营养与健康所等研发空间转录组数据多模态可视化工具
5月22日，中国科学院上海营养与健康研究所等研究人员在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上在线发表了题为SMDB: a Spatial Multimodal Data Browser的最新研究成果。该项工作为研究人员提供了空间多模态数据的交互可视化探索工具。 通过对组织器官的原位基因表达信息分析，高分辨率空间转录组学极大地提升了科研人员对组织结构的理解，从而在神经科学、发育生物学以及疾病研究等重要领域取得了突破。随着空间转录组学为代表的空间多组学技术的不断发展，其在空间多模态数据构建图谱以及疾病诊断治疗中发挥了越来越重要的作用，不仅揭示了新的疾病特征，还能诠释异常的细胞状态与病变组织关联起来的潜在因果机制。 目前已有工具可以将二维切片的基因表达模式进行可视化，或者进一步堆叠多张切片并形成组织的三维静态视图，但在三维空间中对空间转录组数据的分子特征和空间形态进行交互式探索仍然是一个难点。 营养与......阅读全文
科学家系统性评估多种空间转录组分析算法
中国科学技术大学生命科学与医学部教授瞿昆课题组设计了一整套分析流程，系统性评估了16种空间转录组和单细胞转录组数据整合算法在预测基因或细胞类型空间分布方面的性能。研究成果5月16日在线发表于《自然-方法》。整合分析流程 中国科大供图“细胞在组织器官内所处的空间位置，与其发挥生理功能或疾病产生过程密切
利用单细胞空间转录组揭示猕猴大脑皮层的细胞类型
阐明大脑皮层的细胞类型组成对于理解大脑结构和功能至关重要。中国科学院脑智卓越中心利用单细胞空间转录组揭示猕猴皮层的细胞类型。该研究成果于近日发表在《Cell》杂志上，题为：Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organizati
NorthwesternUniversity为空间转录组学创建开源“一站式商店”
纽约——Northwestern University的科学家最近发布了空间转录组学分析资源（SOAR），这是一个在线工具，旨在成为空间转录组学研究的“一站式商店”。 这项平台在本周《科学进展》（Science Advances）发表的一项研究中被介绍。 Northwestern Unive
空间转录组学开启生命科学基因研究的3D模式
近来单细胞组学研究的发展使生命科学研究步入更加微观的层面。对单个细胞基因功能的了解不仅刷新了我们对组成组织的细胞类型的发现，也让我们对组织中的细胞功能和互作机制有了全新认识。但是，需要将新鲜组织进行单细胞解离，需要足够活性的细胞进行实验，这些要求使得很多研究在一开始就被拒之门外。另外，虽然通过数
研究发现RNA测序新方法：检测亚细胞水平转录组空间分布
斯坦福大学研究团队在RNA测序方面取得突破性进展，发明了一种亚细胞水平转录组空间分布的RNA测序新方法，研究论文于近日在线发表于国际期刊Cell，论文标题为“Atlas of subcellular RNA localization revealed by APEX-Seq”。 该研究发明了一
空间转录组学开启生命科学基因研究的3D模式
近来单细胞组学研究的发展使生命科学研究步入更加微观的层面。对单个细胞基因功能的了解不仅刷新了我们对组成组织的细胞类型的发现，也让我们对组织中的细胞功能和互作机制有了全新认识。但是，需要将新鲜组织进行单细胞解离，需要足够活性的细胞进行实验，这些要求使得很多研究在一开始就被拒之门外。另外，虽然通过数据还
研究开发单细胞空间转录组数据分析可视化平台
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的十大科学突破之首。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空
营养与健康所等研发空间转录组数据多模态可视化工具
