流形学习在单细胞组学数据分析中的运用
以10x Genomics为代表的单细胞组学检测技术的发展，为我们从细胞层面去理解生命体的发育过程，疾病发生和发展过程提供了重要的手段。以单细胞转录组(scRNA-Seq)为例，我们可以发现，单细胞组学数据具有横向细胞数量巨大，纵向数据分布稀疏的特点。因此，针对单细胞数据，从分析的角度提出了巨大的挑战。在这个过程中，流形学习的发展，为单细胞数据的降维和可视化提供一种解决方案。以下，我们通过Q&A形式来分享流形学习在单细胞数据分析中的运用。1.什么是流形学习？流形学习是机器学习的一种，2000年以后被认为属于非线性降维的一个分支。流形学习的本质是用低维度数据分布去解释高维度数据，也可以把它理解成寻找一个高维数据空间到低维数据空间的映射。非线性降维技术（广义上“非线性降维技术”≈“流形学习”，狭义上后者是前者子集）。流形学习在单细胞数据中的作用就是为了解决使高维的数据进行合理降维的过程。2.流形学习的分类有哪些？流形学习......阅读全文
北京基因组所开发新型高通量单细胞多组学新技术
单细胞测序已成为生物医学领域的关键共性技术。然而，由于缺乏高效的手段降低“假单细胞率”，主流微流控平台的单通道细胞通量通常在1万细胞以下，空载率达到90%以上，且成本高昂，限制了对数百万个细胞或上千例样本的人群队列进行大规模研究。 近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）蒋岚研究组
布鲁克明星质谱参展BCEIA－推动“真”单细胞蛋白组学
分析测试百科网讯 2021年9月27日-29日，第十九届北京分析测试学术报告会暨展览会（BCEIA 2021）在北京•中国国际展览中心开幕。布鲁克质谱中国区大客户经理李晨博士接受了分析测试百科网的采访，为我们带来了展会产品的精彩解读。分析测试百科网作为展会支持媒体，全程跟踪报道。布鲁克质谱中国区
PerkinElmer以0.28美元/股现金收购单细胞基因组学公司RHS
分析测试百科网讯 近日，据外媒报道，PerkinElmer同意支付约1980万美元现金(每股0.28美元)收购澳大利亚细胞基因组学公司RHS Ltd，这项决议得到了RHS公司全体董事会的支持。 RHS董事长David Brookes说：“PKI提案受到了董事会的欢迎，作为奖励股东忠诚度并在重要
布鲁克与景杰生物联合－推动前沿单细胞蛋白质组学研究
分析测试百科网讯 2021年10月14日，在第十一届中国蛋白质组学大会召开期间，为推动单细胞蛋白质组学的发展，拓展单细胞研究的视野，布鲁克和景杰生物联合举办了“单细胞蛋白质组学专题卫星会”，并在线上进行了直播。卫星会现场布鲁克.道尔顿中国区经理何磊先生布鲁克.道尔顿中国区经理何磊先生首先致欢迎辞，他
布鲁克推出两款timsTOF新品，助力“真”单细胞蛋白组学
* 独特的 timsTOF SCP 技术，通过无偏、深度单细胞 4D-蛋白质组学与scRNA测序提供补充，彻底改变了定量单细胞生物学研究；Mann等人的论文中，突破性地成功鉴定并定量了单细胞中1,400多种蛋白质。* 新一代 timsTOF Pro 2 技术在无偏4D-蛋白质组学分析方面，具有前
华大基因再出手－单细胞转录组学测序技术的系统分析
单细胞转录组测序(Single-cell RNA-seq)是在单细胞水平对转录组（mRNA）进行测序的一项新技术，可发现细胞群体中真正起作用的细胞，特别适合对高度异质性的干细胞、肿瘤细胞及胚胎发育早期的细胞群体进行研究，认识细胞分子机制和基因调控网络。单细胞RNA-seq技术需要在测序前制备文库
布鲁克与Evosep联合宣布“真”单细胞蛋白组学重大突破
德国马克斯•普朗克生物化学研究所Matthias Mann团队近日发表的最新文章显示其团队在单细胞蛋白质组学领域取得重大突破，实现了在真实的单细胞水平的定量蛋白质组学分析，单细胞蛋白质组学可帮助解决细胞生物学和单细胞病理生物学中的重要问题。蛋白组学和RNA在单细胞水平测定显示出很大差异，这意味着
方群：单细胞蛋白质组学－二十年梦想成真
