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转录组测序与转录表达谱测序的异同

转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息,从而发现新的转录本和可变剪接体基因表达谱(gene expression profile):指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特定细胞或组织在特定状态下的基因表达种类和丰度信息,这样编制成的数据表就称为基因表达谱......阅读全文

转录组测序与转录表达谱测序的异同

转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息,从而发现新的转录本和可变剪接体基因表达谱(gene expression profile):指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特

转录组高通量测序

(第二代高通量测序技术-454)  转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代

转录组高通量测序

  (第二代高通量测序技术-454)   转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu

转录组高通量测序

  (第二代高通量测序技术-454)   转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu

转录组测序流程步骤

以真核转录组测序为例,实验流程为总RNA提取-mRNA分离-建库试剂-定量-文库回收-桥式扩增-上机测序;项目分析流程为数据产出数据=数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析。

全转录组测序文章

研究背景       长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)普遍被认为是一类不能编码蛋白的长链RNA。由于其序列较长,所以可以有较大的潜力形成多种复杂构象,从而通过不同生物学途径发挥其作用。此外,由于其不具备蛋白编码能力,因

空间转录组测序样本准备指南

  一、外泌体研究热度持续攀升   外泌体(exosome)是活细胞分泌的30-200nm的囊泡,在电镜下具有非常明显单层膜结构,通常为茶托型或一侧凹陷的半球形。其主要来源于细胞内溶酶体微粒内陷形成的多囊泡体,经多囊泡体外膜与细胞膜融合后释放到胞外基质中。多种细胞在正常及病理状态下均可分泌外泌体,

空间转录组测序样本准备指南

  现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究,所以在样本冻存前至少10分钟,将异戊烷和液氮浴准备好(之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻,是因为液氮沸点比较低,直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴,导致不同区域降温不同步而改变内部形态,甚至组织碎裂)。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到

空间转录组测序样本准备指南

现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究,所以在样本冻存前至少10分钟,将异戊烷和液氮浴准备好(之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻,是因为液氮沸点比较低,直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴,导致不同区域降温不同步而改变内部形态,甚至组织碎裂)。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到异戊

空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例

单细胞转录组测序技术的如火如荼,伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展,可以看到,在现有的高通量检测技术领域,这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展,到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展,相信在接