分析和比较各种基因组数据的多面手
Partek®是一家致力于开发与整合用于生命科学研究数据分析软件的公司。该公司的系列软件包括――Partek® Flow™, Partek® Genomics Suite™, and Partek® Pathway™――可以提供基因组数据分析的整体解决方案，也是唯一一家可以提供各种主流芯片和测序平台的数据综合分析解决方案的商业软件公司。 Partek®软件的主要应用方面包括： RNA-Seq, ChIP-Seq, DNA-Seq, DNA甲基化，基因表达量，可变剪接，miRNA表达量，CNV，LOH，关联分析，Tiling，以及qPCR研究。 Partek Genomics Suite (Partek GS) 可以导入和分析所有的主要芯片平台的原始数据和中间数据，例如.CEL, .CHP, .CNT (CNAT), .MSK，以及单色或双色荧光芯片的文本格式数据文件等等。Partek ......阅读全文
论文常用数据分析方法
论文常用数据分析方法论文常用数据分析方法，对好的论文分析研究方法应该从哪些方面展开，如何表达才能显得自己对该论文真的有所理解，应该看哪些书呢？下面我整理了论文常用数据分析方法，一起了解看看吧!论文常用数据分析方法1论文常用数据分析方法分类总结1、 基本描述统计频数分析是用于分析定类数据的选择频数和百
实时定量PCR数据分析
所谓的实时荧光定量 PCR 就是通过对 PCR 扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测从而实现对起始模板定量及定性的分析。在实时荧光定量 PCR 反应中，引入了一种荧光化学物质，随着 PCR 反应的进行，PCR 反应产物不断累计，荧光信号强度也等比例增加。每经过一个循环，收集一个荧光强度信号，这
色差仪的数据如何分析？
判断色差值，国际上通用的就是色空间表示法，常见的色空间有LAB, LCH, RGB, XYZ, YXY 等，当然常用的数值还是Lab值，它几乎可以表示任何一种颜色，其他色空间仅供参考，客户很少关注。下面就介绍一下Lab值的相关含义：L表示黑白，也有说亮暗，+表示偏白，-表示偏暗A表示红绿，+表示偏红
光端机数据接口相关问题分析
数据接口： 为适应安防监控的需要，系统各种设备（矩阵，硬录，解码器）都提供RS-485方式的数据接口，此格式的数据接口的优点是传输距离长，负载能力强，并能组成四线全双工通信总线，线上任何两台设备都能实现双向通信，而四线RS-422总线则只能实现主、从机之间的双向通信，从机之间则不能。它的缺点是
数据分析介绍(II)－Cytoscape
本期为大家介绍一个开放源码的生物资讯软件 –Cytoscape，它可以建构可视化的分子交互作用网络，并可将已有的基因表达信息(gene expression profiles) 整合进此网络中，轻易观察分子间 (蛋白质—蛋白质 或 蛋白质—DNA…) 的关联性。 Cytoscape 是
数据分析介绍(II)－Cytoscape
本期为大家介绍一个开放源码的生物资讯软件 –Cytoscape，它可以建构可视化的分子交互作用网络，并可将已有的基因表达信息(gene expression profiles) 整合进此网络中，轻易观察分子间 (蛋白质—蛋白质 或 蛋白质—DNA…) 的关联性。Cytoscape 是 Ins
天津工生所等基因组数据整合研究获系列进展
随着人类基因组计划(Human genome project, HGP)和高通量生物芯片技术的成功研发，人们广泛利用高通量全基因组生物芯片的技术手段，采用全基因组关联研究（Genome-Wide Association Studies, GWAS）的方法筛选复杂疾病易感多态（Single Nuc
中国聋病基因组计划启动－建立中国聋病大数据
日前，“中国聋病基因组计划项目研讨会”在深圳举办。中国人民解放军总医院耳鼻咽喉研究所所长王秋菊在会上指出，先天性耳聋是公认的最常见的出生缺陷之一，不仅严重影响患者生活质量，且治疗与康复训练成本昂贵，我国作为世界人口大国，所面临的聋病问题尤为突出。在我国开展“中国聋病基因组计划”研究旨在深度揭示聋
