RNA甲基化测序
1、NSUN2影响m5C在HEK293细胞中整体分布情况NSUN2被报道是RNA甲基转移酶，能使tRNAs和mRNA发生m5C甲基化修饰。为了探究NSUN2对HEK293细胞mRNA m5C甲基化修饰的影响。作者利用CRISP/Cas9技术敲减NSUN2（NSUN2-/-HEK293细胞）后进行RNA-BisSeq。经过生信分析，发现在HEK293细胞有12442个m5C位点，在NSUN2-/-HEK293细胞中有3270个m5C位点，在注释mRNA中分别有1142个和376个m5C甲基化位点（A）。且NSUN2下调能够降低m5C甲基化程度（B）和部分染色体上m5C位点数目（C）。但是，NSUN2下调并不改变m5C位点的motif偏好性，HEK293细胞中，CG含有22%，CHG含有33%，CHH含有45%；NSUN2-/-HEK293细胞中，CG含有24%，CHG含有33%，CHH含有43%（C、D）。这些数据显示，NSU......阅读全文
ctDNA（羟）甲基化测序案例分享（一）
新型肿瘤标志物筛选利器-----ctDNA（羟）甲基化测序cfDNA（Cell free DNA）是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中降解的DNA小片段，是一种新型的分子标记物。ctDNA（Circulating tumor DNA）特指来源于肿瘤细胞的cfDNA，是液体活检主流方向。最新
ctDNA（羟）甲基化测序案例分享（二）
案例解析案例1：ctDNA甲基化可作为肝癌诊断和进程的分子标志物原文：Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma期刊：Nature Materia
最新进展：RNA的甲基化与去甲基化修饰
德国慕尼黑的路德维希-马克西米利安大学（LMU）研究人员发现了细菌RNA中一种新型的化学修饰形式。显然，只有当细胞处于应激状态时，这种修饰才会附着在分子上，并且在恢复过程中会迅速去除。 核糖核酸（RNA）在化学形式上与DNA密切相关，而DNA是所有细胞中遗传信息的载体。实际上，RNA本身在将遗
Nature－Methods发布新RNA测序技术
Santa Cruz公司和Rochester大学的研究人员开发了一种新的RNA测序技术。他们通过这一技术发现了许多此前未被检测到的调控性小RNA。这一成果发表在八月三日的Nature Methods杂志上。 这个新技术可以在细胞中灵敏检测到带有化学修饰（甲基化）的小RNA。“tRNA是生物体内
Science发表超深度线粒体RNA测序
蒙特利尔大学的一项新研究显示，线粒体遗传物质在个体内和个体间具有显著的多样性，而线粒体RNA上的修饰影响着我们每个人的身体健康。 线粒体基因组中的突变与多种疾病和生物学过程有关，然而此前人们还不了解线粒体转录组中的序列多样性。这项研究通过超深度线粒体RNA测序，首次为人们展示了线粒体RNA
单核RNA测序的芯片现已上市
高通量的单核RNA测序方法——DroNc-Seq才刚刚在《Nature Methods》上发表。一转眼，相应的芯片已经上市。Dolomite Bio公司针对DroNc-Seq推出一款新的芯片，可实现高通量的单核RNA-Seq分析。 DroNc-Seq方法在Broad研究所的张锋（Feng
RNA测序，真的有那么准确吗？
RNA测序是遗传学家工具箱中的一种常用工具。利用RNA测序，研究人员能够定量地检测各种生物体的基因表达，从而更好地了解细胞中正在发生的事情以及特定基因的功能。由于在药物发现、疾病诊断和基因鉴定中具有潜在作用，RNA测序的应用似乎无极限。RNA测序的准确性早在2014年，《Nature Biotech
单个循环肿瘤细胞RNA测序结果
由麻省总医院，哈佛大学主持的一项最新研究发现了前列腺癌细胞对一种常见的癌症治疗方法产生抗性的原因，研究人员完成了前列腺癌单个循环肿瘤细胞的RNA测序，其中找到了非经典Wnt信号所起的关键作用。 这一研究成果公布在9月18日的Science杂志上。 Androgendeprivationthe
RNA测序发现杂交蝉遗传证据
