NatBiotechnol：开发出混合宏基因组装配器OPERAMS
通过高通量宏基因组测序已实现了对微生物组的表征。然而，现有方法并不是将来自短读取技术和长读取技术的读取片段结合在一起。 在一项新的研究中，来自新加坡国立大学、新加坡基因组研究院、新加坡陈笃生医院、南洋理工大学和克罗地亚萨格勒布大学的研究人员开发出一种称为OPERA-MS的混合宏基因组装配器，它将基于装配的宏基因组聚类与重复识别的精确支架结合在一起，以准确地组装复杂的微生物群落。相关研究结果发表在2019年8月的Nature Biotechnology期刊上，论文标题为“Hybrid metagenomic assembly enables high-resolution analysis of resistance determinants and mobile elements in human microbiomes”。图片来自Nature Biotechnology, 2019, doi:10.1038/s41587......阅读全文
华大基因完成肠道微生物基因组关联分析
从物种、功能及生态群落上展示肠道微生物与结直肠腺瘤及结直肠癌的关联特征，这是深圳华大基因研究院、奥地利因斯布鲁克医科大学、奥本多夫医院、丹麦哥本哈根大学、华南理工大学等多家单位最新的联合取得的科研进展。3月11日，国际学术期刊《自然通讯》杂志发表了这项研究成果。该研究对结直肠腺瘤、结直肠癌的早期
北京生科院提出微生物组解析新技术
1月23日，国际学术期刊《自然-通讯》（Nature Communications）在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为MetaSort untangles metagenome assembly by reducing microbial community
后微生物组时代－首次发现人体特有的病毒组
我们人体中的病毒会影响微生物群体的结构和行为，但是关于身体许多区域的噬菌体，也就是感染细菌的病毒，科学家们所知甚少。近期一组研究人员发现，在膀胱中整合进细菌基因组的是噬菌体要比细菌本身多得多，这项出乎人意料的研究发现公布在1月29日的the Journal of Bacteriology杂志上。
微生物组研究：关乎人类的未来
当人类第一次认识到微生物的存在时，并不知道这种个头微小的生命体是地球生态系统的基石、关系人类健康的重要因素——它不仅将极大地帮助人类克服当今所面临的生存挑战，还能提供人类未来生存之道。如今，人类基因组的神秘面纱已渐渐揭开，微生物组又成为各国生命科学竞争的焦点，纷纷启动微生物组研究计划。科学家们呼吁，
美推出国家微生物组计划
美国政府日前发起一项新的努力，研究在人体和整个生态系统中茁壮成长的数量巨大且大部分不可见的微生物组，旨在推进对微生物世界的认知，从而在卫生保健、食品生产和环境恢复等领域有所应用。 白宫发表的一份声明指出，多年来，美国政府一直在微生物组领域投资，且近年来力度不断增加。2014财年的联邦投资是20
中国微生物组研究期待新突破
在这个广袤的世界上，存在无数各种各样的微生物，但我们对微生物了解很少，甚至不知道在我们周围有什么样的微生物。世界上所有的哺乳动物和鸟类，几乎已经全部被认知，而我们认知的微生物还不到1%。要知道，我们每个人体内都有大量微生物，一个100斤重的人，体内大约有1.5斤的微生物，它们在我们体内发挥着什么作用
Nature：皮肤微生物组与免疫应答
皮肤是机体和环境接触的主要界面，也是无数微生物的家园，这些微生物组成的复杂生态系统被称为皮肤微生物组。 美国国立过敏与传染病研究所（NIAID）领衔的研究团队，在一月五日的Nature杂志上发表文章指出，皮肤微生物组能够显著影响机体的免疫力。 皮肤上共生的微生物群体有着很高的多样性，这个群体
肠道细胞利用microRNAs控制微生物组
生物学前沿之一就是谈论操纵我们的肠道微生物组（microbiome）。这听起来像一个大胆的想法，但它看起来像是我们可能一直就在修改我们的微生物组，甚至都没有意识到这一点。一篇新的来自美国哈佛大学医学院的Howard Weiner、Shirong Liu及其研究团队的论文提示着
Nat－Commun：微生物组的可靠“时钟”
