北京生科院最新研究进展
4月12日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长转录本解析和高效挖掘的技术体系。 近年的研究表明，环形RNA在真核生物体内具有广泛的生物学功能。环形RNA序列与线性RNA相似度高，因此如何高效鉴定环形RNA特有的外显子结构，是环形RNA研究中的重要问题。针对这一问题，赵方庆团队前期提出了CIRI-AS算法（基于BSJ读段对比结果对环形RNA内部可变剪接结构进行识别）。后续研究开发了CIRI-full算法（通过识别双端250bp测序数据中反向重叠区特征，对500bp以内的环形RNA进行全长重构）。由于上述方法主要基于短读长测序技术，难以对长度500bp以上的环形RNA的全长......阅读全文
上海生科院发表关于神经系统环形RNA研究的专评
6月4日，国际学术期刊《分子细胞》（Molecular Cell）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所研究员陈玲玲和计算生物学研究所研究员杨力题为Gear up in circles的专评，对当期Molecular Cell 和4月刊Nature Neuroscien
赵方庆团队提出环形RNA转录本重建和定量新方法
在以往的研究中，环形RNA的识别方法主要是利用环形RNA特有结构——反向剪接序列特征进行识别。然而，由于二代测序的读长普遍较短，研究者们虽然可以获得大量的反向剪接位点，却无法高通量获得环形RNA的完整内部结构信息，也无法对不同可变剪接产物进行精确定量。 2018年1月19日，Genome Me
赵方庆团队开发环形RNA定量和差异表达分析新方法
2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-通讯》（Nature Communications）杂志上发表题为Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
PCR检测HCVRNA的临床应用
丙肝是世界广泛流行的传染病，我国丙肝感染率为3.2%，其中约有60~85%可发展成慢性肝炎，其中约有20%发展成肝硬化，少数会发展成原发性肝癌。丙肝是由丙型肝炎病毒(Hepatitis CVirus,HCV)引起的一种血液传播性疾病。丙肝病毒慢性感染可导致肝脏慢性炎症坏死和纤维化,部分患者可
2021年度“中国生物信息学十大进展”公布
为推动我国生物信息学的学科发展和创新研究，充分展示和宣传我国生物信息学领域的重大研究成果，《基因组蛋白质组与生物信息学报》(Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 简称GPB)组织评选了2018年度、2019年度和2020年度“中国生物信息学十大进展
RTPCR实验方法大全(抽提RNA，RT，PCR)5
室温下充分混匀，离心10000g×2min。取上层液置另一0.5 ml离心管中，加入100μl氯仿，混匀，离心10000g×2min。将上层液转移至另一0.5ml 离心管中，再加入3M NaAc 10μl、预冷无水乙醇250μl，混匀后，-20OC静置30min。4OC离心13500g×10
RTPCR实验方法大全(抽提RNA，RT，PCR)2
关于平台期和线性期的问题，实际上线性期是指数期，只不过碰巧2的冥和2的倍数是相同的。看上去任何一个时期都可以，实际上是不对的，因为牵涉到酶促动力学的问题，这个我也不懂，有一些专门的文章，好像，涉及到很多化学的东西。我们学医的，也没必要知道那些，但是其中主要是因为模板引物酶原料和buffer之间的关系
RTPCR实验方法大全(抽提RNA，RT，PCR)1
RT-PCR实验有三步：抽提RNA，RT，PCR。要求：1.做RT前必需测RNA浓度，逆转录体系对RNA量还是有一些要求，常用500ng或1ug。2. RT按要求做，一般不会出太大问题。3. PCR，按常规。但如需扩长片段，则对前两步要求较高，需要有完整的cDNA存在，不是单改变Mg2+浓度、退火温
RTPCR实验方法大全(抽提RNA，RT，PCR)4
