引物设计的基本原则

首先引物与模板的序列要紧密互补,其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构,再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配)。具体实现这 3 条基本原则需要考虑到诸多因素,如引物长度(primer length),产物长度(product length),序列 Tm 值 (melting temperature),引物与模板形成双链的内部稳定性(internal stability, 用 ∆G 值反映),形成引物二聚体(primer dimer)及发夹结构(duplexformation and hairpin)的能值,在错配位点(false priming site)的引发效率,引物及产物的GC 含量(composition),等等。必要时还需对引物进行修饰,如增加限制性内切酶位点,引进突变等。......阅读全文

引物设计的基本原则

首先引物与模板的序列要紧密互补,其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构,再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配)。具体实现这 3 条基本原则需要考虑到诸多因素,如引物长度(primer length),产物长度(product length),序列 Tm 值 (melti

PCR引物设计的基本原则

  PCR反应中有两条引物,即5′端引物和3′引物。设计引物时以一条DNA单链为基准(常以信息链为基准),5′端引物与位于待扩增片段5′端上的一小段DNA序列相同;3′端引物与位于待扩增片段3′端的一小段DNA序列互补。  引物设计的基本原则  ①引物长度:15-30bp,常用为20bp左右。  ②

pcr引物设计的基本原则有哪些

1、引物长度一般为15-30bp,常用的为18-27bp,但不能大于38bp;2、引物GC含量一般为40%-60%,以45-55%为宜,上下游引物GC含量和Tm值要保持接近;3、引物所对应的模板序列的Tm值最好在72℃左右,至少要在55-80℃之间,Tm值曲线以选取72度附近为佳,5'到3’

RTPCR的引物设计的基本原则

 1.上下游引物要保守:    为了能够扩增出所需要的保守片段,必须对保守的100-200片段进行pcr扩增。所以引物的选取也要非常的保守,最好不要有不同的碱基,若不得不有时,也必须保证引物的3’端至少有4个碱基是完全保守才可。    在设计保守引物时,要在发表序列上分别找保守一致的区域,即在发表序

引物设计的引物设计原则

1、引物长度一般为15-30bp,常用的为18-27bp,但不能大于38bp;2、引物GC含量一般为40%-60%,以45-55%为宜,上下游引物GC含量和Tm值要保持接近;3、引物所对应的模板序列的Tm值最好在72℃左右,至少要在55-80℃之间,Tm值曲线以选取72度附近为佳,5'到 3

引物设计的引物设计原则

1、引物长度一般为15-30bp,常用的为18-27bp,但不能大于38bp;2、引物GC含量一般为40%-60%,以45-55%为宜,上下游引物GC含量和Tm值要保持接近;3、引物所对应的模板序列的Tm值最好在72℃左右,至少要在55-80℃之间,Tm值曲线以选取72度附近为佳,5'到 3

引物设计的引物设计原则

1、引物长度一般为15-30bp,常用的为18-27bp,但不能大于38bp;2、引物GC含量一般为40%-60%,以45-55%为宜,上下游引物GC含量和Tm值要保持接近;3、引物所对应的模板序列的Tm值最好在72℃左右,至少要在55-80℃之间,Tm值曲线以选取72度附近为佳,5'到 3

引物设计的引物设计原则

1、长度:15—30bp,其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38,否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度),从而降低产物的特异性。2、G十C含量:应在40%一60%之间,PCR扩增中的复性温度一般较Tm值低等于引物的Tm值减去5—10度。引物长度小于20时,

聚合酶链式反应的引物设计的基本原则

  ①引物长度:15-30bp,常用为20bp左右。  ②引物碱基:G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C 过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照。  ③引物内部不应出现互补序列。  ④两个引物之间不应存在互补序列,尤其是避免3

聚合酶链式反应(PCR)引物设计的基本原则

引物长度:15-30bp,常用为20bp左右。引物碱基:G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C 过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照。引物内部不应出现互补序列。两个引物之间不应存在互补序列,尤其是避免3 ′端的互补重叠。引物与

设计引物遵循原则、引物保存和各种PCR的引物设计

一 设计引物应遵循以下原则1 、引物长度: 15-30bp,常用为20bp左右。2 、引物扩增跨度: 以200-500bp为宜,特定条件下可扩增长至10kb的片段。3 、引物碱基:G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布,避免5个以上

RNA引物设计怎么设计

一般就是设计引物能够跨越至少一个exon-exon junction的,就是引物在两个exon的交界处,这样pcr的时候就不会有DNA污染现在NCBI可以直接有引物设计,还可以选择上述的设计方式或者可以通过找到cDNA序列然后自己在primer3上设计也可以

引物的设计原则

引物设计原则1、长度:15—30bp,其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38,否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度),从而降低产物的特异性。2、G十C含量:应在40%一60%之间,PCR扩增中的复性温度一般是较低Tm值引物的Tm值减去5—10度。引物长度小

引物设计的原则

首先引物要跟模板紧密结合,其次引物与引物之间不能有稳定的二聚体或发夹结构存在,再次引物不能在别的非目的位点引起DNA聚合反应(即错配)。围绕这几条基本原则,设计引物需要考虑诸多因素,如引物长度(primer length)、产物长度(product length)、序列Tm值(melting tem

