斑马鱼基因敲除是怎么做的
一、基因敲除的设计方案 1.1 基因的基本信息 确认斑马鱼基因的基本信息，包括名称ID号等，一般会在NCBI等查询。 1.2 分析基因结构、氨基酸序列等做生物学信息的分析 1.3分析蛋白质的保守结构功能域 通过综合考虑，设计最佳的KO靶点。 1.4 分析并设计CRISPR，分析其效率及脱靶的情况 一般使用CCTOP，少数物种如没有可找其它专业网站。 二、CRISPR活性验证 2.1 分析并确认基因组序列 设计Genotyping引物，确认实际基因组序列与理论匹配情况，如CRISPR靶点验证与理论序列存在出入，需回到1.4重做。 该步骤还需要确认引物扩增条件，以备后用，如不能正常扩增需要重新设计，并且不能进行下一步操作。 2.2 合成sgRNA 使用Thermo转录试剂盒转录，完成后需测定浓度（不得低于400 ng/μl） 和OD......阅读全文
斑马鱼色素细胞如何形成条带
一项研究发现，斑马鱼的特征条带反映了这种动物的皮肤上的色素细胞的运动和它们之间的相互作用。尽管科研人员长久以来就注意到了数学模型可以准确地重现动物界的许多特征条带和斑点，动物图案背后的生物过程在很大程度上尚未得到解释。为了更好地理解这些过程，Hiroaki Yamanaka 和Shigeru
一种快速有效的基因分型斑马鱼的方法（一）
为了促进斑马鱼的高通量的基因分型，我们开发了一种新的技术——用高通量熔解分析（HRMA）区分野生、杂合、纯合突变。这种耗时一个小时的技术不需要进行限制性内切酶酶切和琼脂糖凝胶电泳的操作。此技术生成的熔解图的敏感性高，可以检测不明确的PCR产物。我们可以对斑马鱼的三种类型的突变进行可靠的基因分型，包
一种快速有效的基因分型斑马鱼的方法（三）
Fig.3. 通过高分辨溶解曲线进行逆转录病毒插入突变wdr43hi821a进行基因分型。A：wdr43hi821a的基因组。B：野生型和突变等位基因的DNA序列。下划线标注的是引物序列。野生型的Tm值为73.0℃，突变型的Tm值为81.1℃。C：从wdr43hi821a/+得到的48个晶
一种快速有效的基因分型斑马鱼的方法（二）
Fig.1. 应用HRMA对p53zy7（p53I166T）和apchu745（apcmcr）进行点突变基因分型。A：p53I166T 错译突变周围的序列。有下划线的为引物序列，星号标注的是SNP位点。野生型产物的Tm值为79.5℃，突变型为80.9℃。B：Melting curves
从“1”开始实现“0”的突破大规模斑马鱼定向突变体库建成记
斑马鱼，因全身布满多条深蓝色条纹似斑马而得名。这种不起眼的生物，却是撬动许多学科发展的基础——其基因和人类基因相似度达87％，因此被应用在生命科学、健康科学和环境科学等领域的研究中，与线虫、果蝇、小鼠一样，是常用的模式生物。 从2013年开始，在中国科学院院士朱作言、孟安明的号召下，国内30多
Nature－Aging：肠道特异性端粒酶可延长端粒并延缓全身衰老
端粒是真核细胞线性染色体的末端结构，在细胞复制过程中起保护作用，避免DNA受到损伤，并且像帽子一样有效防止染色体间末端重组、融合和染色体退化。 在细胞有丝分裂的过程中，端粒会随着分裂次数的增加逐渐缩短，当端粒缩短到一定程度时便无法继续维持染色体的稳定，从而导致细胞功能障碍直至死亡。因此端粒缩短
水生所关于斑马鱼基因捕获与插入突变的研究取得突破
脊椎动物后基因组时代的主要任务是解读基因的功能，而基因捕获和插入突变是揭示基因功能的重要手段。斑马鱼具有易于饲养、繁育周期短、产卵量大、体外受精与发育等优点，已成为发育和遗传学研究的理想模式动物，但尚缺乏胚胎干细胞和基于胚胎干细胞的基因敲除技术。转座子介导的基因捕获和突变研究为大规模筛选斑马鱼突
基因组学突破性成果：斑马鱼序列解析
人类发育，生理功能及疾病发生的过程涉及到成千上万的基因和其变异体，但是大部分的基因和其变异体的功能依然是未知的。过去的20年里，斑马鱼逐渐成为研究人类基因功能的重要模式动物。在《自然》杂志网站发表的两篇文章里1,2，报道了斑马鱼参考基因组序列和完成超过10,000个蛋白编码基因的断裂性突变体的鉴
关于肝损伤修复及其分子调控机制
