癌症研究人员联手汇集肿瘤基因组数据
研究人员希望，数据分享将为利用诸如这些脑部腺癌细胞等肿瘤的基因组信息带来更好的方法。 这是为大型癌症研究中心的很多病人提供的最新希望：“让我们测序你的肿瘤，或许我们能将其同击败这种恶性疾病的药物匹配。”不过，现实是基因组分析仍然仅为癌症病人提供了一小部分帮助。“我们多半时候不知道如何处理这些信息。”美国纽约斯隆·凯特林癌症中心（MSKCC）研究人员Charles Sawyers表示。 如今，美国和欧洲的一些大型医学科学研究中心正期望通过汇集关于患者肿瘤基因组及其临床结果的数据改变这一切。近日，美国癌症研究协会（AACR）在一次于波士顿举办的会议上宣布了此项计划。它的名字叫GENIE，是一个很绕口的首字母缩略词，分别代表着基因组、证据、肿瘤形成、信息和交流。此项计划由帮助研制出抗白血病药物格列卫的Sawyers牵头。格列卫是最成功的基因靶向疗法之一。 Sawyers表示，GENIE源自和其他癌症中心同行的谈话。他们正在......阅读全文
基因组学分析揭示
英国《自然》杂志18日在线公开的一篇基因组学论文显示，来自西伯利亚阿尔泰山脉东部尼安德特人的祖先，和现代人祖先的相遇与交融繁殖可能比原先认为的更早。已有证据显示，尼安德特人在47000年到65000年前在非洲之外就向现代人贡献了遗传物质。这项新研究还显示，大约在10万年前，现代人和尼安德特人之间
基因组分析的代表方法
基因组分析的代表方法 - end -上期回顾“二次元”基因第一回（1）“二次元”基因第一回（2）“二次元”基因第一回（3）“二次元”基因第二回（1）
多国实施全基因组分析计划
由于基因测序可以探查与特定疾病相关的基因，该疗法正在成为日益受欢迎的诊断方法。 英国计划到2017年对10万人进行基因组测序。 美国加州一对龙凤胎出生后，他们的父母非常忧虑：两个婴儿不仅发育缓慢，而且肌肉松软无力。大脑扫描结果显示，男婴或存在大脑性麻痹；然而医生对造成女婴震颤和癫痫的原因却不
编程菜鸟的理想基因组分析平台
近年来基因组测序技术出现了迅猛的发展，测序通量在不断地提高，而测序成本在持续下降。然而，海量测序数据的产生也给数据分析带来了不小的挑战。 对于那些毫无编程背景的生物学研究者来说，衔接多个生物信息学工具是一件相当头疼的事情。加州大学、Broad研究所和斯坦福大学的研究团队日前在Nature Me
群体基因组分析发表Nature子刊
脂肪有着顺滑的口感，香甜的味道和充足的饱腹感，很多动物对脂肪都垂涎三尺，人类也不例外。但是，我们知道摄入脂肪太多会影响心血管健康，所以对冰淇淋和油炸食品等富含脂肪的食物需要浅尝而止。可是，总有些人无论吃多少高脂肪的食物，也不会得心血管疾病。为什么呢？ 研究人员找到了罗伯塔莫斯（Mylopota
基因组足迹分析的方法和应用
中文名称基因组足迹分析英文名称genomic footprinting定 义通过检测DNA在结合有蛋白质可以被保护而免受内切核酸酶降解的区域，对基因组中蛋白质结合位置及其核苷酸序列进行的分析。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级学科）
法国拟建高速基因组测序分析平台
法国总理菲利普17日在巴黎宣布，法国在法兰西岛大区（又称“巴黎大区”）和中部奥弗涅—罗讷—阿尔卑斯大区启动建设两个高速基因组测序分析平台，以推动法国基因组相关研究的发展。 法国政府去年6月提出“法国基因组医学2025”计划，这两个基因组测序分析平台的建设就隶属该计划，预计将于2018年正式开始
宏基因组分析和诊断技术概述
近年来，造成人类感染的病原微生物日益复杂，种类增多，抗菌药物滥用致使细菌耐药，病原微生物已成为全球关注的焦点。感染是急危重症患者死亡的主要原因之一，随着新发病原微生物的出现、耐药病原微生物的增多以及免疫抑制宿主的增加，感染的发病率和死亡率居高不下。据WHO统计，在全球，感染性疾病导至患者死亡占全部死
基因组数据分析的“金标准”
五月十八日，美国安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、赛智生物网络（Sage Bionetworks）、分布式DREAM 团体(Dialog for Reverse Engineering Assessment and Methods)和加州大学圣克鲁兹分校的癌症研究人员，在《Nature M
