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CellSystems:构建RNA结合蛋白的剪接调控作用预测模型

基因组研究结果显示,人体内超过90%的基因存在选择性剪接(alternative splicing)。该过程在不同组织以及不同生理阶段受到严格的调控,其失调会导致多种疾病的发生。选择性剪接的体内调控主要由前体mRNA中的顺式元件(cis-elements) 招募反式剪接作用因子(trans-acting splicing factors)来实现的。 通常情况下,反式剪接作用因子存在一个模块化的构成,其包括一个或多个RNA结合域以及不同的功能模块。但目前科学家对这些功能域的研究还停留在少数几种典型的剪接因子上,如SR蛋白家族和hnRNP蛋白家族,对广大的其他RNA结合蛋白中的功能模块却知之甚少。而深入理解这些功能模块会为科学家进一步研究以至从头合成新型RNA剪接因子提供依据。 2018年11月7日,中科院计算生物学研究所、分子细胞科学卓越创新中心、中科院计算生物学重点实验室RNA系统生物学课题组王泽峰研究团队在国际知名学......阅读全文

Nat Rev Genetics | 环状RNA的合成与功能

  环状RNA(circular RNA,circRNA)是一种新兴的内源性非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA),是继microRNA (miRNA)以及long noncoding RNA (IncRNA)后非编码RNA家族中极具研究潜力的新成员。越来越多的研究表明,环状RNA具

Cell Reports | 郭采薇等揭示RNA剪接在阿尔茨海默症中的作用

  pre-mRNA剪接过程是基因表达调控的重要步骤,对于形成极具多样性的神经细胞转录组尤为关键。因此,RNA 剪接失调能够引起包括脊髓性肌肉萎缩症和肌萎缩性脊髓侧索硬化症等多种神经疾病【1,2】。2013年,美国Emory大学的Seyfried教授课题组发现RNA剪接失调可能也是引起阿尔兹海默症的

研究人员揭示RNA剪接在阿尔茨海默症中的作用

  2019年10月8日,美国贝勒医学院Joshua Shulman教授课题组在Cell Reports发表题为Tau-mediated Disruption of the Spliceosome Triggers Cryptic RNA-splicing and Neurodegeneration

Cell子刊:RNA剪接或成治疗阿尔兹海默症的潜在分子靶标

  众所周知,RNA剪接失调与某些神经退行性疾病的发展有关,例如脊髓性肌萎缩和肌萎缩性侧索硬化症。而阿尔兹海默症作为世界上最常见的神经退行性疾病,在这一领域仍未得到详细的研究。  于是,在2013年,美国Emory大学的Seyfried教授课题组在这一领域开启了最前沿的研究。该研究首次发现RNA剪接

RNA甲基化研究深度剖析

  一、听说最近 RNA甲基化很火,它是何方神圣?   1、高分文章频现   说起近来的科研热点,RNA甲基化修饰的相关研究可以说是当前整个生命科学领域最热门的方向之一,亮点文章频出,着实让人有些目不暇接。RNA甲基化的研究近3月发表的文章影响因子为10分以上的,就有高达 17 篇。

2018国自然研究热点二: RNA甲基化研究深度剖析

  一、听说最近 RNA甲基化很火,它是何方神圣?   1、高分文章频现   说起近来的科研热点,RNA甲基化修饰的相关研究可以说是当前整个生命科学领域最热门的方向之一,亮点文章频出,着实让人有些目不暇接。RNA甲基化的研究近3月发表的文章影响因子为10分以上的,就有高达 17 篇。   图:

环状RNA研究深度剖析

  1.环状RNA为什么火?它到底是何方神圣?   2013年两篇Nature[1][2]文章的出世,彻底颠覆了我们对RNA的传统认知,同时也迅速引爆了整个生物医学界!经过严格统计汇总后,2017年国家自然科学金获批的项目中环状RNA研究相关的项目总数高达176项,其中有两项杰出青年基金,一项优秀

2018国自然研究热点一:环状RNA研究深度剖析

  1.环状RNA为什么火?它到底是何方神圣?   2013年两篇Nature[1][2]文章的出世,彻底颠覆了我们对RNA的传统认知,同时也迅速引爆了整个生物医学界!经过严格统计汇总后,2017年国家自然科学金获批的项目中环状RNA研究相关的项目总数高达176项,其中有两项杰出青年基金,一项优秀

RNA甲基化研究深度剖析(一)

一、听说最近 RNA甲基化很火,它是何方神圣?1、高分文章频现 说起近来的科研热点,RNA甲基化修饰的相关研究可以说是当前整个生命科学领域最热门的方向之一,亮点文章频出,着实让人有些目不暇接。RNA甲基化的研究近3月发表的文章影响因子为10分以上的,就有高达 17 篇。