引物的设计原则

引物设计原则1、长度:15—30bp,其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38,否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度),从而降低产物的特异性。2、G十C含量:应在40%一60%之间,PCR扩增中的复性温度一般是较低Tm值引物的Tm值减去5—10度。引物长度小

怎么设计引物

选择引物的一般规则设计和选择引物时有5个要素必需注意。1 引物的3′末端不互补 引物的3′末端一定不能有很大的互补性,因为它们的互补会形成引物二聚体,这就会带来很大的问题,例如合成出非专一的产物,极大地减少所期望产物的得量。有实验表明,3′末端双链的ΔG是0~-2 kcal/mol时,PCR产量几乎

怎样设计引物

一般是通过设计软件,例如oligo6,primer5等,你可以在网上搜一下引物设计软件下载和使用说明,是比较容易的。至于设计引物的一般原则如下:* 序列选取应在基因的保守区段* 避免引物自身或与引物之间形成4个或4个以上连续配对,避免引物自身形成环状发卡结构* 典型的引物18到24个核苷长。引物需要

如何利用LAMP引物设计平台设计IMSA引物?2

6. 更改ParameterCondition中默认的Normal至AT rich。默认显示Normal说明我们所上传VP1 gene的序列中GC含量位于40%-65%的正常范围内。高于65%属于GC rich;低于40%属于AT rich。7. 再次点击Generate时平台显示有1000或高于1

如何利用LAMP引物设计平台设计IMSA引物?1

IMSA,全称为isothermal multiple-self-matching-initiated amplification,中文名为等温多自配引发扩增。该技术的详细介绍可见本公众号历史文章:“分子诊断万花筒” 开篇——等温多自配引发扩增技术简介。在这里隆地熊为大家介绍一种如何利用LAMP引物

如何利用LAMP引物设计平台设计IMSA引物?3

(3)找到该文档,邮件选择打开方式为记事本,可得引物信息。再次点击文档,另存为Up-LF或Down-LB.txt文件。这里的第16套引物,我们需要它的下游环引物即LB,故名为Down-LB。这样命名的目的是为了防止混淆;      (4)同样打开LAMP引物设计平台(http://primerexp

普通pcr引物设计和荧光定量pcr引物设计的区别

一、方法不同1、普通pcr引物设计:引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。2、荧光定量pcr引物设计:通过荧光染料或荧光标记的特异性探针,标记跟踪PCR产物进行实时监测反应,利用与之相适应的软件对产物进行分析,计算待测样品模板的初始浓度二、原理不同1、普通pcr引物设计:为了找到一对合适的核

PCR的引物怎样设计

PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。因此,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构,就要避开它。如这一段不能形成二级结构,那就可以在

抗原肽设计的基本原则

为了使生产抗体获得最佳效果,仔细地设计抗原肽是很有必要的,设计应满足一个基本条件:在免疫过程中,该抗原既不会产生过强的免疫反应,同时又能产生出对感兴趣的蛋白有结合能力的抗体。尽管抗原肽设计是一个很复杂的课题,但是有几点关键的基本设计原则可以提供给大家参考:1、确定抗体的用途(应用)新开展一个研究项目

抗原多肽设计的基本原则

为了使产生的抗体获得最佳效果,仔细地设计抗原多肽是很有必要的,设计应满足一个基本条件:在免疫过程中,该抗原既不会产生过强的免疫反应,同时又能产生出对感兴趣的蛋白有结合能力的抗体。抗原设计是一个很复杂的课题,有诸多需要注意的细节。根据我们所积累的经验,有几点关键的基本设计原则可供大家参考:  确定抗体

TaqMan探针设计的基本原则

  1、TaqMan探针位置尽可能靠近扩增引物,但不能与引物重叠。  2、长度一般为18~40碱基。  3、G+C含量控制在40%~80%左右。  4、避免连续相同碱基的出现,特别是要避免GGGG或更多G出现。  5、在引物的5'端避免使用G。  6、选用比较多的碱基C。  7、退火温度Tm

如何设计引物(二)

Nucleotides:Stocks of nucleotides for PCR (or other procedure) are NEARLY ALWAYS dNTPs (deoxynucleotides), and concentrations is almost always given i

PCR引物设计原则

实验步骤首先引物与模板的序列要紧密互补,其次引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配) ,再次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构。引物设计应注意如下要点:1.引物的长度一般为15-30 bp,常用的是18-27 bp。2.引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其是3’端相似性

PCR引物设计原则

实验概要PCR是目前研究DNA、RNA等核酸的非常有效和最主要的方法之一。本Protocol对于PCR引物设计中的一些基本原则给予阐述,希望能对广大研究人员的研究工作带来方便。实验步骤首先引物与模板的序列要紧密互补,其次引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配) ,再次引物与引物之间避

如何设计引物(一)

Primers:i) Oligonucleotide primers are generally supplied as "so many OD units/ml" - but what does this mean, in terms of mg/ml, or mmol/ml, etc?Given

PCR引物设计技巧

自从1985年美国PE-Cetus公司的人类遗传研究室 Mullis等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应(PCP) 以来,PCR已经成为了分子生物学领域最基本也是最重要的技术手段之一 。然而能否找到一对合适的核苷酸片段作为引物,使其有效地扩增模板DNA序列,无疑决定着PCR的成败。现在动物遗