基因组DNA甲基化分析方法
早期的基因组DNA甲基化分析技术，如SssI甲基转移酶分析法、氯乙醛反应法、免疫学抗体技术等，已经不能满足现代表观遗传学研究的需求。今年来常用的基因组甲基化的方法有以下两种。1. 甲基化敏感扩增多态性实验甲基化敏感扩增多态性实验技术被用于检测双向型真菌的DNA甲基化，它是在扩增片段长度多态性技术的基
基因组所参与的人类全基因组关联分析合作研究获重要进展
与血小板数量相关的GWAS SNP与222 kb 以外的JAK2基因相关联 日前，中科院北京基因组研究所重大疾病基因组与个体化医疗实验室“百人计划”方向东研究员项目组助理研究员渠鸿竹博士等参与开展的国际合作研究“人类疾病全基因组关联分析研究”获得重大进展。相关研究成果Systema
Nature：癌症基因组分析的新浪潮
肺癌与乳腺癌不一样，与胰腺癌也不一样，然而根据发表在《自然遗传学》(Nature Genetics)的两项最新研究表明在分子水平上它们具有许多相同之处。同日，Nature网站对这一研究成果进行了即时新闻报道 这项“泛癌症”研究针对12种不同类型的肿瘤3000多个基因组进行了分析，寻找跨
只需100个细胞的表观基因组分析
近年来，表观遗传学已经成为了干细胞分化、炎症、癌症等多个领域的研究热点，但它在临床上的潜力还未得到充分挖掘。表观基因组分析可以帮助医生根据患者的自身状态调整治疗方案，最终实现个性化医疗。问题在于，表观基因组分析需要的细胞量很大。举例来说，检测全基因组的蛋白-DNA互作和染色质修饰大约需要一千万细
芝麻大规模全基因组关联分析完成
由中国农科院油料所张秀荣研究员领衔的芝麻与特色油料遗传育种创新团队，与中科院国家基因研究中心等单位合作，在国际上率先完成了芝麻高密度单倍型图谱构建、主要农艺性状大规模全基因组关联分析。10月19日，国际知名期刊《自然·通讯》杂志在线发表了上述研究成果。 该研究得到973、国家自然科学基金、中国
基因组分析在现实环境的实际应用
这次我们来说说，基因组分析在具有多样性的现实环境里，是如何投入使用的。
大型研究为癌症基因组分析奠定基础
12月9日，国际癌症基因组协会（ICGC）在著名的《Nature Communications》杂志，发表了一篇令人瞠目的文章，它为即将到来的癌症基因组学研究时代，奠定了基础。该项目，是由Centro Nacional de Analisis Genómico (CNAG-CRG)和German
水稻RGA基因组规模的鉴定与分析
实验概要本实验对粳稻蛋白质数据库进行BLASTP，获得所有粳稻的RGA序列，对RGA进行分类，分别统计了各类RGA在不同染色体上的分布情况，对两个亚种间RGA多态性进行了鉴定和开发。实验步骤1. 水稻RGA的搜索搜集已报道的45个R基因，然后用它们对粳稻蛋白质数据库进行BLASTP (参数取E
基因组分析阐明考拉生存环境
日前，日本京都大学灵长类研究所的研究人员参加的国际研究团队，通过基因组（全遗传信息）分析阐明，在澳大利亚东部生活的有袋类考拉，是从以主食桉树叶所持有的毒素中感觉到的苦味而择食，并仅选择桉树叶为食从而进化的。该研究成果发表在美国《自然—遗传学》杂志电子版。 研究表明，桉树叶含有毒性而味苦，几乎所
全基因组及转录组测序案例分析
案例：应用全基因组测序和 RNA 测序来描绘常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）的基因图谱 背景：常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）是机体免疫应答反应中不能产生抗体的最主要原因。CVIDs 变异度很高，大概 5% 的病人是由基因改变引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq25
人类不同祖先的全基因组关联分析
