蛋白质库的设计和筛选概率计算实验
蛋白质库的设计和筛选---概率计算 实验步骤 此节主要分为两个子节。在 3.1 节中，我们提出与库的设计与表征相关的问题。在 3.2 节中，我们分析评价库的质量或者库的筛选结果的显著性。在前两节中，我 们给出了公式以及提供了数值范例，用示例来加以说明而没有给出详细的理论解释。完整的理论说明可以在注释（见 8.4 节）中找到。3.1 库表征我们设计一个包含 n 个可能的不同的理论变量库。我们从这个理论库中随机取样 m 次；形成一个 m 个变量的样本集。我们提出如下问题。A. 在选择的 m 个变量中我们期待多少个理论变量（全部为 n 个）不会出现？B. 在选择的 m 个变量中至少......阅读全文
蛋白质库的设计和筛选概率计算实验
在设计蛋白质库进行筛选时，在能够进行筛选的物理极限内我们必须尽一切可能产生出蛋白质变体的多样性。本章的目标是将概率的语言引入蛋白质工程实验中，进而来回答一些常见的问题。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。实验步骤此节主要分为两个子节。在 3.1 节中，我们提出
蛋白质库的设计和筛选—概率计算实验
此节主要分为两个子节。在 3.1 节中，我们提出与库的设计与表征相关的问题。在 3.2 节中，我们分析评价库的质量或者库的筛选结果的显著性。在前两节中，我 们给出了公式以及提供了数值范例，用示例来加以说明而没有给出详细的理论解释。完整的理论说明可以在注释（见 8.4 节）中找到。3.1 库表
蛋白质库的设计和筛选概率计算实验
蛋白质库的设计和筛选---概率计算 实验步骤 此节主要分为两个子节。在 3.1 节中，我们提出与库的设计与
概率筛的原理在粮食筛选上的应用
我们对粮食在进行加工的时候，首先是必须要对粮食进行筛选的，这样可以将一些杂志和不理想的颗粒进行去除，这样也就提高了粮食的品质。之前我们都是使用最普通的筛子继续人工筛选的，这样一天的量就比较少，而且还会出现遗漏的地方。为了解决这样问题的发生，我们需要使用验粉筛来完成，不仅节省时间和人力
创新计算框架在蛋白质设计方面获突破
在今年诺贝尔化学奖表彰计算蛋白质设计领域的重大进展后，美国能源部阿贡国家实验室团队宣布开发出一种名为MProt-DPO的创新计算框架，该框架利用人工智能（AI）和世界顶尖的超级计算机，推动蛋白质设计取得新突破。这一成就标志着向AI自主科学发现迈出了重要一步。利用MProt-DPO框架，科学家设计了一
筛选pⅧ噬菌粒库
实验概要大量的方法已经被设计用于筛选大规模的噬菌体肽库。其中最简单的形式就是使用直接吸附的方式将靶分子固定于一个固体支持物上，然后使其接触到噬菌体库。那些不能与之结合的噬菌体在一系列洗涤的过程中将会被除去，而可以结合的噬菌体克隆将在酸性洗脱后被重新获得。主要试剂1. 磷酸盐缓冲液2. PBS/0.1
噬菌体抗体库的富集筛选
实验概要用于噬菌体抗体库富集筛选的抗原至关重要，一般来说，纯化后的可溶性蛋白纯度高，含量大，可直接包被ELISA板，是筛选特异性抗体的最佳选择。在某种情况下，需要获得针对某一特殊蛋白的单克隆抗体，也可以用抗这种蛋白的单克隆抗体捕捉抗原的方法来进行筛选。实验步骤1. 将用于筛选特异性抗体的抗原用0.1
噬菌体抗体库的菌落筛选法
实验概要本实验介绍了噬菌体抗体库的菌落筛选操作流程。实验步骤1. 将每轮筛选洗脱的噬菌体用来感染新鲜的XLIBlu菌，以10μl、20μl等不同量菌液涂于LB氨苄青霉素平皿，37℃ 4~5h。2. 事先将硝酸纤维素膜在5mmol/L的IPTG溶液中浸泡10min，在超净台中晾干后，铺在上述涂有细菌的
血型基因型和表现型概率的计算
前几天，网友student问到了血型基因型和表现型概率的计算问题，由于比较特殊，因此专门写了一篇相关文章以资参考。 关于血型本站在生命奥秘中有一篇关于血型表型推算的文章。但那仅是对于个体而言，也就是说，知道亲代血型表型推算子代表型。主要是因为现在婚外情较多，很多人为亲子鉴定问我相关问题。而st
