研究人员开发环形RNA定量和剪接体转换识别新方法
2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-通讯》（Nature Communications）杂志上发表题为Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform switching events 的文章。该研究开发了环形RNA定量和差异表达分析的新方法——CIRIquant。与常用的环形RNA分析软件相比，CIRIquant可以更准确对环形RNA转录本进行识别和定量，并为环形RNA的差异表达分析提供了便捷的一站式分析工具。 环形RNA是一类在真核生物中广泛存在的具有特殊环状结构的非编码RNA分子。已有文献表明，在生物体内，环形RNA有着miRNA海绵、RBP海绵以及翻译短肽等多项功能，在许多生物学过程中发挥着重要作用。目前研究表明，大部分环形RNA来源于蛋白编码基因的外显子区域。在pre-mRN......阅读全文
研究人员开发环形RNA定量和剪接体转换识别新方法
2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-通讯》（Nature Communications）杂志上发表题为Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
赵方庆团队开发环形RNA定量和差异表达分析新方法
2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-通讯》（Nature Communications）杂志上发表题为Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
北京生科院提出环形RNA识别的新方法
环形RNA是一类新报道的结构特殊的非编码RNA。近两年的研究发现，环形RNA在动物细胞内广泛存在，且大多位于基因的外显子区域。另有研究表明，少数环形RNA分子可以充当microRNA“海绵”，在转录后水平对基因表达进行调控。然而，目前绝大多数的环形RNA功能仍不明确，科学家们推测其可能与蛋白质及
研究开发出高效环形RNA检测与定量工具
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）高远团队与动物研究所赵方庆团队，开发出面向TB级转录组数据的高效环形RNA检测与定量工具CIRI3，通过反向剪接序列比对与跨样本整合算法设计，实现了TB级数据的超高速处理，并可高灵敏识别低丰度及非传统剪接信号的新型环形RNA，突破了环形RNA大规模
北京生科院提出环形RNA全长转录本重建和定量新方法
国际学术期刊Genome Medicine 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification 的最新研究成果。该研
赵方庆团队提出环形RNA转录本重建和定量新方法
在以往的研究中，环形RNA的识别方法主要是利用环形RNA特有结构——反向剪接序列特征进行识别。然而，由于二代测序的读长普遍较短，研究者们虽然可以获得大量的反向剪接位点，却无法高通量获得环形RNA的完整内部结构信息，也无法对不同可变剪接产物进行精确定量。 2018年1月19日，Genome Me
我国学者成功挖掘和识别哺乳动物环形RNA功能
2019年3月19日，国际学术期刊Cell Reports 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为“Expanded expression landscape and prioritization of circular RNAs in mammals”的最新研究
北京生科院发表环形非编码RNA识别新技术
2月28日，国际学术期刊Briefings in Bioinformatics 发表了中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队题为Circular RNA identification based on multiple seed matching 的最新研究成果。因为目前在环形RNA识别方面存
环形RNA与线性RNA定量比较分析新系统CLEAR发布
1月15日，国际学术期刊Genomics,Proteomics & Bioinformatics在线发表了中国科学院－德国马普计算生物学伙伴研究所杨力研究组关于环形RNA研究的最新进展“CIRCexplorer3: A CLEAR Pipeline for Direct Comparison o
研究人员开发出新方法预测神经信号转换准确率达90％
据每日科学网报道，美国南加州大学研究人员开发出一种可准确预测神经信号的新方法，并藉此开发出一种大脑修复器，帮助人们修复受损的记忆。 当大脑接收感官信息的时候，会以复杂的电信号创建一个记忆，这种电信号能够穿越大脑记忆中心海马区的多个区域。在每一个区域信号都会重新编码，直到到达最终的区域，并以完全
生科院提出环形RNA内部序列结构可视化新方法
1月18日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队于Bioinformatics 杂志上在线刊发了题为Visualization of circular RNAs and their internal splicing events from transcriptomic data 的研究。该研
长读长－读序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454746.shtm 赵方庆（左二）与团队成员（左一侯玲玲、右二张金阳、右一左振强）查看测序数据情况。课题组供图 实际上，核糖核酸（RNA）不总是“一条线”，这种遗传信息载体
环形RNA获新研究进展
9月18日，国际著名学术期刊《细胞》在线发表了中科院上海生命科学研究院计算生物学伙伴研究所杨力课题组和生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲课题组关于环形RNA研究的最新进展。该研究成果首次阐明了互补序列对外显子来源环形RNA产生的调节机制，并进一步揭示了互补序列竞争性配对介导的可变环化调控，以全新的
DNA和RNA定量利器：Qubit－4
