主体分子β环糊精（βCD）与客体分子cinnarizine的对接研究
1.项目说明 研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。 图1.cinnarizine 2.计算方法 从Crystallography Open Database（http://www.crystallography.net/） 下载β-环糊精（COD 编号：2100207[1]），采用ChemBioDraw 画出客体的化学结构。 采用UCSF Chimera[3]处理主客体结构，去除β-CD晶体结构中的冗余原子，得到β-CD和客体分子的三维结构。对于主客体结构均采用Dock Prep模块添加氢原子，分别添加AMBER14SB 力场和AM1-BCC 电荷[4, 5]，然后对主客体结构分别进行能量优化。 采用Chimera 中的DMS 工具以半径为1.4Å 的探针生成主体分子的表面，使用sphgen 模块生成填充在空腔中的球状集合（......阅读全文
主体分子β环糊精（βCD）与客体分子cinnarizine的对接研究
1.项目说明 研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。 图1.cinnarizine 2.计算方法 从Crystallography Open Database（http://www.crystallograp
主体分子β环糊精（βCD）与客体分子cinnarizine的对接研究
1.项目说明研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。图1.cinnarizine2.计算方法从Crystallography Open Database（http://www.crystallography.net/） 下载β-环糊精（CO
研究利用环糊精等制备出超分子玻璃
湖南大学、中国农业科学院麻类研究所、中南大学等单位合作，利用环糊精等为原料，基于低共熔策略制备了超分子玻璃。近日，相关研究成果在线发表于Nature Communications上。超分子玻璃制备过程。受访者 供图透明材料的发展在工业生产和科学探索中都至关重要，而有机玻璃和无机玻璃是两种典型的透明材
什么是分子对接？
分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法.近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术。
基于环糊精主客体识别的自组装纳米材料研究综述
中国科学院成都生物研究所高分子自组装课题组长期致力于基于环糊精主客体识别的自组装纳米材料研究，在近年来取得了一系列引人注目的科研成果并引起了国内外同行的广泛关注。应自组装领域专家Prof. Feihe Huang （Zhejiang University， China）、Steven Zimme
分子对接技术流程介绍
蛋白与小分子的对接受体结构准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；药物分子准备；对接口袋的确定蛋白与蛋白的对接蛋白结构模型准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；对接，一般生成数万种pose如果知道某些残基参与结合，那么可以对对接pose进行过滤对对接POSE进行重新打分并排序，挑选
分子对接技术的主要方法
各种分子对接方法对体系均有一定的简化，根据简化的程度和方式，可以将分子对接方法分为三类。刚性对接：刚性对接方法在计算过程中，参与对接的分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，刚性对接方法的简化程度最高，计算量相对较小，适合于处理大分子之间的对接。半柔性对接：半柔性对接方法允许对接过程中小分子
环糊精的改性的问题介绍
由于α-CD分子空洞孔隙较小,通常只能包接较小分子的客体物质,应用范围较小；γ-CD的分子洞大,但其生产成本高,工业上不能大量生产,其应用受到限制；β-CD的分子洞适中,应用范围广,生产成本低,是工业上使用最多的环糊精产品。但β-CD的疏水区域及催化活性有限,使其在应用上受到一定限制。为了克服环
