Cell封面：非洲狩猎者的全基因组
在非洲人类的多样性远胜过世界上任何其他的地方。不同的食物来源、地理、疾病和气候为自然选择提供了许多的目标，对非洲人施加强大的压力以改变和适应当地的环境。适应最好的个体最有可能复制和传递他们的基因组给后代。 遗传的历史就书写在现代非洲人的DNA中，但还需要一些调查工作来对其进行注释。在即将出现在8月3号《细胞》(Cell)杂志封面上的一篇报道中，宾夕法尼亚大学的遗传学家们和他们的同事对分属三个不同狩猎者(hunter-gatherer)群体的15个非洲人的完全测序基因组进行了分析，并破解了一些必定涉及人类多样性和进化的遗传密码的信息。 领导这一研究的是任职于宾夕法尼亚大学艺术与科学学院生物系和佩雷尔曼医学院遗传系的Sarah Tishkoff教授。 该研究讲述了几个故事。它鉴别了从前在人类中未知的数百万个遗传突变。它发现的证据表明现代人类的直系祖先有可能与未知古人类祖先群的成员发生了交配。它表明了不同的群体明......阅读全文
植物多样性能预测昆虫多样性
日前，应用宏条形码技术，中科院昆明动物研究所研究员俞维理课题组对“植物多样性精确预测昆虫多样性”的重要结论进行了验证和扩展。 昆虫具有宿主特异性，因此植物多样性应该能够预测昆虫多样性，但是已有的研究并不支持该结论；直到Basset 等人在一个热带森林里进行前所未有的全面采样，并结合复杂的统计模
研究人员发布全基因组单核苷酸变异数据库
10月22日，国际学术期刊Genome Biology 以PGG.SNV： understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse popul
研究人员从从基因组水平揭示食肉目染色体进化规律
染色体进化是物种形成和演化的重要驱动因素。具有显着核型差异的食肉目动物为染色体进化研究提供了很好的研究素材。虽然前人通过比较染色体涂色法建立了食肉目内许多物种的染色体比较图谱，但这些研究的分辨率比较低，尚没有深入到精细的核苷酸水平，也不能在核苷酸水平研究不同食肉目物种间的共线性区块、染色体重排以
水生所揭示鲤科鱼类基因组加倍促进血氧系统表型多样性
生物的生存、繁殖、以及分布或多或少都受到环境氧的影响。生物的正常有氧代谢有赖于保持氧的需求（代谢）和供应（储存和传递）的平衡关系。而实现这一平衡关系主要依靠生物体内特异的血氧传递系统。血氧系统的多样化不仅体现了物种在生理上的多样性，也从侧面反映了物种对环境的适应能力。在进化史上，基因组加倍是生物
生科院发布首个全球人群基因组多样性和祖源信息数据库
11月3日，中国科学院上海生命科学研究院（人口健康领域）计算生物学研究所徐书华课题组的研究成果，以PGG.Population: a database for understanding genomic diversity and genetic ancestry of human popula
HPV病毒：看我七十二变
巴西圣保罗大学的研究人员发现，宫颈癌患者体内的人乳头瘤病毒（HPV）基因组比我们想象的更加多样化。这一成果于本月发表在《Infection, Genetics and Evolution》上，可能有助于我们理解为什么有些宫颈病变会转为恶性。 人乳头瘤病毒与浸润性宫颈癌以及皮肤疣等良性疾病存在关
多种养殖哺乳动物携带的病毒基因组遗传多样性被解码
复旦大学公共卫生学院教授粟硕团队与中国科学院微生物研究所研究员毕玉海等合作者，揭示了多种哺乳动物宏基因组数据中的病毒基因组组成、生态学特征与潜在跨物种传播风险，为构建“人-动物-环境”一体化、多维度新发传染病预测预警体系奠定了重要数据基础。9月4日，相关研究发表于《自然》。21世纪以来，人类多次经历
遗传多样性缺失导致少量人种被忽略－基因组学应包容性
一个来自被忽略人种的研究 几十年来，Néstor Ruiz Hernández一直在争取认可。他在墨西哥南部太平洋沿岸的一个小镇长大。在那里，他和其他许多人都是十六世纪被人贩子从非洲贩运到墨西哥的奴隶的后代。他们认为自己是Afromexican，但该组织并未被墨西哥政府正式承认为少数族裔群体。
华南虎后代仍保持适度遗传多样性
