我国科学家开发高质量基因组组装软件

11月25日,中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志研究组开发的高质量基因组组装软件HERA在《自然-通讯》在线发表(Nature Communications,DOI:10.1038/s41467-019-13355-3)。论文题目为Assembly of chromosome-scale contigs by efficiently resolving repetitive sequences with long reads。 高质量基因组序列对于研究一个物种基因组的结构、功能、进化、基因定位和克隆等都至关重要。目前单分子测序技术的发展,已使得构建高质量基因组草图越来越容易。然而,这些草图序列仍然存在着由于组装序列碎片化而导致的多种错误,比如不完整的基因序列、排列到染色体上之后的片段遗漏、排列顺序错误和方向错误等。这些错误对于利用这些基因组所做的很多研究会造成不便或误导。 中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志组多年......阅读全文

新软件按需组装无缝基因组序列

原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日报北京2月16日电 (记者张梦然)美国国立卫生研究院研究人员发布了一种创新的软件工具,用于组装来自各种物种的真正完整(即无缝)的基因组序列。这种名为Verkko的软件在芬兰

大大加速基因组分析的新软件

  最近,新加坡科技研究局(A*STAR)基因组研究所(GIS)和生物信息学研究所(BII)的科学家带领的一个国际研究小组,开发出了一种可以加快基因组分析的软件——SIFT 4G(SIFT for Genomes)。这项研究结果发表在《Nature Protocols》杂志。  基因组测序可帮助我们

我国科学家开发高质量基因组组装软件

  11月25日,中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志研究组开发的高质量基因组组装软件HERA在《自然-通讯》在线发表(Nature Communications,DOI:10.1038/s41467-019-13355-3)。论文题目为Assembly of chromosome-scale c

细胞器基因组组装软件开发研究获进展

  真核生物细胞器基因组包括线粒体和质体(包括叶绿体、白色体等)的全部DNA分子,是细胞质遗传的主要载体。在动植物和真菌的单个细胞内,有多个(甚至成千上万个)细胞器基因组单元的拷贝,使得利用低覆盖度的全基因组测序数据组装得到完整的细胞器基因组成为可能。随着DNA高通量测序技术的发展,测序成本下降,低

中国科学家开发出高质量基因组组装软件

  高质量基因组序列对于研究一个物种基因组的结构、功能、进化、基因定位和克隆等都至关重要。目前单分子测序技术的发展,已使得构建高质量基因组草图越来越容易。然而,这些草图序列仍然存在着由于组装序列碎片化而导致的多种错误,比如不完整的基因序列、排列到染色体上之后的片段遗漏、排列顺序错误和方向错误等。这些

如何使用-geNorm-软件评估多内参基因组合的稳定性?

使用 geNorm 软件评估多内参基因组合的稳定性,一般按照以下步骤进行:准备数据:首先,您需要从实验中获得多个内参基因在不同样本中的定量 PCR 数据,通常是以 Ct 值(循环阈值)的形式。数据输入:打开 geNorm 软件,将准备好的数据按照软件要求的格式输入。软件分析:软件会计算每个内参基因的

美国科学家开发出快速精准肿瘤基因组分析软件

  美国 Mayo Clinic的研究人员设计了一款可识别肿瘤基因改变的软件——BIMA V3(Binary Indexing Mapping Algorithm,version 3),比其他常用基因测序程序速度快20倍,准确度高25%。   成对测序技术是一种复杂的昂贵的技术,可用

有哪些其他软件可以评估多内参基因组合的稳定性?

以下是一些可以评估多内参基因组合稳定性的其他软件:NormFinder:能够同时考虑组内和组间变异,评估单个内参基因和多个内参基因组合的稳定性。BestKeeper:通过分析基因的标准差、变异系数和相关系数等参数来评估内参基因的稳定性。RefFinder:综合了上述几种软件(如 geNorm、Nor

我国学者研究的高质量基因组组装软件在Nature子刊发表!