尽管人类微生物组在过去几年中受到了人们的广泛关注，但一直以来难以观察其在各种刺激下随时间变化的情况。最常见的分析方法是从粪便样本中提取细菌，然后对它们的基因组进行测序，但是这种方法会丢失肠道中细菌的位置和时间等关键信息。 如今，来自哈佛大学的研究人员创建的一种新工具提供了解决此问题的方法，他们
中国微生物组计划：机遇与挑战
微生物组是指一个特定环境或者生态系统中全部微生物及其遗传信息，包括其细胞群体和数量、全部遗传物质（基因组），它界定了涵盖微生物群及其全部遗传与生理功能，其内涵包括了微生物与其环境和宿主的相互作用。微生物组学是一个崭新的学科，微生物组研究取得的成果，必将为国家经济社会发展、人类生活质量改善提供源源
用于微生物组研究的人造肠道
微生物存在于人体、植物、土壤、海洋等各种环境中，这些微生物群落的集合被称为微生物组。近年来，微生物组研究成为一个热门，去年10月份，Science和Nature两大期刊同时发文，倡议开展浩大的微生物组研究，以理解和利用微生物组——栖息在多种多样生态系统（如人类肠道和海洋）的微生物群落，来改善人类
肠道微生物组进展一览
本期为大家带来的是肠道微生物相关领域的研究进展，希望读者朋友们能够喜欢。 1. Nutrition Reviews：饮食对肠道菌群的影响 DOI: 10.1093/nutrit/nuz106 根据乔治华盛顿大学（GW）和美国国家标准研究院（National Institute of Sta
微生物组研究：关乎人类的未来
当人类第一次认识到微生物的存在时，并不知道这种个头微小的生命体是地球生态系统的基石、关系人类健康的重要因素——它不仅将极大地帮助人类克服当今所面临的生存挑战，还能提供人类未来生存之道。如今，人类基因组的神秘面纱已渐渐揭开，微生物组又成为各国生命科学竞争的焦点，纷纷启动微生物组研究计划。科学家们呼吁，
人类微生物组影响健康机制揭秘
英国《自然》杂志8月31日发表的一篇生物学论文称，美国科学家发现，肠道菌群会产生名为N-酰基酰胺的小型有机复合物，它们与受体相互作用，参与人体生理的包括免疫等各方面活动，而这正是人类微生物组影响生理健康的背后机制。 科学家已经意识到，人类基因组并不能完全解释人类疾病与健康的关键问题，因为人类对
Cell重磅发布15万人体微生物基因组！－揭示微生物新物种
微生物宏基因组是当今世界最热门的科研领域之一。越来越多的研究表明，人体微生物发挥着重要的健康作用，但大部分多样性仍未得到充分探索，尤其是在除肠道以外的身体部位及非西方人群。 在今日发表在Cell期刊的一项研究中，由意大利特伦托大学Nicola Segata领导的研究团队利用来自不同地理位置、生
研究揭示甲基汞解毒细菌在海洋中广泛存在
微生物还原无机二价汞（Hg2+）和甲基汞（MeHg）脱甲基过程，是通过微生物体内的“mer操纵子”进行的，特别是通过mer A和mer B基因实现的。但对海洋微生物的耐汞能力及其在海洋中的普遍性，人们至今知之甚少。 来自西班牙加泰罗尼亚国际海洋研究所的一个研究团队最近结合培养依赖性分析、宏基因组
如何测人体最大微生态库？下一代测序来帮忙
在人体中最大的微生态库是生活在人体消化道微生物复合群落组成的肠道菌群，别看人体肠道所占体积不大，但是人体肠道内寄生着10万亿个细菌，它们能影响体重和消化能力、抵御感染和自体免疫疾病的患病风险，还能控制人体对癌症治疗药物的反应。 人体肠道的正常微生物，如双歧杆菌，乳酸杆菌等能合成多种人体生长发育
揭示肥胖和减重干预人群肠道微生物和血清代谢组变化
2017年6月19日，来自上海交通大学医学院附属瑞金医院、华大等机构的研究人员通过宏基因组关联分析，结合血清代谢组学和蛋白组学研究手段，完成了中国青年肥胖人群肠道菌群、循环氨基酸和临床表型之间的关系研究，建立了宏基因组和临床指标的分类与预测模型。这项研究阐明了肥胖病的起因和发展的分子机制，为建立
Nature印发：中外科学家构建全球微生物基因目录
复旦大学类脑研究院青年研究员路易斯·佩德罗·科埃略、教授赵兴明、名誉教授皮尔·伯克与来自德国、西班牙、美国、英国等多国科学家合作，基于全球微生物组的概念，将地球上不同栖息地的微生物作为统一系统，运用人工智能技术对1.3万个公开宏基因组样本进行挖掘，构建了迄今为止最全面的全球微生物基因目录，为全
科学家如何还原和挖掘海洋微生物基因数据？