3． 由于与反义RNA探针杂交的样品RNA仅为该RNA分子的部分片段，因此，部分降解的RNA样品仍可进行分析。4． 步骤较少，耗时短。与Northern杂交相比，省去了转膜和洗膜的过程。5． RNA-RNA杂交体稳定性高，无探针自身复性问题，无须封闭。6． 一个杂交体系中可同时进行多个探针杂交，无竞
RTPCR实验方法大全(抽提RNA，RT，PCR)3
4. 配制的溶液应尽可能的用0.1% DEPC，在37℃处理12hr以上。然后用高压灭菌除去残留的DEPC。不能高压灭菌的试剂，应当用DEPC处理过的无菌双蒸水配制，然后经 0.22μm滤膜过滤除菌。5. 操作人员戴一次性口罩、帽子、手套，实验过程中手套要勤换。6. 设置RNA操作专用实验室，所有器
RTPCR实验方法大全(抽提RNA，RT，PCR)6
可能问题出在标本的保存：一般四小时之内就应处理，分离出细胞说的是套式PCR,可以在你的第一次PCR两个引物内,再设计一对引物进行第二次PCR就行了如果你的第一次PCR刚好包括目的片段,那只好设计个更长的了第二次的引物设计要求可以低一点以50μl体系为例引物各1μl第一次PCR产物5μl二次PCR和巢
研究人员开发环形RNA定量和剪接体转换识别新方法
2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-通讯》（Nature Communications）杂志上发表题为Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
RNA－提取策略及RT－PCR技术
第一部分RNA 提取策略1、RNA降解的原因内源性RNAase是造成RNA降解的最重要原因，因为人体细胞自身就是几十分钟（20min？）mRNA被降解一轮，所以不管是组织还是细胞还是液体状样本在离开其中细胞的最佳生活状态后都应该尽快的被妥善的方法保存起来。外源性RNA酶也是一个需要注意的因素，最常见
细胞RTPCR的经验(偏向RNA提取)
做RT也做了几次,有成功也有失败,在园子中受益良多,把我自已的一个流程放上来,供大家参考.细胞RT-PCR操作流程实验流程一 、取RNA：1、 处理细胞：（1） 贴壁细胞：先用无菌DEPC水配制的PBS洗细胞两次，弃尽PBS后，直接向培养瓶中加入1ml Trizol，通过溶解细胞，通过移液管分次移出
注水算法
迭代注水算法是由Wei Yu提出的，它是一种多用户功率分配算法。这是一种自私算法，当接收端和发送端没有共享信道信息时，它的实现非常简单，复杂度低。但是，当信道上有共享信 息，需要共享信道，这是网络拓扑就会出现远近效应，这就产生了非平衡状态，引起用户间信号干扰，信息传输效率下降。 迭代注水
林文楚课题组等发现环形RNA具有抑制胃癌转移的新功能
近日，中国科学院合肥物质科学研究院强磁场科学中心林文楚课题组在环形RNA参与胃癌转移研究中取得重要进展，相关研究成果以CircURI1 interacts with hnRNPM to inhibit metastasis by modulating alternative splicing i
陈玲玲团队利用AAV递送环形RNA适配体，治疗阿尔茨海默病
酒，是人类文明的产物，酒文化伴随着整个人类文明的发展而不断壮大。何以解忧？唯有杜康。无论是悲欢，还是离合，酒从不缺席。有趣的是，古有温酒斩华雄，今有冰啤加烧烤，关于饮酒的最适温度一直广为争论，就像豆腐脑是吃咸还是甜，这一问题长期争吵不休而没有定论。 2024年5月1日，中国科学院理化技术研究所
科学家揭示内含子来源环形RNA新分子及转录调控功能机制
9月27日，国际学术期刊《分子细胞》(Molecular Cell)发表了中科院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲组与计算生物学所杨力组的最新合作研究论文，发现来源于基因内含子区域的环形RNA新分子，揭示其成环机制及在基因转录调控中的重要功能。 众所周知，人类基因组中存
研究提出核酸内切酶DIS3介导的环形RNA降解机制
2月17日，《分子细胞》（Molecular Cell）在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲研究组与复旦大学杨力研究组合作完成的关于内源环形RNA降解的最新研究成果。该研究解析了生理条件下环形RNA被核酸内切酶DIS3监控降解的新机制，实现了对环形RNA“生老病死”过程中特异调控及
