科学家绘制细胞游离DNA单分子全基因组突变图谱
体细胞突变是肿瘤发生的标志，可用于癌症的无创诊断。美国约翰·霍普金斯大学医学院绘制细胞游离DNA单分子全基因组突变图谱，用于癌症无创检测。该研究成果于近日发表在《Nature Genetics》杂志上，题为：Single-molecule genome-wide mutation profiles of cell-free DNA for non-invasive detection of cancer。 研究人员分析了泛癌症全基因组分析（Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes，PCAWG）研究中2511人的全基因组测序数据，以及4个前瞻性队列中489人的全基因组测序数据。他们发现，癌症患者组织和细胞游离DNA不同区域突变的特异性频率及复制时间与其他染色质特征相关。研究人员训练了一个机器学习模型，将全基因组突变图谱与其他特征相结合，并导入已通过CT成像检测出肺癌的I期和II期患者结果。经在......阅读全文
细胞用量大幅减少，新技术提升单分子DNA测序水平
美国格拉德斯通研究所团队开发了两种新的单分子分析工具，可将所需的DNA量减少90%至95%。该研究成果发表在最新一期《自然·遗传学》杂志上，展示了这些工具如何帮助科学家解决他们以前无法回答的生物学问题。 单分子分析的黄金标准方法通常需要至少150000个人类细胞，其中包含数百万个单个DNA分子
细胞用量大幅减少，新技术提升单分子DNA测序水平
美国格拉德斯通研究所团队开发了两种新的单分子分析工具，可将所需的DNA量减少90%至95%。该研究成果发表在最新一期《自然·遗传学》杂志上，展示了这些工具如何帮助科学家解决他们以前无法回答的生物学问题。单分子实时测序示意图。图片来源：《自然·遗传学》单分子分析的黄金标准方法通常需要至少150000个
PacBio单分子测序揭示丹参叶绿体DNA修饰的相互作用
2014年6月10日，中科院药用植物研究所（IMPLAD）刘昶团队在《PLOS ONE》杂志上发表了利用PacBio测序技术揭示丹参（Salvia miltiorrhiza）叶绿体DNA修饰之间复杂相互作用的相关文章，该文章报道了丹参叶绿体中编码及非编码RNA的表达情况。这也是国内PacBio第
分子生物学篇之基因组DNA纯化
2007年刚过，各种年终汇总琳琅满目，生物通也将于未来一个多月里大摆生物技术饕餮盛宴，为读者带来前沿技术和信息的思维享受和满足--每日密集精选各厂家及经销商过去一年在中国大陆地区着力推广的重点产品文章或者上市的新产品新技术文章，将2007年当中生物通倍受瞩目的产品和技术一一呈递，打造精彩纷呈的生物技
单分子阀门－实现纳米通道中的单分子流动
科学界设想利用微小的分子作为构建物体的基础元素，类似于我们用机械部件组装东西的方式。然而，挑战在于分子非常小，大约是一个垒球大小的一亿分之一，而且它们在液体中会随机移动，使得控制和操纵它们成为一种单一的形式很困难。为了克服这一障碍，能够通过非常狭窄的通道（尺寸类似于百万分之一根吸管）输送分子的"纳米
单链DNA基因组结构揭示了真核病毒的祖先事件
海藻病毒（Marine algae viruses）是控制海洋生态系统中微生物群落的重要组成部分，在病毒进化的早期起着基础性作用。在这里，我们关注的是一个主要的海藻病毒群，单链DNA（ssDNA）病毒Bacilladnaviridae。我们提出了海藻病毒Chaetoceros tenuissimus
全血基因组DNA提取试剂盒（50次）使用说明
全血基因组DNA提取试剂盒（50次）试剂盒组成：1．溶液A 25ml 5×STMT(用时按体积比1：4 用灭菌双蒸水稀释)2．溶液B 17ml3. 溶液C 0.6ml RNase A4．溶液D 44ml5. 溶液E 1.25ml Resin（用时充分混匀）6. 溶液F 30ml 洗液(用时加入40m
单分子荧光检测
单分子检测被称为分析化学的极限，近年来取得了重要进展。其中，单分子荧光分析是实现单分子检测最灵敏的光分析技术。单分子荧光检测的关键在于确保被照射的体积中只有一个分子与激光发生作用以及消除杂质荧光的背景干扰。通常采用高效滤光片，利用共焦、近场合消失波激发，可以达到此目的。单分子荧光检测可提供单分子水平
第三代基因组测序仪问世－实现单分子速读
