表观遗传学分子生物学软件——DNA甲基化分析工具
第一类：基于引物设计功能的软件。此类软件主要是针对重亚硫酸盐序列进行甲基化特异性PCR（methylation-specific PCR, MS-PCR or MSP）和重亚硫酸盐测序（bisulfite sequencing, BS）引物的设计。由于重亚酸盐修饰的特殊性，使常规的分子生物学软件，如Primer Premier、Oligo、DNASis、DNA Max、Vecter NTI Suit等均无法适用于MSP和BS引物的设计。国外的研究者根据MSP和BS的特殊性，分别提供了多种免费或付费的专业软件，其中，某些软件，如MethPrimer已被国内外研究者广泛使用。软件：MethPrimer主页：http://www.urogene.org/methprimer简介：设计甲基化特异性PCR（methylation-specific PCR, MS-PCR or MSP）和重亚硫酸盐测序（bisulfit......阅读全文
表观遗传学分子生物学软件——DNA甲基化分析工具
第一类：基于引物设计功能的软件。此类软件主要是针对重亚硫酸盐序列进行甲基化特异性PCR（methylation-specific PCR, MS-PCR or MSP）和重亚硫酸盐测序（bisulfite sequencing, BS）引物的设计。由于重亚酸盐修饰的特殊性，使常规的分子生物学
表观遗传学关于DNA甲基化
表观遗传学是研究表观遗传变异的遗传学分支学科从目前的研究来看,X 染色体剂量补偿、DNA 甲基化、组蛋白密码、基因组印记、表观基因组学和人类表观基因组计划等问题都是表观遗传学研究的内容。其中甲基化是基因组DNA 的一种主要表观遗传修饰形式,是调节基因组功能的重要手段。在脊椎动物中,CpG二核
表观遗传之DNA甲基化（一）
俗话说，龙生龙，凤生凤，老鼠的儿子会打洞。 这句话什么意思呢？想必很多人有不同的看法~~ 从传统的社会认知角度看，就是“出生决定论”，一个人的出生是什么样的，以后就会有什么样的作为和成就，家庭决定着个人的前途和发展方向。龙凤阶层的人自出生以来便是龙凤，若是草根阶层，也很难上升到龙凤圈层，即使有这样的
表观遗传之DNA甲基化（二）
二 DNA甲基化 DNA甲基化：DNA甲基化是通过DNA甲基转移酶在胞嘧啶环的第5个碳原子上共价加成甲基而产生的，从而产生5-甲基胞嘧啶（5-mC），在体细胞中，几乎仅在二核苷酸CpG的对称甲基化配对中发现了5-mC，而在胚胎干（ES）细胞中，在非CpG中也观察到了大量的5-mC。5-mC作为表型和
DNA分析系统：基因甲基化研究的最佳工具
甲基化研究对于基因的 调控和肿瘤的发生有非常密切的关系。在一般正常的细胞中，基因调控区CpG岛处于非甲基化的状态。而当细胞发生癌变后，这些CG区域往往呈现甲基化状态。英国医学刊物《the Lancet》报道奥地利因斯布鲁克医学院的专家们早就可以通过检测大便中DNA的甲基化变化，把健康人的大便
简述DNA甲基化分析仪的主要功能
DNA甲基化分析仪的主要功能：高度适用于表观遗传学研究的检测工具 焦磷酸测序技术配合QIAGEN表观遗传学产品线，提供高度可靠的序列数据，能够准确、灵敏的定量分析甲基化水平。甚至能够检测新的突变，以及低水平的DNA异常甲基化。PyroMark Q24包括了一个完整软件包，用于分析CpG位点甲基化
Pyrosequencing－DNA分析系统：基因甲基化研究的最佳工具
甲基化研究对于基因的调控和肿瘤的发生有非常密切的关系。在一般正常的细胞中，基因调控区CpG岛处于非甲基化的状态。而当细胞发生癌变后，这些CG区域往往呈现甲基化状态。英国医学刊物《the Lancet》报道奥地利因斯布鲁克医学院的专家们早就可以通过检测大便中DNA的甲基化变化，把健康人的大便与结肠癌患
JCB：“流放”DNA的表观遗传学修饰
皮肤细胞在发挥作用时启动的基因与肝细胞完全不同，而其他基因需要保持关闭。将基因“流放”到细胞核边缘，是能够一举关闭大量基因的重要途径。Johns Hopkins大学的一项新研究揭示了DNA被发配到细胞核边疆的具体机制，这一过程对于控制基因表达和决定细胞命运至关重要。相关论文发表在近期的Journ
甲基化芯片在表观遗传学中的应用
