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植物多组学数据驱动的上下游调控因子挖掘平台发布

9月8日,The Plant Journal 期刊在线发表中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所张一婧研究组搭建的挖掘植物基因及基因组位点上下游调控因子的网络平台,论文题为Plant Regulomics: A Data‐driven Interface for Retrieving Upstream Regulators from Plant Multi‐omics Data。该工作系统分析并整合了64个植物物种上万套组学数据,以此推测用户输入基因(或列表)及基因组位点(或列表)的上下游调控因子,这一大数据驱动的平台为进行准确深入的功能及调控网络研究提供了重要线索。 随着高通量测序技术的发展,大量非模式植物特别是各种作物的全基因组序列被公布,对所研究基因及位点或由高通量数据获得的基因列表及位点列表进行功能挖掘并推测上下游调控因子的需求极为迫切。但是除少数几个通路研究相对深入的模式植物,如拟南芥、水稻外,大......阅读全文

植物多组学数据驱动的上下游调控因子挖掘平台发布

  9月8日,The Plant Journal 期刊在线发表中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所张一婧研究组搭建的挖掘植物基因及基因组位点上下游调控因子的网络平台,论文题为Plant Regulomics: A Data‐driven Interface for Retrievi

新发现:植物生物钟调控因子

  为了适应地球自转引起的环境周期性变化,地球上几乎所有的真核生物都进化出了内源计时器——生物钟,它可以维持细胞内近24小时的基因表达节律性以适应环境中光温因子的昼夜动态变化。生物钟参与调控植物体内几乎所有的生长发育和代谢过程,如光周期依赖的开花时间、发育、叶片衰老,以及植物对生物与非生物胁迫的响应

新研究发现植物特有囊泡运输调控因子

12月28日,《美国国家科学院院刊》(PNAS)在线发表华南师范大学生命科学学院高彩吉团队和张盛春团队合作的最新成果。他们研究发现了植物特有囊泡运输调控因子BLISTER(BLI),并揭示其调控Retromer核心复合体组装和内体定位,进而调控内体介导的细胞膜和液泡蛋白分选的分子机制。 在植物细

新模型为作物育种与环境适宜性评价提供新思路

 作物育种与环境评价的代谢调控网络模型     中国农科院供图近日,中国农业科学院都市农业研究所植物光生物学团队与四川大学合作,系统阐述了复杂环境因子对植物重要次级代谢产物合成与调控机制,并提出了一种基于多组学、田间试验以及植物工厂技术的植物代谢调控网络新模型,为作物育种与环境适宜性评价提供了新思路

分子植物卓越中心揭示抗铝毒转录因子调控机制

  10月21日,中国科学院分子植物科学卓越创新中心上海植物逆境生物学研究中心研究员黄朝锋研究组在Plant Cell上在线发表题为Regulation of Aluminum-Resistance in Arabidopsis Involves the SUMOylation of the Zin

中药多组学研究取得重大突破

  中药材基因资源是国家战略资源,其挖掘、保护和利用是中药资源可持续发展的首要关键。近期,中国中医科学院中药研究所团队基于多组学技术成功揭示了紫苏、黄连、大青叶等药用植物的基因遗传背景,相关研究成果以三篇研究论文形式连续发表在国际著名权威学术期刊《自然通讯》上,引起了国际学术界对我国中药应用基础性研

中药多组学研究取得重大突破

  中药材基因资源是国家战略资源,其挖掘、保护和利用是中药资源可持续发展的首要关键。近期,中国中医科学院中药研究所团队基于多组学技术成功揭示了紫苏、黄连、大青叶等药用植物的基因遗传背景,相关研究成果以三篇研究论文形式连续发表在国际著名权威学术期刊《自然通讯》上,引起了国际学术界对我国中药应用基础性研

CASMS分论坛:多组学整合与大数据

  分析测试百科网讯 美国东部时间2021年8月9日-13日,首届美国华人质谱学会(CASMS)学术研讨会暨展览会在Gather.Town隆重举行。在13日“Multi-omics Integration and Big Data”分论坛中,哈沃德医学院Steven Gygi博士、太平洋西北国家实验

单细胞多组学高通量测序平台(一)

一单细胞多组学高通量测序技术简介通过测序手段检测细胞多层次信息,如基因组、表观组、转录组甚至蛋白组已经成为生物学研究的重要手段。几乎一切生命体的活动都围绕着DNA->RNA->蛋白质的过程,而现有的组学技术也围绕这一过程获取信息(如DNA层面的基因序列),从而解读生物体运行机制,应用于疾病的诊断和治

单细胞多组学高通量测序平台(二)

虽然single-cell sequencing的方法仍在不断推出,但是目前使用最为广泛、商业化成熟的方法仍是10×Genomics公司推出的ChromiumTM系统。1.2以RNA-seq为例介绍高通量单细胞测序技术单细胞测序的最主要难点是如何在短时间内分离得到最可能多的单个细胞,早期的技术代表F