据《自然》杂志网站2月8日报道，在上周末于美国佛罗里达州马可岛召开的“基因组生物学与技术进展大会”上，来自加利福尼亚门洛帕克市的太平洋生物科技公司介绍了其研制的第三代基因组测序仪，该测序仪实现了一次标记一个分子式的单分子速读。 研究人员指出，第三代测序仪的关键优势是能够对单个DNA(
首个基于全基因组测序技术的食源性疾病分子溯源网络
食源性疾病是全球范围内重要的食品安全问题，早期发现和查明病因是防控食源性疾病的重要保证。随着新一代基因组测序技术的发展，基于全基因组测序（WGS）的分子分型技术在食源性疾病聚集性病例识别和暴发溯源调查中已显示出极大的应用价值和发展潜力，逐渐成为国际研究热点，欧美相关国家已相继开展研究和布局。在国
首个基于全基因组测序技术食源性疾病分子溯源网络建成
食源性疾病是全球范围内重要的食品安全问题，早期发现和查明病因是防控食源性疾病的重要保证。随着新一代基因组测序技术的发展，基于全基因组测序（WGS）的分子分型技术在食源性疾病聚集性病例识别和暴发溯源调查中已显示出极大的应用价值和发展潜力，逐渐成为国际研究热点，欧美相关国家已相继开展研究和布局。在国
单链DNA编码金纳米粒子法实现动态“纳米”分子反应
近日，中国科学院上海高等研究院光源科学中心物理生物学研究室、中国科学院上海应用物理研究所和上海交通大学合作发展了一种用单链DNA编码金纳米粒子的方法，并实现了动态“纳米”分子反应。该方法通过设计一条多嵌段的单链DNA序列，可以赋予金纳米粒子类似原子的离散价态和正交价键。这些“纳米”原子则可通过D
基于数字PCR的单分子DNA定量技术研究进展（三）
3.2 dPCR在转基因植物检测方面的研究 转基因植物及相关食品的定量分析主要测定转入基因的相对含量。目前常用qPCR作为核酸定量方法。dPCR可以不需要校准物而准确测量低拷贝的DNA分子。Corbisier 等用dPCR分析了提取于MON810玉米种子的外源检测基因和hmg基因的拷贝数，验证了dP
新技术！蛋白DNA交互作用在单分子水平迎来重要突破！
ChIP-seq、ATAC-seq等都是常见的研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，但这些传统方法都无法获得每一个大片段DNA分子上蛋白结合的真实状态，无法进行DNA复杂结构域蛋白-DNA交互作用的分析，使得蛋白-DNA交互作用在单分子水平的研究受到限制。 近日，华大基因唐冲博士团队在bi
日本团队用单分子动力学解析DNA杂交基本过程
一项发表在《化学科学》(Chemical Science)上的研究成果显示，日本东京理工大学团队使用扫描隧道显微镜(STM)测量单分子电导率的变化来探索DNA“杂交”(由两条单链DNA形成双链DNA)。 该研究团队将单链脱氧核糖核酸(ssDNA)附着在由金制成的扫描隧道显微镜尖端，并通过一
基于数字PCR的单分子DNA定量技术研究进展（一）
摘要 数字PCR是一项针对单分子目标DNA的绝对定量技术。该技术是将含有DNA模板的反应溶液分配到大量独立的反应室中并且发生扩增反应，通过统计反应室中的阳性信号来定量DNA的拷贝数。DNA样品在反应室中随机和独立分布是单分子成功扩增和准确定量D NA拷贝数的关键因素。本文综述了数字PCR的发展历
基于数字PCR的单分子DNA定量技术研究进展（二）
2 qPCR与dPCR比较研究 qPCR是目前DNA定量研究的主要技术，该技术通过在PCR反应体系中加入荧光结合染料(SYBR green I) 或荧光标记的探针( 如TaqMan Probes) ，利用实时积累的荧光信号监测整个扩增过程，最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析，以此来评估
基于数字PCR的单分子DNA定量技术研究进展（四）
NGS 是一种识别和确认未知致病菌的前景广阔的技术，然而其在生物防御和公共健康应用等方面的时效性，却往往因为缺乏快速、有效、可靠的自动DNA样品制备方法而受到限制。为了突破这种限制，Kim 等设计了一种基于流体分布元件的数字微流体(DMF) 平台，使得多子系统模块能够进入自动NGS库样品
农科院研究揭示水稻全基因组功能单倍型自然变异特征
近日，中国农业科学院作物科学研究所（以下简称作科所）水稻分子设计技术与应用创新团队构建了一个全基因组基因功能单倍型（gcHap）数据集，全面揭示了亚洲栽培稻基因功能单倍型自然变异特征，提出亚洲栽培稻多起源（驯化）假说，并开发了适用于功能单倍型数据全基因组关联分析和全基因组预测的软件包“HAPS”
拟南芥叶绿体基因组DNA双链断裂修复的全新分子机制
