Nature首次解密肚子里的基因组密码
我们身体里含有大量的微生物基因组，数量比我们本身的基因组多得多，一项最新研究表明，我们肚子肠道里的微生物基因组，就如同人类DNA个体之间存在差异一样，也是大不相同。 这项研究是第一个分类记录肠道微生物遗传变异的研究成果，肠道是我们人类摄取营养成分，合成维生素，防止感染，以及生产天然降低炎症反应的化合物所在。科学家们进行了广泛的遗传多样性分析，从中发现了一些重要信息，能有助于了解这些微生物基因如何与人类基因合作，保持我们的健康的，或者在某些情况下，如何会导致疾病的。 这项研究由华盛顿大学圣路易斯医学院，以及德国欧洲分子生物学实验室的研究人员共同完成，研究成果公布在Nature杂志上。 文章的通讯作者是华盛顿大学基因组研究所副主任George Weinstock博士，他说，“令人惊讶的是，我们每个人的肠道微生物DNA都不同。这种DNA集合具有个体差异性，这种情况与我们人类的基因组十分相似。因此个人对各种药物......阅读全文
研究人员构建人类阴道微生物基因组库
6月21日，深圳市宝安中医院（集团）副院长黄链莎、转化医学中心助理研究员孙文与大连医科大学副教授鄢秋龙等课题组的最新合作成果发表于《自然—微生物学》。人类女性阴道是一个包括细菌、真菌和病毒在内的复杂微生态系统，各微生物之间是相互制约、相互作用、相互依赖、对立统一的关系，其间的平衡关乎女性生殖健康及胎
华大基因完成肠道微生物基因组关联分析
从物种、功能及生态群落上展示肠道微生物与结直肠腺瘤及结直肠癌的关联特征，这是深圳华大基因研究院、奥地利因斯布鲁克医科大学、奥本多夫医院、丹麦哥本哈根大学、华南理工大学等多家单位最新的联合取得的科研进展。3月11日，国际学术期刊《自然通讯》杂志发表了这项研究成果。该研究对结直肠腺瘤、结直肠癌的早期
迄今最久微生物基因组草图出炉
英国《自然》杂志日前在线发表的一项演化学研究报告，近乎完整地构建出了一种口腔细菌的基因组，这个有48000年历史的微生物的基因组，是迄今为止历史最悠久的微生物基因组草图，研究同时揭示了尼安德特人的饮食结构。 尼安德特人的DNA序列和现代人类的DNA序列非常相似。他们是现代欧洲人祖先的近亲，从1
华大基因参与全球最大微生物基因组研究项目
华大基因3月22日宣布将参与全球最大微生物基因组研究项目EarthMicrobiomeProject(简称“EMP”)，将负责EMP亚洲地区所有样本的收集和鉴定，并对整个项目提供DNA提取、扩增、建库、宏基因组测序，以及研发生物信息学分析流程所需的计算资源。 EMP将对来自全球的20万个样本进
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
全球微生物模式基因组测序计划获进展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）关于全球模式微生物基因组数据库gcType的论文。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。 模式菌株（t
研究人员绘出苹果基因组草图
一个国际科研小组8月29日在英国《自然—遗传学》（Nature Genetics）杂志上报告说，他们绘出了苹果的基因组草图，这将有助于从基因水平上分析苹果性状，培育更多苹果新品种。 意大利、美国、新西兰等国研究人员报告说，他们绘出的是广受人们喜爱的“金冠苹果”的基因组草图。结果
微生物所等发表植物基因组编辑研究综述
序列特异性核酸酶使得基因组编辑成为可能，快速推动了基础和应用生物学的发展。CRISPR-Cas9系统自出现以来，作为可转化植物的基因组编辑工具已得到广泛应用。CRISPR-Cas9对基因组靶位点进行定向切割，造成DNA双链断裂。DNA双链断裂主要通过两种高度保守的机制进行修复，即非同源末端连接(
