NatCommun：通过整合细胞形态学和空间转录组学深度剖析肿瘤生态系统
埃默里大学（Emory University）的胡健团队与得克萨斯大学MD Anderson肿瘤医院的王凌华团队在Nature Communications上发表论文METI: Deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial transcriptomics，介绍了一种新的空间转录组数据分析框架。胡健和王凌华担任共同通讯作者，博士生蒋嘉汇是该论文的第一作者。 METI是一种机器学习方法，它通过整合空间基因表达数据和病理学组织学特征，系统性地分析肿瘤生态系统。该方法结合了从先验知识中获得的基因表达和细胞形态学特征，能够准确识别并标注肿瘤细胞、免疫细胞及其亚群。如图1所示，METI以空间转录组数据作为输入，包括基因的空间表达矩阵、对应的H&E染色组织切片图像，以及每个点位的X,Y坐标。它结合图像分割和基因表达的方法......阅读全文
Nat－Commun：揭秘转录因子“勘察”细胞基因组的分子机制
转录因子（TFs）是一种能调节基因表达的特殊蛋白，其能在完整的基因组中搜索并结合特殊区域来调节基因的表达；我们都知道，转录因子不仅能结合特殊的DNA序列，还能非特异性结合任何DNA链。这些非特异性的关联就能够明显增加转录因子寻找特殊靶点的能力，然而目前研究人员并不清楚在扫描大量基因组、定位以及结
高深度空间代谢组学助力肿瘤微环境研究
肿瘤的发展除了与癌细胞自身基因突变导致的恶性增殖有关以外，还与肿瘤微环境息息相关。在癌症中，正常组织中和谐的细胞相互作用关系被破坏，原本保护正常细胞生存的微环境在肿瘤细胞的影响下，逐渐演变成适应肿瘤生长的条件。针对肿瘤微环境的检测和表征研究也可为癌症治疗提供新的思路。目前空间多组学技术已用于研究几种
Nat－Commun：全基因组测序剖析肾癌形成的遗传结构
近日，来自麦基尔大学等处的研究人员通过研究揭示了肾癌发病的遗传结构，或为揭示马兜铃酸暴露和肾癌的发生率之间的关系提供一定的依据，相关研究刊登于国际杂志Nature Communications上。 文章中研究人员主要对一种名为透明细胞癌的肾癌进行研究，透明细胞癌占所有成人细胞癌的2.4%，每年
空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例
单细胞转录组测序技术的如火如荼，伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展，可以看到，在现有的高通量检测技术领域，这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展，到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展，相信在接
空间组学新技术破解肿瘤细胞早期空间侵袭模式
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516182.shtm近日，上海交通大学医学院分子医学研究院杨朝勇团队和附属仁济医院泌尿科郑军华团队开发了一种空间转录组学测序新技术Decoder-seq，并运用该技术探究了早期肾细胞癌（RCC）两种亚型肿
空间转录组学研究案例简析
01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1]影响因子：11.878发表时间：2018.06发表期刊：Nat Commun肿瘤内异质性是当今癌症治疗中最大的挑战之一。在这里，研究人员使用空间转录组学（ST）技术研究整个多灶性前列腺癌的全组织基因表达异质性。利用一种新的去卷积方法，分析12个区域的近6
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat C
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat
2018年新技术：空间转录组学技术
——也许不久的将来，定位组织中的基因表达就会成为一种常规技术了。 对于基因表达研究来说，空间一直都是具有挑战性的前沿研究领域。但是随着越来越多的研究人员获得了技术进展，这已经不再是令人望而生畏的领域了。这些方法的多样性和创造性使其成为一个值得关注的技术方向。 空间基因表达对于理解组织中细胞的
Nat－Commun：发现DNA包装蛋白和肿瘤发展之间的关系
