小鼠心脏组织蛋白样品的蛋白质组学分析
实验概要本实验提供了一个心脏组织2-DE蛋白样品制备及检测的流程，为蛋白质双向电泳实验做好准备。实验步骤1. 心脏组织2-DE蛋白样品的制备 1) 将冷冻的小鼠心脏组织在液氮条件下研磨成粉末； 2) 然后加入5 x体积蛋白裂解液(7 M Urea, 2 M Thiourea, 40 mM Tris, 4 % CHAPS, 65mMDTT, 1 mM EDTA, 1 mM PMSF, 5 mM protease inhibitor cocktail, 0.5% Pharmaltes, pH3-10)，用Teflon匀浆器匀浆组织1 min，超声匀浆30s； 3) 室温放置10 min，4oC； 4) 14,000 g离心30 min，收集上清，-80oC储存备用。蛋白质裂解液保存在......阅读全文
双向电泳(twodimensional－electrophoresis,2DE)3
2．[操作步骤]1. 将标准品BSA(5mg/ml)先稀释成0.5 mg/ml，2. 按0, 1, 2, 4, 8, 12, 16, 20μl分别加到96孔板中，加DDW补足到20μl。3. 加适当体积样品（4μl）到96孔板的样品孔中，加DDW到20μl。4. 各孔加入200μl G-250染色液
双向电泳(twodimensional－electrophoresis,2DE)6
我们本次实验使用的是银染。银染的方法种类很多，目前有文献报道的就有100多种。但是其准确的染色机制还不是特别的清楚。大致的原理是银离子在碱性pH环境下被还原成金属银，沉淀在蛋白质的表面上而显色。 由于银染的灵敏度很高，可染出胶上低于1 ng/蛋白质点，故广泛的用在2D凝胶分析上。待找到自己感
双向电泳(twodimensional－electrophoresis,2DE)2
2．[操作步骤] 1. 将研磨管离心一分钟（不低于12000×g）弃上清。 2. 加入裂解液（200-300ul）充分vortex. 3. 再加入样品鼠脑组织（低于100mg）充分研磨。然后可以再加入裂解液至1ml.. 4. 将组织悬液离心5-10min(高于12000
双向电泳(twodimensional－electrophoresis,2DE)5
六、第二向 SDS-PAGE1．[基本原理]蛋白质在聚丙烯酰胺凝胶中电泳时，它的迁移率取决于它所带净电荷以及分子的大小和形状等因素。如果加入一种试剂消除电荷、形状等因素的影响，使电泳迁移率只取决于分子的大小，就可以用电泳技术测定蛋白质的分子量。1967年，Shapiro等发现在样品介质和聚丙烯酰胺凝
双向电泳(twodimensional－electrophoresis,2DE)1
一、蛋白质组学概论随着人类基因组计划的实施，生命科学步入了后基因组时代，出现了不同于以往经典生物实验科学的全新的研究方式─“生物大科学”。这种生物大科学的核心思想是整体性研究，即以生物体内某类物质为对象进行完整的研究。过去对生命活动的研究仅限于研究细胞内个别的基因或蛋白质，而基因组学和蛋白质组学的目
双向电泳(twodimensional－electrophoresis,2DE)4
由于合成载体两性电解质（synthetic carrier ampholyte SCA）是通过复杂的合成过程得到的，其重复性很难控制，由此不同批次之间会存在很大的变化，同一蛋白质在不同批 图-1. 等电聚焦的“聚焦效应” 次等电聚焦中所出现的位置有所偏差，这样作为双向电泳中的一向时就限
双向凝胶电泳技术(2DE)的技术原理
双向凝胶电泳技术与质谱技术是目前应用最为广泛的研究蛋白质组学的方法。双向凝胶电泳技术利用蛋白质的等电点和分子量差别将各种蛋白质区分开来。虽然二维凝胶电泳难以辨别低丰度蛋白，对操作要求也较高，但其通量高、分辨率和重复性好以及可与质谱联用的特点，使其成为目前最流行、可靠的蛋白质组研究手段。双向凝胶电泳技
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验
实验步骤：3.1 PROTICdb 概述在输入或浏览数据时，每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户（由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户，首先要创建一个新的项目。一旦建立，该项目就属于这个用户，这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度，尽量不要用手动输入操作。因此，