油菜害虫研究新突破：西北斑芫菁基因组数据发布
近日，中国农业科学院油料所(以下简称油料所）油料基因工程与转基因安全评价创新团队发布了油菜害虫西北斑芫菁染色体水平高质量基因组数据，明确该害虫含10条染色体和11687个蛋白编码基因，为研发害虫绿色防控新方法奠定了理论基础。相关成果发表在《科学数据》（Scientific Data）上。西北斑芫菁染
解读美材料基因组计划：数据共享乃大势所趋
MGI于2011年6月启动，旨在将应用于能源、交通和安全等领域的先进材料的开发时间和资金成本减半。 美国的材料基因组计划(MGI)启动至今已有两年，5位专家日前在《自然》杂志撰文，指出材料科学家应该如何在该计划中实施工作。 Sally Tinkle：借鉴其他项目 华盛顿科技政策研究
Science：利用宏基因组数据预测之前未知的蛋白结构
根据一项新的研究，从多种环境中收集的DNA序列数据有助研究人员构建出600多种蛋白家族的三维结构模型，而在此之前，它们的结构是未知的。这些宏基因组数据能够让人们在多种物种之间进行蛋白序列比较，从而允许利用统计学力量预测这些之前不可能预测的蛋白结构。相关研究结果发表在2017年1月20日那期Sci
解读美材料基因组计划：数据共享乃大势所趋
美国的材料基因组计划(MGI)启动至今已有两年，5位专家日前在《自然》杂志撰文，指出材料科学家应该如何在该计划中实施工作。 Sally Tinkle: 借鉴其他项目 华盛顿科技政策研究所政策分析师 MGI由总统巴拉克·奥巴马于2011年6月启动，旨在将应用于能源、交通和安全等领
－AACR：“GENIE”呼之欲出，志在共享癌症基因组临床数据
11月6日，Genomeweb报道，美国癌症研究协会（AACR）推出了一项叫做“GENIE”的国际基因组和临床数据共享项目，旨在将不同癌症中心的基因组和结果数据汇总起来。 该项目中的“GENIE”寓意Genomics（基因组学）、Evidence（证据）、Neoplasia（肿瘤）Inform
未来个体基因组数据存储空间不够怎么办
人类基因组图谱已绘制完成，不过多数个体的基因组还没有被绘制出来，至少迄今还未完成。但个体基因组图谱一旦完成，世界将面临一个问题：如今全球的计算机系统完全没有足够的空间来存储这些数据。 “仅基因组数据的体积问题便是基因组学真正普及至全球的关键障碍之一。”总部位于佩塔提克瓦的Geneformics
家猪基因组提供大规模数据，有助解析人类健康
近日，研究人员完成了几个品系家猪的全基因组测序和分析，其中包括可作为人类医学研究模型以及治疗性药物测试模型的迷你猪(mini-pig)。 一个物种的基因组在深入研究其生物学本质及演化进程时具有十分重要的作用。近日，由华大基因参与完成的两篇关于家猪全基因组测序和分析的文章分别在
家猪基因组提供大规模数据，有助解析人类健康
近日，研究人员完成了几个品系家猪的全基因组测序和分析，其中包括可作为人类医学研究模型以及治疗性药物测试模型的迷你猪(mini-pig)。 一个物种的基因组在深入研究其生物学本质及演化进程时具有十分重要的作用。近日，由华大基因参与完成的两篇关于家猪全基因组测序和分析的文章分别在《自然》(Na
我国科学家成功获取奥氏马全基因组数据
日前，吉林大学考古学院蔡大伟教授团队与西北农林科技大学动物科技学院姜雨教授团队在马属动物古DNA研究领域取得重要进展。该研究在国际上首次成功获取已灭绝马属动物奥氏马的高质量全基因组数据，重建了马属动物的演化历史。 马科动物自古以来就与人们的关系密切,对人类社会文明的发展产生了重大影响。中国家马起
我国发布首个柑桔全基因组变异数据库
近日，《园艺研究》（Horticulture Research）在线发表了中国农业科学院柑桔研究所构建完成的柑桔全基因组变异数据库CitGVD（http://citgvd.cric.cn/home），这是第一个园艺类作物全基因组变异数据库。 柑桔是全世界最重要的商业水果作物之一。当前，柑桔类物
多国实施全基因组分析计划
