我国科学家首次绘制脊索动物完整单细胞转录谱系
解析细胞命运决定过程的转录动态是发育生物学的核心问题之一，对了解发育基本规律以及干细胞分化的转化起到关键性的作用。近年来，随着单细胞基因组学的兴起，解决了细胞种类的多样性和发育过程的不确定性带来的难题，使得理解胚胎发育细胞谱系变成可能，为研究细胞命运决定提供了技术基础。 近期，昆明理工大学陈凯教授牵头的国际合作团队在国际最著名期刊Nature杂志上，发表了题为“Comprehensive Single-cell Transcriptome Lineages of a Proto-vertebrate”（脊索动物的全面单细胞转录细胞谱系）的研究论文。研究团队以脊椎动物进化关系很近的玻璃海鞘（C. intestinalis）为模型，绘制了首个涵盖从三胚层分化到孵化全过程的脊索动物胚胎发育单细胞转录图谱，并成功构建了包括神经系统在内全部组织类型的细胞分化谱系。在此基础上，研究团队能够有效地探索细胞命运决定过程中的基因调控网络，并......阅读全文
花生光暗幼苗的单细胞转录组图谱构建成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518535.shtm近日，广东省农业科学院作物研究所花生研究团队与合作者，在花生光暗形态转变的单细胞基因表达谱研究方面取得进展，成功构建的花生光暗幼苗的单细胞转录组图谱。相关成果发表于《植物生物技术杂志》
多阶段单细胞转录数据的基因识别统计方法问世
近日，西安交通大学公共卫生学院孙世权教授团队开发了一种高效灵活的非参数方法，用于检测多个时间点上的基因表达模式。该方法称为TDEseq，即时间序列scRNA-seq数据的时间差异表达基因，近日该成果发表于《基因组生物学》上。TDEseq采用线性可加混合模型（LAMM）来拟合单个基因表达值和时间点的关
研究成果：灵长类海马衰老的单细胞转录组图谱绘制
海马体作为脑的重要组成部分，在学习和记忆中发挥重要作用。随着年龄增长，海马功能逐渐退化，导致认知功能的减退以及多种人类神经退行性疾病发生。由于海马结构复杂，细胞组成具有高度异质性，传统研究技术难以精确揭示海马衰老过程中不同细胞类型的衰老规律及分子调控网络。此外，由于伦理及样本来源的限制，不同年龄
单细胞转录组揭秘玉米根系对热胁迫的响应机制
近日，中国农业科学院生物技术研究所玉米功能基因组创新团队首次在单细胞水平解析了玉米根系细胞对热胁迫的特异性响应机制，揭示了热胁迫下植物根系的细胞异质性、根系类型的差异和分化轨迹，鉴定了单双子叶植物响应热胁迫的关键核心基因，相关研究成果发表于《自然—通讯》（Nature Communications）
科学家开发单细胞全转录组测序新技术
北京大学生物动态光学成像中心黄岩谊、汤富酬课题组在《美国科学院院刊》（PNAS）上发表题为“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的论文。该研究利用微流控芯片技术实现了高质量单细胞的全转录组测序样品准备，全面提高了单细胞全
多阶段单细胞转录数据的基因识别统计方法问世
近日，西安交通大学公共卫生学院孙世权教授团队开发了一种高效灵活的非参数方法，用于检测多个时间点上的基因表达模式。该方法称为TDEseq，即时间序列scRNA-seq数据的时间差异表达基因，近日该成果发表于《基因组生物学》上。TDEseq采用线性可加混合模型（LAMM）来拟合单个基因表达值和时间点的关
新型微流控芯片可提高单细胞转录组测序效率
近日，中国科学院深圳先进技术研究院医工所微纳系统与仿生医学研究中心研究员陈艳和南加州大学教授钟江帆合作，在针对稀有细胞样本的单细胞测序技术方面取得新进展。相关研究成果以Improving single-cell tranome sequencing efficiency with a microfl
利用单细胞空间转录组揭示猕猴大脑皮层的细胞类型
阐明大脑皮层的细胞类型组成对于理解大脑结构和功能至关重要。中国科学院脑智卓越中心利用单细胞空间转录组揭示猕猴皮层的细胞类型。该研究成果于近日发表在《Cell》杂志上，题为：Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organizati
