NatComm|张强锋组利用人工智能算法分析单细胞ATACseq数据
近年来，深度学习等人工智能技术在图像识别，自然语言处理等领域取得了令人瞩目的成就。人工智能技术应用于生命科学，对生物信息多个领域产生了重大的影响。深度学习算法借助于生命科学大数据的飞速发展，从海量大数据中自动高效地提取特征进行学习，极大超越了依赖人工提取特征的传统人工智能算法，在医疗图像处理、结构预测、药物研发、以及基因组数据分析等诸多领域大显身手。在生命组学的前沿单细胞RNA测序领域，深度学习等人工智能算法也逐渐得到应用，并取得不错的结果。然而深度学习应用于单细胞测序数据分析，面临着数据稀疏性、维度灾难、以及难以解释等诸多挑战。 染色质开放区域是基因组编码生命信息的窗口，在染色体开放区域上包含了很多重要的转录因子结合位点和基因调控的基因组元件【1】。ATAC-seq （Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）技术通过Tn5 DNA转座酶在开放......阅读全文
Nat－Comm|－张强锋组利用人工智能算法分析单细胞ATACseq数据
近年来，深度学习等人工智能技术在图像识别，自然语言处理等领域取得了令人瞩目的成就。人工智能技术应用于生命科学，对生物信息多个领域产生了重大的影响。深度学习算法借助于生命科学大数据的飞速发展，从海量大数据中自动高效地提取特征进行学习，极大超越了依赖人工提取特征的传统人工智能算法，在医疗图像处理、结
Nat－Comm：早年的压力或对后代有好处
Nat Comm：早年的压力或对后代有好处 11月14日，Nature Communications上发表的一篇论文报告说，在压力条件下饲养的雄性小鼠生出的后代由于表观遗传变化会有更好的目标导向行为。这些发现显示了早年的逆境体验所具有的潜在适应性好处。 很多动物研究表明，早年
清华大学张强锋副教授荣获Cell－Research年度杰出论文奖
近日，赛诺菲-Cell Research 2021年度杰出论文奖发布，共有3篇发表于 Cell Research 的论文获奖，论文通讯作者分别是清华大学张强锋；复旦大学鲁伯埙、丁澦；南京大学张辰宇、张骑鹏、汪芳裕。其中，清华大学生命学院张强锋副教授于2021年2月发表的PrismNet研究论文“使用
Nat.－Comm.：揭示氮营养与植物减数分裂起始的联系
减数分裂是有性生殖生物配子产生和世代交替的核心事件。减数分裂起始是细胞有丝分裂向减数分裂的转变，标志着生物体从营养生长向生殖生长的转变。氮素是植物必需的大量元素，是植物生长发育和农作物产量形成的重要限制因子。氮缺陷往往导致植物育性降低，而对其分子机制却知之甚少。 中国科学院遗传与发育生物学研究
Nat－Comm－|－项鹏/王茂生合作揭示Nestin在肺癌中的作用机制
肿瘤抗氧化能力异常被认为是其恶性进展的机制之一。Nrf2是调控细胞氧化还原平衡的关键转录因子，其异常激活导致的抗氧化能力增强是肿瘤耐药的重要原因。系统解析Nrf2信号通路调控肿瘤细胞氧化应激的分子机制对于对揭示肿瘤发生发展和化疗抵抗具有重要意义。已有研究显示中间丝蛋白(intermediatef
Nat.－Comm.：家蚕CPV病毒刺突蛋白的三维结构获解析
中国和美国研究团队通过五年多合作，首次解析了家蚕质型多角体病毒（BmCPV）刺突蛋白（spike蛋白）的高分辨率三维结构。相关研究于1月27日发表在《自然–通讯》杂志。 Spike蛋白是广泛存在于病毒囊膜或衣壳表面的同源三聚体，通常在病毒入侵宿主细胞的过程中发挥关键的作用。相较于囊膜病毒，无
Nat.－Comm.：CRISPR基因编辑会导致可遗传的基因组结构突变
CRISPR-Cas9是对微生物、动植物，以及人类基因组进行修饰的强有力工具。在医疗保健领域，CRISPR-Cas9基因编辑为治愈遗传病、癌症，乃至心脏病等重大疾病带来了前所未有的希望。但这一切的前提是DNA被正确的修饰，而没有产生意外的变化。 在进行CRISPR基因编辑时，脱靶性是一个重点关
如何实现单细胞ATACseq测序？Sanger研究所提出强大新工具
时至今日，我们体内许多细胞类型的工作方式，科学家们依然不清楚，比如对于保护机体不会患上严重疾病的免疫细胞。 DNA染色质的内部组织影响了每个细胞的功能，包括基因表达、DNA复制和DNA修复在内的一些基本的细胞过程。很久以前，人们就注意到易接近的染色质标记了一些调控序列，如启动子、增强子、绝缘子
