高效构建60120bp短片段cfDNA文库的方法
简介：从血浆中分离的cfDNA（游离DNA）能够在创新式的非入侵条件下提供极具价值的基因组信息。cfDNA片段的大小主要集中于170bp，即缠绕一个核小体的DNA片段。越来越多的研究认为更短的cfDNA片段（40-170bp）保留着关于胎儿、肿瘤相关拷贝数变异和细胞起源的基因组信息（Jiang et al.,PNAS,2015; Snyder et al., Cell, 2016）。高通量测序技术（NGS）是一项非常灵敏和准确的技术，通过该项技术，我们可以对液态活检（LiquidBiopsy）中分离的cfDNA进行测序和分析，目前在科研和精准医疗领域已经有多项相关应用。在cfDNA文库构建前，我们使用Pippin Prep全自动DNA片段回收仪（美国Sage Science公司）将人血浆cfDNA分选(size-selection)为小于160bp和大于160bp的两部分，并用小于1ng的筛选后片段构建文库（建库试剂......阅读全文
高效构建60120－bp－短片段－cfDNA－文库的方法
简介：从血浆中分离的cfDNA（游离DNA）能够在创新式的非入侵条件下提供极具价值的基因组信息。cfDNA片段的大小主要集中于170bp，即缠绕一个核小体的DNA片段。越来越多的研究认为更短的cfDNA片段（40-170bp）保留着关于胎儿、肿瘤相关拷贝数变异和细胞起源的基因组信息（Jiang
循环肿瘤DNA比循环正常DNA矮半截
如今，人们开始利用液体活检技术来诊断癌症，以及监测治疗效果，不过灵敏度是个问题。美国犹他州大学和华盛顿大学的研究人员近日在《PLOS Genetics》上发表文章，称来源于肿瘤的DNA片段比来源于正常细胞的片段要短，这个特征可用于改善液体活检。 犹他州大学的Hunter Underhill及其
qpcr标准品的详细制备步骤
步骤如下：?(1)利用QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit试剂盒提取cfDNA，cfDNA的长度为160-200bp，浓度为0.3-1ngul;?(2)利用步骤(1)得到的cfDNA构建浓度为100-150ngul的cfDNA文库;?(3)对步骤(2)得到的cfDN
BAC文库构建方法与技巧
基因组DNA文库有十分广泛的用途，如用于分析、分离特定的基因片段，用以基因表达调控、人类及动植物基因组工程的研究。通常情况下，基因组文库构建的基本流程可以归为4大步骤：分离基因组DNA、对基因组DNA作相关的处理、将基因组DNA片段连接入载体、将重组载体转入宿主细胞。一、分离基因组DNA（gDNA）
BAC文库构建方法与技巧
基因组DNA文库有十分广泛的用途，如用于分析、分离特定的基因片段，用以基因表达调控、人类及动植物基因组工程的研究。通常情况下，基因组文库构建的基本流程可以归为4大步骤：分离基因组DNA、对基因组DNA作相关的处理、将基因组DNA片段连接入载体、将重组载体转入宿主细胞。 一、分离基因组DNA
BAC文库构建方法与技巧
基因组DNA文库有十分广泛的用途，如用于分析、分离特定的基因片段，用以基因表达调控、人类及动植物基因组工程的研究。通常情况下，基因组文库构建的基本流程可以归为4大步骤：分离基因组DNA、对基因组DNA作相关的处理、将基因组DNA片段连接入载体、将重组载体转入宿主细胞。 一、分离基因组DNA
cDNA文库构建
实验方法原理 cDNA 文库是指某生物某发育时期所转录的全部 mRNA 经反转录形成的 cDNA 片段与某种载体连接而形成的克隆的集合。经典 cDNA 文库构建的基本原理是用 Oligo(dT) 作逆转录引物，或者用随机引物，给所合成的 cDNA 加上适当的连接接头，连接到适当的载体中获得文库。其基
cDNA文库构建
