新算法提升基因融合检测效率
近日,华大基因公开一种基因融合检测算法SOAPfuse。模拟数据和真实验证数据的综合测评表明,该算法具有准确率高、敏感性强、精度高、资源消耗少等优点。该算法主要采用局部穷举算法和一系列精细的过滤策略,从而对基因融合进行快速、精确的检测。相关研究成果在《基因组生物学》(Genome Biology)杂志上在线发表。 基因融合是指染色体上两个异位的基因嵌合在一起,形成一个嵌合基因的现象。这种现象一般是由于染色体发生易位、缺失或者倒置造成的,它们在癌症的发生上扮演着重要角色,并且可以作为诊断和治疗癌症的靶标。随着对基因融合的深入研究,科研人员发现,除血液系统肿瘤外,在实体瘤中也存在着基因融合现象。 传统基因融合研究方法存在通量低、操作复杂、不便于大规模样品筛查的缺点。而高通量RNA测序技术具有通量高、成本低、检测精度高和检测范围广的优点,其与全基因组测序相比,不仅能找到由于重排导致的基因融合,还能找到更多......阅读全文
融合基因的主要种类
根据构成融合基因的种类,可以将融合基因分为四大类:(1)由报告基因和功能基因构成的融合基因。常用的报告基因有:GFP(绿色荧光蛋白)基因、GUS基因、LacZ基因和Luciferasese(虫荧光素酶)基因等,主要目的是对功能基因进行示踪,研究其功能及特性。 (2)由信号肽或单体蛋白的序列与功能基因
什么是细胞电融合?
当细胞置于非常高的电场中,细胞膜就变得具有通透性,能让外界的分子扩散进细胞内,这一现象称为电融合,又叫电穿孔。
流式软件如何融合图片
1、新建画布:工具栏中“新建”——然后更改对话框中的各个选项即可。2、点击选择工具图表中的“矩形选框工具m。3、框选流式图主要部分。4、点击右侧的拖移工具v。5、将刚才选定的流式图拖至新建的画布中逐一调整大小、整齐度,再裁减保存即可。
无融合生殖的分类
无融合生殖(apomixis)是可代替有性生殖、不发生雌雄配子核融合的一种无性生殖方式。其主要分为以下两大类。一种代替有性生殖的不发生核的融合的生殖。在同一个种中,往往有性生殖和无融合生殖可以同时存在。同一种植物可以在某一地区进行有性生殖,而在世界其它地区进行无融合生殖。
动物细胞融合
聚乙二醇人工诱导法 实验材料 龄公鸡静脉血 试剂、试剂盒 聚乙二醇 Alsver 液
ret融合和突变区别
ret融合和突变区别是基因DNA分子是否改变。1、突变是指细胞中基因的碱基序列发生改变,原来的基因不见了,变成了新的基因。而ret融合是指在某些情况下,两个或多个基因由于某种原因部分融合在一起。2、基因是产生一条多肽链或功能RNA所需的全部核苷酸序列。基因支持着生命的基本构造和性能。储存着生命的种族
常见融合蛋白功能介绍
1、免疫球蛋白(Ig)融合蛋白免疫球蛋白融合蛋白是指在基因水平将目的基因同Ig部分片段基因相连,并在真核或原核细胞中表达出的具有上述两部分结构域的重组蛋白。据目的蛋白与Ig不同片断相连,可将其分为二大类 :一类为Fab(Fv)融合蛋白; 另一类为 Fc融合蛋白。2、甲状旁腺激素(PTH)融合蛋白甲状
融合蛋白的操作要点
在构建融合蛋白中,一个关键的问题是两蛋白间的接头序列( Linker ),即连接肽。它的长度对蛋白质的折叠和稳定性非常重要。如果接头序列太短,可能影响两蛋白高级结构的折叠,从而相互干扰;如果接头序列太长,又涉及免疫原性的问题,因为接头序列本身就是新的抗原。一般来说, 3-5个氨基酸的Linker可满
融合基因的主要分类
