CellSystems：构建RNA结合蛋白的剪接调控作用预测模型
基因组研究结果显示，人体内超过90%的基因存在选择性剪接(alternative splicing)。该过程在不同组织以及不同生理阶段受到严格的调控，其失调会导致多种疾病的发生。选择性剪接的体内调控主要由前体mRNA中的顺式元件(cis-elements) 招募反式剪接作用因子（trans-acting splicing factors）来实现的。 通常情况下，反式剪接作用因子存在一个模块化的构成，其包括一个或多个RNA结合域以及不同的功能模块。但目前科学家对这些功能域的研究还停留在少数几种典型的剪接因子上，如SR蛋白家族和hnRNP蛋白家族，对广大的其他RNA结合蛋白中的功能模块却知之甚少。而深入理解这些功能模块会为科学家进一步研究以至从头合成新型RNA剪接因子提供依据。 2018年11月7日，中科院计算生物学研究所、分子细胞科学卓越创新中心、中科院计算生物学重点实验室RNA系统生物学课题组王泽峰研究团队在国际知名学......阅读全文
Cell－Systems：构建RNA结合蛋白的剪接调控作用预测模型
基因组研究结果显示，人体内超过90%的基因存在选择性剪接(alternative splicing)。该过程在不同组织以及不同生理阶段受到严格的调控，其失调会导致多种疾病的发生。选择性剪接的体内调控主要由前体mRNA中的顺式元件(cis-elements) 招募反式剪接作用因子（trans-a
科研人员开发出RNA基础语言模型
在真核生物中，RNA转录、剪接、翻译和降解等生物学过程受到顺式调控元件、RNA结构和反式作用因子的调控。解析RNA多层次调控，对研究基因表达分子机制和设计RNA药物具有重要意义。但是，由于调控复杂和数据量不足，构建RNA调控的预测模型面临挑战。 近日，中国科学院上海营养与健康研究所研究员张国庆
环状RNA结合功能蛋白
环状RNA作为研究持续火热的明星分子，不同于对其丰富的表达谱研究，环状RNA功能机制研究还仅仅处在起步阶段。环状RNA研究多为miRNA海绵机制，部分circRNA可竞争性结合miRNA，解除miRNA对靶基因的抑制作用，上调靶基因的表达。其实，环状RNA可以通过结合不同种类的功能蛋白，分别在转录前
英国研究构建叶绿体RNA聚合酶原子模型
叶绿体中的RNA聚合酶比较独特，它拥有比蓝藻还多的亚基，转录机制也更复杂。为进一步探究叶绿体RNA聚合酶的结构，英国约翰英纳斯中心科研人员使用冷冻电镜，对从白芥菜提取出来的叶绿体RNA聚合酶样本进行成像，并研究分析了其中的21个亚基等结构的作用，建立了原子水平的数据模型。该模型揭示了超氧化物歧化
英国研究构建叶绿体RNA聚合酶原子模型
叶绿体中的RNA聚合酶比较独特，它拥有比蓝藻还多的亚基，转录机制也更复杂。为进一步探究叶绿体RNA聚合酶的结构，英国约翰英纳斯中心科研人员使用冷冻电镜，对从白芥菜提取出来的叶绿体RNA聚合酶样本进行成像，并研究分析了其中的21个亚基等结构的作用，建立了原子水平的数据模型。该模型揭示了超氧化物歧化
人工智能新模型实现精准RNA靶向和基因调控
据发表在最新一期《自然·生物技术》杂志上的新研究，美国研究人员开发了一种人工智能模型，可预测RNA靶向CRISPR工具的脱靶活性。该模型可精确地设计向导RNA并调节基因表达，这些精确的基因控制可用于开发基于CRISPR的新疗法。 美国纽约大学、哥伦比亚大学工程学院和纽约基因组中心研究人员进行的
RNA蛋白免疫沉淀技术简介
RIP技术（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA结合蛋白免疫沉淀），是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能帮助我们发现miRNA的调节靶点。RIP这种新兴的技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合
推动癌症发展的RNA结合蛋白
最近，一项关于白血病细胞基因表达的研究，发现了一种RNA结合蛋白，在推动癌症的发展过程中起着重要的作用。该蛋白通常活跃在胎儿组织，在成年人体内是关闭的，但它在一些癌细胞中被再度活化。这种表达模式使它成为抗癌药物的一个有吸引力的靶标，因为阻断它的活动，不太可能造成严重的副作用。 这项新的研究，发
简述蛋白质折叠的生长模型
