NatBiotechnol：开发出混合宏基因组装配器OPERAMS
通过高通量宏基因组测序已实现了对微生物组的表征。然而，现有方法并不是将来自短读取技术和长读取技术的读取片段结合在一起。 在一项新的研究中，来自新加坡国立大学、新加坡基因组研究院、新加坡陈笃生医院、南洋理工大学和克罗地亚萨格勒布大学的研究人员开发出一种称为OPERA-MS的混合宏基因组装配器，它将基于装配的宏基因组聚类与重复识别的精确支架结合在一起，以准确地组装复杂的微生物群落。相关研究结果发表在2019年8月的Nature Biotechnology期刊上，论文标题为“Hybrid metagenomic assembly enables high-resolution analysis of resistance determinants and mobile elements in human microbiomes”。图片来自Nature Biotechnology, 2019, doi:10.1038/s41587......阅读全文
Cell、Nature－Medicine：绘制第三大常见癌症肠道细菌全图谱
很早，我们就知道癌症是由于不良生活习惯引起的，比如不健康的饮食或吸烟。近年来生活在我们身体内和身体上的微生物作为关键参与者进入了这个研究舞台，比如科学家们发现胃癌可以由单一细菌物种：幽门螺杆菌引起，但是关于全世界第三大常见癌症——结直肠癌的肠道细菌的影响，一直还没得到解答。 为了回答这个问题，
Nature子刊：新测序技术揭示细菌多样性
斯坦福大学的研究人员首次将一种新测序技术用于人类肠道微生物组，揭示了惊人的细菌多样性。这项研究发表在十二月十四日的Nature Biotechnology杂志上。 “这些细菌在遗传学上比我们想象的更加多样化，”文章资深作者Michael Snyder教授说。人类个体之间只有千分之一的基因组序列
宏基因组下一代测序技术问世－一次测试能查多种病原体
据12日发表于《自然·医学》杂志的论文，美国加州大学旧金山分校科研团队成功研发了一种宏基因组下一代测序（mNGS）技术，该技术能够在短时间内检测出包括病毒、细菌、真菌及寄生虫在内的多种病原体。这项历时10年的研究成果，预示着其在诊断由脑膜炎和脑炎等疾病引起的神经系统感染方面有着巨大潜力，并有望加速对
肠道微生物组与儿童行为问题有关
一项新的研究表明，有行为问题的孩子的肠道微生物组可能有不同的成分，父母在差异的明显程度方面起着重要作用，值得重视。 肠道微生物很重要 肠道微生物组中至少有400种细菌，数万亿种微生物生活在消化道中，这意味着肠道中细菌的数量比体内所有细胞都要多。肠道中的微生物执行重要功能，包括合成维生素、抵御
Nature惊人发现：谁可媲美微生物组
Nature惊人发现：谁可媲美微生物组 来自纽约大学Langone医学中心的微生物学家说，他们获得了第一个强有力的证据证实，天然存在于肠道中的病毒（他们将其称作为“病毒组”（virome））像居住在肠道中、构成“微生物组”（microbiome）的细菌一样发挥了维持健康以及对抗
果树微生物组研究获新进展
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/5/500474.shtm
全球未培养微生物培养组计划启动
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迄今最久微生物基因组草图出炉
英国《自然》杂志日前在线发表的一项演化学研究报告，近乎完整地构建出了一种口腔细菌的基因组，这个有48000年历史的微生物的基因组，是迄今为止历史最悠久的微生物基因组草图，研究同时揭示了尼安德特人的饮食结构。 尼安德特人的DNA序列和现代人类的DNA序列非常相似。他们是现代欧洲人祖先的近亲，从1
微生物组影响免疫反应复杂化
这项研究今天发表在Journal of Clinical Investigation该研究还表明，这种抗微生物免疫反应可以由免疫细胞对之前与细菌接触的记忆触发，这进一步复杂化了身体接受救命新器官的能力。“以前，我们认为人类器官移植比受保护的实验室动物更不容易被接受的原因是，人类可以在器官细胞上产生交
