成都生物所开发新型生物信息学软件
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/1/472859.shtm 近年来，随着测序技术的快速发展，动物（尤其是非模式动物）全基因组数据（WGS）获取变得简单、便宜，这使得数据库中全基因组数据量呈指数态势增长。全基因组测序数据往往同时包含线粒体序列和核基因序列，通过生物信息学的方法从中提取并组装完整的线粒体基因组，是非常好的技术手段。虽然已有部分学者开发了一些生物信息学软件用以实现此目的，但是，其大都具有自身的局限性，包括需要人工提供参考序列（“种子”）、数据兼容性差、准确率低等难点，未能高效、准确、便捷地完成相关任务。为克服这一难点，提升研究人员的工作效率，近日，中国科学院成都生物研究所（以下简称成都生物所）李家堂课题组开发了一种不依赖“种子&am......阅读全文
成都生物所开发新型生物信息学软件
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/1/472859.shtm 近年来，随着测序技术的快速发展，动物（尤其是非模式动物）全基因组数据（WGS）获取变得简单、便宜，这使得数据库中全基因组数据量呈指数态势增长。全基因组测序数据往往同时包含
成都生物所成功开发用于非目标型筛查的软件平台
食品安全是社会公共安全的重要环节，近年来，食品安全事件中出现的危害物种类逐年增加，从三聚氰胺毒奶粉和苏丹红事件，到各种添加剂的使用、农药残留、瘦肉精滥用、转基因作物的种植与安全、塑化剂和地沟油事件，无论深度和广度，涉及的危害物已不拘泥于食品添加剂和农兽药残留物质。 食品危害物种类繁多，如何
常用生物软件介绍
一、Microarray软件1. Array Designer 4.25 Build 42501，为微阵列批量设计cDNA引物和寡核苷酸引物的工具，适用于Windows和Linux系统。斯坦福编写的软件系列：2. ScanAlyze，Microarray图像分析软件，从单一或双色荧光杂交产生的荧光图
成都生物所发明利用生物质发酵
-光合藕联产氢的方法 3月5日，从中科院成都生物研究所科技处获悉，该所科研人员发明出一种生物质发酵-光合藕联产氢方法，并获国家知识产权局发明ZL授权。 该方法具体为：在同一反应器中，利用红薯、薯蓣等生物质发酵-光合藕联产氢，该过程先后经过生物质热处理、接种发酵细
常用生物软件（windows）全面介绍
常用生物软件（windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cyb
世界生物材料大会在成都举行
有世界生物材料领域“奥运会”之称的第九次世界生物材料大会今天(6月1日)在成都举行，这是该大会创办32年来首度在中国举办。在5天的会期中，来自57个国家和地区的3000多名专家学者将以“新型生物材料及其与再生医学交叉的前沿”为主题，进行广泛深入的交流研讨，推动生物材料的研究和应用。 第九次
成都生物所发现生物启发的烷基转移反应
仿生合成即指在分子水平上模拟生物的功能，将生物的功能原理用于化学合成，借以改善现有的和创造崭新的化学原理和工艺的科学。仿生合成以其反应条件的温和化、无污染、立体专一性强、快速催化、副产物少、产率高、能耗低等突出特点和优势成为绿色化学的重要体现。仿生合成的核心内容是酶的利用和化学模拟。NAD(P)
成都生物所发明出公厕除臭生物制剂
中国科学院成都生物研究所“一种用于公厕除臭的复合生物制剂、制备方法及其应用”获国家知识产权局发明ZL（ZL号：ZL 201210190627.9）。 随着我国经济的快速发展，人口流动日益频繁，尤其是旅游业的快速发展，城市公厕和景区公厕数量不断增多，已成为体现城市和景区管理水平和文明
Agilent扩展生物学分析软件
新增遗传关联和拷贝数变异分析功能 2009年12月22日，北京 —安 捷 伦科技公司(纽约证券交易所：A)发布了其广受欢迎的可用于微阵列数据可视化分析的最新一代桌面软件产品--GeneSpring GX 11，以及其企业版本-- GeneSpring Workgroup 11。 Gene