利用 CRISPR/Cas9 技术，针对靶基因序列设计 sgRNA， 指导 Cas9 蛋白在特定基因位点引起 DNA 双链断裂，在非同源性末端接合修复断裂 DNA 的过程中，靶基因碱基突变或缺失被引入到斑马鱼基因组中，最终导致靶基因无法正常转录翻译，达到基因敲除的目的。目前我们利用 CRISPR
类泛素分子Nedd8调控斑马鱼卵巢和第二性征发育机制揭示
Nedd8是一种类泛素分子，在E1、E2和E3等酶的酶促作用下，与靶标蛋白共价结合，引起靶标分子的Neddylation修饰，影响靶标蛋白的活性、稳定性或细胞定位。然而，由于动物模型的欠缺，研究人员对Nedd8的在体生物学功能仍缺乏了解。 中国科学院水生生物研究所鱼类低氧生物学学科组博士生于光
Nature惊人发现：基因敲除技术的缺陷
当前一些基因组改造新方法在科学界引发了广泛的讨论：例如，采用CRISPR/Cas技术，科学家们可以删除某一基因遗传密码的组成部分，由此敲除掉这一基因。 此外，还有一些方法可以抑制基因翻译为蛋白质。两种方法的共同之处在于，它们都阻碍了蛋白质生成，因此可给生物体造成一些相似的影响。然而，有证据显示敲
孕酮信号可独立维护斑马鱼精巢正常发育
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/3/474828.shtm 近日，中国科学院水生生物研究所一项研究发现，揭示了孕酮/ NPGR信号对斑马鱼精巢发育的调控作用。研究发现，动物体内增强的孕酮/NPGR信号，可以发挥不依赖于雄激素信号通路，促进
斑马鱼如何长出新的神经元
研究人员已经发现了使得斑马鱼的大脑能够在其受到创伤性损害之后再生的机制。与哺乳动物不同，这些在淡水中生长的小鲦鱼因为脑部损伤所致的炎症会伴有新神经元的产生。 如今，Nikos Kyritsis及其同事展示，在损伤反应中，斑马鱼脑部的炎症会激活特定的信号传导分子及神经胶质细胞，后者可促进
斑马鱼的胚胎原位杂交试验实录
收集斑马鱼的胚胎，在Holfretor水中培养，到达所需要的发育时期时，用蛋白酶去除卵膜，用4%多聚甲醛固定，在4℃保存，二十四小时后用50%甲醇2%多聚甲醛溶液洗，然后换成甲醇，在-20C 保存，待用（两天和两天以上的胚胎需要用双氧水处理，去除色素。或者使用苯锍脲稀溶液培养，可阻断色素的形成）原位
斑马鱼胚胎细胞的培养——细胞系
实验材料链酶蛋白酶E用D-PBSA配制1%胰蛋白酶和1mmol L EDTAZEM-2细胞（或等同物）试剂、试剂盒LDF基础培养液LDF原代培养液LDF维持培养液D培养液Holtfreter缓冲液实验步骤鳟鱼胚胎提取物：(a)收集胚胎（受精后 28 天的 Shasta Rainbow 或其他鳟鱼种系
斑马鱼胚胎细胞的培养——原代培养
实验方法原理收集胚胎，除去绒毛膜，用胰蛋白酶分散胚胎细胞，然后在胚胎成纤维细胞饲养层上培养从斑马鱼囊胚和原肠期胚获得的原代细胞。实验材料链酶蛋白酶E用D-PBSA配制1%胰蛋白酶和1mmol L EDTA胚胎成纤维细胞饲养层人重组白血病抑制因子试剂、试剂盒LDF基础培养液LDF原代培养液LDF维持培
首个CRISPR/Cas9靶序列数据库
近期，来自美国国立卫生研究院和瑞典乌普萨拉大学的研究人员，在国际著名学术期刊《Nucleic Acids Research》上发表的一项研究中，首次提出了一个已在斑马鱼中经过实验验证的CRISPR/Cas9靶序列数据库。 CRISPR及CRISPR相关蛋白（Cas9），是在古细菌和细菌中发现的
斑马鱼造血干细胞生成机理
法国家日前通过对斑马鱼胚胎进行即时监控，发现了其造血的生成机理。这一成果为医学界研究白血病疗法提供了新思路。该研究由法国国家中心和巴斯德研究所共同完成。研究人员在最新一期英国杂志上报告说，他们采用即时成像对斑马鱼的胚胎进行了观察。结果发现，斑马鱼胚胎主动脉的部分内皮细胞先是发生卷曲，随后蜷缩成一团，
中国团队破译斑马鱼心脏再生密码
在中国海洋大学海洋生物多样性与进化研究所的实验室，一群蓝银相间的热带淡水鱼正在透明实验水箱中游弋。这群看似十分普通、身形纤细、最长不过4厘米的观赏鱼，就是中国海洋大学教授苏颖和赵龙团队长期研究的核心对象——斑马鱼。心脏是生命的永动机，和大多数成年哺乳动物一样，人的心肌细胞一旦受损或缺失便难以补充、修
武汉研究斑马鱼揭示器官再生之谜