5月22日，中国科学院上海营养与健康研究所等研究人员在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上在线发表了题为SMDB: a Spatial Multimodal Data Browser的最新研究成果。该项工作为研究人员提供了空间多模态数据的交互可视化探索工具。 通过对组
人工智能赋能空间转录组数据的计算与解析研究获进展
细胞在组织和器官内的空间位置，对其发挥特定功能颇为重要。近年来，快速发展的空间转录组（Spatial Transcriptomics）技术能够同时测量生物组织切片空间位点的基因表达和空间位置信息，为研究人员破译组织的空间结构，探讨周围环境对细胞基因表达的影响提供了条件。中国科学院数学与系统科学研
掀开空间转录组学的面纱：可视化观察组织中的基因表达
在一项新的研究中，来自瑞典卡罗琳斯卡研究所和皇家理工学院等机构的研究人员开发出一种新的被称作空间转录组学（spatial transcriptomics）的高分辨率方法研究一种组织中哪些基因是有活性的。这种方法能够被用于所有类型的组织中，而且在临床前研究和癌症诊断中是有价值的。相关研究结果发表在
美国绘制出小鼠全脑高分辨率单细胞空间转录组图谱
美国麻省理工学院和布罗德研究所的科研人员绘制出小鼠全脑高分辨率单细胞空间转录组图谱，为深入理解大脑结构与功能提供了重要基础。该团队基于109万个高质量空间分辨单细胞基因表达定义出小鼠大脑更精细的组织区域，绘制出的大规模分子空间图谱囊括了超100万个细胞及其基因表达特征、空间坐标、分子细胞类型、分
专访空间转录组学技术的探路者青年科学家彭广敦
编者按：空间转录组学技术是转录组学研究领域的新方向，也是研究细胞异质性方面的新方法。该技术通过整合与优化单细胞测序和激光显微切割技术， 获得少量细胞转录组信息的同时可以保留细胞原有位置信息。为此， 生物谷专访了该技术的主要开发者－中国科学院上海生化细胞所彭广敦副研究员 生物谷：彭教授您好，非常
新型微生物群体单细胞分辨率高通量空间转录组分析技术
近日，美国加州理工学院研究团队开发了一种新的高通量空间转录组成像方法——并行连续荧光原位杂交par-seqFISH（parallel sequential fluorescence in situ hybridization）技术，能够在单细胞水平鉴定和观察微生物基因表达谱和微尺度环境中的空间信
生物物理所开发单细胞空间转录组数据分析可视化平台
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的十大科学突破之首。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空
新产品前瞻－空间转录组学开启生命科学基因研究的3D模式
近来单细胞组学研究的发展使生命科学研究步入更加微观的层面。对单个细胞基因功能的了解不仅刷新了我们对组成组织的细胞类型的发现，也让我们对组织中的细胞功能和互作机制有了全新认识。但是，需要将新鲜组织进行单细胞解离，需要足够活性的细胞进行实验，这些要求使得很多研究在一开始就被拒之门外。另外，虽然通过数
关于基因转录的转录因子介绍
转录因子(transcription factor)是起调控作用的反式作用因子。转录因子是转录起始过程中RNA聚合酶所需的辅助因子。真核生物基因在无转录因子时处于不表达状态，RNA聚合酶自身无法启动基因转录，只有当转录因子(蛋白质)结合在其识别的DNA序列上后，基因才开始表达。转录因子的结合位点
RNA的转录和逆转录
转录是以DNA为模板合成RNA的过程，经过转录DNA分子中的贮存信息传递到RNA分子中，再由mRNA做为模板合成蛋白质分子。逆转录也是从RNA的一个特定位置开始的，以RNA分子中的一条链为模板，在逆转录酶的作用下，以四种脱氧核苷酸为原料，合成方向仍是5'→3'，完成cDNA的合成。大
转录图谱的转录图谱的意义
在于它能有效地反应在正常或受控条件中表达的全基因的时空图。通过这张图可以了解某一基因在不同时间不同组织、不同水平的表达；也可以了解一种组织中不同时间、不同基因中不同水平的表达，还可以了解某一特定时间、不同组织中的不同基因不同水平的表达。人类基因组是一个国际合作项目：表征人类基因组，选择的模式生物的D
RNA复制、转录与逆转录