质疑：肥胖真的与微生物组有关么？
我们体内生活着不计其数的微生物，它们组成的生态系统就是微生物组。近几年人们发现微生物组对人体健康有着重要的影响，微生物组研究因此受到了极大的重视，甚至被称为是人体的“第二基因组”。 研究者们普遍认为微生物组参与了许多重要的生理活动，比如消化食物、合成营养物质和抵御疾病。包括肥胖在内的许多人类疾
Gastroenterology：微生物组与肠癌发生的关系
最近，根据来自George Washington大学研究者们在《Gastroenterology》杂志上发表的一项新研究，患有结肠癌的患者体内的一种蛋白突变体阻断了调节细胞增殖和扩张的信号通路，从而增加了促进结肠癌发展的肠道微生物种群，这最终导致肠癌恶化的后果。这些发现表明了微生物组中细菌与结肠
The－Scientist：肺部微生物组决定你的健康
近年来，肺部微生物组对呼吸道健康的重要性逐渐受到了科学家们的重视。The Scientist杂志特别撰文介绍了这一领域的最新进展。 如果将人类的消化系统看作是从口腔延伸至胃和肠道的一条河流，那么肺就是河流旁的湖泊，常常被湍急的水流波及，密歇根大学的Gary Huffnagle说。Huffnag
抗生素干扰婴儿肠道微生物组
在我们的肠道里，生活着许多微生物群落，它们在调控机体代谢和免疫防御功能上起着关键作用。这些微生物群落的集合被称为肠道微生物组。美国《科学转化医学》杂志6月15日发表的研究结果显示，使用抗生素会降低婴儿肠道微生物组的多样性和稳定性。 在世界大部分地区，对患病婴幼儿用抗生素治疗已成常规做法，美国孩
免疫球蛋白－影响肠道微生物组
IgA（免疫球蛋白A）是最丰富的黏膜抗体，动物模型实验表明它可以强化肠道屏障，防止危险细菌破坏宿主。然而，缺乏特异性IgA的人通常只有轻微的症状。法国巴黎免疫与疾病研究中心珍妮·法德拉等科学家，比较了健康个体与缺乏IgA个体的粪便微生物组，发现在缺乏IgA的不同患者中，不同属的细菌占不同的主导地
生殖健康方向微生物组研究进展
近年来，微生物组学的研究提升了关于身体各部位共生微生物的认识。中国科学院北京生命科学研究院研究员赵方庆团队发现微生物组学或进一步拓展对女性生理和生殖健康方面的认识，并有助于提升治疗水平。 作为人体最主要的菌库之一，阴道菌群及其对女性生理和生殖健康的作用显而易见。作为“生命摇篮”的宫腔像一个黑箱
华大智造测序平台占比首次超过illumina！
近日，国家卫生健康委临床检验中心向参加血液mNGS室间质评的实验室公布了“2023年全国血液微生物cfDNA宏基因组高通量测序室间质量评价预研活动结果报告”。医业观察从多家机构证实此事。报告显示，参加血液mNGS室间质评的实验室中，采用华大智造测序平台的数量是使用illumina（因美纳）测序平
CRISPR序列帮助理解噬菌体宿主相互作用的演变历史
近日，一项刊登在国际杂志The ISME Journal上的研究报告中，来自美国能源部联合基因组研究所的研究人员利用来自北加州铁山公司的宏基因组数据库和专门的工具，在CRISPRs的帮助下成功地在生态系统研究中将宿主和噬菌体进行了连接。未经培养的微生物和其噬菌体之间的相互作用可以影响局部生态系统
2025蛋白质组学大会之微生物蛋白质组学
2025年10月14日下午，聚焦于微生物蛋白质组学领域的专题分会场在广州白云国际会议中心107会议室正式拉开帷幕。会议由王恒樑、马庆伟、刘小云、李乐园四位教授召集，现场由刘小云、Paola Roncada教授主持。来自意大利卡坦扎罗“大希腊”大学、比利时根特大学、复旦大学、西湖大学、国家蛋白质科学中
利用三代测序解析肠道菌群结构变异和功能
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/6/481751.shtm 中科院微生物研究所王军课题组和动物研究所宋默识课题组合作，建立了ONT三代测序和Illumina二代测序数据混合组装和后续分析流程。在mock community上的验证表明，三
JCVI科学家破译“生命的暗物质”