与B细胞识别、粘附、活化有关的CD分子
（一)BCR复合物 B细胞抗原受体（B cell receptor,BCR)复合物至少由四种不同的多肽链组成，抗原结合部位是由重链和轻链构成的膜表面Ig的四链结构，此外，在BCR中还含有Igα和Igβ两种多肽链，最近在白细胞分化抗原国际专题讨论会中分别命名为CD79a和CD79b。在人类B
超分子前药mPEGβCD/FcCPT的自组装及释放行为研究获进展
刺激响应性聚合物胶束可以对诸如pH、温度、光照、氧化剂、酶以及超声辐照等外界环境的刺激做出反馈性响应，以其优异的控制释放功能而在药物传输体系中表现出极具前景的潜在应用。其可针对肿瘤细胞与正常组织的生物学差异选择性释药，有效地降低了抗肿瘤药物对正常细胞的毒副作用，大大提高药物的利用率。但是，由于肿
分子对接计算中如何确定对接口袋？
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸
分子对接有什么用途？
探索药物小分子和大分子受体的具体作用方式和结合构型;筛选可以与靶点结合的先导药物（虚拟筛选）;解释药物分子产生活性的原因;指导合理地优化药物分子结构。
成都生物所在多重刺激响应聚合物胶束研究中获进展
刺激响应性聚合物胶束可以对诸如pH、温度、光照、氧化剂、酶以及超声辐照等外界环境的刺激做出反馈性响应，已被广泛应用于药物载体、传感器、纳米器械等诸多领域。但是，传统的刺激响应性聚合物具有响应性单一、不能实时调控等缺陷，限制了其进一步的发展与应用。 中国科学院成都生物研究所研究员李帮经长期致力于
分子对接技术的起源及方法
分子对接这一想法的历史可以追溯到19世纪提出的受体学说，Fisher提出的受体学说认为，药物与体内的蛋白质大分子即受体会发生类似钥匙与锁的识别关系，这种识别关系主要依赖两者的空间匹配。随着受体学说的发展，人们对生理活性分子与生物分子的相互作用有了更加深刻的认识，从基于空间匹配的刚性模型逐渐发展成为基
与T细胞识别、粘附、活化有关的CD分子（三）
（二)CD3（T3、Leu4) CD3分子分布于成熟T淋巴细胞表面，至少由γ、δ、ε、ζ、η5种多肽链组成，与T细胞抗原受体非共价连接（图1-3)。CD3单克隆抗体可诱导CD3多肽和TCR共帽形成（co-capping)，并诱导T淋巴细胞活化。TCR识别外来抗原与自身MHC分子形成的复合物，C
与T细胞识别、粘附、活化有关的CD分子（一）
T细胞是一类重要的免疫活性细胞，除直接介导细胞免疫功能外，对机体免疫应答的调节起关键作用。T淋巴细胞本身的识别活化及效应功能的发挥，不仅与外来抗原、丝裂原和多种细胞因子密切相关，而且有赖于T细胞相互之间、T细胞与抗原提呈细胞（APC)之间以及T细胞与靶细胞之间的直接接触。T淋巴细胞识别抗原的受体
与T细胞识别、粘附、活化有关的CD分子（七）
（六)CD58（LFA-3) 1.LFA-3分子的结构 淋巴细胞功能相关抗原-3（lymphocyte function associated antigen-3,LFA-3)（CD58)是细胞表面糖蛋白，分子量55～70kDa，属免疫球蛋白超家族成员，与CD2分子高度同源，胞膜外区有2个
与T细胞识别、粘附、活化有关的CD分子（五）
（四)CD8 1.CD8分子的结构 CD8分子是由α、β两条多肽链组成的穿膜糖蛋白，α链分子量34kDa，相当于小鼠的Lyt-2;β链30kDa，相当于小鼠的Lyt-3。每条链各包括1个IgV样结构域、连接肽、穿膜区和胞浆区。α和β链在连接肽处有二硫键相连。部分CD8分子是由同源α链双体（α/
与T细胞识别、粘附、活化有关的CD分子（四）
（三)CD4 CD4和CD8分子分别与MHCⅡ类和Ⅰ类抗原结合，不仅可增强T淋巴细胞与APC或靶细胞结合的程度，而且与刺激信号的传递有关。CD4阳性细胞是MHCⅡ类抗原限制的细胞群，CD8阳性细胞是MHCⅠ类抗原限制的细胞群。有关CD4和CD8抗原在胸腺细胞分化过程中的变化以及CD4、CD8T
与T细胞识别、粘附、活化有关的CD分子（二）
