中国首发纳米孔RNA直接测序揭示其在全长转录本中的作用
近日发表在RNA Biology上的研究中，来自中国科学院北京生命科学研究院、动物研究所及中国科学院大学等多家单位的科学家们首次通过5’-Cap捕获法对蝗虫的 RNA直接测序，揭示了Piwi 外显子化模式的广泛建立以及蝗虫转录组中的转座子（TEs）对RNA剪接的重要作用。 转座子（TEs）在后生动物物种中表现出广泛的转录活性，它们的表达受到Piwi 蛋白通过转录沉默和转录后沉默两种模式的限制。TEs插入到内含子中被剪切机制识别，当做外显子添加到RNA转录本中的过程被称为外显子化，外显子化TEs包含许多剪接供体和受体位点，这有助于形成可变剪切转录本。插入宿主基因的TE外显子能够生成新的外显子可变剪接，这些新的可变剪接可能作用于新的基因，但很少有在全基因组规模上进行TEs的转录本研究，这主要由于短读长测序技术不能够精准组装转录组或者读取重复区域。 文章中提到： 准确测定全长RNA转录本序列是转录组研究的基础，短读长高通量R......阅读全文
纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述
RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中，转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本，可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时，cDNA测序也极大
纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述
RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中，转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本，可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时，cDNA测序也极大
纳米孔测序技术
测序长度和准确率的快速提升使得纳米孔测序有望颠覆DNA测序市场。纽约威尔康奈尔医学院的计算生物学家Christopher Mason喜欢在会议上表演一个“绝活”：他和同事先从志愿者手机上收集DNA样本，然后就能在一个小时内现场进行谱系分析，甚至叙述志愿者一天的生活细节。“我们能从留在手机上的DNA信
牛津纳米孔收购加拿大Northern－Nanopore－扩张固态纳米孔领域
近日，牛津纳米孔技术公司（Oxford Nanopore）表示收购加拿大生物技术初创公司Northern Nanopore Instruments（NNi），这家公司开发了一种固态纳米孔制造技术。 本次收购没有披露财务条款。 据Oxford Nanopore介绍，NNi专门从事低成本、精确的
中国首发纳米孔RNA直接测序揭示其在全长转录本中的作用
近日发表在RNA Biology上的研究中，来自中国科学院北京生命科学研究院、动物研究所及中国科学院大学等多家单位的科学家们首次通过5’-Cap捕获法对蝗虫的 RNA直接测序，揭示了Piwi 外显子化模式的广泛建立以及蝗虫转录组中的转座子（TEs）对RNA剪接的重要作用。 转座子（TEs）在后
纳米孔ZL之争落下帷幕
美国国际贸易委员会近日发布文件称，Illumina公司和英国牛津纳米孔公司的官司已经庭外和解。纳米孔公司同意不再出口或售卖包含氨基酸序列纳米孔的产品，并销毁目前库存的产品。但该文件也明确表示，这些限制不会影响牛津纳米孔对CsgG的使用。CsgG是相关诉讼开始后不就，牛津纳米孔发布的另一种新孔，基于全
详解牛津纳米孔测序仪
牛津纳米孔测序仪在美国人类遗传学学会年会上公布技术参数 2014年的ASHG年会于10月18日开始在圣地亚哥举行，有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinIon的现场演示，技术之创新，令人震惊!21日下午，牛津纳米孔公司特地在旁边的Hardrockho举行了一个小型的封闭式的技术说明会，讲解了纳米孔的
详解牛津纳米孔测序仪