自然界中存在大量的微生物，因无法在实验室中培养，而几乎不为人所知，也因此被称为“生命的暗物质”。尽管基因组学技术能够从单细胞中扩增DNA，提供关于遗传变异的有趣信息，但通常无法捕获罕见细菌的整个基因组。 如今，J. Craig Venter研究所(JCVI)的研究人员利用一种新颖的微型宏基
青藏高原水生微生物基因组和基因目录初步建立
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517774.shtm 中国科研人员搜集来自青藏高原湿地、淡水湖、盐水湖、河流、温泉和冰川等六种水生生态系统的498个水体环境DNA样本，并进行宏基因组测序，初步建立了青藏高原水生微生物基因组和基因目录
我国科学家参与全球最大微生物基因组研究项目
近日，深圳华大基因研究院宣布，我国科学家将参与全球最大微生物基因组研究项目，对来自全球的20万个样本进行环境DNA测序或宏基因组测序，从而建立一个全球性的基因图谱，并承担核心工作。该项目旨在全方位、系统性研究全球范围内微生物群落功能及进化多样性，以便更好地造福社会及人类。 与以往的微
研究揭示环境对人肠道菌群和耐药基因组影响
华南农业大学、岭南现代农业科学与技术广东省实验室和国家兽医微生物耐药性风险评估实验室刘雅红教授团队与中外合作者，发现人体和环境间存在广泛的菌株和基因交换，而且环境对人肠道菌群的影响可能会持续4~6个月。相关研究3月18日在线发表于《自然—通讯》。 生物圈中的微生物种类众多，其分布无处不在。同样
准确率91％！新方法专挑“星星的孩子”
世界上有这样一群人，他们不愿对视、不爱交流、不作回应，仿佛遥远夜空中的星星，沉浸在自己的世界里。他们是孤独症谱系障碍（以下简称孤独症）儿童，也被形象地称作“星星的孩子”。近年来，孤独症进入大众视野，但如何精准诊断孤独症仍是一项挑战。 最近，香港中文大学医学院教授黄秀娟团队发现孤独症与儿童肠道微
木乃伊肺部DNA发现肺结核基因－揭示古代疾病史
英国华威大学的研究人员利用宏基因组学技术，从一个215年历史的木乃伊中发现了肺结核(TB)基因组。这项成果于2013年7月18日发表在《新英格兰医学杂志》上。1994年，匈牙利发现了一个包含242具尸体的地下墓室。许多尸体被自然木乃伊化，包括Terézia Hausmann的遗体，她死于17
解码“基因宝藏”：最全海洋微生物基因数据库出炉
9月4日晚，华大生命科学研究院（简称“华大”）联合山东大学、英国东安格利亚大学、中国海洋大学、厦门大学、丹麦哥本哈根大学等机构，在《自然》上发表研究成果。他们通过对目前已公开的海洋微生物宏基因组数据进行分析和深度挖掘，构建了迄今为止最完整的海洋微生物基因数据库，并从中发现了大量具有应用潜力的基因资源
Nature：营养不良破坏你的微生物组
人类的肠道菌群建立于幼儿时期，这些微生物对于儿童的健康有着重要的影响。日前科学家们在孟加拉一个贫民区，对健康和严重营养不良的儿童进行了研究。研究人员在这些儿童出生后两年中，跟踪分析了他们的肠道菌群，发现营养不良会破坏微生物组的健康发展。就算通过膳食治疗改善营养不良的症状，也不能恢复这样的破坏。这
Cell封面文章：微生物组研究的理想模型
近年来，科学家们逐渐意识到人类微生物组会对人体健康产生重要的影响，微生物研究受到了越来越多的重视。微生物群落成员的多样性、丰度和相互关系，对整个群体有着决定性的影响。由于缺乏一个可控的研究体系，微生物群落的研究一直步履维艰。 不过本期Cell杂志的封面文章告诉我们，奶酪皮作为一个可控的实验体系
人类微生物组计划公布首份研究报告
为了进一步了解我们与在我们的身体上或身体内生活的多种细菌之间的关系，美国国立卫生研究院正在对所有这些微生物基因组进行测序。他们研发了对在自然环境中的微生物进行大规模基因组测序的标准化方法，他们目标之一是为至少900种人体寄居的细菌制作出参照基因组序列。研究论文发表于5月21日
Nature：营养不良破坏你的微生物组
人类的肠道菌群建立于幼儿时期，这些微生物对于儿童的健康有着重要的影响。日前科学家们在孟加拉一个贫民区，对健康和严重营养不良的儿童进行了研究。研究人员在这些儿童出生后两年中，跟踪分析了他们的肠道菌群，发现营养不良会破坏微生物组的健康发展。就算通过膳食治疗改善营养不良的症状，也不能恢复这样的破坏。这