亚硫酸氢盐修饰后测序法甲基化检测
第一部分 基因组DNA的提取这一步没有悬念，完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。DNA比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应该是完整的。此步重点在于DNA的纯度，即减少或避免RNA、蛋白的污染很重要。因此在提取过程中需使用蛋白酶K及RNA酶以去除两者。使用两者的细节：1、蛋白酶K可以使用灭菌双蒸水配制成20mg/ml；2、RNA酶必须要配制成不含DNA酶的RNA酶，即在购买市售RNA酶后进行再处理，配制成10mg/ml。否则可能的后果是不仅没有RNA，连 DNA也被消化了。两者均于-20℃保存。验证提取DNA的纯度的方法有二：1、紫外分光光度计计算OD比值；2、1%-1.5%的琼脂糖凝胶电泳。第二种方法优于第一种方法，这种方法完全可以明确所提基因组DNA的纯度，并根据Marker的上样量估计其浓度，以用于下一步的修饰。第二部分 亚硫酸氢钠修饰基因组DNA如......阅读全文
亚硫酸氢盐修饰后测序法检测甲基化
实验材料 DNA试剂、试剂盒 NaOH苯二酚（氢醌）亚硫酸氢钠石蜡油仪器、耗材 离心管恒温水浴锅铝箔纸实验步骤 1.将约2ugDNA于1.5mlEP管中使用DDW稀释至50ul； 2.加5.5ul新鲜配制的3M NaOH； 3. 42℃水浴30min； 水浴期间配制： 4.10mM对苯二酚（氢醌）
亚硫酸氢盐修饰后测序法检测甲基化
实验方法原理重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，用PCR扩增（引物设计时尽量避免有CpG，以免受甲基化因素的影响）所需片段，则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。最后对PCR产物进行测序，并且与未经处理的序列比较，判断是否CpG位点的甲基化状态。实验材料DNA
亚硫酸氢盐修饰后测序法检测甲基化
DNA甲基化 实验方法原理 重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，用PCR扩增（引物设计时尽量避免有CpG，以
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）
甲基化是目前的研究热点，就我所做的一点工作并其中一点心得，与大家分享。希望能够对大家有所帮助。 第一部分 基因组DNA的提取。 这一步没有悬念，完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。DNA比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应
亚硫酸氢盐修饰后测序法检测甲基化——DNA甲基化
亚硫酸氢盐修饰后测序法主要可用来检测甲基化。基化实验方法原理重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，用PCR扩增（引物设计时尽量避免有CpG，以免受甲基化因素的影响）所需片段，则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。最后对PCR产物进行测序，并且与未经处理的序列比较
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）2
此步细节：1：在使用注射器时，一定要用力均匀且轻，如使用暴力，会将小柱内的薄膜挤破，失去作用。2：乙酸铵、糖原不需新鲜配制，糖原配好后放在-20度保存，乙酸铵室温即可，因为这样浓度的乙酸铵非常难溶，一旦放在4度，取出用时也会有很多溶质析出。3：异丙醇、70%乙醇都不需要新鲜配制，但如果用量大，现场配
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）1
第一部分 基因组DNA的提取。这一步没有悬念，完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。DNA比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应该是完整的。此步重点在于DNA的纯度，即减少或避免RNA、蛋白的污染很重要。因此在提取过程中需使用蛋
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）（2）
第三部分 修饰后DNA纯化回收EP管如无特别说明均为高压蒸汽灭菌的。1. 将移液器枪头伸入石蜡油层下，先轻轻加压使其中一小段石蜡油排出，然后吸取混合液至一洁净1.5mlEP管中。2：以下使用Promega Wizard Cleanup DNA纯化回收系统（Promega，A7280）1）70℃水浴预
亚硫酸氢盐修饰后测序法甲基化检测
第一部分 基因组DNA的提取这一步没有悬念，完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。DNA比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应该是完整的。此步重点在于DNA的纯度，即减少或避免RNA、蛋白的污染很重要。因此在提取过程中需使用蛋白
亚硫酸氢盐测序法检测甲基化的介绍
用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。随后设计BSP引物进行PCR，在扩增过程中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶，最后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否发生甲基化称为BSP-直接测序方法。将PCR产物克隆至载体后进行测序，可以提高测序成功率，
亚硫酸氢盐测序法检测DNA的甲基化
亚硫酸氢盐测序法（Bisulfite sequencing PCR，BSP）用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。随后设计BSP引物进行PCR，在扩增过程中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶，最后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否发生甲基化称为BS
关于甲基化的亚硫酸氢盐测序法介绍
用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。随后设计BSP引物进行PCR，在扩增过程中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶，最后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否发生甲基化称为BSP-直接测序方法。将PCR产物克隆至载体后进行测序，可以提高测序成功率，
