营养与健康所等研发空间转录组数据多模态可视化工具
5月22日，中国科学院上海营养与健康研究所等研究人员在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上在线发表了题为SMDB: a Spatial Multimodal Data Browser的最新研究成果。该项工作为研究人员提供了空间多模态数据的交互可视化探索工具。 通过对组织器官的原位基因表达信息分析，高分辨率空间转录组学极大地提升了科研人员对组织结构的理解，从而在神经科学、发育生物学以及疾病研究等重要领域取得了突破。随着空间转录组学为代表的空间多组学技术的不断发展，其在空间多模态数据构建图谱以及疾病诊断治疗中发挥了越来越重要的作用，不仅揭示了新的疾病特征，还能诠释异常的细胞状态与病变组织关联起来的潜在因果机制。 目前已有工具可以将二维切片的基因表达模式进行可视化，或者进一步堆叠多张切片并形成组织的三维静态视图，但在三维空间中对空间转录组数据的分子特征和空间形态进行交互式探索仍然是一个难点。 营养与......阅读全文
RNA－标准转录反应
实验材料 模板 DNA 或质粒 试剂、试剂盒 TE 异丙醇 3mol LNaAc
rRNA转录加工过程
主要加工方式是切断。真核细胞的rRNA基因（rDNA）属于一种被称为丰富基因（redundant gene）族的DNA的序列，即染色体上一些相似或完全一样的纵列串联基因（tandem gene）单位的重复。由不能转录的间隔区（spacer）把这些单位分隔开。在这里，间隔区与内含子是不同的概念。在分类
转录因子和转录因子之间可以有相互作用吗
可以转录因子真核生物转录起始十分复杂，往往需要多种蛋白因子的协助，转录因子与RNA聚合酶Ⅱ形成转录起始复合体，共同参与转录起始的过程。根据转录因子的作用特点可分为二类；第一类为普遍转录因子,它们与RNA聚合酶Ⅱ共同组成转录起始复合体时，转录才能在正确的位置开始。除TFⅡD以外，还发现TFⅡA，TFⅡ
反转录病毒原液检测实验——反转录酶分析法
实验材料病毒试剂、试剂盒SSC乙醇仪器、耗材滴定板滤纸离心机实验步骤1. 加50 μl RT反应混合物于96-孔微量滴定板的各孔中。每个待测或对照样品占一孔。加10 μl 病毒上淸，盖上平板，置于37℃培养箱中温育1~2 h。2. 将各反应液10 μl 点于一张2.5 cm 直径的圆形DE52或
体外转录合成单链RNA探针:体外转录法
体外转录法l 体外转录合成单链RNA探针1. 用适当的限制酶消化超螺旋质粒DNA制备5 pmol的线性模板DNA。取一小份消化的DNA（100ng）进行琼脂糖凝胶电泳分析。如有必要，再补加限制性酶进行温育，直至不再残存痕量的未消化DNA。2. 如必须用产生3’突出端
关于启动子的转录单元和转录起点的介绍
一、转录单元 转录单元（transcription unit) 是一段从启动子开始至终止子（terminator）结束的DNA序列,RNA聚合酶从转录起点开始沿着模板前进,直到终止子为止,转录出一条RNA链。在细胞中,一个转录单元可以是一个基因,也可以是几个基因。 二、转录起点 转录起点是
依赖ρ因子的转录终止
ρ因子是一种分子量为46kDa的蛋白质，以六聚体为活性形式。
转录辅阻遏物
中文名称转录辅阻遏物英文名称transcriptional corepressor定 义对阻止转录起辅助作用的蛋白质。其中许多为组蛋白脱乙酰酶。应用学科细胞生物学（一级学科），细胞遗传（二级学科）
简述转录控制的性质
一种基因可以通过多种方式调节，例如，改变转录的RNA的数量，或者控制基因转录时的时间。这种控制允许细胞或有机体对多种内细胞和细胞外的信号作出反应。这其中的一些例子包括:产生信使mRNA、编码产生酶以适应食物来源方式的变化，以及产生参与细胞周期活动的基因产物和产生在高等真核生物中负责细胞分化的基因
双向转录的技术特点
E.coli外膜蛋白OmpC和OmpF的合成调控：OmpC和OmpF的合成受到培养基渗透压的控制，当培养基渗透压增加时，由 envZ基因编码的一种外膜受体蛋白能感受渗透压的变化，将信息传递给细胞质内的OmpR蛋白。激活的OmpR是一种正调节蛋白，能促进双向转录，除转录OmpC基因外，还以相反方向在O
共转录的技术特点
中文名称共转录英文名称cotranscription定 义(1)原核生物的基因以多顺反子或操纵子形式存在，被转录为一个共同的信使核糖核酸(mRNA)。(2)通过基因操作使不同的基因同时在细胞或组织中一起转录。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），基因表达与调控（二级学科）
转录物组的定义
转录组也称“转录物组”。是一个基因组转录的所有RNA。
合成－5＇加帽转录物
试剂、试剂盒 DEPC处理的水 转录缓冲液 lOOmmol LDTT RNasin rATPrCTPrUTP rGTP0.5 mmol L m7 G(5＇)ppp(5＇)G DNA 模板 RNA 样品缓冲液 RNA 载样缓冲液 MOPS 缓冲液 TE 缓冲液实验步骤 一材料与设备1)DEPC：处理的