  中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志研究组开发的高质量基因组组装软件HERA在《自然-通讯》在线发表(Nature Communications,DOI:10.1038/s41467-019-13355-3)。论文题目为Assembly of chromosome-scale contigs

酒精测试仪软件的你软件概述

  酒精测试仪是一款手机上的生活类软件,根据用户所输入的饮酒信息,及时测试车主血液酒精浓度,进而提示所处的“醉酒驾驶”、“饮酒驾驶”、“安全驾驶”状态,并提醒不同状态下距离安全驾驶所需的时间。

感官仿真软件

上海瑞玢-SS301-感官仿真软件(质构仪、电子鼻、电子舌、电子眼)型号:SS301品牌:瑞玢产地:上海SS301-感官仿真软件简介智能感官仪器仿真(电子鼻、电子舌、电子眼):在虚拟的实验室场景中,有仪器主机,进样机,传感器,VC版软件操作站,相关设备与真实设备相符,如设备的颜色、设备的形状;同时将

熔点测定软件

提升实验台性能熔点测定软件具有什么功能? 如今,分析仪器不仅会提供准确的结果: 还应确保数据安全性并优化工作流程。 使用LabX实验室软件符合FDA 21 CFR Part 11等法规要求。 轻松管理用户、方法、结果和调整。 平滑无缝地执行复杂的工作流程。 提供多种曲线和视频,报告可以个性化

熔点测定软件

提升实验台性能熔点测定软件具有什么功能? 如今,分析仪器不仅会提供准确的结果: 还应确保数据安全性并优化工作流程。 使用LabX实验室软件符合FDA 21 CFR Part 11等法规要求。 轻松管理用户、方法、结果和调整。 平滑无缝地执行复杂的工作流程。 提供多种曲线和视频,报告可以个性化

MassARRAY®-分析软件

MassARRAY® 分析软件是一套模块化应用程序,用于基因分型、甲基化、基因表达、拷贝数变异等多种应用的数据分析。以MassARRAY® Typer4软件为例,该软件用于MassARRAY系统的iPLEX  SNP基因分型。用户可利用它进行分析结果的评估和管理,通过表格和图形格式进行数据的可视化,

酶标仪软件功能

      软件功能是指酶标仪所具有的对ELISA定性和定量测定及其他测定方式如酶标动力学、紫外和凝集等数据的统计分析并报告结果的功能。软件功能是中高档酶标仪的一个非常重要的功能。如果硬件方面区别不大,则软件就成为判定酶标仪优劣的惟一指标。对于用户来说,好的软件功能,对实际工作会有较大的帮助。ELI

葛峰课题组最新文章发布原核生物的蛋白基因组分析软件

  蛋白基因组学(Proteogenomics) 是基于高精度的串联质谱数据对基因组进行注释,不仅能在蛋白质水平上验证基因表达和模式,还能提供蛋白质组层面特有的信息,如翻译后修饰、信号肽等,目前 已成为功能基因组学研究不可或缺的重要工具。然而,对海量质谱数据实现全面和精准的解读仍是当前蛋白基因组学研

ASP感官分析软件汽配行业专用感官分析软件

1.ASP-汽配行业专用感官分析软件简介ASP-汽配行业专用感官分析软件是一款为开展规范的汽车气味感官评价活动开发的计算机管理软件。软件的主体功能是感官检验模块,可实现感官检验试验设计、结果录入、结果分析、报告输出的在线自动化。采用全球及全国范围内普遍认可、协调一致的感官分析标准化方法,按照VW50

工业软件前景可期

  工业软件是制造业数字化转型的关键支撑,对于很多现代制造业行业来说,从源头开始就离不开工业软件。据统计,2022年,我国工业软件产品实现收入2407亿元,同比增长14.3%。  近年来,围绕服务国家战略,重庆大力引进培育工业软件企业。门类齐全的制造业,庞大的用户群体,丰富的应用场景,旺盛的市场需求

定制标签打印软件

       定制标签打印软件产品介绍条码技术做为一种信息载体,它的出现在很大程度提高了生产效率,同时也减轻了工人的负担,提高了生产效率。在实际生产中,标签的打印在各行各业的应用都十分广泛。每家企业所需要打印的标签也是多种多样的。例如在产品装箱或者进行称重检测、功能检测后,需要打印一张OK或NG标签

iC-Data-Center-软件

iC Data Center 软件采集、制备、共享实验数据 大约有 85% 的实验室数据丢失,原因是数据未由实验仪器传送,或者未作任何记录。iC Data Center 可确保从本地仪器中自动采集所有实验数据,将其制备成有用格式,然后在中央文件存储设备上共享,从而简化研究人员及其同事的日常工作。iC