由于基因测序可以探查与特定疾病相关的基因，该疗法正在成为日益受欢迎的诊断方法。 英国计划到2017年对10万人进行基因组测序。 美国加州一对龙凤胎出生后，他们的父母非常忧虑：两个婴儿不仅发育缓慢，而且肌肉松软无力。大脑扫描结果显示，男婴或存在大脑性麻痹；然而医生对造成女婴震颤和癫痫的原因却不
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cance
俄罗斯科学家参与创建基因组数据统一平台
来自俄罗斯、美国、土耳其和欧洲的科学家开发了一个Shambhala平台，可将大量基因活性水平的大数据结合起来。该数据库的创建将使科学家能够将不同实验中兼容性较差的数据结合起来。此项成果发表于《分子生物科学前沿》。 该Shambhala平台可将每个基因表达谱转换为预定义的通用格式。这样一来，所有数据
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human can
美国发布《从数据到发现：基因组到健康》白皮书
2014年3月，美国国家数据科学联盟（NCDS）发布了《从数据到发现：基因组到健康》白皮书，以便于解决基因组学面临的重大挑战。该白皮书是通过聚集数据科学领域与基因组学领域的领袖人物，共同探讨当前基因组学的挑战，并集思广益，就最为恰当且技术先进的建议达成的共识。 基因组学能够为数据科学相关研
基因组大数据还原野猪横跨欧亚的百万年迁徙历程
近日，中国农业科学院农业基因组研究所农业基因编辑技术创新团队深入解析了中亚野猪种群在跨越欧亚大陆百万年的迁徙历程中适应环境的独特遗传密码，为理解大型哺乳动物如何应对环境变化提供了全新视角。相关研究成果发表在《细胞—基因组学》（Cell Genomics）上。野猪是家猪的祖先，其起源于东南亚热带地区，
仰韶文化人群母系遗传结构特点通过基因组数据揭开
5月19日，《遗传学报》（英文版）（Journal of Genetics and Genomics）在线发表了中国科学院古脊椎动物与古人类研究所研究员付巧妹研究团队、郑州市文物考古研究院研究员顾万发、四川大学考古文博学院副教授原海兵完成的关于距今约5500-5000年的中国河南荥阳青台遗址古代
水质对HPCL分析数据结果影响
HPCL最常见的一个问题便是溶剂中的污染物对分析数据的影响。颗粒颗粒能够损坏泵和注射器。颗粒也能够阻塞色谱柱而且熔化它，这会导致回压增大。颗粒还会表现为另一种固相，或许改动样品的组分。有机物超纯水中的有机物或许影响色谱峰的别离度和积分、或许导致鬼峰、还或许改动固定相的选测性以及影响色谱基线。离子离子
大数据助力地质极端事件分析
日前，第36届国际地质大会在印度采取线上会议形式召开，本次会议的主题是“地球科学—可持续未来的基础科学”。中国科学院院士成秋明受大会组委会邀请，做题为《数据驱动地球科学认识和发现》的特邀学术报告。 在报告中，成秋明分析了数据驱动技术为地球科学带来的新机遇，研判了地球科学
高通量测序数据分析
1. 是不是一定要用大型计算机? 除了序列拼接组装以外，其它分析不是一定要大型计算机，在普通的PC上也可以进行一些处理，当然，买一台或几台高性能的工作站电脑，能显著加快数据处理的速度。 2. 是不是一定要用Linux系统? 也不一定非用Linux不可，在Window下可以完成部分数据处理。
荧光定量PCR数据分析举例
首先看基线与阈值设置的是否合理；在基线和阈值设置合理的基础上，得到的CT值才是准确可靠的；在CT值是准确的基础上再进行相对定量或绝对定量实验。 1 绝对定量实验数据分析注意要点： 1.1 绝对定量实验对检测体系的扩增效率不做硬性要求； 1.2 检测的样本浓度必须落在标曲
qpcr数据分析及作图方法
荧光定量PCR（qPCR）就是在PCR扩增过程中，通过荧光信号，对PCR进程进行实时检测。由于在PCR扩增的指数时期，模板的Ct值和该模板的起始拷贝数存在线性关系，所以成为定量的依据。由于常规的PCR的缺点，荧光定量PCR（ qPCR）由于其操作简便，灵敏度高，重复性好等优点发展非常迅速。设在已经涉