第十九届中国国际软件合作洽谈会在成都举办
软件被认为是信息技术之魂、网络安全之盾、经济转型之擎、数字社会之基。作为中国软件行业一大盛事，1月12日，在成都世纪城国际会议中心举办的国际软件合作洽谈会（以下简称：软洽会）备受关注。 据悉，大会由成都市人民政府、四川省经济和信息化厅、电子科技大学、中国电子信息产业发展研究院、中国电子信息行业联
成都生物所微生物除臭菌剂获ZL
中科院成都生物研究所开发的一种畜禽粪污微生物除臭菌剂近日获国家知识产权局发明ZL。 目前，针对畜禽粪便恶臭脱除研究可分为化学除臭和生物除臭两大方面，化学除臭应用范围小且易引起二次污染。生物除臭能持久消除恶臭，无二次污染，使用方便，成本低廉，成为恶臭控制的研究热点。成都生物所研究人员针对畜禽
成都“地沟油”将变生物柴油
四川省成都市年内将在龙泉驿开建一个日处理能力300吨的餐厨垃圾处理厂，把餐厨垃圾变成生物柴油、有机肥等产品，预计明年底建成投用。目前该项目的环境影响评价报告书正式获得批复，该处理厂是成都第二座餐厨垃圾处理厂，该市第三座餐厨垃圾处理厂也已开始选址，预计2016年建成。 据环评报告，该项目采用中温
成都生物所发明烯糖制备方法
在有机化合成和药物合成中，乙酰化烯糖、乙酰化二糖烯糖和苯甲酰化烯糖是合成活性天然产物、O-糖苷、C-糖苷、N-糖苷和S-糖苷等化合物的重要原料。但现有制备方法成本高、操作繁琐、产率低。 5月25日，从中科院成都生物研究所科技处获悉，国家知识产权局为该所发明的“乙酰化烯糖、乙酰化二糖烯糖和苯
成都生物所发明粉防己生物碱的制备工艺
粉防己生物碱具有抗心律失常，抗心肌、脑、肾缺血，抗高血压，抗炎，抗肿瘤多药耐药性等多种药理作用，临床上已经制成多种制剂。现有粉防己生物碱的提取方法存在环境污染严重、提取率低、溶剂损耗大、成本高、操作步骤烦琐等缺点。 9月28日，从中国科学院成都生物研究所科技处获悉，该所科研人员发明了一种粉
成都生物所在不饱和酮生物催化研究中取得进展
环氧醇/酮由于其高活性的环氧、羟基、羰基官能团而具有广泛的衍生性，是有机合成中的重要砌块。 中国科学院成都生物研究所吴中柳课题组研究人员将羰基还原酶READH和苯乙烯单加氧酶StyAB共表达于大肠杆菌E. coli BL21-ΔnemA，构成了一个多酶偶联体系：首选a,b不饱和酮经羰基还原酶R
成都生物所研究发现动物也有“面子”问题
非洲爪蟾 雄性之间竞争的目的大多是为了获得资源、领地、配偶，而最终目的则是为了成功交配，以繁殖后代。雄性之间的竞争往往伴随着高能量消耗和被天敌捕食的巨大风险。然而，雄性是否能获得配偶，最终决定权却掌握在雌性手中。因此，可以推测的是：雌性的存在与否以及雌性对雄性的态度有可能影响雄性之
成都生物所酵母耐热基因研究获进展
第二代燃料乙醇具有清洁、原料来源广泛、可再生等诸多优点，有望替代传统化石能源的使用，缓解当前人类社会面临的日趋严重的能源危机及环境污染等问题，成为目前各国研究的热点。木质纤维素原料的高效、低成本酶解是纤维素乙醇能否实现产业化的关键之一。目前广泛使用的同步糖化发酵方式(SSF)，能使糖化和发酵在时
成都生物所发现可用于生物还原与生物吸附的假单胞菌
8月23日，据中国科学院成都生物研究所科技处介绍，该所科研人员分离获得一株假单胞菌，在好氧条件下，既能还原硝酸盐产生氨，也能吸附金属离子，还能够将溶液中金属离子、非金属离子还原为单质，可用于含金属离子废水的处理以及土壤和水体中有害金属离子、非金属离子的去除。该研究成果日前获国家知识产权局发明ZL
成都生物所发现一种厚朴生物碱的用途
7月12日，从中科院成都生物研究所科技处获悉，该所“一种厚朴生物碱的用途”获国家发明ZL授权。 厚朴资源分布广而丰富，含有较多的能抑制a-葡萄糖苷酶活性的生物碱。成都生物所科研人员采用提取、吸附和洗脱的方法获得厚朴生物碱，该碱是包含木兰花碱、鹅掌楸碱、蕃荔枝碱、罗默碱和Lysicamine
成都生物所揭示“飞蛙”滑翔的遗传机制
