中国科学家开发出高质量基因组组装软件
高质量基因组序列对于研究一个物种基因组的结构、功能、进化、基因定位和克隆等都至关重要。目前单分子测序技术的发展，已使得构建高质量基因组草图越来越容易。然而，这些草图序列仍然存在着由于组装序列碎片化而导致的多种错误，比如不完整的基因序列、排列到染色体上之后的片段遗漏、排列顺序错误和方向错误等。这些错误对于利用这些基因组所做的很多研究会造成不便或误导。 2019年11月25日，中国科学院遗传与发育生物学研究所相关研究团队在国际学术期刊Nature Communications上在线发表题为“Assembly of chromosome-scale contigs by efficiently resolving repetitive sequences with long reads”的研究成果，开发高质量基因组组装软件。 该研究团队多年来通过结合单分子测序和光学图谱及三维基因组（Hi-C）等技术构建高质量基因组，已完成多个......阅读全文
中国科学家开发出高质量基因组组装软件
高质量基因组序列对于研究一个物种基因组的结构、功能、进化、基因定位和克隆等都至关重要。目前单分子测序技术的发展，已使得构建高质量基因组草图越来越容易。然而，这些草图序列仍然存在着由于组装序列碎片化而导致的多种错误，比如不完整的基因序列、排列到染色体上之后的片段遗漏、排列顺序错误和方向错误等。这些
我国科学家开发高质量基因组组装软件
11月25日，中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志研究组开发的高质量基因组组装软件HERA在《自然-通讯》在线发表（Nature Communications，DOI：10.1038/s41467-019-13355-3）。论文题目为Assembly of chromosome-scale c
新软件按需组装无缝基因组序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日报北京2月16日电 （记者张梦然）美国国立卫生研究院研究人员发布了一种创新的软件工具，用于组装来自各种物种的真正完整（即无缝）的基因组序列。这种名为Verkko的软件在芬兰
我国学者研究的高质量基因组组装软件在Nature子刊发表！
中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志研究组开发的高质量基因组组装软件HERA在《自然-通讯》在线发表（Nature Communications，DOI:10.1038/s41467-019-13355-3）。论文题目为Assembly of chromosome-scale contigs
美国科学家开发出快速精准肿瘤基因组分析软件
美国 Mayo Clinic的研究人员设计了一款可识别肿瘤基因改变的软件——BIMA V3(Binary Indexing Mapping Algorithm，version 3)，比其他常用基因测序程序速度快20倍，准确度高25%。 成对测序技术是一种复杂的昂贵的技术，可用
中国科研团队研发出精准检测评估基因组组装新工具
近年来，随着基因测序技术和算法不断发展，大量物种基因组被陆续测序和组装，为相关研究和应用提供重要遗传信息。因此，如何精准检测评估基因组组装质量高低、避免组装错误等非常关键，也备受关注。 记者19日从中国科学院植物研究所获悉，该所焦远年研究团队最新研究开发出一种不依赖参考基因组的组装质量评估新工
中国科研团队研发出新工具，精准检测评估基因组组装质量
京10月19日电 (记者 孙自法)近年来，随着基因测序技术和算法不断发展，大量物种基因组被陆续测序和组装，为相关研究和应用提供重要遗传信息。因此，如何精准检测评估基因组组装质量高低、避免组装错误等非常关键，也备受关注。 记者19日从中国科学院植物研究所获悉，该所焦远年研究团队最新研究开发出一种
细胞器基因组组装软件开发研究获进展
真核生物细胞器基因组包括线粒体和质体（包括叶绿体、白色体等）的全部DNA分子，是细胞质遗传的主要载体。在动植物和真菌的单个细胞内，有多个（甚至成千上万个）细胞器基因组单元的拷贝，使得利用低覆盖度的全基因组测序数据组装得到完整的细胞器基因组成为可能。随着DNA高通量测序技术的发展，测序成本下降，低