cDNA文库构建可以：（1）用于分离全长基因进而开展基因功能研究；（2）筛选目的基因并直接用于表达；（3）提供构建分子标记连锁图谱的所用探针。实验方法原理cDNA 文库是指某生物某发育时期所转录的全部 mRNA 经反转录形成的 cDNA 片段与某种载体连接而形成的克隆的集合。经典 cDNA 文库构建
cDNA文库构建
cDNA文库构建 实验方法原理 cDNA 文库是指某生物某发育时期所转录的全部 mRNA 经反转录形成的 cDNA 片段与某种载体连接而形成的克隆的集合。
cDNA文库构建
cDNA文库[原理]：cDNA文库不同于基因组文库，被克隆DNA是从mRNA反转录来源的DNA。CDNA组成特点是其中不含有内含子和其他调控序列。从而做cDNA克隆时应是先从获得mRNA开始，在此基础上，通过反转录酶作用产生一条与mRNA相互补的DNA链，然后除掉mRNA，以第一条DNA链为模板复制
cDNA－文库的构建
实验材料 λ噬菌体臂 大肠杆菌菌株 用于λ噬菌体的包装抽提物 试剂、试剂盒 放线菌素 D
cDNA－文库的构建
此经典方案建立在 Gubler-Hoffman 法（Gulber-Hoffman 1983) 之上，分为六个阶段。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）上册，作者：黄培堂。实验材料λ噬菌体臂大肠杆菌菌株用于λ噬菌体的包装抽提物试剂、试剂盒放线菌素 D二硫苏糖醇EDTATris-ClMgCl2反转录酶
cDNA－文库的构建2
阶段 3:cDNA 的甲基化 材料 缓冲液和溶液 将贮存液稀释到合适浓度。 氯仿 10XEcoRⅠ 缓冲液 1XEcoRⅠ 甲基化酶缓冲液（选用) 如希望，可替代步骤 1 中的 Tris-HCl,NaCl 和 EDTA。 EDTA(0.5mol/L,pH8.0) 乙醇 MgCl2(
cDNA文库的构建3
接头-衔接子与cDNA的连接8.将下列试剂加入到已削成平末端的DNA中：10×T4噬菌体DNA聚合酶修复缓冲液 2μl800~1000 ng 的磷酸化接头或衔接子 2μlT4噬菌体DNA连接酶（105 Weiss单位/ml） 1μl10 mmol/L ATP 2μl混匀后，在16℃温育8~12h。9
cDNA文库的构建2
10. Sephadex G-50用含有10 mmol/L NaCl的TE(pH7.6)溶液进行平衡，然后通过离子柱层析将未掺入的dNTP和 cDNA分开。11. 加入0.1倍体积的3mol/L乙酸钠（pH5.2）和2倍体积的乙醇，沉淀柱层析洗脱下来的cDNA，将样品置于冰上至少15分钟，然后在微量
cDNA－文库的构建（二）
7. 尽可能快地进行 cDNA 合成的下一步骤阶段 2:cDNA 第二链的合成材料缓冲液和溶液将贮存液稀释到合适浓度。氯仿EDTA(0.5mol/LpH8.0)乙醇MgCl2(1mol/L)(NH4)2SO4(1mol/L)将 1.3 g 固体硫酸铵溶解于终体积为 10 ml 的水中，溶液经滤膜过滤
BAC/PAC－文库的构建
BAC文库的构建 实验方法原理 BAC是一种装载DNA大片段的克隆载体系统，用于人、动物和植物基因组文库构建。BAC具有插入片段较大(几千个碱基至350kb)
cDNA－文库的构建（三）
阶段 3:cDNA 的甲基化材料缓冲液和溶液将贮存液稀释到合适浓度。氯仿10XEcoRⅠ 缓冲液1XEcoRⅠ 甲基化酶缓冲液（选用)如希望，可替代步骤 1 中的 Tris-HCl,NaCl 和 EDTA。EDTA(0.5mol/L,pH8.0)乙醇MgCl2(1mol/L)NaCl(5mol/L)
cDNA文库的构建1
分为六个阶段：阶段1：反转录酶催化合成cDNA第一链阶段2：cDNA第二链的合成阶段3：cDNA的甲基化阶段4：接头或衔接子的连接阶段5：Sepharose CL-4B凝胶过滤法分离cDNA阶段6：cDNA与λ噬菌体臂的连接 [阶段1：反转录酶催化合成cDNA第一链] 1.在置于冰上的无菌微
BAC/PAC－文库的构建