影像仪测量软件

  影像仪软件是影像仪的数据处理中心。通过影像探测系统拍摄到工件图像后,图像数据传入计算机,由测量软件进行各种几何要素的测量以及数据分析。影像仪软件提供人机交互的界面。操作人员通过测量软件观测待测工件、设置检测状态、输入输出数据、控制影像测量仪工作台运动、对数据进行分析。对于自动影像测量仪,测量软件

操作软件WINDOX介绍

通过软件来控制仪器的自动运行和测试:利用鼠标按下启动按钮,在短短的几秒内就可以完成整个测试过程并给出测试报告,极其快捷和方便地进行重复测试; • 数据库中储存原始测试数据,根据需要随时调出并选用不同模板生成不同格式的报告,用户可自定义模板格式; • 结果输出:粒度分布、颗粒

XRD相关分析软件

1)pcpdfwin属于第二代物相检索软件。它是在衍射图谱标定以后,按照d值检索。一般可以有限定元素、按照三强线、结合法等方法。所检索出的卡片多数时候不对。一张复杂的衍射谱有时候需要花几天的时间。2)search match一个专门的物相检索程序,属于第三代检索软件,采用图形界面,根据图谱实体来对谱

PCB设计软件介绍

之前我们讨论过DFM,了解了PCB设计的重要性。那么,主流的PCB设计软件有哪些呢?我们分为免费软件、适合设计低端PCB板的软件,以及适合设计高端PCB板的软件,大致分为三类,给大家简单介绍。一、免费软件1、ZentiPCBZentiPCB是一个基于CAD的程序,允许用户导入网表文件和使其图

轻松感官分析软件

CSAS-轻松感官分析软件简介CSAS-轻松感官分析软件是一款为开展规范的感官评价活动开发的计算机管理软件。软件的主体功能是感官检验模块,可实现感官检验实验设计、结果录入、结果分析、报告输出的在线自动化。采用在全球及全国范围内普遍认可、协调一致的感官分析标准化方法,按照感官分析国际标准(ISO)和我

KSV-NIMA-LB软件

KSV NIMA LB软件非常直观,操作简单方便。它为客户提供了涵盖经典的Langmuir及Langmuir-Blodgett膜实验在内的各种预编程序。这些程序可根据用户的需求自行修改,可记录大量的数据及参数,并对相关数据进行作图分析。可记录的参数包括数据点的数目、时间、滑障位置、滑障速度、槽体面积

工业软件前景可期

  工业软件是制造业数字化转型的关键支撑,对于很多现代制造业行业来说,从源头开始就离不开工业软件。据统计,2022年,我国工业软件产品实现收入2407亿元,同比增长14.3%。  近年来,围绕服务国家战略,重庆大力引进培育工业软件企业。门类齐全的制造业,庞大的用户群体,丰富的应用场景,旺盛的市场需求

常用生物软件介绍

一、Microarray软件1. Array Designer 4.25 Build 42501,为微阵列批量设计cDNA引物和寡核苷酸引物的工具,适用于Windows和Linux系统。斯坦福编写的软件系列:2. ScanAlyze,Microarray图像分析软件,从单一或双色荧光杂交产生的荧光图

常用化学软件大全

化学结构式有关化学结构式编辑的软件市面上非常之多,它们各有所长。既有商品的,亦有对教育界及家用免费的。其功能主要是描绘化合物的结构式、化学反应方程式、化工流程图、简单的实验装置图等化学常用的平面图形的绘制。常见的这类软件有:ChemDraw, ChemWindow, ISIS Draw, C

STARe热分析软件

功能强大的多用途STARe软件具有独特的灵活性及无限的数据评估可能性。STARe软件是坚持不懈开发的结果,以“提高性能、满足全球客户需求”为目标。无限的数据评估可能性-极大的的灵活性可靠的自动化 — 带结果评估的高样品量极大地提高了效率集成式数据库-确保了最高程度的数据安全性免费的STARe评估软件