表观遗传改变可以定义为基因的遗传性或获得性改变，但是这种改变和DNA序列改变无关。DNA甲基化是最为常见的表观遗传改变；启动子或第一外显子CpG岛中的甲基化改变将导致基因表达失活；组蛋白的化学修饰也可以作为表观遗传改变；组蛋白发生乙酰化改变的基因通常被开启。CpG岛的异常甲基化是导致基因沉默和过度表
甲基化芯片在表观遗传学中的应用
表观遗传改变可以定义为基因的遗传性或获得性改变，但是这种改变和DNA序列改变无关。DNA甲基化是最为常见的表观遗传改变；启动子或第一外显子CpG岛中的甲基化改变将导致基因表达失活；组蛋白的化学修饰也可以作为表观遗传改变；组蛋白发生乙酰化改变的基因通常被开启。 CpG岛的异常甲基化是导致基
DNA甲基化——表现遗传学中DNA的修饰
DNA甲基化是哺乳动物DNA最常见的复制后调节方式之一，是正常发育、分化所必需的，具有重要的生物学意义。在DNA甲基转移酶 (DNAmethyltransferase，DNMT)的作用下，以S—腺苷甲硫氨酸(SAM)为甲基供体，可以将甲基基团转移到基因组DNA胞嘧啶第 5位碳原子(C5)
Nature子刊：表观遗传学研究的强大工具
西奈山伊坎医学院（Icahn School of Medicine at Mount Sinai）的科学家们开发了一个新技术，可以更精确地揭示细菌群体的表观遗传学异质性。这项研究发表在六月十五日的Nature Communications杂志上，为人们提供了表观遗传学研究的新工具，有助于解决愈演
－DNA甲基化：癌症共有的“指纹”
8月26日在线发表在Genome Medicine上的一篇文章中，研究人员说他们发现了多种癌症中都存在的普遍特异性变化，DNA甲基化标记，它们帮助控制基因的开、关以及最终细胞的行为。这种DNA上可逆的化学标记就是表观遗传学。 约翰霍普金斯医学院的Andrew Feinber
Nature－Methods发表单细胞重亚硫酸盐测序技术
Babraham研究所和Wellcome Trust Sanger研究所的科学家们开发了一个单细胞表观遗传学检测技术，并将其发表在七月二十日的Nature Methods杂志上。这一成果可以帮助人们解读，环境怎样影响人类的发育和遗传性状。 “表观遗传学标志”是指DNA上的化学或蛋白标签，它们在
DNA甲基化：诊断癌症的强大工具
最近，来自香港中文大学的研究人员，通过分析血浆DNA中的甲基化序列，能够检测到癌症患者的肝肿瘤和淋巴瘤，以及孕妇胎盘中的遗传异常。他们使用已知的组织甲基化图谱，能够识别循环DNA的组织起源，从而使其成为一种强大的工具，用于筛选、癌症检测和治疗监测。这项研究是由几个机构的研究人员合作，由香港中文大
DNA甲基化分析
The influence of methylation on the promoter activity and gene expression and the involvement of DNA methylation in carcinogenesis caused an extensive
PacBio推出首款检测DNA碱基修饰的软件
美国第三代测序公司Pacific Biosciences近日宣布推出一个独特的解决方案，可利用PacBio® RS测序仪检测与表观遗传学调控和DNA损伤相关的DNA碱基修饰。 DNA碱基修饰(如甲基化)在多个生物进程中扮演了重要角色，包括生长和衰老、免疫、细菌致病性以及疾病发展。Pac
不可忽视的表观遗传学：运动可改变DNA
瑞典德隆大学的科研人员发现运动可以从基因角度改变脂肪存储的方式。脂肪组织不仅可以被动地存储能量，还能够产生一些具有生物活性的化学物质作用于身体的其他部位。这项研究表明，运动可以使人体的脂肪细胞更高效地进行脂肪代谢，从而使脂肪存储在正确的部位。这项研究发表在Public Library of
PNAS首次评估表观遗传学突变率
Groningen大学的科学家们在重要模式生物拟南芥中，精确评估了表观遗传学标志出现或消失的频率，有助于深入理解表观遗传学改变在植物进化中的重要性。这项研究发表在五月十一日的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。 表观遗传学修饰可以在不改变DNA序列的情况下影响基因的活性。大多数动物（包括人类）的
表观遗传正成为遗传学研究新风口：7％的DNA甲基化模式打破孟德尔定律
