公布了2018年年度论文,共包括五篇Snapshots,两篇Reviews,以及八篇Articles和Resources,其中五篇Snapshots涉及五大新兴领域,值得关注。  TCGA-Analyzed Tumors  2005年美国国立癌症研究协会(NCI)和国家人类基因组

癌症基因组——癌症研究和云计算的里程碑

图片来源:https://www.nature.com/articles/d41586-020-00308-w  2001年,人类基因组计划完成,整个计划花费约30亿美元,1985年提出,1990年正式启动,历经十余年。肿瘤是最热门的研究领域之一,该领域的研究者们一直希望可以借助测序手段去表征肿瘤的

6篇Nature齐发!癌症基因组计划成果成井喷之势

  除了Nature一次性发表6篇论文外,Nature Genetics杂志发表了3篇,Nature Communications发表9篇,Nature Biotechnology一篇,详细报道BioArt后续会陆续发布。文章合集网址:https://www.nature.com/collectio

Nature重要成果:绘制癌症的全面分子图谱

根据一项获得美国国立卫生研究院(NIH)支持的新研究发现一种乳腺癌亚型与难治性高分级浆液性卵巢癌具有许多共同的遗传特征。研究结果表明两种癌症具有相似的分子起源,这可能推动比较乳腺癌和卵巢癌亚型的治疗学数据。 研究人员利用癌症基因组图谱(TCGA)生成的部分数据,根据来自825名乳腺癌患者样本的综合

Nature重要成果:绘制癌症的全面分子图谱

  根据一项获得美国国立卫生研究院(NIH)支持的新研究发现一种乳腺癌亚型与难治性高分级浆液性卵巢癌具有许多共同的遗传特征。研究结果表明两种癌症具有相似的分子起源,这可能推动比较乳腺癌和卵巢癌亚型的治疗学数据。   研究人员利用癌症基因组图谱(TCGA)生成的部分数据,根据来自825名乳腺癌患者样

Nature:癌症基因组计划宣布完成,下一步路在何方?

  癌症基因组图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)是国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium)最大的项目。该项目于2006年启动,耗资1亿美元,旨在绘制1万个肿瘤基因组图谱。目前,来自16个国家的科学家合作完成了

癌症基因组项目(TCGA)完成之反思

  经过美国不懈的努力,涉及上万个癌基因的癌基因组项目正式告一段落。该项目在2006年开始,预计花费1亿美元进行研究,并且癌症基因组图谱(TCGA)现在已经成为国际癌症基因组协会最大的组成部分,该项目汇聚了来自16个国家的科学家,并发现了接近10万个与癌症相关的基因突变。  现在的问题是,下一步怎么

NIH出资$3.13亿用于疾病基因组测序研究

  美国国立卫生研究院(NIH)将资助一些基因组测序分析中心,致力于破解人类常见病和罕见病的基因信息。NIH下属的国家人类基因组研究所(NHGRI)14日宣布成立“常见疾病基因组学中心(CCDG)”,该中心将利用基因组测序技术,从基因水平研究心脏病、糖尿病、中风以及自闭症等常见疾病产生的原因。NHG

Nature:癌症研究领域面临分岔路口

  自从上世纪70年代第一个致癌基因被发现开始,研究人员一直在渴望能将致癌突变编录成册。 每一个突变基因都有潜力使我们更加了解是什么导致了这种疾病?我们如何治愈它。   国际化的癌症基因组计划   上周,18400人来到加州圣地亚哥参加美国癌症研究协会的年会,会议展示了最新研究进展。研究人员

罗氏宣布推出目标基因组测序的新技术

罗氏应用科学部(Roche Applied Science)旗下的Roche NimbleGen公司的宣布推出商业化的NimbleGen序列捕获技术(NimbleGen Sequence Capture technology),以帮助那些希望对基因组选定目标区域进行高通量测序的科学家们。这项新技术使

GEN:专家解析 大数据研究对于癌症治疗的焦点问题

  在今年一月,美国副总统拜登在瑞士达沃斯世界经济论坛的科学家小组讨论中提出了一系列攻克癌症的具体要求。其中,怎样通过大数据的收集、分析与应用来研究、预防与治疗癌症成为了一个格外引人注目的话题。  专家:  Keith Perry:圣裘德儿童研究医院高级副总裁和首席信息官  Narayan Desa

GEN:大数据挖掘对癌症治疗的四大影响

  2016年1月在瑞士达沃斯召开的世界经济论坛上的一个panel讨论中,美国副总统Joe Biden当场要求临床医生和研究者举例表示人类在抗击癌症中突破的障碍。当几个重要话题浮现时,最重要的议题是“大数据”,具体而言,即“大数据”的收集、分析和应用。  研究者表示:“大数据”是有效的,这是因为有重

两院院士评选中国世界十大科技进展新闻揭晓

   由中国科学院、中国工程院主办,中国科学院学部工作局、中国工程院办公厅、中国科学报社承办,中国科学院院士和中国工程院院士投票评选的2015年中国十大科技进展新闻、世界十大科技进展新闻,2016年1月19日在京揭晓。  此项年度评选活动至今已举办了22次。评选结果经新闻媒体广泛报道后,在社会上产生

