Isoseq全长转录组测序助力拟南芥蛋白质异构体的发现
背景 植物科学中常以高通量的方式(组学)研究生物体不同层次的复杂性,通常整合多组学数据以获得生物体发育或在不同环境条件下的生物学的准确图像。目前,全长异构体测序(Iso-Seq)与短读长转录组学和蛋白质组学的整合已经成功地用于增加蛋白质异构体的表征,不仅有助于提高基因组和转录组的质量,而且有助于通过蛋白质基因组学方法鉴定由单个基因序列产生的不同功能的蛋白质异构体的多样性。 西班牙Jesús Pascual团队在plants上发表了题为“The Integration of Data from Different Long-Read Sequencing Platforms Enhances Proteoform Characterization in Arabidopsis”的研究。 在本文中,研究人员分析了Iso-Seq和ONT-DRS数据对拟南芥质谱蛋白质组学数据中蛋白质异构体表征的影响。结果表明,将来自Iso-Seq......阅读全文
高通量测序技术技术的应用及前景
高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变, 一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称
2015年或成高通量测序应用大年!
如果说2014年是二代测序的元年,那么2015年将是一个大年。我们将2014年称为元年,是因为在过去的这一年里监管层出台了一些列政策,规范行业,并刻画出未来行业发展的方向和走势。本文是对IVD行业运行情况跟踪,笔者预测2015年或成高通量测序应用大年! 1、本期核心观点:2015年
高通量测序技术的两大难点
没有测序的癌症诊断是不完整的,完整的癌症诊断应该包括一系列基于细胞遗传学技术、荧光原位杂交技术、标准分子技术以及NGS的预后与预测性分析。对于早期癌症患者来说,NGS序列分析在多种癌症的筛查技术中具有不容忽视的代表性;而对于晚期癌症患者,大量的侵入性测试往往只能筛查出少数几个药物靶点。 随着
高通量测序平台及其性能参数介绍
Roche 454、Illumina、Solexa和ABI SOLiD为主的三个测序平台,目前最主流的二代测序平台是 Illumina 所生产的测序仪,包括 MiSeq 系列、 HiSeq 系列、 NextSeq系列等。另外的还包括罗氏公司的 454 测序仪(目前已关闭)、华大基因的 BGI-C
单细胞多组学高通量测序平台(二)
虽然single-cell sequencing的方法仍在不断推出,但是目前使用最为广泛、商业化成熟的方法仍是10×Genomics公司推出的ChromiumTM系统。1.2以RNA-seq为例介绍高通量单细胞测序技术单细胞测序的最主要难点是如何在短时间内分离得到最可能多的单个细胞,早期的技术代表F
高通量测序(NGS)的过程及原理介绍
高通量测序技术的一般过程是将DNA(或cDNA)随机片段化,加上接头序列,制备用于上机测序的文库,通过对文库中数以万计的克隆(colony)进行延伸反应,检测对应的信号获取序列信息,最终通过数据分析来挖掘序列中的科学问题。几种不同测序平台的原理及步骤如下:(1)Roche 454平台 Roch
基因测序四强同台共话NGS未来:金唯智贾延凯博士的展望
2016年6月3日,GENEWIZ(金唯智)中国副总裁贾延凯博士在受邀参加的“精准医疗之基因系列:基因检测四强同台共话NGS未来(北京站)”上表示,单分子大片段和单细胞测序技术的进步,将在未来几年对基因组学的研究起到强大的推动作用。 由火石创造发起的一场连接投资人与创业者的沙龙“基因检测四强同
第二代测序技术:高速发展的高通量测序技术
高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测
高通量小型植物光合表型测量系统
