Antpedia LOGO WIKI资讯

NatComm|张强锋组利用人工智能算法分析单细胞ATACseq数据

近年来,深度学习等人工智能技术在图像识别,自然语言处理等领域取得了令人瞩目的成就。人工智能技术应用于生命科学,对生物信息多个领域产生了重大的影响。深度学习算法借助于生命科学大数据的飞速发展,从海量大数据中自动高效地提取特征进行学习,极大超越了依赖人工提取特征的传统人工智能算法,在医疗图像处理、结构预测、药物研发、以及基因组数据分析等诸多领域大显身手。在生命组学的前沿单细胞RNA测序领域,深度学习等人工智能算法也逐渐得到应用,并取得不错的结果。然而深度学习应用于单细胞测序数据分析,面临着数据稀疏性、维度灾难、以及难以解释等诸多挑战。 染色质开放区域是基因组编码生命信息的窗口,在染色体开放区域上包含了很多重要的转录因子结合位点和基因调控的基因组元件【1】。ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)技术通过Tn5 DNA转座酶在开放......阅读全文

单细胞转录组测序(scRNA-seq)的十个问答解惑

高通量组学研究已经发展了快20年,从最开始的基因芯片到二代测序,从编码基因到lncRNA,circRNA,从三代测序的出现到单细胞组学研究的火热,相信在这个领域中共事的小伙伴们都深有感触。大家都知道高通量单细胞测序现在很火,但是不是所有的研究都适用,是不是所有的样本都能进行单细胞测序呢?本期小编带来

大数据研究推翻常规认识

  近年来,科学创新日渐进入"大数据"时代,各种高通量的分析手段以及各类"组学"的发展,使得我们对生命科学的基本原理以及与人类健康有关的疾病发生机制方面有了更加深入的认识。针对最近一段时间以来科学家们利用"大数据"的手段产生的科学进展,我们

2019中国生命科学领域CNS盘点:曹雪涛 颜宁 施一公上榜

  截至2019年12月23日,中国学者在Cell,Nature及Science在线发表了107篇文章(2019年的Cell ,Nature 及Science 已经全部更新),iNature团队对于这些文章做了系统的总结:  按杂志来划分:Cell 发表了31篇,Nature 发表了44篇,Scie

Nature期刊评选出2019年需要关注的7大技术

  7位专家预测了2019年将推动他们各自所在的领域向前发展的技术进展,包括高分辨率成像和从头构建基因组大小的DNA分子等。对生命科学技术来说,2019年看起来非常令人期待。  1.Sarah Teichmann:扩展单细胞生物学  Sarah Teichmann是英国韦尔科姆基金会桑格研究所细胞遗

《Nature》:2019年需要关注的7大技术

  7位专家预测了2019年将推动他们各自所在的领域向前发展的技术进展,包括高分辨率成像和从头构建基因组大小的DNA分子等。对生命科学技术来说,2019年看起来非常令人期待。  1.Sarah Teichmann:扩展单细胞生物学  Sarah Teichmann是英国韦尔科姆基金会桑格研究所细胞遗

单细胞转录组重要研究文献汇总(二)

4.单细胞转录组测序在植物领域崭露头角相比动物的单细胞研究,由于植物具有细胞壁的特点,使得植物的单细胞研究相比较难,但是继2月份的拟南芥根组织单细胞转录组学研究[8],本月在《Developmental Cell》上又发表了一篇基于拟南芥根组织的单细胞转录组学研究报道[9]。来自德国图宾根大学植

如何利用人工智能来改善人类健康?

  近年来,越来越多的科学家们开始使用人工智能技术加速多项领域的研究,当然了他们也取得了很多研究成果,本文中,小编就对近期相关研究成果进行整理,与大家一起学习!  【1】Com Biol Med:人工智能帮助治疗糖尿病引发的眼疾  doi:10.1016/j.compbiomed.2018.10.0

2019北京光谱年会——人工智能与光谱的结合

  分析测试百科网讯 2020年1月7日,由北京理化分析测试技术学会光谱分会主办的2019年北京光谱年会在北京天文馆如期举办。此次会议旨在围绕拉曼光谱、原子发射光谱和光谱计算等光谱方法和应用进行学术交流,同时会议邀请了诸多领域专家亲临现场并发表多篇精彩报告。分析测试百科网作为此次会议的支持媒体,全程

2019年中国学者发表CNS统计,谁是CNS发表之王?