环状RNA研究深度剖析(二)

目标circRNA的机制研究 a RIP-qPCR:挑选功能最为明显的1个circRNA做RIP-qPCR实验,检测circRNA是否与AGO2蛋白结合。(AGO2是circRNA发挥海绵作用的指示蛋白) b RNA pull down:对上述circRNA进行RNA pull down实验,拉

Science期刊精华,我国科学家同期发表一篇Science论文

  本周又有一期新的Science期刊(2020年1月31日)发布,它有哪些精彩研究呢?让小编一一道来。图片来自Science期刊。  1.Science:在神经元突起中,单核糖体偏好性地翻译突触mRNA  doi:10.1126/science.aay4991  RNA测序和原位杂交揭示了神经元树

刘昌孝:认识SARS-CoV-2,抗病新药研发策略该从“何”说起

  过去100年发生的多起事件让世人密切关注未来发生传染病大流行的风险。2018年是1918年流感流行的100周年,估计有数千万人死于100年前那次流感。现在拥有比一个世纪前更好的干预措施,季节性流感疫苗,但不一定完全有效预防。每年需要接种或选择接种的人所占比例较小。世界上还有抗生素可以帮助治疗细菌

Cell:科学家揭示埃博拉病毒和其它RNA病毒的关键结构蛋白

  埃博拉病毒和狂犬病毒都是两种人类的致死性病原体,其同属于RNA病毒类别,而且其在宿主体内常常会共享一套常用的策略来进行病毒基因组的复制,而其它同类型的病毒包括马尔堡病毒、麻疹病毒、腮腺炎病毒以及水疱性口炎病毒等;研究者发现水疱性口炎病毒(VSV)可以引发牲畜患急性病,但其并不会引发人类患病,但其

Nature:揭示基因调节的新型分子机制

Nature:揭示基因调节的新型分子机制   基因编码的信息可以翻译成为蛋白质,这些蛋白质最终会介导机体的生化代谢,其中信使RNA(mRNA)就扮演了重要的角色,而且其也是蛋白质翻译的模板;近日刊登在国际著名杂志Nature上的一篇研究论文中,来自德国亥姆霍兹慕尼黑中心等处的研究人

Neuron:研究发现治疗ALS的新靶标

  近日,梅奥诊所与斯克里普斯研究所研究人员,已经制定了新治疗策略,用于打击那些引发神经退行性疾病肌萎缩侧索硬化(ALS或卢伽雷氏病)和额颞叶痴呆(FTD)疾病的最常见遗传风险因子。相关研究发表在Neuron杂志上,新研究也发现了潜在生物标志物,来跟踪疾病的进展和治疗功效。  科学家开发出一种小分子

Cell:尖端技术再获新成果

  为了自我繁殖,病毒必须入侵宿主细胞并拷贝自己的遗传信息。埃博拉病毒和狂犬病毒是对人类最致命的两种病原体,它们属于同一类RNA病毒。这类病毒还包括马尔堡病毒、麻疹病毒、腮腺炎病毒、呼吸道合胞体病毒和水泡性口炎病毒(VSV)。VSV一般只在牲畜中引发疾病,是研究这类病毒的理想模型。  哈佛医学院的科

生物谷7月份结构生物学研究进展一览

  1. Cell:中科院生物物理所王艳丽/章新政课题组从结构上揭示Cas13a切割RNA机制  doi:10.1016/j.cell.2017.06.050  CRISPR/Cas系统是目前发现存在于大多数细菌与所有的古菌中的一种免疫系统,被用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。在CR

同时检测各类癌症当中RNA甲基化相关酶&RNA甲基化水平(下)

  又到了一周云序生物课堂开讲时间!你,准备好了吗?   上一期文章当中,云序通过引用这样一张表格给大家传递了一个重要信息:表中的METLL3、METTL14、NSun2、FTO、ALKBH5、YTHDF2均是RNA甲基化重要的酶,而且这些酶在不同疾病当中意义有所不同,例如METTL3在AML、B

快速检测各类癌症当中RNA甲基化相关酶&RNA甲基化水平(下)

  又到了一周云序生物课堂开讲时间!你,准备好了吗?   上一期文章当中,云序通过引用这样一张表格给大家传递了一个重要信息:表中的METLL3、METTL14、NSun2、FTO、ALKBH5、YTHDF2均是RNA甲基化重要的酶,而且这些酶在不同疾病当中意义有所不同,例如METTL3在AML、B