根据这种模型,肽链中的某一区域可以形成“折叠晶核”,以它们为核心,整个肽链继续折叠进而获得天然构象。所谓“晶核”实际上是由一些特殊的氨基酸残基形成的类似于天然态相互作用的网络结构,这些残基间不是以非特异的疏水作用维系的,而是由特异的相互作用使这些残基形成了紧密堆积。晶核的形成是折叠起始阶段限速步
关于酪蛋白胶粒的Holt模型介绍
由Holt等（1998，2003）提出，在该模型中，酪蛋白胶粒是由酪蛋白分子缠结在一起，形成一个网状凝胶结构。在这一结构中，胶体磷酸钙微簇（colloidal calcium phosphate nanoclusters）对胶粒结构起稳定作用，它与钙敏性酪蛋白中的磷酸丝氨酸簇结合在一起，形成内部
诱骗RNA结合蛋白不与癌细胞中的天然RNA分子结合
科学家也开始变得“狡猾”，开始用欺骗来对抗癌症。希伯莱大学的研究人员发明了一种诱饵，可以阻止癌症用于转移的RNA结合蛋白。 近年来，RNA结合蛋白在肿瘤生长中起着重要作用已经成为不争的事实。这些蛋白在所有细胞中都很活跃，尤其是在癌细胞中，它们与RNA分子结合，加速癌细胞的生长。不幸的是，目前还
天然RNA文库筛选与蛋白特异性结合的RNA序列实验
实验方法原理 细胞中，蛋白质与 RNA 结合参与多种生理调控和发育过程。在 mRNA 的加帽，多聚腺苷酸化，剪切，核外运，翻译起始及降解等过程中都存在着蛋白质与 RNA 的直接相互作用。在发育的各个阶段，RNA 结合蛋白可以通过与 mRNA 的相互作用调控基因的表达。实验材料 mRNA寡核苷酸试剂、
天然RNA文库筛选与蛋白特异性结合的RNA序列实验
实验方法原理 细胞中，蛋白质与 RNA 结合参与多种生理调控和发育过程。在 mRNA 的加帽，多聚腺苷酸化，剪切，核外运，翻译起始及降解等过程中都存在着蛋白质与 RNA 的直接相互作用。在发育的各个阶段，RNA 结合蛋白可以通过与 m
天然RNA文库筛选与蛋白特异性结合的RNA序列实验
细胞中，蛋白质与 RNA 结合参与多种生理调控和发育过程。在 mRNA 的加帽，多聚腺苷酸化，剪切，核外运，翻译起始及降解等过程中都存在着蛋白质与 RNA 的直接相互作用。在发育的各个阶段，RNA 结合蛋白可以通过与 mRNA 的相互作用调控基因的表达。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编：郑晓飞
RIP技术（RNA结合蛋白免疫沉淀）
RIP技术（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA结合蛋白免疫沉淀），是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能帮助我们发现miRNA的调节靶点。RIP这种新兴的技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合
学者首次发现植物环状RNA编码蛋白
华南农业大学植物保护学院周国辉教授/杨新副研究员团队在国家自然科学基金等项目的资助下，首次发现植物环状RNA编码多肽的功能，并揭示该多肽赋予水稻对多种病原物的广谱抗性。2月25日，相关成果发表于《新植物学家》（New Phytologist）。水稻条纹花叶病毒的感染促进水稻植株中circ-WRKY9
酪蛋白胶粒的亚胶粒模型基本介绍
酪蛋白结构的亚胶粒模型于1967年由Morr提出，这一模型的主要观点是： ①酪蛋白胶粒是由许多亚胶粒（sub-micelle）构成的，胶体磷酸钙（colloidal calcium phosphate，CCP）对亚胶粒和胶粒的形成起关键作用； ②构成酪蛋白胶粒的亚胶粒有两类，一类为不含κ-c
简述极低密度脂蛋白结构模型
极低密度脂蛋白：运输肝脏中合成的内源性甘油三酯。无论是血液运输到肝细胞的脂肪酸，或是糖代谢转变而形成的脂肪酸，在肝细胞中均可合成甘油三酯。在肝细胞内，甘油H酯与APOB100、胆固醇等结合，形成VLDL并释放入血。在低脂饮食时，肠粘膜也可分泌一些VLDL入血。VLDL入血后的代谢，大部分变成低密
蛋白质结构和功能的基础模型
蛋白质设计程序使用在体内环境中驱动蛋白质的分子力的计算机模型。为了使问题易于解决，蛋白质设计模型简化了这些作用力。尽管蛋白质设计程序相差很大，但它们必须解决四个主要的建模问题：设计的目标结构是什么，目标结构允许什么样的灵活性，搜索中包括哪些序列，以及将使用哪个力场来分数序列和结构。目标结构蛋白质功能