  【51/52】2019年4月4日,清华大学柴继杰课题组、中科院遗传发育所周俭民课题组和清华大学王宏伟课题联合同期背靠背发表两篇重量级Science文章,完成了植物NLR蛋白复合物的组装、结构和功能分析,揭示了NLR作用的关键分子机制,是植物免疫研究的里程碑事件。两篇文章分别是: "Li

大跃进 | 中国学者CNS发表超过100篇生命科学领域研究成果

  【50】2019年4月12日,中科院上海药物所徐华强,王明伟,浙江大学张岩及匹兹堡大学医学院Jean-Pierre Vilardaga共同通讯在Science发表题为“Structure and dynamics of the active human parathyroid hormone r

与瑞典科研教育国际合作基金会项目初审结果发布

   2015年度国家自然科学基金委员会与瑞典科研与教育国际合作基金会合作交流项目初审结果的通知  根据国家自然科学基金委员会(NSFC)与瑞典科研与教育国际合作基金会(STINT)的双边合作协议,双方在2015年共同资助中国与瑞典科研人员之间在科学研究的基础上开展的合作交流项目。2015年7月,我

人工智能与数据挖掘驱动的肿瘤新药研发

  人工智能作为一种旨在模拟、延伸和扩展人的智能的科学,人工智能正在以前所未有的广度和越来越快的速度改变着世界的面貌。而在普瑞基准创始人季序我和梁晗看来,人工智能可以帮助我们更好地回答那些医学中最为本质的问题,对于新药研发、临床诊疗和医学基础研究,都有着不可估量的价值。 道路  在癌症诊治的过程中,

生物医药产业大数据应用概览

  一、国家大数据战略  数据是国家基础性战略资源,是21世纪的“钻石矿”。党的十八届五中全会提出“实施国家大数据战略”,国务院印发《促进大数据发展行动纲要》、工信部印发《大数据产业发展规划(2016-2020年)》,全面推进大数据发展,加快建设数据强国。  2016年6月,国务院办公厅印发《国务院

一文了解癌症检测创新性研究成果!

  时至岁末,转眼间2019年已经接近尾声,迎接我们的将是崭新的2020年,在即将过去的2019年里,科学家们在癌症检测领域取得了多项重要的研究成果,本文中,小编就对本年度科学家们在癌症检测研究领域取得的重磅级研究成果进行整理,分享给大家!  图片来源:CC0 Public Domain  【1】J

科学家们在癌症亚型研究上的新进展!

  科学家们研究发现癌症有很多亚型,而针对不同亚型的癌症有着不同的治疗手段,本文整理了科学家们在癌症亚型研究中取得的成果。  【1】Nat Med:弥散性大B细胞淋巴瘤竟有5种亚型,个性化治疗刻不容缓!  doi:10.1038/s41591-018-0016-8  弥散大B细胞淋巴瘤(DLBCL)

多篇研究共同解读近期单细胞测序重磅级研究成果

  本文中,小编整理了近年来单细胞测序领域的重磅级研究成果,与大家一起学习!  【1】Cell:开发出空间单细胞测序技术,有助揭示早期乳腺癌产生浸润性之谜  doi:10.1016/j.cell.2017.12.007  在一项新的研究中,来自美国德州大学MD安德森癌症中心的研究人员报道一种新的遗传

第二届中国青年分析科学家论坛召开 分析测试人才辈出

  分析测试百科网讯 10月25日,在BCIEA2019召开之际(相关报道:活动缤纷 展商云集 BCEIA 2019北京开幕),由中国分析测试协会青年学术委员会主办的第二届中国青年分析科学家论坛在国家会议中心盛大召开,近百余名专家、学者参加了此次论坛。分析测试百科网作为支持媒体报道了此次论坛。论坛现

国家基金委八大学部公布“优先发展领域及主要研究方向”

  “十三五”期间,通过支持我国优势学科和交叉学科的重要前沿方向,以及从国家重大需求中凝练可望取得重大原始创新的研究方向,进一步提升我国主要学科的国际地位,提高科学技术满足国家重大需求的能力。各科学部遴选优先发展领域及其主要研究方向的原则是:  (1)在重大前沿领域突出学科交叉,注重多学科协同攻关,

布鲁克发布timsTOF fleX™ 为空间定位组学配置ESI/MALDI双源

——timsTOF Pro™系统进一步增强用于4D蛋白质组学的MBR-ddaPASEF和diaPASEF性能——timsTOF Pro超高灵敏度的4D蛋白质组学和4D脂质组学性能推进单细胞生物学研究——在ASMS 2019上还发布了用于4D蛋白质组学的新消耗品、软件合作伙伴及软件产品  分析测试百科

流形学习在单细胞组学数据分析中的运用

以10x Genomics为代表的单细胞组学检测技术的发展,为我们从细胞层面去理解生命体的发育过程,疾病发生和发展过程提供了重要的手段。以单细胞转录组(scRNA-Seq)为例,我们可以发现,单细胞组学数据具有横向细胞数量巨大,纵向数据分布稀疏的特点。因此,针对单细胞数据,从分析的角度提出了巨大

