分析喜树的转录组数据发现双催化功能细胞色素P450酶
喜树碱（Camptothecin），是从我国特有植物喜树中分离鉴定的单萜吲哚生物碱，具有独特的抗肿瘤作用机理，其衍生物拓扑替康、伊立替康等是用于治疗小细胞肺癌、卵巢癌等几十种常见肿瘤的药物。 中国科学院成都生物研究所天然产物与临床转化重点实验室罗应刚课题组于近期通过分析、挖掘喜树的转录组数据，发现了具有双催化功能的细胞色素P450酶CYP72A565和CaCYP72A610：它们催化loganin的C-7与C-8之间的C-C键断裂反应，生成相应的secologanin。不同于之前报道的长春花CrSLS只能接受loganin为底物，CYP72A565和CaCYP72A610还可催化loganic acid发生C-C键断裂生成secologanic acid。进化树分析结果显示该两P450s与报道的CrDL7H在亲缘关系上非常近，且序列相似度也较高，作者推测CYP72A565和CaCYP72A610可能具有CrDL7H相同的催......阅读全文
分析喜树的转录组数据发现双催化功能细胞色素P450酶
喜树碱（Camptothecin），是从我国特有植物喜树中分离鉴定的单萜吲哚生物碱，具有独特的抗肿瘤作用机理，其衍生物拓扑替康、伊立替康等是用于治疗小细胞肺癌、卵巢癌等几十种常见肿瘤的药物。 中国科学院成都生物研究所天然产物与临床转化重点实验室罗应刚课题组于近期通过分析、挖掘喜树的转录组数据，
如何进行转录组数据分析
首先您做的事芯片呢？还是转录组测序呢？ 芯片我不是太了解，可能是封闭系统，目前看对于发现新转录本不是很有利。 若是做转录组测序，首先去除 序列，然后片段重叠。然后将将每一个read 到基因组，取得GO值，功能注释，转录水平评估，功能富集及pathway分析，若对新发现的转录本感兴趣还可以做转录本的功
如何进行转录组数据分析
芯片我不是太了解，可能是封闭系统，目前看对于发现新转录本不是很有利。若是做转录组测序，首先去除污染序列，然后片段重叠。然后将将每一个read定位到基因组，取得GO值，功能注释，转录水平评估，功能富集及pathway分析，若对新发现的转录本感兴趣还可以做转录本的功能预测及细胞定位。希望有高手来评价--
tBA－转录组数据基础分析
本公司采用自主研发与成熟开源软件相结合的方式构建了专业高效的生物信息分析流程，对您获得的海量RNA-seq序列的质量和多种重要信息进行图形可视化。我们的流程：1. Pretreatment（有效序列Reads提取）l 高通量测序质量评估，获得测序有效读长。l 剔除每条序列中的index序列和
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。 我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。 我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生物学数据集，
《自然》：700种转录组的补充数据
这是令生物信息学研究人员欢欣鼓舞的一天，因为美国国家基因组研究中心NCGR，联合戈登和贝蒂・摩尔基金会，以及全球各个科学研究机构，完成了700种海洋藻类基因组测序工作，其中包含了地球上最古怪，也最令人着迷的海洋藻类，这一项目是迄今为止同一领域中规模最大的研究项目，将有助于解析海洋微生物多样性，塑
转录组测序和全转录组测序的区别
全转录组广义上是指细胞在特定状态下所能转录出来的 所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA 。借助高通量测序技术，可以全面获取样本中转录产物信息，结合竞争性内源RNA ( ceRNA)机制， 进行联合分析，深入挖掘转录水平调控网络。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有
大鼠P450侧链裂解酶(P450－scc)ELISA检测法
大鼠P450侧链裂解酶(P450 scc)ELISA试剂盒 (用于血清、血浆、细胞培养上清液和其它生物体液内) 原理本实验采用双抗体夹心 ABC-ELISA法。用抗大鼠 P450 scc 单抗包被于酶标板上，标准品和样品中的 P450 scc与单抗结合，加入生物素化的抗大鼠P450 scc，形成免疫
昆明植物所关于喜树碱C9位后修饰酶的研究取得进展
喜树碱是一类单萜吲哚生物碱，存在于喜树、青脆枝和短小蛇根草等植物中。喜树碱可以选择性地结合DNA拓扑异构酶I并抑制其活性，从而发挥抗肿瘤活性。国内外学者研究了喜树碱类似物的化学半合成和全合成，并积累了喜树碱衍生物的构效关系数据。例如，在喜树碱C-9位或C-10位引入羟基、硝基和氨基等活性基团，可提高
转录组测序原理
而转录组测序即是利用高通量测序技术，将细胞或组织中的全部或部分mRNA, miRNA, lnc RNA 进行测序分析的技术。通过RNA-seq，也就是转录组测序，可以帮助我们了解各种比较条件下所有基因的表达差异包括：正常组织与肿瘤组织；药物治疗前后的表达差异；发育过程中，不同发育阶段，不同组织的表达