4月18日，《BMC生物学》发表的一项研究发现，虽然华南虎已在野外灭绝，但其圈养后代仍保持着适度水平的遗传多样性。该研究指出，未来华南虎繁育有望借助基因组学提供的信息，减少亚种内遗传多样性的丢失。 目前，所有圈养华南虎均为野外捕捉的两只雄虎和4只雌虎的后代。中国科学院昆明动物研究所博士生涂小龙
非洲首个大型人类基因组学研究揭示高水平遗传多样性
南非科技部资助的“南部非洲人类基因组计划（SAHGP）”，顺利完成了对24名来自不同民族语言个体的全基因组测序，证实非洲人群存在高水平的遗传多样性，研究结果发表在《自然-通讯》期刊上。 该计划是非洲首个由政府资助开展的人类基因组学研究，旨在揭示南部非洲人群的独特遗传特征，全方位发掘各类人群
非洲首个大型人类基因组学研究揭示高水平遗传多样性
南非科技部资助的“南部非洲人类基因组计划（SAHGP）”，顺利完成了对24名来自不同民族语言个体的全基因组测序，证实非洲人群存在高水平的遗传多样性，研究结果发表在《自然-通讯》期刊上。 该计划是非洲首个由政府资助开展的人类基因组学研究，旨在揭示南部非洲人群的独特遗传特征，全方位发掘各类人群
人类基因组完整改组图谱绘成－深化人们对遗传多样性的理解
冰岛基因解码公司科学家完成了一项重要研究。他们绘制了一份人类基因组完整改组图谱，即详尽的人类DNA在生殖过程中混合方式的地图。这项研究深化了人们对遗传多样性的理解，是25年来科学家探索人类基因组中新生多样性产生机制，以及与健康和疾病关联研究的延续。相关成果22日发表在《自然》杂志上。 论文的作
国际热带生物多样性及基因组学专题研讨会在版纳园召开
6月27日至7月1日， 国际热带生物多样性及基因组学专题研讨会（Workshop on Tropical Biodiversity and Genomics）在中科院西双版纳热带植物园召开，来自十多个不同国家的三十余名科研人员参加了研讨会。 本次研讨会历时五天，
PNAS：基因组测序揭开蛙壶菌的古老历史
蛙壶菌是一种造成近年来全球两栖类种群衰退的一种真菌。 近日，一支国际研究团队研究人员描述了蛙壶菌(Batrachochytrium dendrobatidis，Bd)的基因组，探索了蛙壶菌的进化史，希望找到可能有助于研究人员应对这种致命的真菌爆发的线索。 研究人员对来自北美、中美
科学家揭示人类表观遗传多样性模式
来自美国和加拿大的研究团队发表了关于世界各地不同人群之间表观遗传变异的最新研究进展。研究人员对来自世界五个不同种群 DNA 甲基化、基因型和基因表达的数据进了分析。研究发现，在人群范围内的表观遗传变化比 DNA 序列的变化快得多。相关研究于今日发表在 Nature Ecology and Evo
新软件按需组装无缝基因组序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日报北京2月16日电 （记者张梦然）美国国立卫生研究院研究人员发布了一种创新的软件工具，用于组装来自各种物种的真正完整（即无缝）的基因组序列。这种名为Verkko的软件在芬兰
猛犸象或亡于意外而非近亲繁殖
1万年前，最后的猛犸象种群被隔绝在西伯利亚的弗兰格尔岛上，当时海平面上升，切断了这个多山的岛屿与大陆的通路。一项新基因组分析显示，这些在岛上孤立生活了6000年的猛犸象，最多起源于8只个体，但在20代内增长到200~300只个体。科学家在6月27日发表于《细胞》的一项研究中认为，弗兰格尔岛猛犸象的基
猛犸象或亡于意外而非近亲繁殖
1万年前，最后的猛犸象种群被隔绝在西伯利亚的弗兰格尔岛上，当时海平面上升，切断了这个多山的岛屿与大陆的通路。一项新基因组分析显示，这些在岛上孤立生活了6000年的猛犸象，最多起源于8只个体，但在20代内增长到200~300只个体。科学家在6月27日发表于《细胞》的一项研究中认为，弗兰格尔岛猛犸象的基
基因组测序揭示家鸽起源史
2月1日，由美国犹他大学、深圳华大基因研究院等单位合作完成的鸽子基因组研究成果在《科学》杂志在线发表。该研究从分子层面揭示了家鸽的起源历史，并发现了鸽子羽冠多样性的遗传基础。 据悉，鸽子是目前为数不多的已完成测序的鸟类之一，其基因组与家鸡、火鸡、斑马雀及虎皮鹦鹉的基因组一起，将为鸟类的群体