－Nat－Met：新型单细胞技术助力表观遗传研究
跨学科组织的专家们首次为临床医生实现“无艾滋病时代”的目标设计了最新的改进方案，方案融合了尖端的生物医学技术以及基础的行为干预方法。该研究发表在《美国医学协会杂志》上。 这项方案是由国际抗病毒组织IAS-USA召集的专家志愿者小组提出的，为临床医生实施新型HIV预防方法提供了指导方针。专家们对
Nat.－Comm.：提升宽光谱捕光催化剂全分解水制氢量子效率
近日，中国科学院院士、中科院大连化学物理研究所太阳能研究部研究员李灿，与研究员章福祥/副研究员祁育等，在利用宽光谱捕光催化剂构筑全分解水制氢体系研究中取得新进展。基于BiVO4可见光催化剂不同晶面双助催化剂的优化开发及其选择性负载，显著提升其用于水氧化和“Z”机制全分解水制氢性能，使全分解水制氢
张锋团队开发出高通量的单细胞RNA测序方法
去年，Broad研究所的研究人员在《Science》上发表了一种称为sNuc-Seq的单核RNA测序方法。这种方法让人们能够研究那些难以分离的单细胞中的基因表达谱。如今，Broad研究所领导的团队克服了sNuc-Seq应用的一大障碍：规模。 8月28日，研究人员在《Nature Methods
Nat－Methods：当免疫学与单细胞测序结合－完美！
近日，来自威康基因组校园单细胞基因组学中心的研究者通过研究改变了我们观察基因表达和免疫反应的方式，相关研究刊登于杂志Nature Methods上，文章中研究者开发了一种名为TraCeR的方法，该方法可以作为一种强有力的工具帮助深入进行免疫反应、疫苗、癌症及自身免疫疾病等研究。 是什么机制促进
为你解密ATACseq研究方案
ATAC-seq最近几年是比较火的一种测序技术。那ATAC-seq技术到底什么呢？ATAC-seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶
话不多说－影响因子和发表所需时间的关系
前段时间看到了一个有趣的博客，有很多数据，在这跟大家分享[1]。作者是Jean Monlong，现在是加拿大McGill University的一名博士生。他的博客叫海马区（Hippocamplus）。话不多说，上图。本图是各个杂志接受文章和发表文章所需时间的中位数（按天数计算）可以看到Plos O
自噬受体蛋白招募自噬起始相关ULK复合物分子机制
Nat Comm 细胞自噬（Autophagy）是真核细胞中一种高度受调控的、溶酶体依赖的细胞代谢过程，对于维持细胞内稳态以及促进细胞的生长、发育和存活具有至关重要的作用。选择性自噬通过自噬受体蛋白来特异性地识别和降解特定的底物，包括蛋白聚集体、受损线粒体、外源性的入侵病原体等。选择性自噬在众
抗张强度试验仪简介
抗张强度试验仪采用机电一体化设计，专门针对纸包装行业,适用于测试纸张等材料或制成品的拉伸等物理性能。 本机采用机电一体化设计，专门针对纸包装行业,适用于测试纸张等材料或制成品的拉伸等物理性能；符合GB、ISO、ASTM、JIS等标准，是企业、检验机构、科研机构及大专院校等单位理想的检测、试验设
Nature－comm：灵芝可调节肠道菌群改善肥胖
近日，来自台湾长庚大学的研究人员在国际学术期刊nature communication在线发表了一项最新研究进展，他们通过动物实验首次发现灵芝能够调节小鼠肠道菌群生态，改善肥胖。 肥胖已经逐渐成为全球性的公共健康问题，目前全世界大约有5亿肥胖的人和14亿体重超重的人。肥胖会促进许多并发症的发生
Nature－Comm：基因融合筛选有助预测肺癌恶性程度
目前开发肺癌有效的治疗已经具有相当大的挑战性，部分是因为许多基因突变在肺癌中发挥作用。通过分析肺癌的RNA和DNA，美国密歇根州综合癌症中心研究人员发现含大量基因融合的肺癌患者比只有较少基因融合的肺癌患者有更糟糕的结果。 此外，研究人员确定肺癌（包括有吸烟史的）患者的几个新遗传异常。肺癌是一个
Nat.－Methods:－更精细！多维度！单细胞RNA测序又往前一步