血型基因型和表现型概率的计算
前几天，网友student问到了血型基因型和表现型概率的计算问题，由于比较特殊，因此专门写了一篇相关文章以资参考。 关于血型本站在生命奥秘中有一篇关于血型表型推算的文章。但那仅是对于个体而言，也就是说，知道亲代血型表型推算子代表型。主要是因为现在婚外情较多，很多人为亲子鉴定问我相关问题。而stud
药物开发失败的概率：生物标记物指导的试验设计
本期Nature Reviews Drug Discovery发表了来自Genentech， Inc.公司Michael J. Townsend 和Joseph R. Arron的评论文章。文章讲到药物的候选分子可能因为各种各样的原因导致临床开发的失败，但是生物标记物指导的临床试验能够降低失败的
药物开发失败的概率：生物标记物指导的试验设计
本期Nature Reviews Drug Discovery发表了来自Genentech, Inc.公司Michael J. Townsend 和Joseph R. Arron的评论文章。文章讲到药物的候选分子可能因为各种各样的原因导致临床开发的失败，但是生物标记物指导的临床试验能够降低失败的
种质资源库的设计原则
设计总原则: 安全性、可靠性、前瞻性和布局合理实用,符合环保要求,在保证安全性的前提下考虑先进性(Ellis et al., 1990; 陈叔平1995)。由于种质资源库的设计专业性非常强,因此,在工程设计过程中,必须始终贯彻上述设计思想与原则。1、 安全性植物种质资源是在不同生态条件下经过自然界长
采用计算方法的组合式蛋白质设计策略实验
实验步骤 蛋白质设计中的概率性方法是提供在一个特定的蛋白质结构中对某氨基酸（出现）在一指定位点的概率估计。这里，我们讨论几种估计这些概率的方法并将重点放在直接解出这些概率的基于熵的自洽公式。2.1 关联序列的比对蛋白质结构的序列可变性可用序列和结构数据库来探讨。已知折叠为非常相似结构的序列可以从蛋白
采用计算方法的组合式蛋白质设计策略实验
计算方法一直在蛋白质设计中发挥重要作用。本工作主要集中在搜索蛋白质序列空间，以找到一条或数条与已知结构和功能相容的蛋白质序列。在期望的功能和结构限制下，概率性计算方法为所容许的氨基酸变化范围提供信息。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。实验步骤蛋白质设计中的概
采用计算方法的组合式蛋白质设计策略实验
采用计算方法的组合式蛋白质设计策略 实验步骤 蛋白质设计中的概率性方法是提供在一个特定的蛋白质结构中对某氨基酸
运用肽库筛选磷酸化激酶motif方法
Screening Kinase Phosphorylation Motifs Using Peptide LibrariesIsaac A. Manke and Michael B. YaffeCenter for Cancer Research, Massachusetts Institute
siRNA数据库与设计工具
siRNA DatabaseSearchable database of Silencer ™ Validated and Pre-designed siRNAs to >34,000 human, mouse, and rat targets. All siRNAs in the database
抗体人源化设计/基于胰岛素肽的设计和筛选
实施效果来源：计算模拟平台通过Discovery Studio中的Antibody Modelling， Predict Humanizing Mutations模块对鼠源抗体进行人源化。DS中的Predict Humanizing Mutations模块会寻找人的Germline序列，
什么是蛋白质设计？
蛋白质设计是新蛋白质分子的合理设计，旨在设计新的活性，行为或目的，并增进对蛋白质功能的基本了解。可以从头开始设计蛋白质（从头设计），也可以通过对已知蛋白质结构及其序列进行计算得出的变体进行设计（称为蛋白质重新设计）。合理的蛋白质设计方法可以预测蛋白质序列，并将其折叠成特定的结构。然后可以通过诸如肽合
