采用计算方法的组合式蛋白质设计策略实验
采用计算方法的组合式蛋白质设计策略 实验步骤 蛋白质设计中的概率性方法是提供在一个特定的蛋白质结构中对某氨基酸（出现）在一指定位点的概率估计。这里，我们讨论几种估计这些概率的方法并将重点放在直接解出这些概率的基于熵的自洽公式。2.1 关联序列的比对蛋白质结构的序列可变性可用序列和结构数据库来探讨。已知折叠为非常相似结构的序列可以从蛋白质数据库或结构比对数据库中鉴别出来 [48] 。如果一个序列的结构已知，具有足够序列相似性的 [ 如序列同一性（identity) 大于 40% ] 可以认为共享同一结构。对这样结构相似蛋白质的多序列比对可以把氨基酸位点特异的概率简单地估计为比对......阅读全文
采用计算方法的组合式蛋白质设计策略实验
实验步骤 蛋白质设计中的概率性方法是提供在一个特定的蛋白质结构中对某氨基酸（出现）在一指定位点的概率估计。这里，我们讨论几种估计这些概率的方法并将重点放在直接解出这些概率的基于熵的自洽公式。2.1 关联序列的比对蛋白质结构的序列可变性可用序列和结构数据库来探讨。已知折叠为非常相似结构的序列可以从蛋白
采用计算方法的组合式蛋白质设计策略实验
计算方法一直在蛋白质设计中发挥重要作用。本工作主要集中在搜索蛋白质序列空间，以找到一条或数条与已知结构和功能相容的蛋白质序列。在期望的功能和结构限制下，概率性计算方法为所容许的氨基酸变化范围提供信息。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。实验步骤蛋白质设计中的概
采用计算方法的组合式蛋白质设计策略实验
采用计算方法的组合式蛋白质设计策略 实验步骤 蛋白质设计中的概率性方法是提供在一个特定的蛋白质结构中对某氨基酸
实验室通风柜管道设计及计算方法
管道设计部分：通风管道的设计，需要考虑风机的成本、排气物质的种类、风速、噪音、管道直径、长度、弯曲度、材质等各种因素。需要实验者和设计者紧密地配合，慎重地讨论确定。 通风机的设置位置1、 一般情况应设置在室外。 2、 必须在通风柜本体上部装置排气风机时，有如下的制约条件： A、 必须限定排
在做燃烧种子测定能量的实验中采用的计算方法是什么
每克食物在体外充分燃烧时释放的热量，是食物的热价．食物的热价反映出食物中储存能量的多少．（1）花生种子（富含脂类等有机物）容易燃烧，因此该实验最适宜选花生种子．（2）为测定种子成分中被燃烧物质的能量，必须计算种子成分中单位质量所含有的能量．因此必须在种子燃烧前后进行称重．如种子燃烧前重0.8克，燃烧
组合式振荡培养箱广泛应用设计作用
组合式振荡培养箱广泛应用于对温度、振荡频率、振幅有较高要求的细菌培养、发酵、杂交和生物化学反应及发酵、细胞组织研究等。在医学、生物学、分子学、制药、食品、环保等研究应用领域有着广泛而重要的作用。 小外型大空间、有效工作容积大；环保半导件体制冷、静音绿色、寿命长；一人一台省空间，叠加使用更灵活；摇床
蛋白质库的设计和筛选概率计算实验
在设计蛋白质库进行筛选时，在能够进行筛选的物理极限内我们必须尽一切可能产生出蛋白质变体的多样性。本章的目标是将概率的语言引入蛋白质工程实验中，进而来回答一些常见的问题。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。实验步骤此节主要分为两个子节。在 3.1 节中，我们提出
蛋白质库的设计和筛选—概率计算实验
此节主要分为两个子节。在 3.1 节中，我们提出与库的设计与表征相关的问题。在 3.2 节中，我们分析评价库的质量或者库的筛选结果的显著性。在前两节中，我 们给出了公式以及提供了数值范例，用示例来加以说明而没有给出详细的理论解释。完整的理论说明可以在注释（见 8.4 节）中找到。3.1 库表
蛋白质库的设计和筛选概率计算实验
蛋白质库的设计和筛选---概率计算 实验步骤 此节主要分为两个子节。在 3.1 节中，我们提出与库的设计与
免疫原的设计策略（二）