BAC (Bacterial Artificial Chromosome，细菌人工染色体)文库可用于：（1）全基因组测序；（2）构建物理图谱、染色体步查；（3）基因筛选；（4）基因图位克隆。实验方法原理BAC是一种装载DNA大片段的克隆载体系统，用于人、动物和植物基因组文库构建。BAC具有插入片段较
cDNA－文库的构建（一）
实验材料 λ噬菌体臂大肠杆菌菌株用于λ噬菌体的包装抽提物试剂、试剂盒 放线菌素 D二硫苏糖醇EDTATris-ClMgCl2反转录酶RNase 抑制剂用于 cDNA 合成的寡核苷酸引物poly(A)+RNA[a-32P]dCTPEDTA乙醇(NH4)2SO4β-烟酰胺腺嘌呤二核苷酸T4
cDNA－文库的构建3
阶段 5:SepharseCL-4B 凝胶过滤法分离 cDNA材料缓冲液和溶液乙醇乙酸钠（3 ml/L,pH5.2)TE(pH7.6)含 0.1mol/LNaCl 的 TE(pH7.6)Tris-HCl(1mol/L,pH8.0)凝胶琼脂糖凝胶（1%)见步骤 8。核酸和寡核苷酸cDNA阶段 4 中步
cDNA－文库的构建（四）
方法cDNA 末端的削平1.cDNA样品（来自步骤 11)于 68°C 加热5 min。这一步骤是使cDNA分子的单链突出端可能形成的双链结构发生变性。2. 将cDNA溶液冷却至37°C并加入下列试剂：5xT4噬菌体DNA聚合酶修复缓冲液
用杂交的方法筛选大片段插入的文库实验
实验步骤由于原代的转化子只能产生数目有限的滤膜，因而随机铺板不适合滤膜的制备以及 YAC、BAC 和 PAC 文库的保存，而且由于克隆增殖率存在差别，因而无论是哪一种扩增形式都会将偏差带人文库中去。因此，原代的转化子应加入微孔板中，放置于-8℃ 保存。这使得制造分配用的文库拷贝变得简单易行，而且使组
用杂交的方法筛选大片段插入的文库实验
由于原代的转化子只能产生数目有限的滤膜，因而随机铺板不适合滤膜的制备以及 YAC、BAC 和 PAC 文库的保存，而且由于克隆增殖率存在差别，因而无论是哪一种扩增形式都会将偏差带人文库中去。因此，原代的转化子应加入微孔板中，放置于-8℃ 保存。这使得制造分配用的文库拷贝变得简单易行，而且使组
DNA文库的构建及其筛选
DNA文库的构建和筛选可以用于：（1）将某生物的全部基因组DNA用限制性内切酶或机械力量切割成一定长度的DNA片段，再与适合的载体在体外重组并转化相应的宿主细胞获得的所有阳性菌落。 （2）采用“化整为零”策略，将庞大的基因分解成一段段，每段包含一个或几个基因。实验方法原理高等植物基因组的一个显著特征
DNA文库的构建及其筛选
实验材料 DNA试剂、试剂盒 升汞MS培养基琼脂糖EcoR IHind IIIBamH IBg lII Pst I仪器、耗材 电泳仪尼龙膜实验步骤 1.水稻 DNA 的提取水稻 DNA 的提取参照 Dellaporta, Wood 和 Hicks (1983) 法分离总基因组DNA并略有修改。 通过
DNA文库的构建及其筛选
实验方法原理 高等植物基因组的一个显著特征是其内含有大量的 DNA 重复序列, 重复序列常位于异染色质区, 因此可能与染色体的结构有关 . 季静等根据国际上 对基因组、染色体、结构蛋白的研究前沿, 提出染色体 DNA 平均每隔 30 kb
cDNA文库的构建和筛选
材料许多生物是疾病研究或探索使细胞和机体应对和存活于不同刺激下的分子适应机制的优良模型。 cDNA 文库的构建和随后目的基因的筛选可促使研究者发现在调节和响应某些外部特定环境压力中有重要作用，而在其他体系中可能不表达或者不存在的新基因。确定这些新基因的可读框，进一步分析其编码蛋白质的功能可以开创全新
YAC实验——YAC文库构建
YAC带有天然染色体所有的功能元件，包括一个着丝粒，一个DNA复制起点，两个端粒。YAC能够容纳长达几百kb的外源DNA，这是质粒和黏粒办不到的。大片段的插入更有可能包含完整的基因，在染色体步移中每次允许更大的步移距离，同时能够减少完整基因组文库所需的克隆数目。实验步骤1. 尽管当插入片段大于10