一个多世纪以来，遗传学一直遵循孟德尔通过他著名的豌豆实验建立的基本原理。然而，约翰·霍普金斯大学医学院的一项大规模小鼠研究发现，一些可遗传性状并不遵循这些经典规则。研究人员发现了数百个案例，其中化学DNA标记（表观遗传标记）表现出意想不到的行为，包括一些似乎“凭空出现”的标记。更重要的是，他们
南京农业大学国家重点实验室联合发表《Genome－Biology》
中国南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室、美国德州大学和德州A&M大学的科学家们分析了驯养的异源四倍体棉花和其4倍体和2倍体亲缘植物的1200万个差异甲基化胞嘧啶的综合表观基因和功能。 生物通报道：中国约有2000年的棉花种植历史，是世界三大产棉国之一。长绒棉（纤维柔长）是纺高支纱的关
表观遗传学修饰
组蛋白修饰 表观遗传学是指表观遗传学改变 (DNA 甲基化、组蛋白修饰和非编码 RNA 如 miRNA) 对 表观基因组基因表达的调节，这种调节不依赖基因序列的改变且可遗传表观。因素如 DNA 甲基化、组蛋白修饰和 miRNA 是对环境刺激因素变化的反映，这些表观遗传学因素相互作用以调节基因
Nature子刊：热点蛋白解决表观遗传争议
近二十年来，科学家开始逐渐认识到DNA中的遗传密码只代表了生命蓝图中的一部分信息。遗传信息还来自于DNA结构上的特殊化学标签模式，这些表观遗传学标签决定了DNA包装的紧密程度以及特定基因的开关。 随着越来越多的表观遗传学标签被发现，研究人员开始好奇这些表观遗传学标签之间是否存在着某
甲基化试验有助于区分原发肿瘤类型
未知性癌症（CUP）在转移性肿瘤患者中占比10%，然而这些癌症的原发肿瘤位置通常无法确定。由于无法分辨究竟是哪种肿瘤类型，这些患者的生存率很低。 “传统方法只能鉴定30%不明病灶的转移性肿瘤的原发肿瘤位置，一些分子生物学方法可以提高这一比例，但往往造价昂贵，并且，所使用的RNA样本比较脆弱容易
ChIPChip技术的介绍与应用
人类基因组计划的完成开启了一个新的纪元——功能基因组时代来临，与基因信息相比较，人们更关注于基因的功能、调控网络与信号通路等信息。表观遗传学研究与核内蛋白因子的功能分析成为基因表达调控研究的重要组成部分。结合了染色质免疫共沉淀与基因芯片技术的ChIP-chip技术的浮现使得全基因组范围内DNA与蛋白
TheScientist热议：出人意料的甲基化
DNA甲基化是基因组中重要的表观遗传学标志，在大多数生物的生命周期中基因组的甲基化模式都相对稳定。然而近期发表在Genome Biology杂志上的两篇文章显示，有的生物在一生中不断累积着甲基化，有的生物则可能通过甲基化去除大量DNA。 吉林大学刘明远教授所领导的研究团队首次在线虫中发
上海植物逆境研究中心在植物DNA去甲基化调控研究进展
6月15日，国际权威学术期刊Science在线发表了中科院上海植物逆境生物学研究中心、中科院上海生命科学研究院植物生理生态所朱健康课题组的研究论文A Histone Acetyltransferase Regulates Active DNA Demethylation in
两篇Nature论文挑战流行表观遗传学观点
Friedrich Miescher生物医学研究所(FMI)的Dirk Schübeler和他的研究团队，确定了沿着基因组设置表观遗传学标记的决定因素。这项发表在《自然》（Nature）杂志上的新研究表明，基因活性和DNA序列在对表观遗传标记的调控中发挥了比以往认为更大的作用。这对流行的观点：外
Aging：利用DNA甲基化工具或能有效预测机体健康寿命
死神终会降临在我们每个人头上，那么知道死神何时降临不是更好吗？近日，来自加州大学洛杉矶分校的科学家们通过研究开发出了一种新工具，或能帮助提前计划好与死神的约会，相关研究刊登于国际杂志Aging上；研究者指出，这种名为DNA甲基化GrimAge的生物标志物能帮助人们预测寿命和健康寿命，并能帮助测试
揭示全基因组DNA甲基化、半甲基化与遗传突变的新方法
5月31日，中国科学院北京生命科学研究院研究员孙中生团队与北京大学肿瘤医院合作，在Briefings in Bioinformatics上，发表了题为A new approach to decode DNA methylome and genomic variants simultaneousl