GenomeBiology：普通小麦精细表观组图谱绘制成功
7月15日，Genome Biology期刊在线发表中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所张一婧研究组与南京农业大学张文利研究组等合作完成的研究论文。该工作生成并绘制普通小麦精细的表观组图谱，以此为基础针对性开发整合计算流程对全基因组顺式调控元件进行了系统的挖掘与鉴定，并初步探索了其作用机制，为小麦基因调控机制解析研究提供了重要资源。 广泛种植的六倍体普通小麦具有庞大而复杂的基因组，高质量的普通小麦全基因组序列于2019年初公布，大小约为16 Gb，是人类基因组的5倍。其中93%是非编码序列，蕴含着丰富的基因远端调控元件。在小麦全基因组水平准确鉴定顺式元件并解析其调控机制，是研究小麦多倍化及驯化过程中基因表达调控的关键步骤。由于表观修饰在基因调控过程中发挥了重要作用，有机整合表观组信息有助于在全基因组水平精准预测顺式调控区域。但是，与基因组序列相对简单的模式生物相比，庞大而复杂的小麦基因组对组学数据产生与数......阅读全文
Genome－Biology：普通小麦精细表观组图谱绘制成功
7月15日，Genome Biology期刊在线发表中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所张一婧研究组与南京农业大学张文利研究组等合作完成的研究论文。该工作生成并绘制普通小麦精细的表观组图谱，以此为基础针对性开发整合计算流程对全基因组顺式调控元件进行了系统的挖掘与鉴定，并初步探索
首次绘制小麦表观基因组图谱
最近，英国利物浦大学的科学家们，对小麦中调节基因活性的遗传性分子变化，进行了首次全基因组范围的调查，这可能成为提高作物育种技术的一种新工具。相关研究结果发表在最新一期的《Genome Biology》。延伸阅读：权威期刊发布首个小麦单体型图谱。 表观遗传标记是一种化学标签，将自己附着在DNA上
Genome－Biology发布菜豆基因组测序结果
菜豆（Phaseolus），是世界上最古老的作物之一。几千年前，它与玉米和木薯一起，在美国被驯养，成为世界性的主要主食。根据联合国粮食和农业组织（FAO）的研究显示，普通菜豆是最重要的粮食豆类，占世界食用豆类食品的50%，在超过5亿人的饮食中显得尤为重要。这种作物种植在拉丁美洲、非洲、中东、中国
Genome－Biology：为CRISPR选择最佳向导
细菌一直在与病毒或入侵核酸进行斗争，为此它们演化出了多种防御机制，CRISPR-Cas9 适应性免疫系统就是其中之一。规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA的指引下，靶标并切割入侵者的遗传物质。 2012年研究者们利用这一特点，将CRISPR系统发展成了强大
Genome－Biology发文介绍RNA印记法
生物学家们逐渐意识到，RNA不只是DNA和蛋白之间的过渡产物，它对调节基因的表达有重要作用。深入研究RNA调控，能够帮助科学家们进一步理解相关疾病。 宾夕法尼亚大学的科学家们开发了分析RNA调控的新方法，这一方法能够有效获得RNA与RNA结合蛋白(RBP)互作的所有位点。这一发表在Geno
Genome－Biology：食物会影响DNA序列
牛津大学的研究人员在两种寄生虫中检测到了食物组分造成的DNA序列差异。他们在Genome Biology杂志上发表文章指出，食物能够影响生物的基因序列。 “生物从食物中获取原料构建自己的DNA。我们认为，食物组分可能应该能够改变生物的DNA。我们也许可以预测素食者熊猫与肉食者北极熊之间的基因差
苏州大学Genome－Biology：聚焦基因组中的新基因
来自苏州大学、芝加哥大学的研究人员在新研究中，调查了人类和小鼠基因组中新基因驱动基因间相互作用（GGI）网络的速度及模式。这项研究发布在近期的《基因组生物学》（Genome Biology）杂志上。 苏州大学的沈百荣（Bairong Shen）教授及芝加哥大学遗传与进化系终身教授龙漫远(Man
Genome－Biology：构建猪体细胞染色质三维结构图谱
猪不仅是重要的经济家畜，在生物医学领域也有重要应用。生猪的育种中广泛应用了辅助生殖技术，包括体外受精技术、孤雌和孤雄生殖技术等。但与体外受精胚胎相比，孤雌和孤雄胚胎的存活率级低。这一存活率差异产生的机制目前还不清楚。深入理解这一机制不仅有助于增加商业化猪育种的产仔数，也将有利于生物医学研究中转基