一项由埃克塞特大学领导的发表在《Nature Genetics》上的研究扩大了人类不同祖先的全基因组关联分析，并最终受益于全球患者护理。到目前为止，近87%的这种类型的基因组研究是在欧洲人身上进行的。 Lundquist研究所翻译基因组学和人口科学研究所研究员和所长，加州大学洛杉矶分校Geff
Nature：最大规模基因组分析研究
一个国际研究小组完成了对所有生命形式有史以来最大规模的基因组分析研究。以前所未有的细节绘制出了真核基因的进化史，提供了有关最早期生命形式进化机制的一些新见解。 这篇发表在《自然》（Nature）杂志上的研究论文，是建立在著名古生物学家Stephen Jay Gould的研究工作基础之上，Gou
最新测序技术能用单个细胞分析基因组
美国物理学家组织网9月18日报道，最近，来自美国加利福尼亚大学圣地亚哥分校、克雷格·文特尔研究院和Illumina公司的科学家对现代基因测序算法进行了改良，只需从一个细菌细胞中提取的DNA（脱氧核糖核酸）就可组装成接近完整的基因组，准确率达到90%，而传统的测序方法至少需要10亿个
Nature－Methods：超快速的基因组分析工具
近年来，测序市场呈现出百花齐放的美好局面。这使得测序的成本不断下降，但同时也带来了数据分析的难题。经济而又高效地处理全基因组测序的数据，相信是每个人的愿望。如今，一个开源的基因组分析平台也许能满足你的愿望。 这个平台被称为SpeedSeq，由华盛顿大学医学院等机构的研究人员开发。它利用低成本的
大大加速基因组分析的新软件
最近，新加坡科技研究局（A*STAR）基因组研究所（GIS）和生物信息学研究所（BII）的科学家带领的一个国际研究小组，开发出了一种可以加快基因组分析的软件——SIFT 4G（SIFT for Genomes）。这项研究结果发表在《Nature Protocols》杂志。 基因组测序可帮助我们
水稻LEA基因组规模的鉴定与分析
实验概要本实验鉴定了OsLEA基因，将基因定位到水稻染色上，进行了序列对比和基因转变分析，LEA基因的表达分析及启动子基序分析。实验材料基因组及蛋白质序列的来源：分别从TIGR (http://www.tigr.org)和BGI (http://rise.genomics.org.cn/rice
PNAS：比较基因组分析揭示熊猫遗传奥秘
中国科学院动物研究所的魏辅文研究员长期从事濒危动物保护生物学研究，是大熊猫和小熊猫保护生态学等领域的权威科学家，2006年有关大熊猫分子生态学的研究成果曾入选了年度美国Discover杂志12大生物科技新闻，去年其研究组还在Science上发文揭示大熊猫维持异常低能量代谢的机制。最新一期的《美国
华人学者开发基因组分析新工具
最近，来自美国西奈山伊坎医学院的科学家，开发和公布了两种新的数据分析软件，可以帮助研究人员以更高的效率和精确度，识别疾病的遗传触发因子。这些新的分析工具分别发表在11月30日的《PLoS Computational Biology》和11月25日的《Scientific Reports》。 M
复杂、大型的基因组分析将更简单
最近，欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）的研究人员开发出一种新的方法，可研究多重基因变异对不同性状的影响。这种新算法发表在最近的《Nature Methods》杂志，能够同时对多达500,000个人和许多特征，进行遗传分析。延伸阅读：大大降低基因组分析时间的新工具。 基因与疾病之间的一对
Nature：癌症基因组分析的新浪潮
肺癌与乳腺癌不一样，与胰腺癌也不一样，然而根据发表在《自然遗传学》(Nature Genetics)的两项最新研究表明在分子水平上它们具有许多相同之处。同日，Nature网站对这一研究成果进行了即时新闻报道 这项“泛癌症”研究针对12种不同类型的肿瘤3000多个基因组进行了分析，寻找跨
版纳园等自主开发出叶绿体全基因组分析比较基因组程序包
高通量测序(High-throughput sequencing)，又称“下一代”测序(Next-generation sequencing)，是近年来在测序技术发展史中具有革命性改变的新突破，能一次并行对几十万到几百万条DNA分子同时测序，因此能对物种的转录组和基因组进行比以往较细致全貌的