·GOMC数据库为未来的研究提供了丰富的资源，包括开发新型生物技术产品、探索微生物的生态功能、研究微生物与环境变化的关系、开发新的疾病治疗方法等。基因是生命的“源代码”，其中不仅蕴藏着自然演化的奥秘，也囊括了数之不尽的生物工程资源。如何获取、分析和应用基因数据，是现代生物学的核心议题之一。近日，一支
金域医学：通过国家临检中心mNGS室间质评
金域医学官微11月16日消息，11月15日，国家卫生健康委临床检验中心公布了2023年全国血液微生物cfDNA宏基因组高通量测序室间质量评价预研活动结果。金域医学连续两年通过该室间质评，证明公司在病原微生物宏基因组湿实验、生信分析及结果解读等方面的综合能力受权威认可。目前，金域医学已经在广州、长
法国科研团队致力于预测气候变化对浮游生物群落的影响
来自索邦大学、法国国家科研中心和国家自然历史博物馆的研究团队，通过宏基因组测序与机器学习（machine learning）相结合的方式，分析Tara Oceans科考项目收集的大量海洋微生物数据，以预测特定环境条件下浮游生物的基因构成，并最终实现预测气候变化对海洋微生物影响的目的。 目前宏基
NGS的两大应用“门派”
二代测序技术能够针对数以万计的DNA分子进行测序，能够在碱基突变的水平上进行分析，测序技术的发展使得精准医学有了更加先进的技术解决方案。不同的二代测序平台的区别主要体现在测序反应的技术上，这些差别可以分为：模板制备方法(例如乳液PCR、DNA纳米球、桥式扩增 、单分子模板)、序列测定方法(焦磷酸测序
宏基因组分析和诊断技术概述
近年来，造成人类感染的病原微生物日益复杂，种类增多，抗菌药物滥用致使细菌耐药，病原微生物已成为全球关注的焦点。感染是急危重症患者死亡的主要原因之一，随着新发病原微生物的出现、耐药病原微生物的增多以及免疫抑制宿主的增加，感染的发病率和死亡率居高不下。据WHO统计，在全球，感染性疾病导至患者死亡占全部死
林宏基领军－丽宝检测、新药齐发
丽宝集团进军生技產业马不停蹄，继携手荣总提供3癌症基因检测服务外，以鸭子划水布局的丽宝新药，去年取得美国Neumedicines授权后，正积极投入再生医学和紧急辐射救援药品应用，抢攻亚、澳、非约11亿美元商机，不排除针对日、韩再授权。丽宝是在2017年6月取得Neumedicines授权 NM-IL
华大基因构建全球首个小鼠肠道微生物参考基因集
2015年9月28日，中国深圳—深圳华大基因研究院、哥本哈根大学等研究机构共同构建了全球首个小鼠肠道微生物参考基因集，为以小鼠为基础的人类疾病模型研究提供有益参考。最新研究成果今日在线发表于《自然生物技术》。 人类的肠道中居住着种类繁多，数量惊人的微生物，而在这些微生物中，细菌的比例高达90%
Nature：通过全球宏基因组分析，将已知的蛋白家族数量翻倍
想象一下，科学家们用手电筒探索一个黑暗的房间，却只能清楚地辨认出光束范围内的东西。说到微生物群落，他们历来无法看到光束之外的东西---更糟糕的是，他们甚至不知道这个房间有多大。 在一项新的研究中，来自美国劳伦斯伯克利国家实验室和加州大学伯克利分校等研究机构的研究人员通过研究微生物群落中的蛋白功
野生动物肠道噬菌体群落对于食性变化获揭示
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519434.shtm濒危野生动物如何适应食性的季节性变化，直接关乎其在野外的生存，进而影响生物多样性的保护。近日，中山大学生命科学学院教授范朋飞和黄立南团队研究揭示了天行长臂猿肠道噬菌体群落对食性季节性变
野生动物肠道噬菌体群落对于食性变化获揭示
濒危野生动物如何适应食性的季节性变化，直接关乎其在野外的生存，进而影响生物多样性的保护。近日，中山大学生命科学学院教授范朋飞和黄立南团队研究揭示了天行长臂猿肠道噬菌体群落对食性季节性变化的适应机制。相关成果发表于《自然-通讯》。论文共同通讯作者范朋飞表示，天行长臂猿是由我国科学家命名的唯一一种类人猿
Cell、Nature－Medicine：绘制第三大常见癌症肠道细菌全图谱
很早，我们就知道癌症是由于不良生活习惯引起的，比如不健康的饮食或吸烟。近年来生活在我们身体内和身体上的微生物作为关键参与者进入了这个研究舞台，比如科学家们发现胃癌可以由单一细菌物种：幽门螺杆菌引起，但是关于全世界第三大常见癌症——结直肠癌的肠道细菌的影响，一直还没得到解答。 为了回答这个问题，