Genome－Biology：新技术90分钟完成全基因组序列分析
美国国家儿童医院（Nationwide Children's Hospital）的研发人员最近在Genome Biology上发布了一个自主开发的分析软件，表示这个软件使寻找全基因组致病变异从几周缩短到按几十个小时。 第一个人类基因组测序完成耗时大约13年，耗费30亿美元，而现在技术测序技术的
Genome－Biology：大豆重要性状遗传网络解析
不同复杂性状间的耦合是分子设计育种的关键科学问题。作物的产量、品质等大都是多基因控制的复杂性状，由于受到一因多效和遗传连锁累赘的影响，使某些性状在不同材料和育种后代中协同变化，呈现耦合性相关。解析复杂性状间耦合的遗传调控网络，明确关键调控单元，对分子设计育种具有重要意义。大豆原产中国，是人类和动
Genome－Biology：RNAseq需要多长的读长？
随着新一代测序（NGS）的读长在不断增长，研究人员也开始纠结：到底多长的读长才合适？双端测序是不是优于单端测序？近日，康奈尔大学维尔医学院的研究人员在《Genome Biology》杂志上发表文章，认为对于差异表达分析而言，读长并非越长越好。不过，双端测序和长的读长无疑能改善剪接的检测。 最初
历经13年－小麦基因组图谱绘制完成
经过１３年努力，来自２０个国家７３个研究机构的２００多名科学家终于绘制完成完整的小麦基因组图谱。这项“里程碑”工作为培育产量更高、营养更丰富、气候适应性更强的小麦品种奠定基础。 国际小麦基因组测序协会１６日在说，他们以一种叫做“中国春”的小麦遗传研究模式品种为材料，研究整合了２１条小麦染色
973首席科学家发表《Genome－Biology》文章
来自西南大学蚕学与系统生物学研究所的研究人员利用家蚕全基因组芯片分析家蚕多种组织基因表达特征，这一研究成果公布在国际生物学权威期刊《Genome Biology》网络版上。 领导这一研究的是夏庆友教授，现任教育部“长江学者”特聘教授，“973”项目首席科学家 原文检索：Genome Biolog
研究绘制迄今最大规模个人表观基因组图谱
日前，复旦大学类脑智能科学与技术研究院杨禹丞等DNA元件百科全书计划国际合作团队，首次绘制迄今全球最大规模个人表观基因组图谱。作为人类基因组计划以来最大的基因组学协作计划，“DNA元件百科全书计划”（Encyclopedia of DNA Elements）从2003年启动至今整整20周年；本研
研究绘制迄今最大规模个人表观基因组图谱
日前，复旦大学类脑智能科学与技术研究院杨禹丞等DNA元件百科全书计划国际合作团队，首次绘制迄今全球最大规模个人表观基因组图谱。作为人类基因组计划以来最大的基因组学协作计划，“DNA元件百科全书计划”（Encyclopedia of DNA Elements）从2003年启动至今整整20周年；本研
研究绘制迄今最大规模个人表观基因组图谱
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/497746.shtm 日前，复旦大学类脑智能科学与技术研究院杨禹丞等DNA元件百科全书计划国际合作团队，首次绘制迄今全球最大规模个人表观基因组图谱。作为人类基因组计划以来最大的基因组学协作计划，“DN
Nature里程碑成果：扩展人类表观基因组图谱
10年前，科学家们宣布人类基因组计划(Human Genome Project)完工。通过这一国际项目人们旨在了解人类独特的四种核苷酸——腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶和鸟嘌呤的组合。这一生物学字母表帮助研究人员确定了人类基因组中大约2.5万个编码基因，然而随着时间的推移，他们开始提出一些关于这些
遗传发育所在小麦胚发育的表观组调控方面取得进展
胚胎发育是生物生命周期中至关重要的环节之一，在动植物中存在广泛的保守性和特异性。动物胚胎发育过程中存在基因组范围内表观遗传修饰的重编程事件，并影响了胚胎发育的进程。胚胎发育过程也适用于探究表观修饰及转录调控对细胞命运决定的贡献。然而，人们对于植物胚发育过程中转录及表观修饰层面变化的了解要滞后于动
遗传发育所在小麦胚发育的表观组调控方面取得进展
胚胎发育是生物生命周期中至关重要的环节之一，在动植物中存在广泛的保守性和特异性。动物胚胎发育过程中存在基因组范围内表观遗传修饰的重编程事件，并影响了胚胎发育的进程。胚胎发育过程也适用于探究表观修饰及转录调控对细胞命运决定的贡献。然而，人们对于植物胚发育过程中转录及表观修饰层面变化的了解要滞后于动
