亚硫酸氢盐修饰后测序法甲基化检测
第一部分 基因组DNA的提取这一步没有悬念，完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。DNA比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应该是完整的。此步重点在于DNA的纯度，即减少或避免RNA、蛋白的污染很重要。因此在提取过程中需使用蛋白酶K及RNA酶以去除两者。使用两者的细节：1、蛋白酶K可以使用灭菌双蒸水配制成20mg/ml；2、RNA酶必须要配制成不含DNA酶的RNA酶，即在购买市售RNA酶后进行再处理，配制成10mg/ml。否则可能的后果是不仅没有RNA，连 DNA也被消化了。两者均于-20℃保存。验证提取DNA的纯度的方法有二：1、紫外分光光度计计算OD比值；2、1%-1.5%的琼脂糖凝胶电泳。第二种方法优于第一种方法，这种方法完全可以明确所提基因组DNA的纯度，并根据Marker的上样量估计其浓度，以用于下一步的修饰。第二部分 亚硫酸氢钠修饰基因组DNA如......阅读全文
磁珠法DNA甲基化方案—高效特异的DNA亚硫酸盐转化与纯化
DNA甲基化是基因组DNA的一种主要表观遗传修饰形式。近年来，大量研究表明DNA甲基化修饰对于维持正常细胞功能、传递基因组遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生，起着至关重要的作用，由此甲基化研究成为表观遗传学，乃至生命科学研究的热点领域。那么如何检测单个基因或者全基因组的甲基化水平或者甲基化位点呢？当
焦磷酸测序（Pyrosequencing）实验技术及方法
先进的基于焦磷酸测序（Pyrosequencing）的PSQ96 MA技术平台，能提供基于序列测定的SNP检测、等位基因频率分析和甲基化检测服务。另外，还提供短片段的测序服务（50-100 bp），适用于细菌和病毒分型等研究领域。基于Pyrosequencing的SNP分析具有快速、高通量的特点，完
焦磷酸测序（Pyrosequencing）实验方法及技术
先进的基于焦磷酸测序（Pyrosequencing）的PSQ96 MA技术平台，能提供基于序列测定的SNP检测、等位基因频率分析和甲基化检测服务。另外，还提供短片段的测序服务（50-100 bp），适用于细菌和病毒分型等研究领域。 基于Pyrosequencing的SNP分析具有快速、高通量的特点，
肿瘤检测新指标血浆DNA
目前，人们对血浆中游离DNA作为诊断标准越来越感兴趣。尤其是，在肿瘤患者中的血浆中已经检测到了肿瘤相关DNA，在孕妇的血浆中发现了胚胎衍生的DNA。对血浆中这些DNA的发现在肿瘤检测以及非侵染性产前检查中具有重要意义。 香港中文大学李嘉诚健康研究所的K. C. Allen Chan使用
数字PCR在甲基化含量鉴定的应用
作为表观遗传学研究中重要的一个研究方向——甲基化程度分析，现阶段有不同的方法或技术来进行研究：如传统的亚硫酸氢盐处理后的克隆测序法、抗体检测法、定量PCR检测法等受限于方法学的问题，不能获得甲基化程度的精确定量，而数字PCR系统通过对样品的微液滴处理及目标分子的绝对拷贝数定量，为甲基化程度的精确定量
DNA测序——MaxamGilbert化学修饰法
实验方法原理用化学试剂 处理具有末端放射性标记的DNA片段 ，造成碱基的特异性切割并产生一组具有不同长度的DNA链降解产物，经凝胶电泳分离和放射自显影后，可直接读出待测DNA片段的核苷酸序列。实验材料DNA试剂、试剂盒蒸馏水仪器、耗材电泳仪实验步骤一、取待测DNA片段，既可以是单链也可以是双链。 此
五花八门的DNA甲基化检测（下）
近年来涌现出不少DNA甲基化的检测技术，少说也有十几种。大致可以分为两类：特异位点的甲基化检测和全基因组的甲基化分析，后者也称为甲基化图谱分析(methylation profiling)。下面生物通给大家介绍一些常用的方法。 全基因组的甲基化分析 基于芯片的甲基化图谱分析
Nature子刊：改进几十年前的新方法－破译DNA表观遗传密码
生物通报道：宾州大学Perelman医学院的研究人员研发出了一种新方法，可以对附着在DNA表面的化学基团进行测序，从而为更好地检测血液中的癌症和其他疾病铺平道路。这些化学基团能标记基因组中四个DNA“字母”中的一个，在表达或沉默的基因中存在差异。 这一研究成果公布在Nature Biotech
测序技术再现新进展，已开发基于单分子测序平台的单细胞多组学测序技术