宏基因组学：查明微生物身份新手段
背景 《美国医学会杂志》(JAMA)近期刊发了一篇题为《利用不需培养的宏基因组学测序技术研究产志贺毒素大肠杆菌O104∶H4暴发株》的研究论文，引起了学界和社会的广泛关注。这篇论文中应用了一种称为“宏基因组学”的技术方法，不通过培养，直接从病人样品中检测分析其携带的病原微生物，甚至可以
微生物宏基因组测序可以解释地球氮循环？
微生物（细菌和古细等）是全球生物地球化学循环的重要驱动者。阐明微生物生物地理分布及其驱动过程对于预测环境变化将如何影响生物地球化学循环非常重要。以往微生物生物地理学的研究常常聚焦在物种的层面。然而，越来越多的研究表明，由于微生物群落固有的功能冗余性，微生物群落的功能变化通常与其物种组成变化是解耦
口腔、肠道微生物菌群元基因组关联分析
2015年7月28日，北京协和医院和华大基因等机构的研究人员共同合作完成了类风湿关节炎（RA）口腔和肠道微生物元基因组研究。本项研究揭示口腔和肠道微生物菌群异常是RA病理生理和疾控的重要环节，并且为元基因组学辅助的RA个性化诊疗方案提供基础。研究成果于今日发表在《自然医学》杂志。 RA是一种致
“万种微生物基因组计划”在深圳启动
由深圳华大基因研究院联合中国微生物领域顶尖研究机构、院校和企业组成的“万种微生物基因计划”，八月一日在深圳启动。 据悉，该计划是深圳华大基因研究院在“国际千人基因组计划”后启动的又一重大基因组计划，目前该计划的地位为亚洲第一、世界第三。 该计划预计在三年内完成一万种微生物物种全基因组
青藏高原水生微生物基因组和基因目录初步建立
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517774.shtm 中国科研人员搜集来自青藏高原湿地、淡水湖、盐水湖、河流、温泉和冰川等六种水生生态系统的498个水体环境DNA样本，并进行宏基因组测序，初步建立了青藏高原水生微生物基因组和基因目录
全球研究人员致力于创造首个合成真核生物基因组
10年前，当遗传学家Ronald Davis首次提出，他的同事正在尝试创造人工酵母染色体，并将其放入活细胞时，Jef Boeke并没有太多想法。Davis就职于美国加州斯坦福大学医学院，是一个有远见的人。他提出，实验室酵母是当时合成生物学领域的下一个发展方向。不过，Boeke并不理
Cell重磅发布15万人体微生物基因组！－揭示微生物新物种
微生物宏基因组是当今世界最热门的科研领域之一。越来越多的研究表明，人体微生物发挥着重要的健康作用，但大部分多样性仍未得到充分探索，尤其是在除肠道以外的身体部位及非西方人群。 在今日发表在Cell期刊的一项研究中，由意大利特伦托大学Nicola Segata领导的研究团队利用来自不同地理位置、生
癌症研究人员联手汇集肿瘤基因组数据
研究人员希望，数据分享将为利用诸如这些脑部腺癌细胞等肿瘤的基因组信息带来更好的方法。 这是为大型癌症研究中心的很多病人提供的最新希望：“让我们测序你的肿瘤，或许我们能将其同击败这种恶性疾病的药物匹配。”不过，现实是基因组分析仍然仅为癌症病人提供了一小部分帮助。“我们多半时候不知道如何处理这些
动物、植物、微生物中提取高质量的基因组DNA
概 述 基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用基因组DNA较长的特性,可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中, 可用玻棒将其取出，而小分子DNA则
动物、植物、微生物中提取高质量的基因组DNA