Tips根据研究目的的不同，有时需要抗体既可识别修饰后的蛋白，又可识别无修饰的蛋白，即pan抗体。针对这类抗体，筛选时需要能识别两种多肽。 PART03 应用于试剂盒配对用抗体 试剂盒配对用抗体通过识别蛋白不同表位来检测样品中目的蛋白的含量。因此设计此类免疫原应先调研该蛋白的整体结构、整个蛋白的大
免疫原的设计策略（一）
前言 抗体（antibody）是指机体由于抗原的刺激而产生的具有保护作用的蛋白质，是由浆细胞分泌并参与体液免疫的重要分子。众所周知，抗体被广泛用于基础科学研究、病理诊断、检测试剂盒和药物的研发。 针对不同应用的抗体来设计不同的抗原是抗体开发的关键第一步。抗原，是指能够刺激机体产生（特异性）免疫应答
组合式光照振荡培养箱在设计上有哪些特点
组合式光照振荡培养箱在设计上有以下特点：1、叠加式组合，集全温振荡培养箱与光照培养箱一体，即可静态培养、也可动态培养，一机两用，且占地面积小，使用率高。2、特种LED灯设计，节能，光效率高，1% -100%步进1%可调(1%、2%、3%···100%)使用寿命超长。3、中空钢化双面加热玻璃，同时配备
科学家发现疫苗设计新策略
日前，军事医学科学院微生物流行病研究所秦成峰团队与新加坡诺华热带病研究所SHI Pei-Yong团队合作，首次提出了一种全新的疫苗设计策略，为传染病疫苗研发提供了新的思路。论文在线发表于国际病毒学权威期刊《病毒学期刊》 (Journal of Virology)。 人类基因组mRN
物理所合作设计细胞靶向策略
精准靶向细胞和组织是生物学研究中的一项重要挑战。通常情况下，细胞可以通过在其表面上表达的受体浓度来进行辨别。不论是靶向药物治疗，还是病原体感染，选择性地靶向细胞无疑是非常重要的。一套精准的靶向策略应能有效结合靶细胞的特定受体，但不结合（或者微弱地结合）其他细胞。 中国科学院物理研究所/北京凝聚
预测蛋白质相互作用的计算方法
蛋白质相互作用研究能够从分子水平上揭示蛋白质的功能，帮助揭示生长发育、新陈代谢、分化和凋亡等细胞活动的规律。在全基因组范围内识别蛋白质相互作用对是解释细胞调控机制的重要一步。随着蛋白质相互作用实验技术的发展，人们能够获得大量的蛋白质相互作用数据，甚至能够在全基因组范围内对蛋白质相互作用进行分析。
简述蛋白质等电点的计算方法
蛋白质等电点，找出所有可解离基团，并注明它们各自的pKa→假定它们在极低的pH下都处于非解离状态→逐步提高溶液的pH→可解离基团按照pKa从低到高的顺序依次释放出质子，即pKa越低的就越先释放出质子→写出所以可能的解离形式→找出净电荷为0的形式→将净电荷为0形式两侧的pKa相加除于2 。
AI驱动的蛋白质设计
扩散模型已被证明在图像和文本生成中很有用，而且似乎也适用于蛋白质设计。然而，这类模型目前的成功率并不高；产生的序列基本不能折叠成目标结构。而近期，由《自然》（Nature）发表的一篇论文描述了一种能设计新蛋白质的深度学习方法，名为RoseTTAFold Diffusion（RFdiffusion
农药残留测定仪采用独特暗盒设计
农残速测仪/农药残留测定仪 型号：BQS-FNY-2 货号：ZH8598 产品介绍:农药残留速测仪，又叫农残速测仪，是按照国家标准的酶抑制率比色法，对蔬菜、水果、粮食、茶叶、土壤中的农药残留进行快速检测，采用新型药剂，快速显色，室温或恒温培养方式，检测速度快；有计量许可证和检测报告适用范围：农检、工
蛋白质组组学研究的基本策略
蛋白质组 蛋白质组(Proteome)的概念最先由Marc Wilkins提出，指由一个基因组(genOME)，或一个细胞、组织表达的所有蛋白质(PROTein). 蛋白质组的概念与基因组的概念有许多差别，它随着组织、甚至环境状态的不同而改变. 在转录时，一个基因可以多种mRNA形式剪接，并且，同一
什么是蛋白质设计？
蛋白质设计是新蛋白质分子的合理设计，旨在设计新的活性，行为或目的，并增进对蛋白质功能的基本了解。可以从头开始设计蛋白质（从头设计），也可以通过对已知蛋白质结构及其序列进行计算得出的变体进行设计（称为蛋白质重新设计）。合理的蛋白质设计方法可以预测蛋白质序列，并将其折叠成特定的结构。然后可以通过诸如肽合