单细胞多组学测序技术是指对一个单细胞同时检测多个组学层面（例如基因组、表观基因组和转录组）的测序技术。这类技术可以更系统、全面地探索细胞异质性以及同一个细胞内的不同组学层面之间的互动关系，有利于更深入地解析复杂的生理、病理过程中细胞类型特异性的分子调控机制1, 2。2019年，Nature Me
甲基化的基因组直接测序法
基因组直接测序法是过去一直沿用的DNA甲基化的研究方法，用Maxam—Gilbert化学裂解法对基因组DNA进行处理，并以连接介导的PCR来放大信号强度，然后进行序列分析。此法是基于5mC在标准的Maxam—Gilbert胞嘧啶化学裂解反应中不被裂解，故5mC可通过在测序胶上缺少对应于胞嘧啶降解
翻译后修饰
中文名翻译后修饰外文名Post-translational modification定义翻译后修饰是指蛋白质在翻译后的化学修饰。对于大部分的蛋白质来说，这是蛋白质生物合成的较后步骤。
北京大学Nature发布重要甲基化景观图
来自北京大学、教育部辅助生殖重点实验室、哈佛大学等机构的研究人员，绘制出了人类早期胚胎全基因组水平的DNA甲基化景观图谱，提出了有别于以往小鼠研究结果的一些新见解。这些研究结果发表在7月23日的《自然》（Nature）杂志上。 北京大学第三医院的乔杰(Jie Qiao)教授以及汤富酬(Fuch
在基因组范围定位DNA甲基化
DNA甲基化在哺乳动物基因表达中扮演了重要角色。尽管通过线粒体遗传且随时间稳定，但是细胞分化、疾病或环境影响都会改变DNA甲基化的模式。近年来，科学家们开发出多种新方法，试图在基因组范围定位DNA甲基化。 尽管从理论上来说，全基因组亚硫酸氢盐测序能让研究人员全面观察甲基化组，但它还是面临技
关于亚硫酸氢盐测序的基本介绍
亚硫酸氢盐测序（bisulfite sequencing）是2018年公布的生物物理学名词，出自《生物物理学名词》第二版。 检测细胞或组织中全部染色体DNA上甲基化情况的技术。基于亚硫酸氢盐能使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，行PCR扩增所需片段，则尿
新方法可无损破译基因表观遗传密码
美国宾夕法尼亚大学研究人员开发出一种破译DNA表观遗传密码的新方法，利用DNA脱氨酶进行基因测序。他们8日在《自然·生物技术》杂志上发表论文称，新测序方法克服了沿用数十年的亚硫酸氢盐测序法的局限，将有助于更深入理解肿瘤生成等复杂生物过程。 表观遗传指的是在基因核苷酸序列不发生改变的情况下，基因
35岁助理教授追逐表观遗传学的奥秘
当黄云（Yun “Nancy” Huang，音译）还是一名大学生时，她一直希望成为一名医生，但在浙江大学医学院获得学士学位后，她的想法改变了，“我意识到，要治愈疾病，我还需要了解更多疾病的基础生物学知识。” 2005年，黄云来到了美国，在乔治亚州立大学的Jenny Yang实验室开始攻读生物化
快速可靠的甲基化分析，无需亚硫酸氢盐转化
在甲基化分析中，亚硫酸氢盐转化通常是必经之路。它将未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，之后再结合PCR、测序等技术分析甲基化状态。听上去似乎很简单，但要想获得漂亮的结果，却并非那么容易。转化效率如何?回收率如何?这都是需要考量和优化的因素。 最近，QIAGEN
甲基化的高分辨率熔解曲线法
在非CpG岛位置设计一对针对亚硫酸氢盐修饰后的DNA双链的引物，这对引物中间的片段包含感兴趣的CpG岛。若这些CpG岛发生了甲基化，用亚硫酸氢盐处理后，未甲基化的胞嘧啶经PCR扩增后转变成胸腺嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变，样品中的GC含量发生改变，从而导致熔解温度的变化。
高分辨率熔解曲线法检测甲基化的相关介绍
在非CpG岛位置设计一对针对亚硫酸氢盐修饰后的DNA双链的引物，这对引物中间的片段包含感兴趣的CpG岛。若这些CpG岛发生了甲基化，用亚硫酸氢盐处理后，未甲基化的胞嘧啶经PCR扩增后转变成胸腺嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变，样品中的GC含量发生改变，从而导致熔解温度的变化。
高分辨率熔解曲线法检测DNA的甲基化