科学家开发出自组装发光治疗蛋白
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/12/515185.shtm
中国科学家国际上首次完成仿刺参基因组测序组装
近日，记者从中国科学院海洋研究所获悉，我国科学家正式完成仿刺参基因组测序和组装，这在国际上尚属首次。该研究成果对刺参生物学和遗传育种研究具有重要科学意义，对我国刺参产业发展将产生重要推动作用。 据了解，该项研究得到了国家科技部973 、863计划，国家基金委，中国科学院和山东省科技厅、青岛市
Nat－Biotechnol：开发出混合宏基因组装配器OPERAMS
通过高通量宏基因组测序已实现了对微生物组的表征。然而，现有方法并不是将来自短读取技术和长读取技术的读取片段结合在一起。 在一项新的研究中，来自新加坡国立大学、新加坡基因组研究院、新加坡陈笃生医院、南洋理工大学和克罗地亚萨格勒布大学的研究人员开发出一种称为OPERA-MS的混合宏基因组装配器，它
中国农大玉米基因组组装取得重大突破
玉米是一种重要的作物，具有高水平的基因组多样性和杂种优势。先前发布了典型雌性系B73的基因组序列。7月30日，中国农业大学教授赖锦盛研究组在Nature Genetics在线发表研究论文，报告了相应的雄性代表系Mo17的从头基因组装配。图片源自网络 B73/Mo17是许多遗传和分子研究中最常见
科学家研发出高导热超柔性石墨烯组装膜
近日，浙江大学高分子系高超团队研发出一种高导热超柔性石墨烯组装膜，导热率最高达到2053W/mK（瓦特/米开），接近理想单层石墨烯导热率的40%，创造宏观材料导热率的新纪录；同时该材料由微褶皱化大片石墨烯组装而成，具有超柔性，可被反复折叠6000次，承受弯曲十万次。 这一最新成果解决了宏观材料
BD流式软件可以直接开吗
可以。流式细胞仪都是fcs格式的文件，很多软件都可以读。但是FlowJo，Metlab是需要收费开的。其他的都是免费的。
科学家构建高质量金粟兰基因组图谱
11月26日，《自然—通讯》以背靠背的形式在线发表了两项由中国科研团队主导的研究，这两项研究填补了核心被子植物最后一个主要分枝——金粟兰目的基因组信息，为破解被子植物的早期演化历程提供了更翔实的证据。被子植物是地球上数量最多、种类最丰富的植物类群。还原植物清晰的间亲缘关系系统发育树，对了解被子植物的
科学团队研究组装无患子染色体级别高质量基因组
近日，中国林业科学研究院亚热带林业研究所林木种质资源研究团队在《经济作物和产品》（Industrial Crops & Products）上发表了研究论文。该研究组装了无患子的染色体级别高质量基因组，分析挖掘了油脂合成候选基因，开发验证了一套特异分子标记，为无患子基因组学研究和种质遗传改良及鉴定评价
科学家开发出高质量的组蛋白PTM抗体
美国芝加哥大学的研究人员开发出质量稳定的重组抗体，能特异识别组蛋白H3的三甲基赖氨酸残基，适合各种表观遗传学应用。这一成果于近日发表在《Nature Methods》在线版上。 组蛋白的翻译后修饰(PTM)在表观遗传调控中发挥重要作用。组蛋白PTM的抗体是表观遗传学研究(如染色质免疫沉
聚焦基因组组装－至今最大组装竞赛寻找最优基因组指标
2013年7月23日，由华大基因和BioMed Cental联合创办的开放式期刊《GigaScience》发表了当前最大、最系统的基因组组装过程及评价结果。在第二届Assemblathon竞赛中，共有21个团队基于由三种不同的测序技术所得的鸟、鱼和蛇的未组装基因组数据，提交了43个组装结果，
我国科学家完成大蒜基因组测序和组装
近日，中国农业科学院麻类研究所南方蛋白饲料植物资源开发与利用团队联合有关高校和企业，历时4年完成了大蒜基因组的测序和组装工作。相关研究成果在线发表在《分子植物》上。 据课题组成员刘头明研究员介绍，大蒜是重要的蔬菜作物之一，我国大蒜的年播种面积达到1000万亩以上。大蒜具有膨大的鳞茎，富含大
中国大豆基因组公布并发现该基因组组装错误