转录是以DNA为模板合成RNA的过程，经过转录DNA分子中的贮存信息传递到RNA分子中，再由mRNA做为模板合成蛋白质分子。逆转录也是从RNA的一个特定位置开始的，以RNA分子中的一条链为模板，在逆转录酶的作用下，以四种脱氧核苷酸为原料，合成方向仍是5'→3'，完成cDNA的合成。大
关于体外转录的转录条件介绍
转录模板必须满足： 1. 在基因组全长克隆过程中，在正向引物5‘末端添加T7启动子序列； 2. 以T7启动子作为体外转录启动子，在启动子后面靶位序列连续带有3个G,转录效率最 高； 3. 在正向引物5/端添加一个帽子G,有利于提高体外转录RNA分子的侵染活性。
转录因子的转录调控区的介绍
同一家族的转录因子之间的区别主要在转录调控区。 转录调控区包括转录激活区（transcription activation domain）和转录抑制区（transcription repression domain）二种。近年来，转录的激活区被深入研究。它们一般包含DNA结合区之外的30-10
RNA聚合酶在大肠杆菌细胞内的空间组织及其与转录的关系
2019年9月16日，PNAS杂志在线发表了约翰霍普金斯大学医学院肖杰博士团队的研究成果，题为“Spatial organization of RNApolymerase and its relationship with transcription in Escherichia coli”。该
Nat－Commun：通过整合细胞形态学和空间转录组学深度剖析肿瘤生态系统
埃默里大学（Emory University）的胡健团队与得克萨斯大学MD Anderson肿瘤医院的王凌华团队在Nature Communications上发表论文METI: Deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morp
RNA聚合酶在大肠杆菌细胞内的空间组织及其与转录的关系
2019年9月16日，PNAS杂志在线发表了约翰霍普金斯大学医学院肖杰博士团队的研究成果，题为“Spatial organization of RNApolymerase and its relationship with transcription in Escherichia coli”。该
关于转录因子的转录抑制区的介绍
也是转录因子调控表达的重要位点，但是对其作用机理研究尚不深入。可能的作用方式有三种：1）与启动子的调控位点结合，阻止其它转录因子的结合；2）作用于其它转录因子，抑制其它因子的作用；3）通过改变DNA的高级结构阻止转录的发生。 转录因子必须在核内作用，才能起到调控表达的目的。因此，转录因子上的核
CCAAT转录因子
中文名称CCAAT转录因子英文名称CCAAT transcription factor定 义可与启动子中的CCAAT元件发生特异性相互作用的转录因子。应用学科细胞生物学（一级学科），细胞遗传（二级学科）
核转录分析
实验材料 cDNA0.45um 硝酸纤维素 尼龙膜 酵母 tRNA试剂、试剂盒 PBS NP-40 裂解缓： 20XSSC LNaOH 甘油储存缓冲液 10X 转录缓冲液 核苷酸:ATPGTPCTP 200uCi「α32P]-UTP 10XSET 蛋占酶 K 无 RNase 的 DNase
转录的特点
转录时,细胞通过碱基互补的原则来生成一条带有互补碱基的mRNA,通过它携带密码子到核糖体中可以实现蛋白质的合成。与DNA的复制相比,转录有很多相同或相似之处,亦有其自己的特点。转录中,一个基因会被读取并复制为mRNA。就是说,以特定的DNA片段作为模板,以DNA依赖的RNA聚合酶作为催化剂,合成前体
转录因子组成
真核生物在转录时往往需要多种蛋白质因子的协助。一种蛋白质是不是转录结构的一部分往往是通过体外系统看它是否是转录起始所需要的。一般这些促成转录起始所需的转录结构包括三个重要的组成部分：亚基RNA聚合酶的亚基，它们是转录必须的，但并不对某一启动子有特异性。复合物某些转录因子能与RNA聚合酶结合形成起始复
核转录分析
实验材料 cDNA 0.45um 硝酸纤维素 尼龙膜 酵母 tRNA 试剂、试剂盒 PBS