环状RNA结合功能蛋白!找对方向20分文章水到渠成

  环状RNA作为研究持续火热的明星分子,不同于对其丰富的表达谱研究,环状RNA功能机制研究还仅仅处在起步阶段。环状RNA研究多为miRNA海绵机制,部分circRNA可竞争性结合miRNA,解除miRNA对靶基因的抑制作用,上调靶基因的表达。其实,环状RNA可以通过结合不同种类的功能蛋白,分别在转

C/D RNA蛋白质复合物催化RNA核糖甲基化的结构机理

上海光源用户研究发现C/D RNA蛋白质复合物催化RNA核糖甲基化的结构机理  1月27日,北京生命科学研究所叶克穷实验室在《自然》杂志发表了题为Structural basis for site-specific ribose methylation by box C/D RNA

徐聃/孙磊合作揭示白色和棕色脂肪生成的关键抑制因子

  近年来,全世界肥胖人口急剧增加。肥胖是代谢心血管疾病的危险因素,常伴随发生2型糖尿病、血脂异常、高血压、动脉粥样硬化等多种重大疾病。肥胖的发生是由于脂肪组织中脂质积累过多,导致脂肪细胞功能紊乱及代谢异常。脂肪组织扩张是一个复杂的过程,通常涉及现有脂肪细胞的扩大和脂肪细胞数量的增加。因此,更好地理

检测各类癌症当中RNA甲基化相关酶&RNA甲基化水平(下)

  又到了一周云序生物课堂开讲时间!你,准备好了吗?   上一期文章当中,云序通过引用这样一张表格给大家传递了一个重要信息:表中的METLL3、METTL14、NSun2、FTO、ALKBH5、YTHDF2均是RNA甲基化重要的酶,而且这些酶在不同疾病当中意义有所不同,例如METTL3在AML、B

Nature子刊文章:填补miRNA加工研究空白

  来自武汉大学生科院,加州大学圣地亚哥分校等处的研究人员发表了题为“NEAT1 scaffolds RNA-binding proteins and the Microprocessor to globally enhance pri-miRNA processing”的文章,报道了一种新型的“鸟

生物物理所等揭示FUS蛋白异常导致神经退行致病机理

  FUS(全称为fused in sarcoma/translocated in liposarcoma,FUS/TLS)是一个多功能的DNA/RNA结合蛋白,主要定位于细胞核,但可以在细胞核与细胞质中穿梭。FUS蛋白在RNA的转录、RNA的剪接和microRNA的加工等过程中发挥重要作用。FUS

2015病毒领域重大研究盘点

  2016年2月14日/生物谷BIOON/--近期塞卡病毒在赤道附近国家开始大肆传播,引起了非常多的新生儿出现“小头症”。虽然这个病毒对于成人来说症状非常轻微,然而对于非常脆弱的孕妇和新生儿而言,简直像噩梦一样的存在。近两年来,仅仅巴西一国,就出现了超过两千例由塞卡病毒引起的小头症。这些年来,病毒

2017年不能错过的长非编码RNA研究推荐

  2017年即将过去,这一年的非编码RNA研究取得了很多重磅级成果。与早先的主要是在不同类型的疾病(癌症)中大规模鉴定非编码RNA,今年的研究是对非编码RNA机制的更深入探索,给我们展现了作用方式更丰富多彩的非编码RNA世界。图片来源于网络  一 长非编码RNA(lncRNA)  长非编码RNA是

一种合成分子能阻止AIDS病毒复制

  包括来自西班牙的大学(其中之一是瓦伦西亚大学)和研究中心的科学家组成的一个跨学科团队,已经成功设计了一个小的合成分子,能够连接到AIDS病毒的遗传物质上,阻止其进行复制。   由瓦伦西亚圣比森特马蒂尔天主教大学的 José Gallego带领的一个研究团队,在世界上首次获得了这项研究成果,

RNA编辑:肿瘤和遗传疾病治疗的新选择

  2018年,美国FDA和欧洲EMA批准了来自RNA药物制造两大巨头Ionis Pharmaceuticals公司的反义寡核苷酸疗法药物Tegesedi(Inotersen)和Alnylam Pharmaceuticals公司的siRNA疗法药物Onpattro(Patisiran),用于治疗遗传

何川教授eLife最新表观遗传学成果

  7月2日,国际著名学术期刊《eLife》在线刊登了芝加哥大学何川教授(Chuan He)和俄亥俄州立大学Li Wu带领的一项研究成果,题为“N6-methyladenosine of HIV-1 RNA regulates viral infection and HIV-1 Gag protei