梁晗:从癌症基因组中寻找性别差异

  如果有一种软件能告诉你今后患上癌症的可能性是多少,而其中判断的因素之一就是你的性别是男还是女,你会相信吗?可能大部分人都会摇头:怎么可能性别影响如此之大。但越来越多的研究表明,性别在癌症中起着不可忽视的作用。  来自美国德州大学MD安德森癌症中心的一项研究通过调查13种癌症类型,在分子水平上认识

梁晗:从癌症基因组中寻找性别差异

  如果有一种软件能告诉你今后患上癌症的可能性是多少,而其中判断的因素之一就是你的性别是男还是女,你会相信吗?可能大部分人都会摇头:怎么可能性别影响如此之大。但越来越多的研究表明,性别在癌症中起着不可忽视的作用。   来自美国德州大学MD安德森癌症中心的一项研究通过调查13种癌症类型,在分子水平上认

梁晗:从癌症基因组中寻找性别差异

  如果有一种软件能告诉你今后患上癌症的可能性是多少,而其中判断的因素之一就是你的性别是男还是女,你会相信吗?可能大部分人都会摇头:怎么可能性别影响如此之大。但越来越多的研究表明,性别在癌症中起着不可忽视的作用。  来自美国德州大学MD安德森癌症中心的一项研究通过调查13种癌症类型,在分子水平上认识

精确医学”须谨慎解读

  美国于2015年年初提出的“精确医学”计划倍受世界各国关注。有消息称,我国的相关计划将在今年下半年或明年启动。对此,中科院上海生命科学研究院吴家睿研究员近期撰文指出,“精确医学”是一个有着丰富内涵的复杂概念,需要人们认真地思考和小心地解读。当前,亟需我们明晰的两个问题是:为何要在此时启动精确医学

迄今最综合癌症基因组图出炉 确定约300个致癌基因

  美国科学家在探究癌症的基因根源方面取得重要成果。据美国圣路易斯华盛顿大学官网近日消息,来自该校医学院等机构的科学家完成了对1.1万个肿瘤(涵盖33种癌症)的基因测序和分析工作,得到的迄今最综合癌症基因组图谱(TCGA)详述了引发癌症的基因突变。最新研究为提高癌症疗法的疗效和研发新药物提供了路线图

Nature:大型研究聚焦全球第三大癌症杀手

  在一项编写胃癌分子病因目录的大型研究中,包括Dana-Farber癌症研究所研究人员在内的科学家们,基于共有的突变以及其他的一些分子异常鉴别出了胃癌的4个亚型。他们说这一新的分类法有望推动临床研究,开发出一些更好的方法来治疗这一全球第三大癌症杀手。  在发表于《自然》(Nature)杂志上的研究

分子分型 催生癌症问诊“新语系”

  美国癌症基因组图谱研究发现,一些不同器官上的癌症具有很强的分子相似性,而有的癌症虽然发生在同一器官,却拥有完全不同的分子亚型。   “布满黄豆、绿豆大的小结节”“切面呈灰白色,坏死处呈灰黄色”……外观变化、色彩暗淡等因素一直以来被临床医生用作对癌症的判断依据。与此同时,癌症的发生,自然而然地依

“10,000个癌症基因组计划”宣告完成

  旨在绘制出1万个肿瘤基因组景观图谱的美国重大科研项目——“癌症基因组图集”(The Cancer Genome Atlas,TCGA)计划已正式宣告结束。这一于2006年启动,耗资1亿美元的研究项目现在是国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consort

新发现!非编码DNA突变也可引发癌症 | Nature子刊

  基因与癌症的关系远比人类已了解的更加复杂。近日,美国科学家在一项新研究中鉴定出了近200个在不同的癌症中发挥作用的非编码DNA突变。   图片来源:Nature Genetics(doi:10.1038/s41588-018-0091-2)   在人类基因组中,有98%的信息是看似无用的“垃

新发现!非编码DNA突变也可引发癌症 | Nature子刊

  基因与癌症的关系远比人类已了解的更加复杂。近日,美国科学家在一项新研究中鉴定出了近200个在不同的癌症中发挥作用的非编码DNA突变。   image.png   图片来源:Nature Genetics(doi:10.1038/s41588-018-0091-2)   在人类基因组中,有9

从基因的战略安全性谈谈速食时代科学精神的缺位

  随着人类对基因研究的不断深入和生物技术的不断发展,在大数据驱动的当下,作为控制生物性状的基本遗传单位,基因在快速被人们认知的同时,其信息安全性也成为了人们关注的焦点。  然而,破译复杂生命遗传密码并不是一项简单的工程,其极高的专业门槛使得多数人知其然而不知其所以然。人们在物质文明裹挟着快速前行的

华人学者Nature子刊揭示三阴性乳腺癌治疗靶点

  在癌症中,一些细胞信号通路是能够阻碍或加速疾病进展的一连串关键事件。由德克萨斯大学MD安德森癌症中心的科学家们领导的一项多机构国际研究,揭示出了有关长链非编码RNAs(lncRNA)与在许多癌症中过度表达的一种信号通路HIF-1之间如何互作的新信息。  这项在线发表于《自然细胞生物学》(Natu

Nature发布大规模癌症蛋白质基因组学研究重要成果

  基于来自癌症基因组图谱(TCGA)计划的数据,一个多机构科学家小组完成了首个大规模的乳腺癌“蛋白质基因组学”( proteogenomic)研究,将一些DNA突变与蛋白质信号联系到一起,并帮助确定了一些驱动癌症的基因。  这项研究旨在通过蛋白质和它们的修饰来更好地认识癌症。发表在5月25日《自然