实验离心技术的基本计算方法
一、一般计算设离心转头以匀角速度ϖ在离心室中等速旋转，悬浮在离心管或转头中溶剂内的颗粒（被分离的）的密度为σ，溶剂（或梯度材料）的密度为ρ，粘性系数为η。颗粒所在位置与旋转中心距离r,颗粒本身体积为V。根据经典的牛顿力学基本原理，质量为m的颗粒受到的离心力为：用 N=rpm=转/分来表示定义 RCF
蛋白质纯化策略与考虑因素
纯化策略及影响因素 今天分享一些有关蛋白纯化过程中应该考虑的一些因素。 1、在进行一个蛋白纯化之前，应该对其蛋白有所研究，包括其性质，敏感性，例如该蛋白的溶解性，对高盐或pH敏感，是否容易氧化等； 2、需要考虑蛋白质的用途，来决定制备蛋白的量级规模，这就要考虑到层析柱的尺寸，得到的蛋白浓度
科学家提出“亚稳相催化”设计策略
工业大规模电解水制氢主要采用碱性电解水制氢技术，其制氢工艺简单，产品纯度较高，是颇具潜力的大规模制氢技术。然而，超高电流下，超低过电位与低成本之间的权衡仍是工业电解水制氢的挑战。在该研究领域，计算电化学方法、机器学习、电化学实验表征紧密结合，为设计高活性析氢电催化剂奠定了基础。 近日，中国科学
科学家提出“亚稳相催化”设计策略
工业大规模电解水制氢主要采用碱性电解水制氢技术，其制氢工艺简单，产品纯度较高，是颇具潜力的大规模制氢技术。然而，超高电流下，超低过电位与低成本之间的权衡仍是工业电解水制氢的挑战。在该研究领域，计算电化学方法、机器学习、电化学实验表征紧密结合，为设计高活性析氢电催化剂奠定了基础。 近日，中国科学
研究建立植物高效引导编辑设计策略
实现重要农作物精准基因组编辑对加快农作物遗传改良进程具有重要意义。引导编辑技术（Prime Editing）能够在基因组的靶位点处实现精准的片段插入、删除及碱基的任意替换。引导编辑系统由两部分构成：一部分是nCas9(H840A)与工程化改造的逆转录酶（Reverse Transcriptase
我国自主建造！采用多项创新设计，超硬核
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517553.shtm新春佳节，执行中国第40次南极考察任务的“雪龙2”号正行驶在南大洋。与此同时，“雪龙”号则在完成长城站卸货作业之后，在南极半岛邻近海域开启了大洋综合调查监测。 “雪龙”号。图片
蛋白质组学研究的策略和范围
蛋白质组学一经出现，就有两种研究策略。一种可称为“竭泽法”，即采用高通量的蛋白质组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质，这种观点从大规模、系统性的角度来看待蛋白质组学，也更符合蛋白质组学的本质。但是，由于蛋白质表达随空间和时间不断变化，要分析生物体内所有的蛋白质是一个难以实现的目标。另一
采用透析法进行蛋白质脱盐的原理
透析袋有一定的截留分子量，高于此分子量的大分子物质比如蛋白质不能通过，而一些小分子物质比如无机盐、单糖可以通过半透膜，这样可以使得蛋白质分子和小分子物质分开。透析时把待纯化的蛋白质溶液装在半透膜的透析袋里，放入透析液（蒸馏水或缓冲液）中进行的，透析液可以更换，直至透析袋内无机盐等小分子物质逐渐降低到
采用透析法进行蛋白质脱盐的原理
透析袋有一定的截留分子量，高于此分子量的大分子物质比如蛋白质不能通过，而一些小分子物质比如无机盐、单糖可以通过半透膜，这样可以使得蛋白质分子和小分子物质分开。透析时把待纯化的蛋白质溶液装在半透膜的透析袋里，放入透析液（蒸馏水或缓冲液）中进行的，透析液可以更换，直至透析袋内无机盐等小分子物质逐渐降低到
设计的蛋白质的应用和实例
酶设计新酶的设计是蛋白质设计在生物工程和生物医学领域的巨大应用。通常，设计蛋白质结构可能与设计酶不同，因为酶的设计必须考虑催化机制中涉及的许多状态。然而，蛋白质设计是从头进行酶设计的先决条件，因为至少催化剂的设计需要支架，在支架中可以插入催化机理。在21世纪的前十年，从头酶设计和重新设计取得了巨大进