据英国《通讯·生物学》杂志近日发表的一项动物学研究，日本科学家通过RNA测序，出乎意料地发现了13年蝉与近亲17年蝉杂交的遗传证据，而这两种蝉至少221年才相遇一次。研究显示，杂交蝉在极其漫长时间里都维持了各自不同的生命周期，目前科学家无法就这种平行趋异演化给出遗传学解释。长期以来，周期蝉的生命
RNASeq和线粒体测序介绍
如今NGS已能够快速经济地阅读数亿个reads，所及之处远超越基因组学（如RNA测序使转录组学发生革命性变化）。尽管NGS取得了诸多进步，但依然存在一些重大的挑战。日前，牛津大学举办的“NGS七周年大会”聚焦了NGS面临的挑战，此次会议阐述了NGS领域最令人生畏的障碍，同时也阐述了跨越这些障碍的技术
RNA甲基化酶的基本信息
中文名称RNA甲基化酶英文名称RNA methylase定 义编号：EC 2.1.1.-。催化RNA中碱基甲基化反应的酶。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），酶（二级学科）
RNA甲基化位点分析新方法
继上次QB期刊给大家推荐了WendyV. Gilbert教授的《关于pre-mRNA存在的修饰形式及其对剪接的影响》综述后，小编看到读者们的热情度特别高。借此机会，再给大家推荐一篇来自德克萨斯大学西南医学中心，QBRC、BICF中心主任谢阳教授实验室在QB期刊上发表的最新关于分析MeRIP-Se
RNA甲基化整体水平鉴定的方法汇总
RNA甲基化（RNA methylation）是一类表观遗传修饰，在已经发现的超过100种不同的RNA化学修饰中，主要有6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine, m6A）、5-甲基胞嘧啶（C5-methylcytidine, m5C）和1-甲基腺嘌呤（N1-methylad
甲基化的基因组直接测序法
基因组直接测序法是过去一直沿用的DNA甲基化的研究方法，用Maxam—Gilbert化学裂解法对基因组DNA进行处理，并以连接介导的PCR来放大信号强度，然后进行序列分析。此法是基于5mC在标准的Maxam—Gilbert胞嘧啶化学裂解反应中不被裂解，故5mC可通过在测序胶上缺少对应于胞嘧啶降解
甲基化测序要躲哪些坑？甲基化检测的局限性剖析
表观组学研究滞后于基因组学是可以理解的。一方面，在分析碱基修饰或染色体活性之前，我们需要知道基因组的确切序列，即得到基因组的参考序列，在这个基础之上基因组的表观调控研究才能得以进行；另一方面，造成表观组学研究发展相对缓慢的一个重要原因，是目前支撑表观组学研究的技术手段都或多或少存在一定的局限性，限制
亚硫酸氢盐修饰后测序法检测甲基化——DNA甲基化
亚硫酸氢盐修饰后测序法主要可用来检测甲基化。基化实验方法原理重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，用PCR扩增（引物设计时尽量避免有CpG，以免受甲基化因素的影响）所需片段，则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。最后对PCR产物进行测序，并且与未经处理的序列比较
云序生物最新“RNA－甲基化”研究汇总拟南芥篇
关于RNA甲基化修饰的研究成果在Nature，Science，Cell等高分期刊上频频亮相，并一次次刷新人们对生命科学的认知。拟南芥作为植物界中研究RNA甲基化修饰的先行者，许多学者将它作为研究对象，并与最新m6A、m5C RNA甲基化测序技术结合，证实到RNA甲基化广泛存在于拟南芥各个发育期，
新型植物RNA甲基化编辑工具研发成功
记者10月6日从华中农业大学获悉，该校棉花遗传改良团队开发出基于CRISPR/dCas13（Rx）的新型植物RNA甲基化编辑工具。研究成果日前发表于《先进科学》杂志。N6-甲基腺苷（m6A）是真核生物mRNA最普遍的内部修饰，可能引起mRNA配对、热动力和折叠性能的改变，从而影响RNA的可变剪接、翻
中国学者发表RNA甲基化重要成果
基因组DNA和组蛋白上存在可逆的表观遗传学修饰，这些修饰可以调控基因的表达，由此决定细胞的状态，影响细胞的分化和发育。近年来人们发现，mRNA和其他RNA也存在类似的表观遗传学调控，比如m6A（N6-methyladenosine）。 西北农林科技大学、中科院上海植物逆境生物学研究中心和美国普