来自奥塔哥大学的科学家已经发现了两种蛋白质的三维结构，为为什么一些人会患上某些特殊的癌症提供了答案。 在一项最新发表在《Nature Communications》上的研究中，一个由奥塔哥大学生物化学系Peter Mace博士领导的研究团队揭示了人体内控制DNA包装的蛋白质——BAP1和
NAT－COMMUN－|－蛋白质组学（TMT+labelfree）破译衰老密码
众所周知，干细胞的老化被认为是导致组织和器官老化的根本原因，尤其是在高周转率的生物系统中，比如造血作用。随着干细胞的老化，受损组织被替换的潜能也会随之减弱，在人体中，贫血，适应性免疫系统能力的下降，以淋巴细胞为代价的骨髓细胞的扩张，以及频发的血液系统恶性肿瘤，这些都已经被报道与衰老息息相关。但是
揭示整合单细胞和群体细胞转录组数据推断细胞分化时间
近日，中国科学院上海生命科学研究院（人口健康领域）马普计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组，中科院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组，与清华大学沈沁研究组合作发表的论文，以Inference of differentiation time for single cell transcriptom
空间转录组测序技术在肿瘤研究进展的应用
空间转录组测序技术是一种基于组织空间结构进行高通量转录组测序的技术。通过该技术，可以得到组织空间位置的基因表达图谱。因此，空间转录组技术是现阶段可实现空间二维基因表达检测的高通量技术。该技术为基于空间的发育研究和疾病异质性问题提供了一个解决方案。 空间转录组测序运用方向（Trends Bi
空间转录组测序技术在肿瘤研究进展的应用
空间转录组测序技术是一种基于组织空间结构进行高通量转录组测序的技术。通过该技术，可以得到组织空间位置的基因表达图谱。因此，空间转录组技术是现阶段可实现空间二维基因表达检测的高通量技术。该技术为基于空间的发育研究和疾病异质性问题提供了一个解决方案。空间转录组测序运用方向（Trends Biotechn
Nat－Commun：微生物组的可靠“时钟”
尽管人类微生物组在过去几年中受到了人们的广泛关注，但一直以来难以观察其在各种刺激下随时间变化的情况。最常见的分析方法是从粪便样本中提取细菌，然后对它们的基因组进行测序，但是这种方法会丢失肠道中细菌的位置和时间等关键信息。 如今，来自哈佛大学的研究人员创建的一种新工具提供了解决此问题的方法，他们
单细胞和空间组学技术在肝脏领域应用
近期，中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》（Journal of Hepatology）上，发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞
Nat－Commun－|－蛋白质组学揭示病毒性肝癌治疗靶点
发性肝癌是一种高度异质性肿瘤。其组织学病理分型可分为肝细胞肝癌、肝内胆管细胞癌和混合型肝癌三种类型。在亚洲，乙型肝炎病毒（HBV）或丙型肝炎病毒（HCV）感染在肝细胞癌的发生发展中起主要作用。在西方，酒精性肝病和非酒精性脂肪性肝炎是更普遍的驱动因素。尽管阿替利珠单抗联合贝伐单抗一线治疗晚期肝癌取
Nat－Commun：解决肿瘤细胞产生放疗耐受性的新方法
最近一项研究发现肿瘤产生对放疗耐受性的内在机制，以及如何通过现有药物克服这一耐受性的方法。由于目前有40%的大型肿瘤都会产生对放疗的耐受性，从而为肿瘤的治疗带来障碍，因此这一发现为这一巨大难题提供了新的解决方法。 “长期以来我们已经知道放疗会导致炎症反应，而此前研究也表明STING分子是调节这
Nat－Commun：肿瘤干细胞如何诱导三阴性乳腺癌的发生？
最近来自克利夫兰临床研究中心的研究者们发表在《Nature Communications》杂志上的一篇文章，一种新的干细胞信号通路能够促进恶性乳腺癌"三阴性乳腺癌"的存活。 乳腺癌激素疗法能够阻断癌细胞与激素的相互作用，进而抑制其生长与扩散，而三阴性乳腺癌细胞由于缺乏这类受体，因此激素疗法难以
单细胞和空间组学技术在肝脏领域的应用
近期，中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》（Journal of Hepatology）上，发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞
空间转录组测序样本准备指南