身长约4厘米，具暗蓝与银色纵条纹 基因与人类的相似度达87% 心脏能再生 约2000种人类疾病能出现在其身上 胚胎在体外发育，且完全透明 一种经济实惠的实验动物，一对斑马鱼一次可生产300只“鱼宝宝” “斑马鱼的基因与人类相似度高达87%，人类无法长出第二个心脏，而斑马鱼的心脏却能再生
研究揭示斑马鱼“自我定位”神经回路
斑马鱼幼鱼能够弄清它们在哪里，去过哪里，以及如何回到原来的位置。幼体斑马鱼在被洋流推离航道后如何追踪自己的位置并导航呢？科学家发现，这与一种多区域的大脑回路有关。相关研究近日发表于《细胞》。 “我们研究了一种行为，在这种行为中，斑马鱼幼鱼必须记住过去的位移，以准确地保持它们的位置，因为水流可能把
斑马鱼平台助力HSP发病机理研究
遗传性痉挛性截瘫（HSP）又称家族性痉挛性截瘫，是一种神经系统退行性变性疾病。其病理改变主要是脊髓中双侧皮质脊髓束的轴索变性或脱髓鞘，以胸段最重。 临床表现为双下肢肌张力增高，腱反射活跃亢进，病理反射阳性，呈剪刀步态。2018年5月11日，中国国家卫生健康委员会等5部门联合制定了《第一批罕见病目录》
解锁电鳗发电之谜，让斑马鱼发电
研究人员证实，他们发现的基因控制区只控制肌肉中钠通道基因的表达，而不控制其他组织。电鱼和电鳗一样，可以根据种类、性别、甚至个体来区分其他电鱼，这要归功于它们的电器官，它还允许它们传输和接收类似于鸟叫声的信息。最近发表在《科学进展》(Science Advances)上的一项研究描述了微小的基因改变是
斑马鱼研究全套装备配置清单
斑马鱼由于养殖方便、繁殖周期短、产卵量大、胚胎体外受精、体外发育、胚体透明等特点，已成为生命科学研究的新宠，是最受重视的脊椎动物发育生物学模式之一。你的实验室在做斑马鱼研究吗？斑马鱼研究需要哪些工具？你知道斑马鱼研究的最强装备吗？服务全球科学家48年历史，WPI为您供全套的斑马鱼研究工具，包括斑马鱼
仅采用NgAgo蛋白质，研究人员称跟韩春雨实验没有关联
这是自韩春雨之后，中国研究人员发表的有关NgAgo基因技术的第二篇学术论文。刘东在接受科技日报记者独家专访时表示，从学术角度确实无法评价，“我们用不同的系统，也没有重复他（韩春雨）的实验，仅仅是都用了NgAgo这样一个蛋白质而已，无法做任何关联和讨论。” ▲刘东，2011年获德国马克斯-德尔布
基因靶向的基因敲除
实验步骤构建重组基因载体绝大多数的基因敲除策略都是基于同源重组的机制，其基因载体包括载体骨架、靶基因同源序列和突变序列及选择性标记基因等非同源序列，其中同源序列是影响同源重组效率的关键因素。用电穿孔显微注射方法把重组DNA转入受体细胞（一般是胚胎干细胞）核内。同源重组基因重组时以载体的同源序列取代染
国产斑马鱼专用实验设备重大突破－环特生物引领全球开创斑马鱼研究新范式
近日，我国生物技术领域迎来标志性突破——环特生物与分析测试百科网联合举办"2025斑马鱼实验专用设备全球首发品鉴会"，正式推出自主研发的四大核心设备系统，标志着我国在斑马鱼实验设备领域实现历史性跨越。此次发布的斑马鱼高通量2D行为分析系统、成/幼鱼3D行为分析系统、360全景成像系统及智能化养殖
水生所发布高质量AB品系斑马鱼参考基因组
斑马鱼是生命科学、健康科学和环境科学等研究领域的重要模式生物之一。常见的两种实验室斑马鱼品系分别是Tubingen品系和AB品系。其中，AB品系斑马鱼被国内外很多实验室作为研究对象。然而，却缺乏一个高质量的AB品系斑马鱼参考基因组。 由于不同品系斑马鱼来源不同，各品系之间存在着大量基因序列上的
基因敲除的定义
基因敲除(geneknockout),是指对一个结构已知但功能未知的基因,从分子水平上设计实验,将该基因去除,或用其它顺序相近基因取代,然后从整体观察实验动物,推测相应基因的功能。这与早期生理学研究中常用的切除部分-观察整体-推测功能的三部曲思想相似。基因敲除可中止某一基因的表达外,还包括引入新基因
基因敲除简介
基因敲除是自80年代末以来发展起来的一种新型分子生物学技术，是通过一定的途径使机体特定的基因失活或缺失的技术。通常意义上的基因敲除主要是应用DNA同源重组原理，用设计的同源片段替代靶基因片段，从而达到基因敲除的目的。随着基因敲除技术的发展，除了同源重组外，新的原理和技术也逐渐被应用，比较成功的有基因