高通量小型植物光合表型测量系统是一款对小型植物自动进行顶部高通量光合表型高清成像(600万像素)测量的系统,配备6种滤光片进行叶绿素荧光成像和反射光谱成像。能够获得用于表型分析的可见光成像、用于光合作用分析的叶绿素荧光成像、在近红外区的NIR反射成像RNIR、反映叶绿素含量的叶绿素指数成像RCh
野外型高通量植物表型平台简介
野外型高通量植物表型平台可以高通量对大田中的农作物进行自动表型成像的系统。它可以在长40 m、宽10 m、高6 m的范围内对植物进行表型分析。该系统可以配置可见光(VIS)成像、近红外(NIR)成像、红外(IR)成像、高光谱成像和激光3D成像,在田间对植物进行三维形态学分析。
温室型高通量植物表型平台概述
温室型高通量植物表型平台可以全自动、高通量对大量植株(从幼苗到成熟植株即可)进行成像的系统,可以选择配置可见光(VIS)成像、近红外(NIR)成像、红外(IR)成像、荧光成像、根系近红外成像、高光谱成像中的一种或多种,每个成像模块包括顶部和侧面两个摄像头,结合样品旋转装置,就可以对植株进行3D形
浙江大学最新评述:深度测序技术发掘植物病毒资源
科学通报,中国科学C辑:生命科学,这两份期刊均是由中国科学院和国家自然科学基金委员会共同主办的,我国学术期刊中的知名品牌,被国内外各主要检索系统收录,如国内的《中国科学论文与引文数据库》(CSTPCD)、《中国科学引文数据库》(CSCD)等;美国的SCI、CA、EI,英国的SA,日本的《科技文献
LSAC生命科技论坛:高通量测序技术与应用
LSAC生命科技论坛:高通量测序技术与应用LSAC Life Science & Biotech Forum 2014 LSAC生命科技论坛:高通量测序技术与应用 会议时间:2014年9月24-26日 会议地点:上海新国际博览中心 会议主题:高通量测序技术与应用 主办方:生物谷 (www.
单细胞测序这样的高通量技术的优势
单细胞全基因组测序主要应用于肿瘤发生机制及胚胎发育研究。单细胞转录组分析可以在全基因组范围内挖掘基因调节网络,尤其适用于存在高度异质性的干细胞及胚胎发育早期的细胞群体。2017年6月16日,北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Sin
PNAS:高通量测序揭示B细胞的生死抉择
作为机体免疫应答的中坚力量,B细胞时刻准备着识别和摧毁入侵机体的抗原(包括感染和癌细胞)。为了做好这项工作,每一个新生B细胞都配备了高度特异性的武器——与抗原特定部分选择性结合的抗体蛋白。B细胞的成熟要经过仔细的筛选,要么被选中得以成熟,要么被淘汰而死去。这一过程的关键在于,决定B细胞特异性的抗
关于基因组高通量测序的基本介绍
高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(
高通量单细胞转录组测序发展与展望
单细胞转录组测序技术这几年的发展之快,运用之广已众所周知。为更好的在国内推广该技术,也为更好的将该技术运用到广大科研工作者的实际工作中,上海生物芯片有限公司生物信息团队通过对该技术的整理和归纳,在《生命科学》杂志上发表了名为“高通量单细胞转录组测序发展与展望”综述文章,希望能进一步提升科研工作者对该
高通量测序基因分型系统规范-即将实施!
国家标准《信息技术 生物特征识别 高通量测序基因分型系统规范》将于2023年12月1日正式实施。 该标准由TC28(全国信息技术标准化技术委员会)归口,TC28SC37(全国信息技术标准化技术委员会生物特征识别分会)执行 ,主管部门为国家标准化管理委员会。 主要起草单位 深圳华大法医科技有限公
新一代高通量测序技术SOLiD简介
目前市场上有四种高通量测序仪,分别是Solexa,454 (GS-FLX),SOLiD和Polonator。根据测序原理,它们可以被分为两大类:使用合成法测序(Sequencing by Synthesis)的Solexa和454,及使用连接法测序(Sequencing by Ligation
一篇就够了,带你了解高通量测序!