现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究，所以在样本冻存前至少10分钟，将异戊烷和液氮浴准备好（之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻，是因为液氮沸点比较低，直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴，导致不同区域降温不同步而改变内部形态，甚至组织碎裂）。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到
空间转录组测序样本准备指南
现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究，所以在样本冻存前至少10分钟，将异戊烷和液氮浴准备好（之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻，是因为液氮沸点比较低，直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴，导致不同区域降温不同步而改变内部形态，甚至组织碎裂）。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到异戊
空间转录组测序样本准备指南
一、外泌体研究热度持续攀升 外泌体（exosome）是活细胞分泌的30-200nm的囊泡，在电镜下具有非常明显单层膜结构，通常为茶托型或一侧凹陷的半球形。其主要来源于细胞内溶酶体微粒内陷形成的多囊泡体，经多囊泡体外膜与细胞膜融合后释放到胞外基质中。多种细胞在正常及病理状态下均可分泌外泌体，
与转录组学和蛋白组学比较，代谢组学有何优点
那年夏天Forever与转录组学和蛋白组学比较,代谢组学有以下优点：①代谢组学放大了基因和蛋白表达的微小变化,从而使检测更容易；②代谢组学的研究不需建立全基因组测序及大量表达序列 标签(EST)的数据库,且代谢产物的种类要远小于基因和蛋白的数目.③ 由于给定的代谢产物在每个组织中都是一样的,所以研究
Nat－Commun：候选分子抑制癌细胞扩散
通过对有5万多“小分子”的库进行筛选，发现了一个潜在的候选分子，可以抑制癌细胞扩散到全身。相关研究刊登在Nature Communications杂志上。 细胞在我们的身体中经历生长，分裂和死亡的连续过程，但是，当这一过程中出现差错，会导致不受控制的细胞生长和肿瘤发展。不加制止的话，这种
Nat－Commun：早期免疫细胞的功能特征
LMU研究人员的一项研究表明，在幼儿中发现的未成熟树突状细胞能够诱导强大的免疫反应。结果可能导致改进的疫苗接种方案。（图片来源：Www.pixabay.com） 树突状细胞是先天免疫系统的重要组成部分，是人体抵抗传染原和肿瘤细胞的第一道防线。他们的工作是激活适应性免疫系统的T细胞，从而赋予针对
使用显微镜通过形态学检测细胞凋亡
使用显微镜通过形态学检测细胞凋亡 细胞凋亡的检测有定性或定量两类方法。定性可以通过形态学观察，包括光镜、电镜和荧光显微镜等，也可以通过琼脂糖电泳来检测特征性DNA梯形条带。定量研究的首选方法为流式细胞仪。原位末端标记法则既可用于定性，又可用于半定量。此外，相比荧光显微镜，激光共聚焦技术提供了
转录组学新技术揭露细胞何时崩溃
买房关键看位置，细胞在人体内也有类似的生存法则。3月，来自美国得克萨斯大学的癌症研究者在一场报告会上介绍了团队新成果：在肿瘤细胞周围，那些表面看似无恙的细胞，内部已有变化——它们比正常组织表现的更像肿瘤，且更易扩散。 据《科学》报道，这项成果的关键是空间转录组学技术，该技术能帮助研究者定位细胞
国人佳作惊艳时代风口！蛋白质组学2021科研成果汇编
蛋白质组学（proteomics）是指系统研究某一基因组所表达的所有蛋白质，包括组成蛋白质一级结构的氨基酸序列，蛋白质的丰度，蛋白质的修饰以及蛋白质之间的相互作用。蛋白质组（proteome）的概念最早在1994年由澳大利亚 Maquaire大学的一个学生 Marc wilkins 提出，蛋白质组被
Nat－Commun：细胞器是如何组成细胞的
细胞生物学教科书上的图片呈现给我们的不够完美，教科书上的细胞核，内质网，高尔基体等细胞器是在固定位置上表现出来的。一些线粒体和囊泡是散乱随机分布的，其它的细胞器分布的非常少。因为活细胞成像技术的发展，我们知道了细胞器是高度动态分布的，那么它们在细胞中是如何分布的呢？细胞器又是如何通向它们定向位置