成都生物所研究构建易变山羊草首个转录组数据库
易变山羊草(2n=4x=28, UUSvSv, Ae. variabilis syn. Triticum peregrinum (Hack In J. Fraser) Marie & Hackel)是小麦的近缘物种，与小麦进行远源杂交时可产生可育后代，是小麦育种改良的重要资源。人们除了从
转录物组的定义
转录组也称“转录物组”。是一个基因组转录的所有RNA。
转录物组的定义
转录组也称“转录物组”。是一个基因组转录的所有RNA。
转录组测序流程步骤
以真核转录组测序为例，实验流程为总RNA提取-mRNA分离-建库试剂-定量-文库回收-桥式扩增-上机测序；项目分析流程为数据产出数据=数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析。
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代
空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例
单细胞转录组测序技术的如火如荼，伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展，可以看到，在现有的高通量检测技术领域，这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展，到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展，相信在接
大鼠P450侧链裂解酶(P450－scc)ELISA试剂盒使用说明
原理本实验采用双抗体夹心 ABC-ELISA法。用抗大鼠 P450 scc 单抗包被于酶标板上，标准品和样品中的 P450 scc与单抗结合，加入生物素化的抗大鼠P450 scc，形成免疫复合物连接在板上，辣根过氧化物酶标记的Streptavidin与生物素结合，加入底物工作液显蓝色，最后加
转录组测序与转录表达谱测序的异同
转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体基因表达谱(gene expression profile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特
研究开发单细胞空间转录组数据分析可视化平台
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的十大科学突破之首。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空
简述药物代谢酶细胞色素P450的原理
药物代谢酶细胞色素P450不仅可以代谢药物，还可以作为各种物质氧化的催化剂。科学家已经知道，P450在体内的表达随各种疾病的发生而变化，这种变化会影响患者体内相关代谢物的数量和质量。为此，日本研究团队首次将“P450抑制试验”用于诊断帕金森病。 在此项试验中，12种不同的人类P450分别与血清
转录物组学的定义
中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定 义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学（一级学科），总论（二级学科）
转录物组学的定义
中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定 义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学（一级学科），总论（二级学科）
全转录组测序文章
研究背景 长链非编码RNA（Long noncoding RNA，lncRNA）普遍被认为是一类不能编码蛋白的长链RNA。由于其序列较长，所以可以有较大的潜力形成多种复杂构象，从而通过不同生物学途径发挥其作用。此外，由于其不具备蛋白编码能力，因此此类RNA也主要由其碱基序列形成的高级
营养与健康所等研发空间转录组数据多模态可视化工具
5月22日，中国科学院上海营养与健康研究所等研究人员在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上在线发表了题为SMDB: a Spatial Multimodal Data Browser的最新研究成果。该项工作为研究人员提供了空间多模态数据的交互可视化探索工具。 通过对组
北京基因组所构建出多物种转录图谱综合数据库
随着高通量测序技术的发展，转录组测序（RNA-seq）已成为系统研究基因转录及转录后水平调控状态的常规方法，并在多个物种中得到广泛应用。海量转录组数据以前所未有的速度产生，以数据驱动为导向的大规模数据整合、挖掘与解析面临挑战。为更充分展现转录组数据蕴含的丰富信息，服务生物医学基础研究领域需求，构