说到近十年来发展最迅猛的生物技术,首先想到了高通量测序,我们研究基因组学都离不开它。目前,高通量测序已经深入到生命科学的各个领域,不仅有力地推动了基础研究的发展,也在逐渐征服临床应用。所谓的高通量测序技术,又名大规模平行测序,是将 DNA(或者 cDNA)随机片段化、加接头,制备测序文库,通过对文库
新一代高通量测序技术SOLiD简介
目前市场上有四种高通量测序仪,分别是Solexa,454 (GS-FLX),SOLiD和Polonator。根据测序原理,它们可以被分为两大类:使用合成法测序(Sequencing by Synthesis)的Solexa和454,及使用连接法测序(Sequencing by Ligation
中国高通量测序、生物信息服务公司表
1. 华大基因。 137台HiSeq;3台MiSeq; 31台Proton。 全方位高通量测序应用。 联系方式:400-706-6615,info@bgitechsolutions.com 2. 药明康德基因中心。 4台HiSeq;4台MiSeq;1台
什么是普通的基因测序,它和高通量测序有什么区别
“普通的基因测序”应该是指“常规DNA测序”吧,是用Sanger法(也就是双脱氧法)进行测序的方法,目前非常普遍的是直接用ABI 3730xl 进行的自动测序,基本上可以做到600bp-800bp的读长。 高通量测序的概念其实是一个相对的概念,在2000年的时候,3700、MegaBace等仪
北京希望组新购5台Sequel测序平台
北京希望组生物科技有限公司(GrandOmics Biosciences, Co., Ltd., 以下简称“希望组”)与美国太平洋生物公司(Pacific Biosciences of California, Inc.,以下简称称“PacBio”)今日宣布达成战略合作,希望组与旗下科技服务公司
科学家Nature子刊研发出高通量单细胞转录组测序新方法
单细胞转录组测序技术在单个细胞水平上对转录组进行高通量测序分析,从而揭示单个细胞内所有基因的表达和细胞间的异质性。单细胞转录组测序目前存在的挑战是如何高效地操控单个细胞,如何对大量的低拷贝数mRNA进行无偏倚扩增,如何避免背景游离mRNA的污染,以及如何同时对大量的单细胞进行并行测序以降低成本。
高通量植物(转)基因检测的利器——植物材料直接PCR技术
摘要: 北京百泰克生物技术有限公司暨推出通用植物总RNA提取试剂盒(RP3301)成功解决了各种难提植物RNA的问题后,新近又针对高通量植物DNA的提取扩增推出了最新产品——植物直接PCR试剂盒(PR7501),该试剂盒不需要液氮和研磨杵研磨,也不需要钢珠破碎,更不借助任何特殊的仪器设备,方法及其
高通量植物(转)基因检测的利器植物材料直接PCR技术
摘要: 北京百泰克生物技术有限公司暨推出通用植物总RNA提取试剂盒(RP3301)成功解决了各种难提植物RNA的问题后,新近又针对高通量植物DNA的提取扩增推出了最新产品——植物直接PCR试剂盒(PR7501),该试剂盒不需要液氮和研磨杵研磨,也不需要钢珠破碎,更不借助任何特殊的仪器设备,方法及
高通量植物(转)基因检测的利器植物材料直接PCR技术
高通量植物(转)基因检测的利器---植物材料直接PCR技术 摘要: 北京百泰克生物技术有限公司暨推出通用植物总RNA提取试剂盒(RP3301)成功解决了各种难提植物RNA的问题后,新近又针对高通量植物DNA的提取扩增推出了最新产品——植物直接PCR试剂盒(PR7501),该试剂盒不需要
华大智造发布2019测序技术白皮书
2019年6月21日至23日,华大智造在京举办“2019测序技术和应用高峰论坛”。基因测序领域200余位国内外行业内顶级专家学者及企业代表参与大会,共同关注测序技术和应用最新发展,探讨基因行业标准和数据规范,共建行业新生态,并进行一系列学术交流与技术培训。华大智造首席运营官蒋慧向全球发布《华大智
高通量研磨破碎古植物岩石样本
古植物学研究中很关键的一环,便是通过对古植物样本,即植物分类学的研究及植物系统分类的建立。因为地质历史时期有不少已绝灭的类别,必须把它们与现存的植物统一考虑,才能建立科学的分类体系,反映各类植物间的系统关系。最早曾被分为菌藻植物、苔藓植物、蕨类植物、种子植物四个门,以后随着植物学、古植物学研究的深入