在非CpG岛位置设计一对针对亚硫酸氢盐修饰后的DNA双链的引物，这对引物中间的片段包含感兴趣的CpG岛。若这些CpG岛发生了甲基化，用亚硫酸氢盐处理后，未甲基化的胞嘧啶经PCR扩增后转变成胸腺嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变，样品中的GC含量发生改变，从而导致熔解温度的变化。
维生素C缺乏导致肾损伤的遗传调控机制被破译
科技日报讯 （记者陆成宽）记者近日获悉，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）研究人员的最新研究揭示了维生素C缺乏小鼠肾损伤的表观遗传调控机制，提供了维生素C缺乏导致急性肾小管坏死和细胞类型特异性DNA/RNA表观遗传修饰的证据，阐明了维生素C缺乏肾脏的细胞和分子表型特征。相关研究成果在线发
关于基因表观修饰的方式—甲基化检测的介绍
DNA甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一，真核生物中的甲基化仅发生于胞嘧啶，即在DNA甲基化转移酶（DNMTs）的作用下使CpG二核苷酸5’-端的胞嘧啶转变为5’-甲基胞嘧啶。DNA甲基化通常抑制基因表达，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。这种DNA修饰方式在不改变基因序列前提下实现对基
RNA甲基化测序
1、NSUN2影响m5C在HEK293细胞中整体分布情况NSUN2被报道是RNA甲基转移酶，能使tRNAs和mRNA发生m5C甲基化修饰。为了探究NSUN2对HEK293细胞mRNA m5C甲基化修饰的影响。作者利用CRISP/Cas9技术敲减NSUN2（NSUN2-/-HEK293细胞）后进行
最新DNA甲基化测序技术比较研究
在不同疾病中，DNA甲基化具有不同的模式。DNA甲基化的具体模式通常与诸如疾病亚型、疾病预后以及药物反应等临床信息具有一一对应的联系。在多种癌症的治疗过程中，DNA甲基化生物标志物可以帮助临床医生选择恰当的治疗方式。 对于拥有成千上万个样本的大量病人来说，全基因组映射与DNA甲基化分析是非常合
焦磷酸测序定量遗传分析系统的主要功能
1、PyroMark 序列分析仪：利用亚硫酸氢盐法和焦磷酸测序——其原理是根据所有未甲基化的C经亚硫酸氢盐处理和PCR之后全部转化成T，然后通过焦磷酸测序，对比处理和未处理的PCR产物来确定DNA的甲基化情况。PyroMark Q24在甲基化试验中能精确定量单个CpG位点，能够在混合的细胞群体中
云序生物最新m6A“RNA甲基化”研究汇总—病毒篇
RNA甲基化领域是当前最耀眼的国际科研明星，也是国自然申请的大热点；究其原因，是因为最近一两年，RNA甲基化的功能与分子机制方面取得了巨大的进展。RNA甲基化已被证实在癌症发生发展，病毒感染，神经发育，干细胞分化等过程中发挥着关键作用。今天，我们承接上一期的癌症篇，为您带来病毒领域的RNA甲基化
m6A“RNA甲基化”研究汇总—病毒篇
RNA甲基化领域是当前最耀眼的国际科研明星，也是国自然申请的大热点；究其原因，是因为最近一两年，RNA甲基化的功能与分子机制方面取得了巨大的进展。RNA甲基化已被证实在癌症发生发展，病毒感染，神经发育，干细胞分化等过程中发挥着关键作用。今天，我们承接上一期的癌症篇，为您带来病毒领域的RNA甲基化研究
云序生物最新“RNA－甲基化”研究汇总拟南芥篇
关于RNA甲基化修饰的研究成果在Nature，Science，Cell等高分期刊上频频亮相，并一次次刷新人们对生命科学的认知。拟南芥作为植物界中研究RNA甲基化修饰的先行者，许多学者将它作为研究对象，并与最新m6A、m5C RNA甲基化测序技术结合，证实到RNA甲基化广泛存在于拟南芥各个发育期，
甲基化测序要躲哪些坑？甲基化检测的局限性剖析
表观组学研究滞后于基因组学是可以理解的。一方面，在分析碱基修饰或染色体活性之前，我们需要知道基因组的确切序列，即得到基因组的参考序列，在这个基础之上基因组的表观调控研究才能得以进行；另一方面，造成表观组学研究发展相对缓慢的一个重要原因，是目前支撑表观组学研究的技术手段都或多或少存在一定的局限性，限制
简述DNA甲基化分析仪的主要功能
DNA甲基化分析仪的主要功能：高度适用于表观遗传学研究的检测工具 焦磷酸测序技术配合QIAGEN表观遗传学产品线，提供高度可靠的序列数据，能够准确、灵敏的定量分析甲基化水平。甚至能够检测新的突变，以及低水平的DNA异常甲基化。PyroMark Q24包括了一个完整软件包，用于分析CpG位点甲基化