基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用基因组DNA较长的特性,可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中, 可用玻棒将其取出，而小分子DNA则只形成颗粒状沉淀
我国科学家参与全球最大微生物基因组研究项目
近日，深圳华大基因研究院宣布，我国科学家将参与全球最大微生物基因组研究项目，对来自全球的20万个样本进行环境DNA测序或宏基因组测序，从而建立一个全球性的基因图谱，并承担核心工作。该项目旨在全方位、系统性研究全球范围内微生物群落功能及进化多样性，以便更好地造福社会及人类。 与以往的微
中美携手合作“十万食源性病原微生物基因组计划”
5月28日，北京诺赛基因组研究中心（国家人类基因组北方研究中心）、北京师范大学、中国科学院微生物研究所与美国加州大学戴维斯分校在北京师范大学就“十万食源性病原微生物基因组计划”达成合作协议。据悉，中美双方将共同参与十万食源性病原微生物基因组计划的研发，建立重要的食源性致病微生物基因序列综合数据库
研究人员破译香蕉“美食蕉”品种香蕉基因组
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/11/512730.shtm广东省农业科学院研究员易干军领衔的香蕉遗传改良团队与广西大学教授陈玲玲团队合作，破译了香蕉“美食蕉”品种香蕉基因组，首次在国际上组装染色体级别的异源三倍体香蕉栽培种（AAB）参考基因
研究人员成功构建首个圭亚那柱花草基因组
在国家自然科学基金等项目的资助下，华南农业大学副教授陈曙团队成功完成首个圭亚那柱花草染色体水平基因组组装，从基因组、转录组及表观遗传组多维度解析其抗逆分子机制，为热带牧草分子育种与抗逆研究提供关键理论支撑与基因资源。相关成果近日发表于《植物杂志》（The Plant Journal）。圭亚那柱花草比
真核生物基因组4
（2） 苯丙酮尿症 苯丙酮尿症（PKU）的病因是患者肝细胞缺乏苯丙氨酸羟化酶，使体内的苯丙氨酸不能正常代谢为酪氨酸，导致血清中苯丙酮酸浓度升高。现已知苯丙氨酸羟化酶基因定位于12q24.1，此基因全长约90kb，含13个外显子，在中国人中已发现10余种点突变，这是造成酶活性缺乏的原因。 2．
真核生物基因组3
第二节 基因组结构与疾病一、人类染色体的结构与疾病（一） 人体染色体数目、结构和形态人类体细胞中有46条染色体，其中44条（22对）为常染色体，另两条为性染色体（女性为XX，男性为XY）。生殖细胞中卵细胞和精子各有23条染色体，卵细胞为22＋X，精子为22＋X或22＋Y。为便于鉴别人类的每一条染色体
真核生物基因组2
（二） 中度重复序列中度重复序列是指在真核基因组中重复数十至数万次（
真核生物基因组1
真核生物的基因组比较庞大，并且不同生物种间差异很大，例如人的单倍体基因组由3.16×109 bp组成。在人细胞的整个基因组中实际上只有很少一部份（约占2%~3％）的DNA序列用以编码蛋白质。 第一节 真核生物基因组特点 真核生物体细胞内的基因组分细胞核基因组与细胞质基因组，细胞核基因
动物、植物、微生物中提取高质量的基因组DNA（二）
5. 仔细移取上清液至另一50ml离心管,加入1倍体积异丙醇,混匀,室温下放置片刻即出现絮状DNA沉淀。 6. 在1.5ml eppendorf中加入1ml TE。用钩状玻璃棒捞出DNA絮团,在干净吸水纸上吸干,转入含TE的离心管中,DNA很快溶解于TE。 7. 如DNA不形成絮状沉淀,则可用500
微生物所在古菌基因组复制起始领域取得新进展
基因组复制是生命得以存在和延续的最重要和最基本的遗传过程。与细菌染色体通常只有一个复制起点不同，真核生物和许多古菌的染色体均具有多个复制起始位点。这些复制起始元件可能具有不同的活性以适应体内外环境的变化，如在真核生物中普遍存在休眠状态的复制起始位点，如何解析这些休眠复制起点的激活机制及