基因组测序揭示家鸽起源史
2月1日，由美国犹他大学、深圳华大基因研究院等单位合作完成的鸽子基因组研究成果在《科学》杂志在线发表。该研究从分子层面揭示了家鸽的起源历史，并发现了鸽子羽冠多样性的遗传基础。 据悉，鸽子是目前为数不多的已完成测序的鸟类之一，其基因组与家鸡、火鸡、斑马雀及虎皮鹦鹉的基因组一起，
科学家成功解析大型褐藻基因组
日前，中国水产科学研究院黄海水产研究所海藻研究团队与中科院北京生命科学院等单位合作，成功解析了大型褐藻——海带的基因组，阐述了其进化和适应的分子机制，揭示了我国养殖海带群体生物多样性不足的现状，为大型褐藻种质资源研究和利用提供了新的数据和启示。相关成果发布在《自然—通讯》杂志上。 大型褐藻是
如何通过计算多样性指数评估苔藓物种多样性
通过计算多样性指数来评估苔藓物种多样性，通常可以按照以下步骤进行：数据收集首先，需要通过实地调查、标本采集等方法，确定研究区域内苔藓的物种组成以及每个物种的个体数量。选择多样性指数常见的用于评估苔藓物种多样性的指数包括香农 - 威纳指数（Shannon-Wiener Index）、辛普森指数（Sim
Cell：大规模微生物组分析发现了数千个新物种
意大利特伦托大学等机构的研究人员通过测序人类微生物组样本中的9,000多个宏基因组，发现了超过15万个微生物基因组，其中大多数是此前未知的。这项重要成果于上周发表在《Cell》杂志上。 意大利特伦托大学等机构的研究人员通过测序人类微生物组样本中的9,000多个宏基因组，发现了超过15万个微生物
物种多样性指数
物种多样性指数类别名称计算公式物种多样性指数Simpson指数D=1-∑Ni2Shannon-Wiener指数H=-∑PilogPi备注：式中，N为群落中所有物种个体总数，Pi=ni/N，ni为物种i的重要值，Ni为物种i的个体数。
抗体的多样性
人血清中的抗体多种多样，B淋巴细胞可产生的抗体种类在108以上，可与众多不同抗原发生特异性结合。抗体多样性的原因主要有两方面： 1．外源性因素环境中抗原种类甚多，每种大分子抗原又有多种抗原表位，每种抗原表位均可选择激活体内一个B细胞克隆，产生一种特异性抗体。 2．内源性因素抗体多样性的另一个
抗体的多样性
人血清中的抗体多种多样，B淋巴细胞可产生的抗体种类在108以上，可与众多不同抗原发生特异性结合。抗体多样性的原因主要有两方面：1．外源性因素环境中抗原种类甚多，每种大分子抗原又有多种抗原表位，每种抗原表位均可选择激活体内一个B细胞克隆，产生一种特异性抗体。2．内源性因素抗体多样性的另一个原因是由基因
Science：奇特的准有性基因转移
聚球藻属蓝细菌（cyanobacteria Synechococcus）生活在美国黄石国家公园的温泉中。日前，斯坦福大学的科学家们对这种细菌的天然种群进行了大规模测序，分析了其中的遗传多样性，揭示了这种多样性的形成机制。 研究人员发现，这些细菌存在高水平的遗产物质分享和交换，就像一个流动的基因
韩斌NatGenetics发文探讨重要研究进展
来自中科院上海生命科学研究院植物生理生态研究所韩斌研究员，以及黄学辉博士在最新一期(7月)Nature Genetics杂志上发表题为“A crop of maize variants”点评文章，探讨了近期关于不同玉米品种的大规模重测序，以及比较基因组分析的三项重要研究进展。 玉米是世
科学家完成90个鹰嘴豆基因组测序
1月28日，《自然—生物技术》杂志在线发表了国际鹰嘴豆基因组测序协作组(ICGSC)90个鹰嘴豆基因组测序及分析的成果。该协作组由来自10个国家、23个研究机构的49名科学家组成，深圳华大基因研究院也参与了该项研究。 据了解，鹰嘴豆是全球第二大豆类作物，营养价值高、耐旱性强，主要集中在热带
Science发表超深度线粒体RNA测序
蒙特利尔大学的一项新研究显示，线粒体遗传物质在个体内和个体间具有显著的多样性，而线粒体RNA上的修饰影响着我们每个人的身体健康。 线粒体基因组中的突变与多种疾病和生物学过程有关，然而此前人们还不了解线粒体转录组中的序列多样性。这项研究通过超深度线粒体RNA测序，首次为人们展示了线粒体RNA