双向扫描算法和电梯调度算法区别
双向扫描算法和电梯调度算法区别：1、双向扫描(SCAN)算法不仅考虑到欲访问的磁道与当前磁道间的距离，更优先考虑的是磁头，当前的移动方向。例如，当磁头正在自里向外移动时，SCAN算法所考虑的下一个访问对象应足其欲访问的磁道既在当前磁道之外，又是距离最近的。这样自里向外地访问直至再无更外的磁道需要访问
荧光定量pcr仪是怎样测试dna，rna的
荧光定量pcr仪是怎样测试dna，rna的普通的基因扩增仪（PCR仪）只能够定性地分析是否存在目标片段。但是价格要低很多，而且运行成本也要低很多。不过不能直接得到扩增结果，还需要做电泳检测。实际中检测遗传疾病，品种分子标记筛选，甚至亲自鉴定等都可以由普通PCR仪完成。但是，某些需要定量的实验就必须用
RT－PCR技术及RNA提取策略1
第一部分 RNA 提取策略1、RNA降解的原因内源性RNAase是造成RNA降解的最重要原因，因为人体细胞自身就是几十分钟（20min？）mRNA被降解一轮，所以不管是组织还是细胞还是液体状样本在离开其中细胞的最佳生活状态后都应该尽快的被妥善的方法保存起来。外源性RNA酶也是一个需要注意的因素，最常
DNA和RNA靶序列的原位PCR扩增实验
实验材料 样品试剂、试剂盒 双氧水PBS蛋白酶KRNA酶DTTdNTPKClMgCl2Tris·Cl仪器、耗材 加湿盒热循环仪实验步骤 1. 将载有固定样品的载玻片置105℃加热块上5~120 s。 2. 载玻片放入含0.3%H2O2中，于37℃或室温温育过夜，以灭活内源性过氧化物酶活性，然后以
RNA聚合酶链式反应(PCR)步骤
1），准备工作 8， 实验器具与材料: (1)移液枪:200ul、10ul (2)吸头:200ul、20ul (3)吸头台:放置 200ul 和 20ul 的吸头一个 (4)EP 管 1.5ml、100ul2），实验器具的处理与准备 (1) 塑料制品:(包括吸头、EP 管等)
Realtime－PCR实验心得和RNA提取心得
并不是所有的实验都可以做real－time的，技术路线要选好当你的基因表达量少或有些不表达具体就是做普通pcr跑胶条带比较弱，不是很亮的情况下个人觉得最好不要选择real，不容易做好，特别是融解曲线用sbgr green染料做的话，引物设计时扩增片断最好小于250bp，太长了不好扩预实验先rt－pc
RNA质量不好－请问能继续做定量PCR吗
RNA质量不好 请问能继续做定量PCR1.其实反转录要求不是很高,所有器具消毒操作带手套口罩就行,没必要加RNaseInhibitor2.OD260/280实际上反应的是蛋白质杂质的比例,可以间接的反应有没有RNA酶污染,所以这个比值低了有可能是RNA酶污染,也可能是提取操作或者试剂问题导致蛋白质残
RT－PCR技术及RNA提取策略2
一般的琼脂糖凝胶电泳，注意不要用甲醛变性电泳（又不是做northern，实在没有必要）。电泳槽注意一定不要用DEPC处理，一定要保证电泳体系中有少量的RNAase存在。分别在加样孔中加入1，2，3μlRNA抽提溶液。在旁边加入DNA marker。1%琼脂糖凝胶，10V/cm的电压，电泳10
RT－PCR技术及RNA提取策略3
成功的RT PCR的要素1、高质量RNA 成功的cDNA合成来自高质量的RNA。高质量的RNA至少应保证全长并且不含逆转录酶的抑制剂，如EDTA或SDS。RNA的质量决定了你能够转录到 cDNA上的序列信息量的最大值。一般不必使用oligo（dT）选择性分离poly（A）+RNA。不管起始模
DNA和RNA靶序列的原位PCR扩增实验
原位PCR是Hasse等于1990年建立的技术，就是在组织细胞里进行PCR反应，它结合了具有细胞定位能力的原位杂交和高度特异敏感的PCR技术的优点，是细胞学科研与临床诊断领域里的一项有较大潜力的新技术。实验材料样品试剂、试剂盒双氧水PBS蛋白酶KRNA酶DTTdNTPKClMgCl2Tris·Cl仪
生物实验室环形RNA在治疗系统性红斑狼疮方面的作用
上海4月26号发布，细胞中数以万计的环形核糖核酸（RNA）RNA分子结构大家近年来才被发觉。他们到底有哪些功效，大家也许还不知道。中科院细胞生物学与细胞生物学研究室陈玲玲研究组4月25日为国际性权威性学术刊物《细胞》上发布新成效：初次发觉这群有着与众不同构造的环形RNA能够抑止天然免疫系数PKR