实用技巧二——单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析
基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析，在上一篇中，我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容（具体内容查看链接）。在这里，我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。 细胞谱系分析，最简明的理解就是细胞领域的进化树，通常指的是某类祖源细胞，在特定条件下，有多
Nature子刊发布单细胞转录组开创性研究成果
来自苏黎世大学的生物学家们开发出了一种可在单细胞中显像基因活性的新方法。这种方法如此的高效，从而使得研究人员第一次在1万个人类单细胞中平行研究了 1000种基因，揭示出基因的活性和生成的转录分子的空间结构在单细胞之间存在显著差异。这一新方法可广泛应用于基础研究和医学诊断等领域。 当细胞
单细胞转录组测序（scRNAseq）的十个问答解惑
高通量组学研究已经发展了快20年，从最开始的基因芯片到二代测序，从编码基因到lncRNA，circRNA，从三代测序的出现到单细胞组学研究的火热，相信在这个领域中共事的小伙伴们都深有感触。大家都知道高通量单细胞测序现在很火，但是不是所有的研究都适用，是不是所有的样本都能进行单细胞测序呢？本期小编
科学家发表跨物种小脑皮层单细胞空间转录组图谱
9月27日，《科学》（Science）在线发表了题为Cross-species single-cell spatial transcriptomic atlases of the cerebellar cortex的研究论文。该成果由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心联合杭州华大生命科学研究院、
实用技巧二——单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析
基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析，在上一篇中，我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容（具体内容查看链接）。在这里，我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。 细胞谱系分析，最简明的理解就是细胞领域的进化树，通常指的是某类祖源细胞，在特定条件下，有多
安诺开年力作：单细胞转录组测序登陆Nature子刊
X染色体失活（XCI）是指雌性哺乳类细胞中，两条X染色体的其中之一失去活性的现象，过程中X染色体会被包装成异染色质，进而因功能受抑制而沉默化。Xist RNA是能引发X染色体沉默的长片段ncRNA，尽管Xist对XCI是必要的，但其对胚胎植入前的印记XCI的精确作用尚存争议。近日，安诺优达与法国
回顾：单细胞转录组技术发展之十年历程
俗话说，十年是个风水岭，单细胞转录组技术发展至今十年间，在促进对生物学和疾病的认识上发挥出的巨大潜力有目共睹。那么，十年间单细胞转录组是如何发展至今的？又取得了哪些新的进展呢？今天，让我们跟随Sarah Aldridge和Sarah Teichmann两位大神，一起来回顾单细胞转录组学技术十年发
单细胞转录组测序（scRNAseq）的十个问答解惑
高通量组学研究已经发展了快20年，从最开始的基因芯片到二代测序，从编码基因到lncRNA，circRNA，从三代测序的出现到单细胞组学研究的火热，相信在这个领域中共事的小伙伴们都深有感触。大家都知道高通量单细胞测序现在很火，但是不是所有的研究都适用，是不是所有的样本都能进行单细胞测序呢？本期小编带来
针对稀有样本——新方法提高单细胞转录组测序的效率
近日，中国科学院深圳先进技术研究院医工所微纳系统与仿生医学研究中心研究员陈艳和南加州大学教授钟江帆合作，在针对稀有细胞样本的单细胞测序技术方面取得新进展。相关研究成果以Improving single-cell transcriptome sequencing efficiency with a
单细胞测序新技术：同时分析单个细胞的转录组和甲基...