基因转录调控的途径
可分为三种主要途径：1）遗传调控（转录因子与靶标基因的直接相互作用）；2）调控转录因子与转录机制相互作用，3）表观遗传调控（影响转录的DNA结构的非序列变化）。
连缀转录分析实验
实验方法原理 离心机和转头，沸腾的水浴锅， Dounce 匀浆器，晶型塑料或超明亮型吊桶式离心管，聚丙烯管，刀片，预设到 30°C 的振荡水浴，预设到 4°C 和 65°C 的水浴 实验材
信使RNA转录的调控
一、遗传信息的表达有时序调控和适应调控，转录水平的调控是关键环节，因为这是表达的第一步。转录调控主要发生在起始和终止阶段。 二、操纵子是细菌基因表达和调控的单位，有正调节和负调节因子。阻遏蛋白的作用属于负调控。环腺苷酸通过其受体蛋白（CRP）促进转录，可促进许多诱导酶的合成。操纵子可构成综合性
3.1.1－RNA－标准转录反应
利用 DNA 聚合酶 I 的大片段（Klenow 酶）的 3＇— 5＇外切酶活性将 3＇黏性末端转化成平末端。具体方法是在体外转录体系尚未加入核苷酸和 RNA 聚合酶时，加入 Klenoow 片段 (终浓度为 5U/ug)，于 22℃ 孵育 15mim, 然后再加入核苷酸混合物和RNA 聚合酶实验材
连缀转录分析实验
核连缀分析用于确定某个克隆的基因是否受转录调控。理论上，核连缀分析应该在检测稳定状态 mRNA 水平变化的杂交实验之后，而在启动子分析之前进行。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。实验方法原理离心机和转头，沸腾的水浴锅， Dounce 匀浆器，
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
通用转录因子的定义
通用转录因子（general transcription factors, GTFs） 。真核生物中有效的和启动子特异性的起始过程中需要几个起始因子，这些起始因子称为通用转录因子
转录定位法方法介绍
许多 RNA病毒的整个基因组往往作为一个单位转录。随着转录的进行，由基因组上各个基因所编码的蛋白质也依序在寄主细胞中出现。当寄主细胞被紫外线照射使本身的蛋白质合成受到抑制时，病毒蛋白的出现更为明显。紫外线照射也起着抑制病毒基因组的转录的作用。紫外线在 RNA分子的某一部位造成损伤后，损伤的部位和它后
通用转录因子的定义
通用转录因子(general transcription factors, GTFs) 。真核生物中有效的和启动子特异性的起始过程中需要几个起始因子,这些起始因子称为通用转录因子。
转录物组的定义
转录组也称“转录物组”。是一个基因组转录的所有RNA。
合成－5＇加帽转录物
试剂、试剂盒 DEPC处理的水 转录缓冲液 lOOmmol LDTT RNasin rATP rCTP rU
简述转录因子的作用
是通过和顺式因子的互作来实现的。这段序列可以和转录因子的DNA结合域实现共价结合，从而对基因的表达起抑制或增强的作用。 目前，人工转录因子（Artificial Transcription Factor，ATF）的构建已用于转录因子的生物学功能研究中起到重要作用。ATF是指将不同的DNA结合结
原位PCR的反转录
原位PCR的反转录不同于原位PCR的过程包括两个：即蛋白酶消化后用无RNA酶的DNA酶消化过夜和原位PCR的反转录过程。此处主要介绍这两个过程，其余方法同原位PCR。1．DNA酶消化【试剂与配制】无RNA酶的DNA酶10×缓冲液：35μl 3mol/L NaAc，5μl 1mol/L MgSO4，6
转录的定义和过程
转录(Transcription)是遗传信息从DNA流向RNA的过程。即以双链DNA中的确定的一条链(模板链用于转录,编码链不用于转录)为模板,以A、U、C、G四种核糖核苷酸为原料,在RNA聚合酶催化下合成RNA的过程。作为蛋白质生物合成的第一步,进行转录时,一个基因会被读取并被复制为mRNA,即特
转录模板的操作步骤
1. 提取cDNA质粒；2. 线性化质粒：（利用单一的酶切位点线性化有利于转录）3. 纯化质粒：（尽量避免RNase污染） ① 加等体积的Tris-苯酚：氯仿（1:1）到100μL限制内切酶消化体系，涡旋振荡20s, 13000g离心5min; ②上清转移，加入2倍体积无水乙醇和1/10体积的3M的
转录组测序流程步骤
以真核转录组测序为例，实验流程为总RNA提取-mRNA分离-建库试剂-定量-文库回收-桥式扩增-上机测序；项目分析流程为数据产出数据=数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析。
人类首次“转录”太阳声波
英国科研人员对太阳日冕层产生的声波实施“转录”，首次推出太阳“交响乐”。这项研究不但有助于了解太阳大气层活动，还有助于预测太阳耀斑爆发。首次“转录” 谢菲尔德大学太阳物理和空间等离子体研究中心首次把日冕环状磁场振荡转变为人耳可以听到的声音。 3年前，这一研究中心宣布，观察到太阳日冕