ICAS 2017分会(二):无处不在的质谱分析

  分析测试百科网讯 2017年5月7日,由国际纯粹与应用化学联合会(IUPAC)和中国化学会(CCS)主办的2017 年国际分析科学大会(ICAS 2017)质谱分析分会在海南国际会展中心举行。分会邀请了复旦大学教授杨芃原、俄罗斯科学院院士Evgeny Nikolaev、香港浸会大学化学系教授蔡宗

Nature单细胞测序绘制首个人胚胎造血和免疫系统发育图谱

  哺乳动物的造血与免疫系统发育是在胚胎发育过程中由多个组织以复杂的协同作用所驱动的【1】。尽管研究界对于人体中这一过程所涉及的功能主体和时间序列都有了较为准确的认识,例如造血干细胞是先从受孕后2至3周的胚胎外卵黄囊(yolk sac)中,以及从3至4周的胚胎主动脉-性腺-中肾区域(aorta-go

941项/人,教育部公布2019年度科技奖候选项目/候选人

  分析测试百科网讯 近日,教育部对外公布2019年度高等学校科学研究优秀成果奖(科学技术)候选项目/候选人结果。此次评选工作教育部共收到有关单位和专家有效推荐/提名候选项目/候选人1046项/人(含专用项目32项)。其中,自然科学奖396项,技术发明奖140项(通用项目124项,专用项目16项),

Nature Methods:2016年最值得关注的八大技术

  《Nature Methods》盘点2015年度技术,选出了最受关注的技术成果:单粒子低温电子显微镜(cryo-EM)技术。 除此之外,也整理出了2016年最值得关注的几项技术,分别为:细胞内蛋白标记(Protein labeling in cells)、细胞核结构(Unraveling nuc

6大主题共论汞等大气污染物监测与评估

  分析测试百科网讯 2019年12月4日,由中国科学院高能物理研究所多科学研究中心环境安全与健康分中心,中国科学院纳米生物效应与安全性重点实验室、雾霾健康效应与防护北京市重点实验室、国家环境保护汞污染防治工程技术中心等主办的“2019汞等大气污染物监测与评估研讨会”在中国科学院高能物理研究所隆重举

现场同步直播 目击中国化学会第31届学术年会全过程

  分析测试百科网讯 2018年5月5日,中国化学会第31届学术年会在浙江省杭州市杭州国际博览中心盛大开幕。  在全国化学工作者的支持和积极参与下,中国化学会学术年会规模不断扩大,影响力不断提升,已经成为化学及相关领域门类最全、规模最大、水平最高的学术交流平台。中国化学会第 31 届学术 年会设

Nature:开启单细胞病理学新篇章 Hyperion助力临床肿瘤治疗

  在临床上,对肿瘤的分类是癌症诊断、判断预后以及治疗方案选择的重要依据。目前这种分类主要是依据肿瘤组织学特征以及少量Marker的表型进行的。近年来,随着单细胞分析技术的发展,肿瘤患者个体间以及个体内普遍存的异质性被不断被揭示出来,这些复杂的单细胞表型及空间信息并未反映在组织学分类中。  近日,来

SCIEX开启微流SWATH全景蛋白组学交流之旅

  由武汉国家生物产业基地主办,武汉金开瑞生物工程有限公司承办的第一届表观遗传组与蛋白质组学技术研讨会将于2019年8月12日-14日在湖北武汉举行。  此次会议针对蛋白质组学、三维基因组、表观遗传学等热点议题展开深入研讨,邀请了来自中科院、上海交大、同济大学、华中科技大学、华中农业大学等全国知名高

分享与创新 第十二届岛津公司质谱用户学术交流会召开

  分析测试百科网讯 2018年11月21日,第十二届岛津公司质谱用户学术交流会在深圳市大梅沙京基海湾酒店举办,邀请了来自生命科学、食品安全、环境保护等领域的专家学者,向业内同仁传递了质谱技术的前沿研究,搭建了质谱技术的学术交流平台,吸引了来自各个应用行业的230余名质谱用户参与。分析测试百科网作为

揭秘效应性T细胞和耗竭性T细胞早期命运决定

  T细胞耗竭(T cell exhaustian)是广泛存在于慢性感染和癌症环境中的一种现象。在慢性系统性炎症疾病中,耗竭性T细胞(Tex cells)是控制抗原的主要参与者之一,其高表达免疫抑制分子诸如PD-1, Tim-3 和Lag-3。治疗药物如Anti-PD-1 blockade Nivo