蛋白质折叠的框架模型的介绍
框架模型[4] 假设蛋白质的局部构象依赖于局部的氨基酸序列。在多肽链折叠过程的起始阶段,先迅速形成不稳定的二级结构单元； 称为“flickering cluster”,随后这些二级结构靠近接触,从而形成稳定的二级结构框架；最后,二级结构框架相互拼接,肽链逐渐紧缩,形成了蛋白质的三级结构。这个模型
科学家首次展示RNA剪接分子时钟精确原子模型
西湖大学生命科学学院施一公教授研究组题为《ATP水解酶/解旋酶Prp2及其激活因子Spp2催化剪接体激活过程中结构重塑的分子机理》的论文，11月27日在《科学》杂志以长文形式发表。此文报道了酿酒酵母处于激活状态的剪接体2.5埃的高分辨率电镜结构，该结构是目前报道的最高分辨率的剪接体结构，首次展
健康所在RNA结合蛋白调节信使RNA翻译研究中取得新进展
近日，国际学术期刊Molecular and Cellular Biology在线发表了中科院上海生命科学研究院/上海交通大学医学院健康所核酸与分子医学研究组的最新研究进展：AU-Rich Element-Dependent Translation Repression Requires the
TRIzol法同时提取RNA、DNA、蛋白质
TRIzol试剂适用于从细胞和组织中快速分离RNA。TRIzol试剂有多组分分离作用，与其他方法如硫氰酸胍/酚法、酚/SDS法、盐酸胍法、硫氰酸胍法等相比，最大特点是可同时分离一个样品的RNA\DNA\蛋白质.TRIzol使样品匀浆化，细胞裂解，溶解细胞内含物，同时因含有RNase抑制剂可保持RNA
TRIzol法同时提取RNA、DNA、蛋白质
TRIzol试剂适用于从细胞和组织中快速分离RNA。TRIzol试剂有多组分分离作用，与其他方法如硫氰酸胍/酚法、酚/SDS法、盐酸胍法、硫氰酸胍法等相比，最大特点是可同时分离一个样品的RNA\DNA\蛋白质.TRIzol使样品匀浆化，细胞裂解，溶解细胞内含物，同时因含有RNase抑制剂可保持RNA
预测蛋白质序列的新AI模型问世
瑞士洛桑联邦理工学院开发了一种名为CARBonAra的新型人工智能（AI）驱动模型。该模型可以根据不同分子环境所施加限制的主链支架预测蛋白质序列，有望在蛋白质工程及包括医学和生物技术在内的多个领域带来重大进展。这一成果发表在最新一期《自然·通讯》杂志上。CARBonAra是在一个包含约370000个
预测蛋白质序列的新AI模型问世
瑞士洛桑联邦理工学院开发了一种名为CARBonAra的新型人工智能（AI）驱动模型。该模型可以根据不同分子环境所施加限制的主链支架预测蛋白质序列，有望在蛋白质工程及包括医学和生物技术在内的多个领域带来重大进展。这一成果发表在最新一期《自然·通讯》杂志上。CARBonAra是在一个包含约370000个
蛋白质折叠的拼版模型的介绍
此模型[9]的中心思想就是多肽链可以沿多条不同的途径进行折叠,在沿每条途径折叠的过程中都是天然结构越来越多,最终都能形成天然构象,而且沿每条途径的折叠速度都较快,与单一途径折叠方式相比,多肽链速度较快,另一方面,外界生理生化环境的微小变化或突变等因素可能会给单一折叠途径造成较大的影响,而对具有多
预测蛋白质序列的新AI模型问世
瑞士洛桑联邦理工学院开发了一种名为CARBonAra的新型人工智能（AI）驱动模型。该模型可以根据不同分子环境所施加限制的主链支架预测蛋白质序列，有望在蛋白质工程及包括医学和生物技术在内的多个领域带来重大进展。这一成果发表在最新一期《自然·通讯》杂志上。使用CARBonAra进行序列预测（示意图
预测蛋白质序列的新AI模型问世
使用CARBonAra进行序列预测（示意图）。图片来源：瑞士洛桑联邦理工学院科技日报北京8月8日电 （记者张佳欣）瑞士洛桑联邦理工学院开发了一种名为CARBonAra的新型人工智能（AI）驱动模型。该模型可以根据不同分子环境所施加限制的主链支架预测蛋白质序列，有望在蛋白质工程及包括医学和生物技术在内
极低密度脂蛋白结构模型的介绍
极低密度脂蛋白：运输肝脏中合成的内源性甘油三酯。无论是血液运输到肝细胞的脂肪酸，或是糖代谢转变而形成的脂肪酸，在肝细胞中均可合成甘油三酯。在肝细胞内，甘油H酯与APOB100、胆固醇等结合，形成VLDL并释放入血。在低脂饮食时，肠粘膜也可分泌一些VLDL入血。VLDL入血后的代谢，大部分变成低密