根据构成融合基因的种类,可以将融合基因分为四大类:(1)由报告基因和功能基因构成的融合基因。常用的报告基因有:GFP(绿色荧光蛋白)基因、GUS基因、LacZ基因和Luciferasese(虫荧光素酶)基因等,主要目的是对功能基因进行示踪,研究其功能及特性。 (2)由信号肽或单体蛋白的序列与功能基因
融合蛋白的制备方法
基于重复结构的融合蛋白大多为短肽,不具有复杂的空间结构,因此只需简单的多肽合成过程即可获得目标蛋白。由单个氨基酸合成多肽主要通过两个氨基酸之间脱水形成肽键来实现,主要包括以下基本步骤::首先对两性离子结构的氨基酸进行相应的氨基或羧基保护,其次将羧基活化为活性中间体,待耦合过程结束后,对肽链上氨基酸的
融合蛋白的方法改进
自从20世纪70年代中期融合标签技术出现以来,亲和标签已成为一种重组蛋白纯化十分有效的工具,具有结合特异性高、纯化条件温和、纯化步骤简便、适用性广泛等显著优势。通常,亲和标签定义为对特定的生物或化学配基具有高度亲和力的一段氨基酸序列,可以分成很多类,其中一个常用的小分子短肽标签是FLAG标签。
前核融合的概念
中文名称前核融合英文名称pronucleus fusion定 义雄性前核向卵细胞的雌性前核移动,通过精细胞的中心粒产生的微管引导,两个前核相互接触时发生融合形成一个二倍体核的现象。应用学科细胞生物学(一级学科),细胞分化与发育(二级学科)
动物细胞融合
动物细胞融合 细胞融合是指两个或两个以上的细胞合并成为一个细胞的过程。在自然情况下,体内和体外培养的细胞均能发生自发融合现象。人工方法诱导细胞融合开始于50 年,现在这项技术已成为研究细胞遗传、细胞免疫,肿瘤及细胞工程的重要手段。在诱导物(如仙台病毒,聚乙二醇)作用下,相互融合的细胞发生凝集
融合基因技术的特点
融合基因可在原核细胞(如大肠杆菌) 也可在真核细胞中进行表达。原核表达系统的特点是时程短,费用低,是科研中的主要工具。其缺点是真核蛋白表达没有得到确切修饰;大量蛋 白常常沉淀成不溶性包涵体聚合物,需要复杂的变性和复性过程;大量蛋白的分泌较困难。真核表达系统的特点是蛋白翻译后加工机会多,甚至可被改造成
融合蛋白的制备步骤
具体步骤为:1、进行目的基因的克隆:根据基因序列互补原则,设计合适的引物序列,以cDNA为模板,利用PCR技术扩增不同的目的DNA片段。2、在载体中进行重组:通过限制内切酶将两个DNA片段进行酶切并回收,然后通过连接酶将两个具有相同末端酶切位点的基因片段进行体外连接,并克隆到高表达质粒载体中,构建重
融合基因的种类介绍
根据构成融合基因的种类,可以将融合基因分为四大类:(1)由报告基因和功能基因构成的融合基因。常用的报告基因有:GFP(绿色荧光蛋白)基因、GUS基因、LacZ基因和Luciferasese(虫荧光素酶)基因等,主要目的是对功能基因进行示踪,研究其功能及特性。 (2)由信号肽或单体蛋白的序列与功能基因
融合基因的表达物
融合基因的表达产物为融合蛋白。
融合蛋白的技术特点
融合基因可在原核细胞(如大肠杆菌) 也可在真核细胞中进行表达。原核表达系统的特点是时程短,费用低,是科研中的主要工具。其缺点是真核蛋白表达没有得到确切修饰;大量蛋 白常常沉淀成不溶性包涵体聚合物,需要复杂的变性和复性过程;大量蛋白的分泌较困难。
细胞融合的定义
有性繁殖时发生的精卵结合是正常的细胞融合,即由两个配子融合形成一个新的二倍体。而细胞融合为在自然条件下或用人工方法(生物的、物理的、化学的)使两个或两个以上的细胞合并形成一个细胞的过程。其中人工诱导的细胞融合,在六十年代作为一门新兴技术而发展起来。由于它不仅能产生同种细胞融合,也能产生种间细胞的融合
融合蛋白的设计类型