（一)T细胞受体 T细胞受体（T cell receptor,TCR或Ti)是T淋巴细胞表面识别外来抗原与自身MHc Ⅰ类抗原（或Ⅱ类抗原)复合物的受体，在同种异体移植中TCR也识别单独的非已的MHC抗原。目前已经证实，TCR在细胞表面与CD3密切结合在一起组成TCR/CD3复合物，TCR
与T细胞识别、粘附、活化有关的CD分子（六）
（五)CD2 1.CD2分子的结构和分布 CD2分子又称T11、绵羊红细胞受体（ER)、淋巴细胞功能相关抗原2（LFA-2)和Leu5，是人T淋巴细胞表面的单链糖蛋白，分子量50kDa，CD2基因定位于第1号染色体，属免疫球蛋白基因超家族。编码351氨基酸残基，包括先导序列24氨基酸残基，2个
环糊精的结构特点
环糊精分子具有略呈锥形的中空圆筒立体环状结构，在其空洞结构中，外侧上端（较大开口端）由C2和C3的仲羟基构成，下端（较小开口端）由C6的伯羟基构成，具有亲水性，而空腔内由于受到C-H键的屏蔽作用形成了疏水区。既无还原端也无非还原端，没有还原性；在碱性介质中很稳定，但强酸可以使之裂解；只能被α-淀粉酶
关于环糊精的结构介绍
环糊精分子具有略呈锥形的中空圆筒立体环状结构,在其空洞结构中,外侧上端（较大开口端）由C2和C3的仲羟基构成,下端（较小开口端）由C6的伯羟基构成,具有亲水性,而空腔内由于受到C-H键的屏蔽作用形成了疏水区。既无还原端也无非还原端,没有还原性；在碱性介质中很稳定,但强酸可以使之裂解；只能被α-淀
分子对接计算中如何确定对接口袋？（二）
3、从返回的结果中找到Output files，下载我们需要的pdb文件文件①是输入的pdb文件（我们输入了PDB ID，POCASA自动从RCSB PDB库中下载蛋白文件），文件②是我们需要的输出结果，包含了若干潜在口袋的位置信息。将两者下载下来，然后使用PyMOL或其他分子图形软件观察分析。（P
分子对接计算中如何确定对接口袋？（一）
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸、多
分子对接计算中如何确定对接口袋？（三）
在殷赋云计算平台上定义对接口袋说了这么多，分子对接中使用游离蛋白作为受体时，又该如何定义对接口袋呢？计算平台为我们提供了三种定义口袋的方式，对于复合物蛋白，可以通过“选择文件”选择之前就提取出来的配体分子进行定义（详见平台教程，在微信公众号首页回复“计算教程”即可获得下载链接）；对于游离蛋白，可通过
科学家开发高性能环保生物基有机超长室温磷光材料
华东理工大学化学与分子工程学院、费林加诺贝尔奖科学家联合研究中心教授马骧团队和上海市刑事科学技术研究院研究员刘文斌团队合作，开发了一种特殊的生物基有机超长室温磷光（OURTP）材料，满足高性能需求的同时，也符合可持续发展的要求，为未来高性能发光材料的研发提供了新的思路和方向。相关研究成果近日发表于《
主要分子对接软件功能特点介绍
DOCKDock是应用最广泛的分子对接软件之一，由Kuntz课题组开发。Dock应用半柔性对接方法，固定小分子的键长和键角，将小分子配体拆分成若干刚性片断，根据受体表面的几何性质，将小分子的刚性片断重新组合，进行构像搜索。在能量计算方面，Dock考虑了静电相互作用、范德华力等非键相互作用，在进行构像
分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式
项目说明 采用分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式（图1）。 图1.化合物1的化学结构 2.计算方法 从RCSB Protein Data Bank（http://www.rcsb.org）下载PARP1的X-ray晶体结构（PDB 编号：4RV
组装调控的超分子多色荧光体系
近日，华东理工大学化学与分子工程学院、费林加诺贝尔奖科学家联合研究中心曲大辉教授课题组在超分子化学调控化学发光的研究中取得了重要进展，相关研究成果发表在Nature Communications 上。 发光可控的荧光材料在生物成像、发光二极管、传感器以及光电器件等领域具有潜在的应用价值，如何实