青岛能源所计算机辅助蛋白质设计取得新进展
蛋白质作为药物、生物制剂和催化剂被广泛应用，其稳定性对于生物技术应用具有重要影响。通常，蛋白质的稳定性可以通过定向进化、序列同源比对和理性设计来完成。上述方法都有各自优势和缺点，在实际应用中方法的适用性和成功率通常依赖于蛋白质体系本身。 近日，中国科学院青岛生物能源与过程研究所仿真模拟团队
国家林木种质资源库的库体结构设计要求
随着现代化建设的加快，也有越来越多的林木资源遭受破坏，为了在不影响现代化进程的同时，保护林木资源，人类开始建设国家林木种质资源库，这是种质资源保护体系的核心工程。它将填补我国林业在种质资源设施保存方面的空白，实现我国林木种质资源的长期、安全保存，对防止我国林木种质资源丢失、推动林木种业科技进步
我国建成世界最大激酶靶点细胞筛选库
记者齐芳、李陈续从中国科学院获悉，中国科学院强磁场科学中心日前建成目前世界上规模最大的基于癌症激酶靶点的高通量细胞筛选库。该细胞库囊括了近70种癌症激酶靶点，细胞种类达150余种，几乎覆盖了目前已知的与肿瘤发生发展相关的全部激酶及激酶突变细胞。该细胞库的建成，填补了国内新药创制领域此类检测体系的
高通量细胞筛选库模拟病人检测抗癌药物
记者从中科院了解到，近期中科院强磁场科学中心已建成目前世界上规模最大的基于癌症激酶靶点的高通量细胞筛选库，填补了国内新药创制领域此类检测体系的空白，将为抗肿瘤新药研发提供有力支撑。 中科院强磁场科学中心刘青松药物学团队以小鼠细胞为原始模板，采用基因工程的手段，针对目前临床常见的癌症相关激酶靶点
黄牛：计算化学驱动的新药设计
黄牛个子很高。当初被戏称“拉高北生所平均身高”的他，如今也成为北生所的一颗学术新星，在计算化学和生物学的交叉领域独树一帜。 “传统的创新药物研发是通过对大量化合物进行实验筛选，找到有活性的药物先导化合物。计算化学手段则是基于物理学原理来‘虚拟筛选’出能够结构和性质上匹配药物靶标的小分子药物
蛋白质浓度计算
1ml蛋白质，你稀释到了100ml, 说明现在里面有1%的蛋白质。然后取0.6毫升，对考马斯和蒸馏水，里面现在有（0.6/6.0）×0.01毫升的蛋白质。测完光，对完标准曲线后，得到的12.777ug/ml 是0.001毫升的蛋白质的浓度哦。所以， 总的蛋白质浓度，也就是一开始的那1毫升里的蛋白质浓
蛋白质(二）相关计算
相关计算原子数由m个氨基酸，n条肽链组成的蛋白质分子，至少含有n个—COOH，至少含有n个—NH2，肽键m-n个，O原子m+n个。分子质量设氨基酸的平均相对分子质量为a，蛋白质的相对分子质量=ma-18（m-n）基因控制基因中的核苷酸6信使RNA中的核苷酸 3蛋白质中氨基酸 1
蛋白质浓度计算
1ml蛋白质，你稀释到了100ml, 说明现在里面有1%的蛋白质。然后取0.6毫升，对考马斯和蒸馏水，里面现在有（0.6/6.0）×0.01毫升的蛋白质。测完光，对完标准曲线后，得到的12.777ug/ml 是0.001毫升的蛋白质的浓度哦。所以， 总的蛋白质浓度，也就是一开始的那1毫升里的蛋白质浓
基因编辑鼠的构建－Guide－RNA设计和筛选
众所周知，CRISPR/Cas9被业内誉为“基因剪刀”，它可以高效地实现靶基因的编辑，自问世以来就备受关注和青睐。CRISPR/Cas9系统是由CRISPR相关基因和Cas9组成，Cas9核酸酶会在向导RNA（Guide RNA, gRNA）的指引下，在完整基因组上的特定位点完成切割反应，同
蛋白质芯片对于药物筛选的应用
疾病的发生发展与某些蛋白质的变化有关，如果以这些蛋白质构筑芯片，对众多候选化学药物进行筛选，直接筛选出与靶蛋白作用的化学药物，将大大推进药物的开发。蛋白质芯片有助于了解药物与其效应蛋白的相互作用，并可以在对化学药物作用机制不甚了解的情况下直接研究蛋白质谱。还可以将化学药物作用与疾病联系起来，以及药物