2021年6月16日，清华大学生命学院/清华-北大生命科学联合中心孙前文实验室在Nucleic Acids Research杂志在线发表题为“RNase H1C与单链DNA结合蛋白WHY1/3和重组酶RecA1在拟南芥叶绿体中协作完成DNA损伤修复 (RNaseH1C collaborates
全血基因组DNA提取试剂盒的作用原理是怎样的
保证核酸一级结构的完整性，核酸样品中不应存在对酶有抑制作用的有机溶剂和过高浓度的金属离子，其他生物大分子如蛋白质、多糖和脂类分子的污染应降低到最低程度，其他核酸分子，如RNA，也应尽量去除。全血基因组DNA提取试剂盒（离心柱型）作用原来具体是这样的：独特的结合液，蛋白酶K迅速裂解细胞和灭活细胞内核酸
禽类全血基因组DNA－提取试剂盒（50－次）使用说明
禽类全血基因组DNA 提取试剂盒（50 次）试剂盒组成：溶液A： 30ml溶液B： 0.6ml RNase A溶液C： 50ml溶液D： 2ml Resin（用时充分混匀）溶液E： 30ml 洗液(注：用时加入35ml 无水酒精)溶液F: 10ml TE 缓冲液实验步骤:1． 取300μl 抗凝血,
Nature－Genetics：单细胞全基因组DNA甲基化组新发现
北京大学北京未来基因诊断高精尖创新中心，北大生命科学学院与第三医院等处的研究人员发表了题为“Single-cell DNA Methylome Sequencing of Human Preimplantation Embryos”的文章，利用单细胞DNA甲基化组高通量测序方法，首次在单细胞分辨
第三代基因组测序仪问世－实现了单分子速读
据《自然》杂志网站2月8日报道，在上周末于美国佛罗里达州马可岛召开的“基因组生物学与技术进展大会”上，来自加利福尼亚门洛帕克市的太平洋生物科技公司介绍了其研制的第三代基因组测序仪，该测序仪实现了一次标记一个分子式的单分子速读。 研究人员指出，第三代测序仪的关键优势是能够对单个DNA（脱氧核
－Pacbio单分子实时测序技术于药用植物基因组研究应用
药源短缺成为限制临床治疗和新药研发的最大瓶颈，因此，开发新的药物来源途径是迫切需要解决的问题。利用现代生物技术和次生代谢工程手段是未来生产药物最有潜力的发展方向。我国药用植物有1 万多种，大多数药用植物遗传背景不清楚，基因组信息缺乏，遗传信息和功能基因的研究亦极为薄弱。例如人参属（Panax）
膜蛋白化学全合成及单分子通道检测研究取得新进展
近日，中国科学院合肥物质科学研究院强磁场科学中心副研究员郑基深在清华大学教授刘磊和强磁场科学中心研究员田长麟共同指导下发展了膜蛋白化学全合成新方法，合成了全长流感病毒通道蛋白M2及内向整流钾离子通道蛋白Kir5.1膜嵌入结构域，并和强磁场中心的博士生余木合作，应用单分子通道检测方法实现了化学全合
PLOS－Genet：单分子测序技术助力原核生物DNA甲基化研究
近日，刊登在国际杂志PLoS Genetics上的一项研究论文中，来自美国能源部联合基因组研究院的研究人员对230种古细菌和细菌基因组进行了测序，旨在研究DNA甲基化在原核生物中所扮演的关键角色。 细胞的表观基因组是基因组DNA特殊剪辑发生改变的一个特殊集合，这些表观基因组的改变会影响基因组的
酵母转化实验_单链高分子量的担体DNA制备
实验材料DNA试剂、试剂盒TE酚氯仿乙酸钠乙醇仪器、耗材超声波发生器实验步骤1. 将DNA溶于pH8.0的1×TE缓冲液，终浓度为10 mg/ml。于4℃搅拌过夜。 2. 用一个大的超声探头，在75%的满功率下超声处理DNA 30 s，以降低DNA溶液的粘度。取1 μg DNA在0.8%琼脂糖凝
我国利用单分子荧光技术揭示DNA三联体两种结构
DNA是生物遗传信息的重要载体，除了经典双螺旋结构外，在真核生物染色体基因调控序列以及端粒中还广泛存在一种G四联体结构。G四联体结构在调控基因表达和维持基因组稳定性等生物学过程中扮演着重要角色。单分子荧光技术是观察与测量生物大分子构象变化的重要手段，非常适合观察G四联体结构的折叠过程。中科院物理
Science：开发出一种小到足以移动单链DNA的“分子料斗”
在一项新的研究中，来自英国牛津大学的研究人员构建出一种能够通过蛋白纳米管移动单链DNA的“分子料斗（molecular hopper）”。相关研究结果发表在2018年8月31日的Science期刊上，论文标题为“Directional control of a processive molecu