融合蛋白的设计大致分为基于重复结构、基于生长因子以及基于细胞粘附分子3类。第1类融合蛋白中最典型的是来源于弹性蛋白( Elastin-Like Polymers,ELPs) 及丝素蛋白( Silk-Like Polymers,SLPs) 的融合蛋白。ELPs 是一种由数个重复的氨基酸序列组成的细胞外
体细胞融合实验
单层培养细胞的融合 悬浮培养细胞的融合 实验材料 细胞 试剂、试
体细胞融合实验
实验材料 细胞试剂、试剂盒 PEG-1000仪器、耗材 培养基实验步骤 1. 以适当的培养基培养细胞至接近汇合成片的密度(80% 汇合率)。2. 吸干 60 mm 规格平皿或 T-25 培养瓶中的培养基,加 2 ml 50% PEG-1000,轻轻转动 1 分钟让该粘稠液体覆盖所有细胞。3. 往培养
融合蛋白的临床应用
1、DNA疫苗目前,疫苗已经经历了三代:第一代疫苗是用减毒或杀死的病原体来激活机体免疫系统;第二代疫苗是用生物技术和重组DNA技术研制的组分疫苗注射机体诱导免疫应答; 第三代疫苗是直接注射基因重组的抗原基因来激活人体免疫系统,即DNA疫苗。DNA疫苗与传统疫苗相比有着明显的优势,如易于生产,稳定性强
GST融合蛋白的准备
Preparation of Glutathione-S-Transferase (GST) Fusion ProteinsMargret B. Einarson and Elena N. Pugacheva Foxx Chase Cancer Center, Philadelphia, PA 19
融合基因的临床应用
1、DNA疫苗目前,疫苗已经经历了三代:第一代疫苗是用减毒或杀死的病原体来激活机体免疫系统;第二代疫苗是用生物技术和重组DNA技术研制的组分疫苗注射机体诱导免疫应答; 第三代疫苗是直接注射基因重组的抗原基因来激活人体免疫系统,即DNA疫苗。DNA疫苗与传统疫苗相比有着明显的优势,如易于生产,稳定性强
细胞融合仪概述
细胞融合仪比较适合用在细胞杂交、细胞融合、可在倒置显微镜下直接观察,可以用在微生物学、动物医学、生物工程等方面的研究。与普通的化学融合方法比起来,它使用的时候对细胞没有毒性、有较高的融合效率、更加的方便快速等特点都是比较明显的。可选购各种平型电极和针型电极。
融合蛋白的基本介绍
融合蛋白(fusion protein)有两种不同的含义,一种是通过DNA重组技术得到的两个基因重组后的表达产物,另一种是介导两个细胞质膜融合的一组蛋白,如在仙台病毒脂双层外侧小叶中含有的两种糖蛋白之一,介导病毒被膜与宿主细胞质膜的融合作用。另一种糖蛋白是血细胞凝集素神经酰胺酶。 两个不同的蛋白
常见融合蛋白有哪些?
1、免疫球蛋白(Ig)融合蛋白 免疫球蛋白融合蛋白是指在基因水平将目的基因同Ig部分片段基因相连,并在真核或原核细胞中表达出的具有上述两部分结构域的重组蛋白。据目的蛋白与Ig不同片断相连,可将其分为二大类 :一类为Fab(Fv)融合蛋白; 另一类为 Fc融合蛋白。 2、甲状旁腺激素(PTH)
影响PEG融合的因素
答:1. PEG的分子量与浓度: 细胞融合效果与PEG的分子量及其浓度成正比;但PEG的分子量越大、浓度越高, 对细胞的毒性也就越大。为了兼顾二者,在实验时常常采用的PEG分子量一般为1000~4000,浓度一般为40~60%。2. PEG的pH值: 经验证,PEG的pH值在8.0~8.2之间融合效
GST融合蛋白纯化方法
Abstract: Many people have vented out frustration over insoluble GST-fused proteins. This is a protocol for enzymatically active soluble GST-fused pro