新一代测序（NGS）实验中，我们需要将精确量的DNA文库分子上样到测序仪中。如果测序运行时的文库分子过多或过少，都会使数据质量受损。这不仅浪费宝贵的样本和试剂，也浪费我们和仪器的时间。对于芯片分析（Microarray）和实时定量PCR（qPCR）而言，精确测定样本中的DNA或RNA也是必需的。以往
研究人员开发出肺癌细胞气体活检新方法
近日，中国科学院合肥物质科学研究院健康所医用光谱质谱研究团队采取糖酵解控制策略，通过气相色谱质谱非靶向分析，发现用一种挥发性有机物（VOC）可以识别出肺癌细胞。该研究结果日前发表在《科学报告》期刊上。2022年我国肺癌新发106.06万例，死亡73.33万例，发病率和死亡率均位列全部恶性肿瘤首位。早
研究人员开发出肺癌细胞气体活检新方法
近日，中国科学院合肥物质科学研究院健康所医用光谱质谱研究团队采取糖酵解控制策略，通过气相色谱质谱非靶向分析，发现用一种挥发性有机物（VOC）可以识别出肺癌细胞。该研究结果日前发表在《科学报告》期刊上。 2022年我国肺癌新发106.06万例，死亡73.33万例，发病率和死亡率均位列全部恶性肿瘤
研究人员揭示锌指抗病毒蛋白ZAP识别RNA的分子机制
2020年1月7日，Cell Reports 杂志在线发表了中国科学院生物物理研究所高璞课题组与高光侠课题组合作的研究论文“Molecular Mechanism of RNA Recognition by Zinc-finger Antiviral protein”。该研究工作解析了锌指抗病毒
RNA的定量和完整性分析
RNA的完整性可以通过琼脂糖变性电泳分析检测,而含量则通过紫外分光光度计确定。常见的变性电泳有甲醛变性电泳，戊二醛变性电泳等。甲醛变性电泳检测RNA完整性一、材料、试剂和仪器1 材料: 植物总RNA 5-10μg2 试剂:1）加样运载缓冲液（Loading buffer），50% 甘油，1mmol/
前剪接体和剪接体的分离及分析实验
实验方法原理 剪接体是由 RNA 和蛋白质构成的核糖核蛋白体（RNP)，它在前体 mRNA 的剪接过程中可去除前体 mRNA 的内含子。snRNP 是由 snRNA 及其结合蛋白组成，在前体 mRNA 的剪接过程起着重要作用。实验材料 PIP 10 载体核苷酸焦磷酸酶RNasinT7 RNA 聚合酶
前剪接体和剪接体的分离及分析实验
实验方法原理 剪接体是由 RNA 和蛋白质构成的核糖核蛋白体（RNP)，它在前体 mRNA 的剪接过程中可去除前体 mRNA 的内含子。snRNP 是由 snRNA 及其结合蛋白组成，在前体 mRNA 的剪接过程起着重要作用。
前剪接体和剪接体的分离及分析实验
剪接体是由 RNA 和蛋白质构成的核糖核蛋白体（RNP)，它在前体 mRNA 的剪接过程中可去除前体 mRNA 的内含子。snRNP 是由 snRNA 及其结合蛋白组成，在前体 mRNA 的剪接过程起着重要作用。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编：郑晓飞。实验方法原理剪接体是由 RNA 和蛋白质
研究人员开发真菌双功能萜合酶设计改造新方法
华东理工大学生物工程学院，生物反应器工程国家重点实验室教授张立新/刘雪婷团队，阐明了双功能萜合酶调控碳骨架形成的催化机制，完善了萜合酶家族的结构功能关系信息，为利用蛋白质工程改造萜合酶发现新颖萜类天然产物提供了新思路。相关研究发表于《德国应用化学》。萜类化合物是是天然产物药物研发的重要来源，已有多种
环形RNA可变反向剪接和可变剪接表达图谱被系统绘制
6月30日，国际学术期刊Genome Research 在线发表了中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所杨力研究组和生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组关于环形RNA研究的最新进展：Diverse alternative back-splicing and alternative spl
我国科学家发现环形RNA新功能
基因“暗物质”间接参与免疫调节 人类基因“暗物质”环形RNA (核糖核酸)又被“发掘”一项新功能。中科院生物化学与细胞生物学研究所与中科院—马普计算生物学研究所科研人员，合作研究发现了环形RNA及其生成调控过程参与抗病毒免疫反应，为环形RNA的功能和抗病毒免疫相关研究提供了新视角。日前，相关成
特定小RNA半衰期可迅速转换
神经细胞小RNA半衰期可迅速转换 小核糖核酸（miRNAs，又称小RNA）通常被认为具有很长的半衰期。然而，瑞士科学家日前发现，在小鼠的视网膜中，为了响应黑暗与光亮的影响，特定miRNA的水平能够迅速作出改变——这应该归因于高速的衰减与转录。此外，他们指出，高转变率可能是许多神经细
研究人员开发定量蛋白质组学数据的下游分析工具
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/9/507985.shtm
以色列研究团队开发出提前识别番茄枯萎病的新方法
以色列耶路撒冷希伯来大学近日发布公报说，该校研究团队开发出一种新方法，能够通过监测植物的蒸腾速率等微妙变化，提前识别番茄枯萎病。这一方法为作物病害早期监测提供了更为灵敏和量化的手段，有望助力减少农业损失、提升病害防控效率。 传统植物病害监测多依赖目测，往往具有滞后性，待症状明显时，作物已遭受严
研究人员开发出能自动识别转移癌细胞的深度学习算法
亥姆霍茨慕尼黑中心2019年12月12日消息：该研究中心与慕尼黑大学、慕尼黑工大合作开发了一款不仅能自动识别扩散的癌细胞，而且还能找到分散在小鼠全身单个癌细胞的算法。 癌症是全球最常见的死亡原因，但90%以上的癌症病人不是死于癌细胞扩散而非原发性肿瘤。由于生物发光法、MRI成像法等目前的技术分
科研家提出环形RNA全长转录本解析技术
近日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长转录本解析
环形RNA：从“无名之辈”到“明日之星”
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516892.shtm动植物体内存在种类繁多的环形核糖核酸（circular RNA），其中以反向剪接产生的环形RNA含量最为丰富，因其具有独特的闭环结构，近期引发全世界科学家的关注。在国家自然科学基金重大