动物复杂性状是动物长期适应演化的结果，是动物多样性形成的重要基础。自然界物种采取各种各样的进化策略以适应不同的栖息地，如高原、海洋、荒漠等。部分类群通过演化出了特殊的表型以适应树栖生活。树栖生活拓展了这些物种对垂直空间资源的利用，有助于它们躲避天敌，获取丰富的食物资源等。而森林环境复杂的立体结构
成都生物所揭示“飞蛙”滑翔的遗传机制
动物复杂性状是动物长期适应演化的结果，是动物多样性形成的重要基础。自然界物种采取各种各样的进化策略以适应不同的栖息地，如高原、海洋、荒漠等。部分类群通过演化出了特殊的表型以适应树栖生活。树栖生活拓展了这些物种对垂直空间资源的利用，有助于它们躲避天敌，获取丰富的食物资源等。而森林环境复杂的立体结构
成都生物所举行野外考察安全知识讲座
讲座现场 为普及野外安全知识，增强野外安全意识，提高预警和防范处置能力，中国科学院成都生物研究所生态研究中心于6月11日下午在生态中心会议室举行了野外考察安全知识讲座，讲座特邀生态研究中心陈庆恒研究员主讲，生态中心副主任潘开文主持。该中心近40人参加了会议。 陈庆恒结合自
成都生物所发明精制鸵鸟油的制备方法
鸵鸟油来源于鸵鸟的脂肪，主要由油酸、棕榈酸、棕榈油酸、亚油酸和硬脂酸等脂肪酸组成，与人体皮肤的脂肪酸组成相似，鸵鸟油中不含磷脂，对人体皮肤的渗透力和携药能力均较强;另外，鸵鸟油还具有促进创面愈合、抗炎镇痛和保护心血管等作用，所以鸵鸟油在化妆品和医疗保健行业中有着极其广泛的应用前景。 现有鸵
成都生物所桢楠抗旱机制研究获进展
桢楠（Phoebe zhennan）为樟科常绿大乔木，分布于亚热带常绿阔叶林区西部，国家二级保护渐危种，我国特有，是驰名中外的珍贵用材树种，又称金丝楠。由于历代砍伐利用，其资源近于枯竭。目前尚存的桢楠林多系人工栽培的半自然林和风景保护林，主要在庙宇、公园等处尚有少量大树，在全球气候变化的背景下，
AI加持动物行为识别，成都生物所亮“新招”
小鼠行为分类系统。 中科院成都生物所供图 小鼠、大鼠、猴子等模式动物的行为识别，在医学研究和药物开发中都具有重要意义。通过普通视频技术研究动物对特定刺激的反应，容易受到实验场所的光照条件和拍摄角度的影响。 为解决这一问题，近日，中国科学院成都生物研究所动物行为与仿生项目的科研人员基于受抑全反
原创]分子生物学软件集总结
1. DNASIS 2.5 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行DNA，RNA，蛋白质序列的编辑和分析，甚至还能进
安捷伦收购Cartagenia公司－提供生物软件解决方案
分析测试百科网讯 2015年5月4日，安捷伦科技宣布将收购Cartagenia公司，收购金额还未披露。 安捷伦诊断和基因组学部总裁Jacob Thaysen在声明中指出，本次收购将为安捷伦临床遗传学和分子肿瘤学用户提供软件解决方案，同时为Cartagenia的客户提供更有力的支持和服
成都生物所高负荷混合厌氧发酵制备生物燃气研究获进展
厌氧发酵制备生物燃气技术，在缓解能源短缺、优化能源结构，减少环境污染、应对气候变化，缓解三农问题、推进城镇化建设以及发展循环经济、建设生态文明方面已显示出了其不可替代的作用。然而，在技术层面，目前普遍采用的单一原料、低负荷厌氧发酵难以获得较高的原料产气率和池容产气率，从而限制了生物燃气工程的经济
成都生物所揭示磷添加对土壤微生物的影响
土壤微生物在森林生态系统中的分解与养分循环中起着重要的作用，而土壤养分（尤其是氮与磷）又能影响微生物量及群落结构。与土壤有效性氮含量对微生物的影响相比，目前关于有效磷含量对土壤微生物影响的研究少且研究结论不一致。这也导致对土壤微生物与有效磷含量之间的关系认识有限，从而在一定程度上限制了科学家对微
成都生物所生物预处理玉米秸秆酶解糖化研究取得新突破
玉米秸秆是我国农业废弃物主要来源之一，每年大约有2亿吨，大部分都直接丢弃或就地焚烧，造成资源的浪费和环境污染。玉米秸秆主要由纤维素、半纤维素和木质素三大组分构成，通过酶水解和生物转化后，可生成乙醇、丁醇等生物质能源，实现约30%的能源转化。 中国科学院成都生物研究所应用与环境微生物研究中心