甲基化的检测方法
(1) 甲基化特异性的PCR（Methylation-specific PCR，MSP）用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变；随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到
甲基化检测方法介绍
(1) 甲基化特异性的PCR（Methylation-specific PCR，MSP）用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变；随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到
关于甲基化检测的检测程序介绍
1．甲基化特异性的PCR（Methylation-specific PCR，MSP） 用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变；随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能
关于基因表观修饰的方式—甲基化检测的程序介绍
1．甲基化特异性的PCR（Methylation-specific PCR，MSP） 用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变；随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能
DNA甲基化检测的序曲——亚硫酸氢盐转化
检测DNA甲基化的方法有很多种，在众多方法中，研究人员常常会使用到一项技术，那就是亚硫酸氢盐转化。DNA的亚硫酸氢盐处理将未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变。随后用测序、定量PCR和芯片等分析来比较处理和未处理DNA的序列，就能确定哪些碱基是甲基化的。尽管在理论上很简单，但亚硫酸
化学修饰法测序原理
化学试剂处理末段DNA片段，造成碱基的特异性切割，产生一组具有各种不同长度的DNA链的反应混合物，经凝胶电泳分离。化学切割反应：包括碱基的修饰，修饰的碱基从其糖环上转移出去在失去碱基的糖环处DNA断裂。
DNA甲基化检测技术全攻略
近年来涌现出不少 DNA 甲基化的检测技术，少说也有十几种。大致可以分为两类：特异位点的甲基化检测和全基因组的甲基化分析，后者也称为甲基化图谱分析 (methylation profiling)。下面大家介绍一些常用的方法。 特异位点的甲基化检测 甲基化特异性 PCR (MS-PCR)
DNA甲基化检测技术全攻略
近年来涌现出不少DNA甲基化的检测技术，少说也有十几种。大致可以分为两类：特异位点的甲基化检测和全基因组的甲基化分析，后者也称为甲基化图谱分析(methylation profiling)。下面大家介绍一些常用的方法。一、特异位点的甲基化检测1. 甲基化特异性PCR(MS-PCR)这种方法经济实用，
DNA甲基化检测技术全攻略
近年来涌现出不少DNA甲基化的检测技术，少说也有十几种。大致可以分为两类：特异位点的甲基化检测和全基因组的甲基化分析，后者也称为甲基化图谱分析(methylation profiling)。下面大家介绍一些常用的方法。一、特异位点的甲基化检测1. 甲基化特异性PCR(MS-PCR)这种方法经济实用，
DNA甲基化与癌症之NGS检测篇
摘要 DNA甲基化是哺乳动物中研究最为深入的表观遗传修饰之一。正常细胞中，DNA 甲基化有效的调控基因表达水平。某些抑癌基因的失活是由于启动子区域的高甲基化，大量实验研究表明，在多种类型癌症中，DNA甲基化导致了大范围的基因沉默。除了启动子区域和DNA重复序列中的甲基化水平改变外，甲基化还与非
五花八门的DNA甲基化检测（上）
近年来涌现出不少DNA甲基化的检测技术，少说也有十几种。大致可以分为两类：特异位点的甲基化检测和全基因组的甲基化分析，后者也称为甲基化图谱分析(methylation profiling)。下面生物通给大家介绍一些常用的方法。 特异位点的甲基化检测 甲基化特异性PCR(MS-PC
甲基化测序能否突破肿瘤难关？WGBS、杂交捕获了解一下？
DNA甲基化是哺乳动物中研究最为深入的表观遗传修饰之一。正常细胞中，DNA 甲基化有效的调控基因表达水平。某些抑癌基因的失活是由于启动子区域的高甲基化，大量实验研究表明，在多种类型癌症中，DNA甲基化导致了大范围的基因沉默。除了启动子区域和DNA重复序列中的甲基化水平改变外，甲基化还与非编码RN
基因组直接测序法检测甲基化的介绍
基因组直接测序法是过去一直沿用的DNA甲基化的研究方法，用Maxam—Gilbert化学裂解法对基因组DNA进行处理，并以连接介导的PCR来放大信号强度，然后进行序列分析。此法是基于5mC在标准的Maxam—Gilbert胞嘧啶化学裂解反应中不被裂解，故5mC可通过在测序胶上缺少对应于胞嘧啶降解
基因组直接测序法检测DNA的甲基化
基因组直接测序法是过去一直沿用的DNA甲基化的研究方法，用Maxam—Gilbert化学裂解法对基因组DNA进行处理，并以连接介导的PCR来放大信号强度，然后进行序列分析。此法是基于5mC在标准的Maxam—Gilbert胞嘧啶化学裂解反应中不被裂解，故5mC可通过在测序胶上缺少对应于胞嘧啶降解反应
检测癌症相关DNA修饰新测序方法
牛津Ludwig癌症研究所助理成员Chunxiao Song和Benjamin Schuster-Boeckler领导的这项研究表明，他们开发的新方法，TET辅助吡啶硼烷测序（TET-assisted pyridine borane sequencing，TAPS）是一种比亚硫酸氢盐测序（bis
焦磷酸测序在甲基化分析中的应用
DNA甲基化是近年来研究的热点，因为越来越多的证据表明，它参与了胚胎发育、基因印迹等过程。同时，它在疾病发展中也起着举足轻重的作用。甲基化状态的改变被认为是引起癌症的一个重要因素，这种变化包括基因组整体甲基化水平的降低和CpG岛局部甲基化水平的异常升高，从而导致基因组的不稳定(如染色体的不稳定、
Nature－Methods发表论文报道5醛基胞嘧啶测序新技术
2015年9月7日，北京大学生命科学学院伊成器研究组在《Nature Methods》杂志在线发表题为“Bisulfite-free, base-resolution analysis of 5-formylcytosine at the genome scale”的研究论文（DOI: 10.1
磁珠法DNA甲基化方案—高效特异的DNA亚硫酸盐转化与纯化
DNA甲基化是基因组DNA的一种主要表观遗传修饰形式。近年来，大量研究表明DNA甲基化修饰对于维持正常细胞功能、传递基因组遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生，起着至关重要的作用，由此甲基化研究成为表观遗传学，乃至生命科学研究的热点领域。那么如何检测单个基因或者全基因组的甲基化水平或者甲基化位点呢？当