遗传发育所在小麦胚发育的表观组调控方面取得进展
胚胎发育是生物生命周期中至关重要的环节之一，在动植物中存在广泛的保守性和特异性。动物胚胎发育过程中存在基因组范围内表观遗传修饰的重编程事件，并影响了胚胎发育的进程。胚胎发育过程也适用于探究表观修饰及转录调控对细胞命运决定的贡献。然而，人们对于植物胚发育过程中转录及表观修饰层面变化的了解要滞后于动
科学家绘制出首幅小麦基因组物理图谱
《科学》：有助于培育出更高产和抗旱的小麦新品种 一个由法国、美国、澳大利亚等国科学家组成的研究小组日前为小麦的一个基因组绘制出了首幅物理图谱，这一成果将有助于科学家培育出更高产和抗旱的小麦新品种。 基因组物理图谱是指有关构成基因组的全部基因的排列和间距的信息，它是通过对构成基因组的DNA分子进行
《Genome－Biology》：上海交大参与发表强迫症研究成果
报道： 在2014年3月份的《基因组生物学》(Genome Biology)发表的一项研究中，美国哈佛-麻省理工博德研究所(The Broad Institute of MIT and Harvard)、麻省理工学院、上海交通大学、明尼苏达大学和康奈尔大学等研究结构的研究人员，采用全基因
顶级实验室《Nature》发布表观基因组学图谱
基因组中表观遗传变化是能遗传的，近期来自Salk生物学研究所等处的一组研究人员完成了一项野生植物表观基因组学全范围内的研究分析，从中发现了这种修饰与遗传信息相互作用的共同模式。这一成果公布在3月7日Nature杂志在线版上。 文章通讯作者是Salk研究所的著名教授Joseph R. E
植物所揭示莱茵衣藻m6A表观转录组图谱
m6A是广泛存在于真核生物mRNA中的表观修饰，与RNA命运相关。近年来，m6A修饰在植物胚胎发育、茎尖分生组织的命运决定、表皮毛发生、根部发育、叶形态发生、开花转变、胁迫响应、果实成熟及孢子发生等多个生物学过程中发挥重要功能。然而，m6A在藻类中的功能尚不清楚。藻类包含从单细胞到多细胞的多种细
Genome－Biology：胰腺癌肝转移的分子特征研究新进展
近日，中国科学院上海营养与健康研究所研究员李虹、李亦学研究组，与上海交通大学附属仁济医院主任医师孙勇伟、研究员薛婧、主任医师王理伟及研究员张志刚团队合作的研究成果，以Integrated genomic and transcriptomic analysis reveals unique cha
科学家成功绘制－首幅小麦基因组物理图谱
一个由法国、美国、澳大利亚等国科学家组成的研究小组日前为小麦的一个基因组绘制出了首幅物理图谱，这一成果将有助于科学家培育出更高产和抗旱的小麦新品种。 基因组物理图谱是指有关构成基因组的全部基因的排列和间距的信息，它是通过对构成基因组的DNA分子进行测定而绘制的。绘制物理图谱的目的是把有关基因的遗传
多国科学家破解硬粒小麦全基因组图谱
近日，来自意大利、加拿大、德国等多国科研机构的科学家共同在Nature Genetics上发表了题为“Durum wheat genome highlights past domestication signatures and future improvement targets”的文章，绘制
解析小麦多倍化的表观遗传调控分子机制
近日，南京农业大学农学院教授宋庆鑫课题组在《基因组生物学》（Genome Biology）上发表了研究论文。该研究利用OCEAN-C技术绘制了不同倍性小麦的开放染色质互作图谱，并整合了染色质可及性、组蛋白修饰和转录组，深入解析了六倍体小麦多倍化过程中开放元件远距离互作调控基因表达的分子机制。
Genome－Biology：上海交大解析阿司匹林的抗结直肠癌机制
癌症化学预防指利用天然或合成的化学物质来阻止、逆转、减缓癌症的发生发展过程。虽然阿司匹林的化学预防效果已经被广泛研究，但人们还不完全清楚细胞组分在其中起到的作用，比如长非编码RNA（lncRNA）。lncRNA是长达两百个核苷酸以上的转录本，绝大多数位于细胞核内。 上海交大医学院的研究团队发现
Genome－Biology：联合鉴定肺癌筛查与临床预后生物标志物
肺癌是最常见的癌症类型，并且表现出复杂的发病机理和高度异质性，遗传因素是导致肺癌发生的风险之一，但目前其机制尚不清楚，研究发现13q12.12中的SNP rs753955（A> G）与中国人群中的肺癌发生风险高度相关。 2019年5月24日，南京医科大学孙玉洁、沈洪斌，昆明医科大学宋鑫等人在Ge