单细胞测序新技术：同时分析单个细胞的转录组和甲基化组 单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而，由于细胞之间存在较大的差异，又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组，在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。 近日，加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授
单细胞染色质图谱|揭示转录因子网络和细胞谱系关系
2019年10月8日，美国圣地亚哥的Salk研究所的Geoffrey Wahl团队在Cell Reports杂志上发表文章“Single-Cell Chromatin Analysis of Mammary Gland Development Reveals Cell-State Transcr
单细胞测序新技术：同时分析转录组和甲基化组
单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而，在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。这是因为细胞之间存在较大的差异，又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组。加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授领导团队解决了这个问题。他们在Genome Biology杂志上发
研究开发单细胞空间转录组数据分析可视化平台
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的十大科学突破之首。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空
突破性单细胞表观基因组与转录组分析新技术
由英国及比利时的研究人员开发出的一种新方法，使得在单细胞中同时研究表观基因组及转录组成为可能。发布在《自然方法》（Nature Methods）上的实验方案，可帮助科学家们精确描绘出DNA甲基化改变与基因表达之间的关系。 近年来单细胞测序技术发展迅速，被广泛用于研究细胞间的基因表达谱（转录组）
我国科学家成功获得长春花叶片单细胞转录组图谱
长春花为夹竹桃科长春花属植物，在中草药用途上，全草入药有止痛、消炎等功效。单萜类吲哚生物碱（MIAs）是植物中最多样的特殊代谢产物，具有重要的药用价值。长春花能够合成130多种MIAs，是研究单萜吲哚生物碱合成的模式药用植物，其所含生物碱，如长春花碱、长春新碱等被用来临床治疗白血病、霍奇金淋巴瘤
我国学者发表基于单细胞转录组测序数据的小鼠细胞图谱
在国家自然科学基金项目（项目编号：31722027）等资助下，浙江大学医学院干细胞与再生医学中心郭国骥教授团队在单细胞组学技术及哺乳动物全细胞表达谱系分析研究中取得突破性进展。相关成果以“Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-seq”（利用微孔板测序
单细胞核RNA测序技术建立了种子早期胚乳发育的转录图谱
种子是裸子植物和被子植物特有的繁殖体，是胚珠经过受精以后形成的结构，在植物生命周期中处于关键位置。种子主要由种皮、胚和胚乳组成。其中胚乳是大多数开花植物双受精后产生的组织，一般为三倍体（每个细胞核有三套染色体），胚乳中含有丰富的营养物质，是人类消耗热量的主要来源。 基因组印迹是一种表观遗传基因
华大基因再出手－单细胞转录组学测序技术的系统分析
单细胞转录组测序(Single-cell RNA-seq)是在单细胞水平对转录组（mRNA）进行测序的一项新技术，可发现细胞群体中真正起作用的细胞，特别适合对高度异质性的干细胞、肿瘤细胞及胚胎发育早期的细胞群体进行研究，认识细胞分子机制和基因调控网络。单细胞RNA-seq技术需要在测序前制备文库
我国学者发表基于单细胞转录组测序数据的小鼠细胞图谱
在国家自然科学基金项目（项目编号：31722027）等资助下，浙江大学医学院干细胞与再生医学中心郭国骥教授团队在单细胞组学技术及哺乳动物全细胞表达谱系分析研究中取得突破性进展。相关成果以“Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-seq”（利用微孔板测序
棘皮动物、低等脊索动物、圆口纲动物观察试验
实验方法原理 1. 通过对海盘车(即海星)的外形观察与内部解剖，了解棘皮动物的基本特征；认识棘皮动物门各纲的一些习见代表种。2. 通过观察柱头虫、海鞘、文昌鱼等标本，了解棘皮动物的基本特征，认识其常见代表种。3. 通过观察七鳃鳗浸制标本，了解圆口纲动物的主要特征。实验材料 液浸标本仪器、耗材
棘皮动物、低等脊索动物、圆口纲动物观察试验
实验方法原理1. 通过对海盘车(即海星)的外形观察与内部解剖，了解棘皮动物的基本特征；认识棘皮动物门各纲的一些习见代表种。2. 通过观察柱头虫、海鞘、文昌鱼等标本，了解棘皮动物的基本特征，认识其常见代表种。3. 通过观察七鳃鳗浸制标本，了解圆口纲动物的主要特征。实验材料液浸标本仪器、耗材显微镜
揭示整合单细胞和群体细胞转录组数据推断细胞分化时间
近日，中国科学院上海生命科学研究院（人口健康领域）马普计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组，中科院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组，与清华大学沈沁研究组合作发表的论文，以Inference of differentiation time for single cell transcriptom