2014年的ASHG年会于10月18日开始在圣地亚哥举行，有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinIon的现场演示，技术之创新，令人震惊!21日下午，牛津纳米孔公司特地在旁边的Hardrockho举行了一个小型的封闭式的技术说明会，讲解了纳米孔的测试结果。 尺寸 MinION的尺寸之小，大大出乎我的
新型纳米孔势阱实现水相中天然低分子量RNA结构动态检测
RNA三级结构的存在是行使丰富生理功能的基础[1]。tRNA、RNA适配体、核酶和核糖体等都是高度结构化的RNA机器。许多重要的代谢过程，包括蛋白质合成和RNA剪接，都是由具有复杂三级结构的RNA分子完成的。此外RNA三级结构在许多病毒系统中具有重要的生物学意义，许多病毒可以使用假结结构形成类似
纳米孔测序技术发展简介
随着对DNA结构和序列的研究，DNA测序技术不断发展，成为生命科学研究的核心领域，对生物、化学、电学、生命科学、医学等领域的技术发展起到巨大的推动作用。利用纳米孔研究出新型的快速、准确、低成本、高精度及高通量的DNA测序技术是后人类基因组计划的热点之一。 纳米孔测序技术发展简介 纳米孔检测技
牛津纳米孔技术公司CEO卸任
Oxford Nanopore Technologies（ONT），即牛津纳米孔技术公司，近期发布消息称，Gordon Sanghera 已通知董事会，计划辞去首席执行官（CEO）一职并退出董事会。ONT 董事会现已正式启动寻找继任者的工作，旨在带领公司迈向新的增长与商业化阶段。 Gordon
RNA电泳点样孔有条带为什么
1.总RNA可能有蛋白或者多糖等杂质污染，这些杂质阻碍核酸的出孔，使其滞留在加样孔附近，导致加样孔发亮2.梳子不干净，梳子长期使用后上面积攒了大量的EB或者其他杂质，用之前用水冲一冲3.点样量过大或者电压过大等原因，都会导致核酸出孔受阻，使得加样孔发亮
石墨烯上成功制备可控纳米孔
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2017/9/387887.shtm俄罗斯国家研究型工艺大学（NUST MISIS）的专家，与其他国家物理学家组成的国际小组共同开展一系列快重离子辐照石墨烯实验。结果显示，可以通过这种方式在石墨烯上制备直径可控的纳米孔。
－Oxford－Nanopore：纳米孔测序仪开放试用
在上个月的美国人类遗传学协会年会上，英国Oxford Nanopore Technologies公司宣布将启动MinION测序仪的试用计划。这次，它果然没有食言。MinION试用计划于11月25日启动，将延续到2014年初，具体截止日期未定。 根据这项试用计划，参与者须支付1,000美
纳米孔测序仪真机现身ASHG
英国Oxford Nanopore Technologies公司在年初的基因组生物学技术进展年会(AGBT)上发布了一款便携式的基因组测序仪MinION，性能强劲，价格给力，引发市场轰动。然而，大半年过去了，纳米孔测序仪却迟迟不见踪影，连更早发布的GridION也未上市。于是，生物界开始议论
纳米孔技术有望颠覆DNA测序市场
Christopher Mason有一个喜欢在会议上展示的技巧。通过从志愿者手机上收集的化验样本获取DNA，他和同事能在1个小时内现场进行谱系分析，甚至详细描述出捐赠者一天的生活细节。“我们能从手机上的残留物预言谁刚吃了一个橘子或者谁吃了猪肉。”美国纽约威尔康奈尔医学院计算生物学家Mason表示
Nature－Methods：纳米孔测序仪潜力无限
来自英国Oxford Nanopore公司的MinION是第一台商业化的纳米孔测序仪。它在带来无限希望的同时，也承受着高错误率的质疑。英国伯明翰大学的Nicholas J. Loman和爱丁堡大学的Mick Watson在最新一期的《Nature Methods》上撰文，称新开发的工具让纳米孔测
纳米孔测序的过去、现在和将来
纵观测序技术的发展历程，没有哪一个技术像纳米孔测序那样慢热，但也没有哪一个技术像纳米孔测序这么接近普罗大众。将单链DNA拉过蛋白孔，检测碱基穿过时电导的微小改变，纳米孔测序的这一基础理念已经有十几年历史了。 1996年哈佛大学的DanielBranton、加州大学的DavidDeamer及其同
“纳米卫星”能探索RNA折叠