由于无法对蛋白实现扩增，因此在单细胞多组学的研究中，单细胞蛋白质组学是最具挑战的研究，近年来已取得突飞猛进的进展。除了质谱仪检测灵敏度的提升，在前端取样、预处理和分离方面的巨大进步是重要因素，这和微流控技术的进步密不可分。中国的研究者研制出具有自主知识产权的单细胞蛋白质组微操控仪，在这条前沿赛道
与转录组学和蛋白组学比较，代谢组学有何优点
那年夏天Forever与转录组学和蛋白组学比较,代谢组学有以下优点：①代谢组学放大了基因和蛋白表达的微小变化,从而使检测更容易；②代谢组学的研究不需建立全基因组测序及大量表达序列 标签(EST)的数据库,且代谢产物的种类要远小于基因和蛋白的数目.③ 由于给定的代谢产物在每个组织中都是一样的,所以研究
“临床用单细胞组学技术开发与肺癌应用研究”项目获批
近日，由博奥生物集团有限公司暨生物芯片北京国家工程研究中心牵头申报的“临床用单细胞组学技术开发与肺癌应用研究”项目获得国家重点研发计划“精准医学研究”2016年度项目立项。 该项目将围绕单细胞组学技术临床转化应用的难点和热点问题，整合微电子、自动化、生物芯片、新一代测序、大数据、医学等多学科
广州地化所发展出单细胞SIP反向基因组学技术
微生物是地球上丰富且分布广泛的生命形式，在生态系统中对有机物的生物地球化学循环发挥着关键作用。微生物降解是有机污染物分解过程中的重要环节。其中，降解功能微生物可将污染物转化为无毒化合物，是有机污染物降解的执行者。因此，研究原位降解功能微生物的种类和代谢特性，并从复杂环境微生物群落中发掘具有“特定
广州地化所发展出单细胞SIP反向基因组学技术
微生物是地球上丰富且分布广泛的生命形式，在生态系统中对有机物的生物地球化学循环发挥着关键作用。微生物降解是有机污染物分解过程中的重要环节。其中，降解功能微生物可将污染物转化为无毒化合物，是有机污染物降解的执行者。因此，研究原位降解功能微生物的种类和代谢特性，并从复杂环境微生物群落中发掘具有“特定
ASMS－2023丨布鲁克质谱新品继续引领单细胞蛋白质组学
MS/MS扫描速度提升至300Hz的timsTOF Ultra，进一步推进空间蛋白质组学和单细胞多组学；新型离子源和微升流喷雾针、采集方法和软件带来更稳定、更灵敏、更快速的4D-蛋白质组学 01.timsTOF Ultra 质谱仪 timsTOF Ultra PASEF扫描速度提高至300
单细胞转录组制备仪的功能
fluidigm C1 单细胞自动制备仪用于 mRNA 测序 更完整的流程 -首尾相连的流程对单细胞进行全转录组分析 最高的通量 -每次运行可前所未有的平行处理 96 个单细胞 更容易的操作 -直接从单细胞开始，简化的样本制备，只需 3 小时手工操作时间，没有 片段化和纯化步骤 更节省的成
解析古老的单细胞基因组
单细胞的古细菌用肉眼根本看不到，甚至在使用显微镜时，也必须特别用心才能观察到它们。近日由丹麦奥尔胡斯大学地质微生物学中心领导的一个国际研究人员小组，却成功地从海底淤泥中获得了四个古细菌细胞，并绘制出了每个细胞的基因组图谱。这一突破性研究成果发表在著名的《自然》(Nature)杂志上。 “直
代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍
什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？ 代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生
代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍
什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？ 代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生
代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍
什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？ 代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生