高产学者Nature揭示RNA甲基化的新功能
MicroRNA（miRNA）是一类约22nt大小的内源RNA，在基因表达中起着重要的调控作用，参与了多种生理和病理过程。miRNA生成是一个复杂的过程，初级miRNA（pri-miRNA）需要经过细胞核和细胞质内的一系列加工才能形成成熟的miRNA。 整个流程的第一步是microproces
高产学者Nature揭示RNA甲基化的新功能
MicroRNA（miRNA）是一类约22nt大小的内源RNA，在基因表达中起着重要的调控作用，参与了多种生理和病理过程。miRNA生成是一个复杂的过程，初级miRNA（pri-miRNA）需要经过细胞核和细胞质内的一系列加工才能形成成熟的miRNA。 整个流程的第一步是microproces
中国学者发表RNA甲基化重要成果
基因组DNA和组蛋白上存在可逆的表观遗传学修饰，这些修饰可以调控基因的表达，由此决定细胞的状态，影响细胞的分化和发育。近年来人们发现，mRNA和其他RNA也存在类似的表观遗传学调控，比如m6A（N6-methyladenosine）。 西北农林科技大学、中科院上海植物逆境生物学研究中心和美国普
拟南芥RNA核糖甲基化修饰研究方面获进展
3月30日，中国科学院生物物理研究所研究员叶克穷课题组、北京大学现代农学院博士王玉秋和中科院遗传与发育研究所研究员李家洋课题组合作在Nucleic Acids Research上发表了题为Profiling of RNA ribose methylation in Arabidopsis tha
RNA甲基化调控基因出核新机制
中国科学院北京基因组研究所精准基因组医学重点实验室及遗传与发育协同创新中心杨运桂研究组和郑州大学第一附属医院生殖与遗传专科医院孙莹璞研究组、中国科学院生态环境研究中心汪海林研究组合作研究，揭示了m5C（5-甲基胞嘧啶）修饰在mRNA的分布图谱规律及其对调控mRNA出核作用新机制。该研究成果以5-
m6A“RNA甲基化”研究汇总—癌症篇
一个月发表30多篇10分以上的文章，到底是何方神圣？答案：RNA甲基化。今天小编先来介绍一下m6A RNA甲基化。m6A是真核细胞中mRNAs丰度最高的甲基化修饰，在包括组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克以及DNA损伤应答，母本合子(maternal-to-zygotic)转化等多个重要的生物学
新型植物RNA甲基化编辑工具研发成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519898.shtm近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合国内多家单位成功开发出新型植物RNA甲基化编辑工具。该研究对作物基因编辑育种有重要的潜在应用价值。相关研究成果发表在《植物生物技术》（Pla
m6A“RNA甲基化”研究汇总—病毒篇
RNA甲基化领域是当前最耀眼的国际科研明星，也是国自然申请的大热点；究其原因，是因为最近一两年，RNA甲基化的功能与分子机制方面取得了巨大的进展。RNA甲基化已被证实在癌症发生发展，病毒感染，神经发育，干细胞分化等过程中发挥着关键作用。今天，我们承接上一期的癌症篇，为您带来病毒领域的RNA甲基化研究
不得了，大牛告诉你lncRNA甲基化如何研究
lncRNA分子通过海绵机制结合microRNA发挥生物学功能，这个ceRNA机制已经让大家心生厌倦了。可大牛就是大牛，引入甲基化就能轻松的变废为宝，竟然能让lncRNA的ceRNA思路变得瞬间高大上发表10分以上的文章，你一定和小编我一样很好奇他是怎么做到的。 RNA甲基化，作为最新的国
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物不
长链非编码－RNA－测序案例分析
背景：人类寿命的延长伴随着神经退行性疾病的发病几率的增加，因而价格不贵的血液诊断的发展迫在眉睫。通过 RNA-seq 分析血液细胞的转录本是发现新的生物标志物的非常高效的途径。 目的：利用 Illumina 测序平台对帕金森病人白血球中 lncRNAs 进行分析，探讨其对 mRNA 选择性剪接的