美国纽约基因组中心的科学家开发出了一种新技术，在单细胞的RNA测序方面向前迈出重要的一步，推进了为了解单个细胞的基因组学领域的发展，让在单个细胞水平上区分不同类型的细胞和研究疾病的机制成为可能。 CITE-seq叫做细胞转录组和表位抗原通过测序的索引（Cellular Indexing of
清华教授Nat－Commun发表论文：质谱的单细胞脂质组学分析
单细胞分析是研究细胞异质性的关键技术，对生物学过程研究及新药研发有着重要意义。目前，单细胞基因组学技术较为成熟，单细胞转录组学和蛋白组学分析技术近年来获得较多关注和投入。与其他组学相比，单细胞脂质组学分析刚刚起步，面临诸多技术难点。由于脂质数量庞大，结构复杂，其在单细胞层面的结构表征和定量分析颇
云序生物为你解密ATACseq研究方案
ATAC-seq最近几年是比较火的一种测序技术。那ATAC-seq技术到底什么呢？ATAC-seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某
抗张强度试验机简介
可用于不同标准长度、宽度的试样，除标准拉伸速度外，还可随情况简单设定，改变拉伸速度。试验时实时显示拉伸时间、负荷张力。试样断裂时即显示抗张力、抗张强度值、抗张指数、裂断长、伸长率、抗张能量吸收指数、抗张能量吸收值和裂断时拉伸时间，并可显示抗张曲线。在拉伸一组试样后，又能方便地用按键，直接显示和打
纸张的抗张强度怎么计算
纸张的抗张强度是纸张承受的最大作用力除以纸样宽度。在标准试样方法规定的条件下，单位宽度的纸或纸板断裂前所能承受的最大张力，以S表示，单位为kN/mm。 纸张的强度取决于纸张中纤维本身的强度和纤维的结合强度。印刷过程中纸张处于张紧状态，纸的纵向受到一定的拉力作用，若纸张的抗张强度低于此拉力，就会出现纸
纸张的抗张强度怎么计算
纸张的抗张强度是纸张承受的最大作用力除以纸样宽度。在标准试样方法规定的条件下，单位宽度的纸或纸板断裂前所能承受的最大张力，以S表示，单位为kN/mm。 纸张的强度取决于纸张中纤维本身的强度和纤维的结合强度。印刷过程中纸张处于张紧状态，纸的纵向受到一定的拉力作用，若纸张的抗张强度低于此拉力，就会出现纸
单细胞转录组测序（scRNAseq）的十个问答解惑
高通量组学研究已经发展了快20年，从最开始的基因芯片到二代测序，从编码基因到lncRNA，circRNA，从三代测序的出现到单细胞组学研究的火热，相信在这个领域中共事的小伙伴们都深有感触。大家都知道高通量单细胞测序现在很火，但是不是所有的研究都适用，是不是所有的样本都能进行单细胞测序呢？本期小编
单细胞转录组测序（scRNAseq）的十个问答解惑
高通量组学研究已经发展了快20年，从最开始的基因芯片到二代测序，从编码基因到lncRNA，circRNA，从三代测序的出现到单细胞组学研究的火热，相信在这个领域中共事的小伙伴们都深有感触。大家都知道高通量单细胞测序现在很火，但是不是所有的研究都适用，是不是所有的样本都能进行单细胞测序呢？本期小编带来
抗张强度试验仪的特点简介
产品特点 精密机械传动，无级调速 自动定位与位移测量 大屏幕液晶显示 按国家标准预设试验参数，也可按企业标准自设参数，一次设定可长期使用 成组测试，自动进行数据统计与打印 多种安全保护模式，保证试验安全可靠运行
抗张强度测试仪的特点
抗张强度测试仪是企业、检验机构、科研机构及大专院校等单位理想的检测、试验设备。 本机采用机电一体化设计，专门针对纸包装行业,适用于测试纸张等材料或制成品的拉伸等物理性能；符合GB、ISO、ASTM、JIS等标准。 在纸包装的QS认证中，本仪器主要适用于以下产品：非热封型茶叶滤纸、热封型茶叶滤
抗张强度通俗点讲是什么
抗张强度（tensile strength），即抗拉强度。又称拉伸强度，扯断强度。表示单位面积的破碎力。符号σb。材料或构件受拉力时抵抗破坏的能力。可用强度极限来表示。是金属和非金属材料的机械性能的一项指标。单位为牛/平方厘米(N/c㎡)或帕斯卡(Pa)，纸张往往作纵向测定或横向测定，分别称做纵向抗
新的基因组工具组合或可梳理疾病的因果关系
近日，奥地利科学院分子医学研究中心（CeMM）的研究人员Christoph Bock在基因组生物学会议上发言称，新的基因组工具组合可以帮助研究人员梳理疾病的因果关系。 他认为，单细胞RNA-seq和ATAC-seq等方法可以帮助人们深入了解疾病发展过程中发生的情况，但它们无法建立因果关系。Bo