代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍
什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？ 代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生
北大汤富酬课题组发表单细胞表观多组学测序技术新成果
2017年6月16日，北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells”的研
《Nature》：新方法提高单细胞蛋白质组学质谱定量准确度
单细胞蛋白质组学在蛋白丰度检测、转录修饰和翻译后修饰方面填补了单细胞转录组学的空白。单细胞蛋白质组学质谱（SCoPE-MS）是近年来兴起的一种定量分析多功能单细胞蛋白质组的方法，这种方法采用同位素标记和载体蛋白质组学来分析单个细胞【1】。同位素标记具有相同质量的化学标签，其中包含了独特的质量条码
上海交通大学医学院单细胞组学与疾病研究中心成立
11月3日，上海交通大学医学院单细胞组学与疾病研究中心揭牌成立。当天还举行了单细胞组学技术与应用国际研讨会，中外科学家会聚一堂探讨这一新的研究方法和及其发展前景。 据悉，该中心依托上海交通大学公共卫生学院管理，将聚焦疾病领域前沿科学问题，运用新兴的单细胞组学研究手段，揭示个体差异的分子基础，
1200万！南京农业大学采购单细胞蛋白质组学质谱
近日，南京农业大学发布2022年11月政府采购意向，计划以1200万元预算采购单细胞蛋白质组学质谱。详情如下：单细胞蛋白质组学质谱项目所在采购意向：南京农业大学2022年11月政府采购意向采购单位：南京农业大学采购项目名称：单细胞蛋白质组学质谱预算金额：1200.000000万元(人民币)采购品目：
单细胞生物的生物学特征
第一个单细胞生物出现在35亿年前。单细胞生物在整个动物界中属最低等最原始的动物。包括所有古细菌和真细菌和很多原生生物。根据旧的分类法有很多动物，植物和真菌多是多细胞生物。变形虫算作单细胞动物，它的一些种类却算作粘菌，带鞭毛的鞭毛虫如眼虫有时被归为单细胞藻类或者是单细胞动物。新的分类法中，所有的真
家蚕丝腺单细胞转录组图谱绘成
中新网重庆6月15日电 (记者 钟旖)记者15日从家蚕基因组生物学国家重点实验室(西南大学)获悉，我国家蚕研究又有新进展。该实验室徐汉福教授课题组近日在国际知名期刊Nature Communications《自然通讯》上发表相关主题研究论文，以单细胞分辨率揭示了家蚕丝腺的全细胞异质性及其基因转
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞的可靠全基因组扩增
目前多种新型分析技术，如新一代测序和芯片，都是为细胞群体而设计的，需要一定的样本量。对于一些临床或法医样本，如肿瘤细胞或循环胎儿细胞等，它们的细胞数量有限，直接限制了其下游应用。例如，在分析肿瘤细胞中的体细胞DNA突变或单个细菌基因组时，单细胞中的DNA无法满足测序的mg级样品量需求。为了从少量样品
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞转录组重要研究文献汇总（二）
4.单细胞转录组测序在植物领域崭露头角相比动物的单细胞研究，由于植物具有细胞壁的特点，使得植物的单细胞研究相比较难，但是继2月份的拟南芥根组织单细胞转录组学研究[8]，本月在《Developmental Cell》上又发表了一篇基于拟南芥根组织的单细胞转录组学研究报道[9]。来自德国图宾根大学植
单细胞基因组突变检测新突破
爱因斯坦研究人员已经开发并验证了一种准确识别单细胞基因组中突变的方法。这种新方法可以帮助预测癌症是否将在看似健康的组织中发展，在今天的自然方法的在线版本中发表的论文中被描述。相应的作者是Lola和Saul Kramer分子遗传学主席Jan Vijg博士。 在科学家可以分析单个细胞的基因组之前，