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验
仪器、耗材DBMS实验步骤3.1 PROTICdb 概述在输入或浏览数据时，每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户（由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户，首先要创建一个新的项目。一旦建立，该项目就属于这个用户，这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度，尽量不要用手动输入操作
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（四）
4. 质谱鉴定报告文件上传PROTICdb 兼容以制表分隔的文本格式输出的 Sequest 鉴定报告（见注释 13) 。( 1 ) 为演示，访问 http: //location 一 of/your/proticdb/home/demo. php。点击 “formto obtain the
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（二）
4. 梅拉尼生成的输出文件的上传( 1 ) 由梅拉尼软件生成一个检测报告，并把它输出到一制表分隔的文本格式文件 ( 见注释 9)。 文件扩展名为 “ txt. ” 。 本演示中，使用 PROTICdb Demo, zip 中的 detections /DV02121001. txt 文件
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（一）
仪器、耗材 DBMS实验步骤 3.1 PROTICdb 概述在输入或浏览数据时，每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户（由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户，首先要创建一个新的项目。一旦建立，该项目就属于这个用户，这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度，尽量不要用手动
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（六）
( 18 ) 当移动鼠标到两个链接的蛋白点之一上时，与这个点链接的每个点的十字标记的颜色都变成橙色 （在另一块胶上有一个匹配的蛋白点）。当鼠标点到这些点中的一个时，只有包括在同一个网络中的点显示橙色（ 图 23-12)。你可以通过声明一个新的关系，确认这些数据，这样就可以扩大点的网络。( 1
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（三）
2. 质谱鉴定命令单个蛋白质点可能被命名为几个名称或代码，如检测点数、匹配数、采集数等。因此，用一个质谱图去关联一个适当的蛋白点没有多大意义。为了避免错误， PROTICdb 的工作流程之一是生成一个携带单一的，送去做质谱鉴定的蛋白点质谱仪 ID 的文件 ( 相当于一个命令)。质谱仪就可以将
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（五）
( 10 ) 鼠标左键点击同一个点（342 号）（见注释 20) ，激活蛋白点信息框。蛋白点的数据按以下 4 个条目排列：概要、关系、鉴定和量化。每个条目对应的信息可被不断充实。其中鉴定包括质谱的详细数据。( 11 ) 开发鉴定、质谱详细数据和下一个子目录。从质谱数据分析得到了每个匹配结果，首先得到
Delta2D－和－Proteomweaver：两款2DE分析工具的性能评估
电泳学杂志《Electrophoresis》于2010年31卷发表了一篇Decodon公司的2-DE（2D凝胶电泳）分析软件Delta2D (D2D)与另一款同类分析软件Proteomweaver (PW)性能比较的文章，题目是：《Delta2D 和 Proteomweaver：两款2-DE
二维聚丙烯酰胺凝胶电泳的样品制备——可溶性样品
多种用于蛋内质组学研究的蛋白质分离方法得到了发展，如基因芯片技术的应用. 蛋白复合物的质谱直接分析、亲和标签的使用以及大规模酵母双杂交筛选系统。但是，二维聚丙烯酰胺凝胶电泳 (two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis, 2-DE) 依然是大