大豆是重要的粮食经济作物，为人类提供了主要的油料和蛋白资源。大豆起源于中国，古称“菽”，约在5000年前由其野生种驯化而来，随后广泛传播于世界各地。大豆在引种和改良过程中产生了遗传瓶颈效应，使来自不同主产区的大豆品种间具有显著的遗传变异。目前，我们广泛采用的大豆参考基因组来源于美国品种“Will
科学家开发新的人类基因组组装方法
最近，美国杨百翰大学的研究人员，开发出了一种新的人类基因组组装方法，并无意中发现了一种新的方法，可识别几种常见遗传病中难以捉摸的标记。 这种新方法依赖于研究人员开发的一种新算法，这种方法对于DNA序列中特定类型的变异，更为敏感。 本文第一作者、计算机科学博士Paul Bodily指出：“这需
分析比产生更快？中国“智”造全基因组组装算法
10年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 12月10日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 论文作者、中国农业科学院农业
一个高质量的黄连染色体规模的基因组组装和注释
黄连 (Coptis chinensis Franch.) 是毛茛科的一员，代表了一个重要的早期分叉双子叶植物谱系，具有多种药用价值。 2021年6月2日，湖北省食品药品监督检验研究院聂晶，华中农业大学王学奎，中国中医科学院陈士林及湖北中医药大学Liu Yifei（湖北中医药大学为第一单位）共
中国热科院牵头发布椰子高质量基因组
近日，中国热科院椰子研究所作为第一完成单位，联合海南大学、广西大学、华北理工大学科研团队，在国际学术期刊 Genome Biology（影响因子：13.58；中科院一区）上发表题为“High-quality reference genome sequences of two coconut cu
科学家改良基因组组装工艺流程－提高成本效益
近日，美国能源部联合基因组研究所(DOE JGI)、太平洋生物科学公司(PacBio)与华盛顿大学合作，开发出一种改良的基因组组装工艺流程，生成的读取片段达到数万个核苷酸长度，最终的组装序列准确率大于99.999%。以往的桑格技术(Dideoxy termination method)只
科学家开发出纳米自组装运输网－灵感源于鱼类
英国牛津大学和沃里克大学科学家11月10日表示，他们成功地研发出采用纳米级电机驱动和DNA控制的微小自组装运输网。运输网的各条道路长达数 10微米，可以用于运送货物。此外，运输网中的道路可以自行拆除。英国工程和物理科学研究理事会以及生物技术和生物科学研究委员会对该研究给予了支持，相关文章发表
科学家开发出超分子组装新方法－推动新材料生产变革
英国和日本研究人员合作开发出一种超分子组装的新方法，有望带来比硅材料性能更优越的分子电子设备，比如用巴基球制造的柔软电视屏幕，为人们带来全新的视听体验。研究人员认为，这种方法有着巨大应用潜力，有可能推动新材料生产的变革。相关论文发表在6月22日的《自然·化学》杂志上。 相邻分子间存在微小的作用
Cancer－Res：科学家开发出能解码癌症祖先血统的新型软件
知道你的祖先来自哪里可能是获得更好的癌症疗法的关键吗？或许是这样子的，那么我们如何才能从癌症的祖先根源追溯到现代的解决方案呢？近日，一篇发表在国际杂志Cancer Research上题为“Genetic Ancestry Inference from Cancer-Derived Molecul
Nature：科学家绘成高质量油棕榈全基因组图谱
日前，一支国际联合研究小组确定了一种称之为 Shell 的基因调控了油棕榈树的产量。油棕榈的果实和种子是全球近一半食用植物油的供应源，并且是最有前景的生物燃料来源之一。 新研究为我们提供了高质量的油棕榈全基因组图谱，并且还搜索了对于科学和工业均极为重要的基因序列。这一付诸多年努力所取得
我国科学家成功绘出高质量木本棉基因组图谱
我国科学家成功绘制出高质量的木本棉基因组图谱，并对棉属进化机制及重要经济性状功能基因进行了分析。对四倍体棉种及其它多倍体物种的形成过程的揭示，为研究棉花纤维质量和抗病虫灾害等重要农艺性状奠定了遗传学基础。研究成果近日发表在《自然·遗传学》杂志上。 棉花是全球最重要的经济作物之一，棉花属共包括4