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/3/495017.shtm 科技日报北京3月1日电 （记者张佳欣）RNA分子可以折叠成复杂的分子机器。受天然RNA机器的启发，丹麦奥尔胡斯大学研究人员开发了一种名为“RNA折纸”的方法，这使得人工设计出从单
“纳米卫星”能探索RNA折叠
RNA分子可以折叠成复杂的分子机器。受天然RNA机器的启发，丹麦奥尔胡斯大学研究人员开发了一种名为“RNA折纸”的方法，这使得人工设计出从单一RNA支架折叠而来的纳米结构成为可能。 发表在新一期《自然·纳米技术》上的这篇研究论文描述了如何使用RNA折纸技术来设计RNA纳米结构，这些结构由丹麦低
5纳米石墨烯纳米孔精确制备技术研究取得进展
日前，中国科学院重庆绿色智能技术研究院精准医疗单分子诊断技术研究中心在5纳米石墨烯纳米孔精确制备技术研究方面取得进展，研究成果以Precise fabrication of a 5nm graphene nanopore with a helium ion microscope forbiomo
2013值得关注的技术：纳米孔测序仪
《Nature Methods》杂志将2012年度技术授予了定向蛋白质组学(targeted proteomics)。同时，杂志还介绍了2013年值得关注的技术，包括纳米孔测序仪(Disruptive nanopores)、微生物组功能研究(Probing microbiome func
纳米孔测序搞定超级难搞的基因
Brenton Graveley是在2014年4月收到他的第一台MinION测序仪的。他所在的康涅狄格大学实验室是首批获得Oxford Nanopore Technologies测序仪的客户。尽管准确性不稳定，通量也不高，但Graveley和他的同事决定立刻就试试。 对于MinION，众多讨论
小小纳米孔破解蛋白质测序难题
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/503589.shtm
利用纳米孔强化金属－强度获得大幅提升
记者8月11日从中国科学院金属研究所沈阳材料科学国家研究中心获悉，该中心金海军研究员团队提出，如果细化至百纳米以下并弥散分布于材料中，孔洞将从有害材料缺陷转变为有益的“强化相”。该团队以金为模型材料，在研究中发现，添加弥散纳米孔在不损失甚至提高塑性的同时，可有效降低材料密度并大幅提升其强度。相关研究
利用纳米孔强化金属－强度获得大幅提升
从中国科学院金属研究所沈阳材料科学国家研究中心获悉，该中心金海军研究员团队提出，如果细化至百纳米以下并弥散分布于材料中，孔洞将从有害材料缺陷转变为有益的“强化相”。该团队以金为模型材料，在研究中发现，添加弥散纳米孔在不损失甚至提高塑性的同时，可有效降低材料密度并大幅提升其强度。相关研究结果8月9日发
纳米孔测序发现DNA损伤的新策略
最近，美国犹他大学的化学家们，设计了一种新的方法来检测DNA化学损伤，DNA损伤有时会导致基因突变，引发许多疾病，包括各种癌症和神经系统疾病。相关研究结果发表在十一月六日的《NatureCommunications》。 本文通讯作者、化学教授CynthiaBurrows说：“我们更进一步了解了
iPhone供电的纳米孔测序仪有望上市
Oxford Nanopore的用户组会议于上周四在伦敦召开。媒体并没有被邀请，不过一些用户和博主已经在Twitter上透露了最新消息。Oxford Nanopore正在开发一款智能手机供电的纳米孔测序仪以及一款低成本的文库制备系统。 Oxford Nanopore的用户组会议于上周四在伦敦召
纳米孔测序搞定超级难搞的基因
Brenton Graveley是在2014年4月收到他的第一台MinION测序仪的。他所在的康涅狄格大学实验室是首批获得Oxford Nanopore Technologies测序仪的客户。尽管准确性不稳定，通量也不高，但Graveley和他的同事决定立刻就试试。 对于MinION，众多讨论
纳米孔尺度对DNA输运速度的影响
图一：实验示意图 图二：分子动力学仿真模型示意图 基于纳米孔单分子传感器的第三代DNA测序技术，因其低成本，高通量等优势很有可能成为人类测序史上的创举。最近的一项研究发现，DNA在穿过10.8纳米的纳米孔道时的速度比穿过4.8纳米的纳米孔的速度降低了一倍，这对于实现DNA减速及单碱基精准测序