二维聚丙烯酰胺凝胶电泳的样品制备
可溶性样品 组织样品准备 细胞 样品分级 实验方法原理 由于2-DE 所分析样品的多样性，没有一种制备方法可以普遍
二维聚丙烯酰胺凝胶电泳的样品制备
实验方法原理 由于2-DE 所分析样品的多样性，没有一种制备方法可以普遍适用于各种样品，但有几点考虑一定要提出，很有必要尽量减少可能在 2-DE 谱中导致假点 (artifactualspot) 的蛋白质修饰，在实验中，含尿素的样品一定不要加热，因为加热后尿素分解产生的异氰酸盐可能对蛋白
二维聚丙烯酰胺凝胶电泳样品的溶解与还原
实验方法原理 理想的 2-DE 溶解应能达到破坏所有非共价结合蛋白质复合物和聚积体，形成各个多肽的溶解液。如不能达到这一点，样品中结合牢固的蛋白质复合物可能使 2-DE 中出现新的蛋白质点，相应地表示单个多肽的点强度将下降。此外，溶解方法必须允许可能干扰 2-DE 分离的盐、脂类、多糖和
二维聚丙烯酰胺凝胶电泳样品的溶解与还原
实验方法原理理想的 2-DE 溶解应能达到破坏所有非共价结合蛋白质复合物和聚积体，形成各个多肽的溶解液。如不能达到这一点，样品中结合牢固的蛋白质复合物可能使 2-DE 中出现新的蛋白质点，相应地表示单个多肽的点强度将下降。此外，溶解方法必须允许可能干扰 2-DE 分离的盐、脂类、多糖和核酸等物质的去
二维聚丙烯酰胺凝胶电泳样品的溶解与还原
基本方案 实验方法原理 理想的 2-DE 溶解应能达到破坏所有非共价结合蛋白质复合物和聚积体，形成各个多肽的溶解液。如不能达到这一点，样品中结合
双向电泳
蛋白质组研究的发展以双向电泳技术作为核心. 双向电泳由O’Farrell’s于1975年首次建立并成功地分离约1 000个E.coli蛋白，并表明蛋白质谱不是稳定的，而是随环境而变化. 双向电泳原理简明，第一向进行等电聚焦，蛋白质沿pH梯度分离，至各自的等电点；随后，再沿垂直的方向进行分子量
蛋白质组技术的研究进展（一）
大规模基因组测序计划的实施已改变生命科学的重心，在相当短的时期内，一些原核生物和某些低等真核生物的基因组序列已被测定. 1995年，流感嗜血杆菌基因组序列首次被破译，在此后不到两年的时间，近50个细菌的基因组序列已被完成. 然而，这仅仅是理解有机物功能的一个起点. 在基因组时代，许多DNA序列信
Isolation－of－Cell－Wall－Proteins－from－Medicago－sativa－Stems
Plant cell walls are highly dynamic and chemically active components of plant cells. Cell walls consist primarily of polysaccharides, with protei
概述溴酚蓝的配置方法
方法1：1%的溴酚蓝 将托盘天平上称取1g溴酚蓝定溶于100ml无水乙醇中，转移入滴瓶中，贴标签备用。 方法2：0.05%的溴酚蓝 配western blot用的2*SDS上样缓冲液需要用到0.1%的溴酚蓝，2-DE中溴酚蓝一般也是配成0.1%母液。实际上，溴酚蓝在水中的溶解度不高，直接将
溴酚蓝的使用配置方法
方法1：1%的溴酚蓝将托盘天平上称取1g溴酚蓝定溶于100ml无水乙醇中，转移入滴瓶中，贴标签备用。方法2：0.05%的溴酚蓝配western blot用的2*SDS上样缓冲液需要用到0.1%的溴酚蓝，2-DE中溴酚蓝一般也是配成0.1%母液。实际上，溴酚蓝在水中的溶解度不高，直接将0.1g溴酚蓝溶
溴酚蓝的配置方法
方法1：1%的溴酚蓝将托盘天平上称取1g溴酚蓝定溶于100ml无水乙醇中，转移入滴瓶中，贴标签备用。方法2：0.05%的溴酚蓝配western blot用的2*SDS上样缓冲液需要用到0.1%的溴酚蓝，2-DE中溴酚蓝一般也是配成0.1%母液。实际上，溴酚蓝在水中的溶解度不高，直接将0.1g溴酚蓝溶
蛋白鉴定方法之图象分析技术
“满天星”式的2-DE图谱分析不能依靠本能的直觉，每一个图象上斑点的上调、下调及出现、消失，都可能在生理和病理状态下产生，必须依靠计算机为基础的数据处理，进行定量分析。 在一系列高质量的2-DE凝胶产生（低背景染色，高度的重复性）的前提下，图象分析包括斑点检测、背景消减、斑点配比和数据库构建。
二维聚丙烯酰胺凝胶电泳的样品制备——组织样品准备
实验材料 固体组织样品 试剂、试剂盒 溶解缓冲液 仪器、耗材 研钵 实验步骤 固体组织样品常在溶解缓冲液中破碎，最好的方法是在组织冷冻及液氮温度的条件下破碎。包裹在铝箔并贮存于液氮中的较小组织样品，可以夹在两个冷研块或基体中间用杵和研钵在液氮环境下压碎