科学家研发国际首个整合宏微观基因组综合分析工具
近日,记者从中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室、方宗熙海洋生物进化与发育研究中心获悉,中国工程院院士包振民和教授王师团队在基因组系统解析工具开发方向取得重要进展。据悉,团队开发出国际首个整合宏观/微观进化基因组和功能基因组的综合分析工具PanSyn,研究成果发表在《自然协议》。PanSyn流程概览。 中国海洋大学供图阐释基因组的结构和功能是解码地球生命史和生物多样性的核心。高通量测序技术的革命性突破及各类组学技术的广泛应用,为生命科学领域带来前所未有的发展契机,推动生命科学研究快速进入大数据时代。对大部分生物类群,特别是非模式海洋生物而言,至今缺乏深度系统的基因组学分析工具,以适应日益增长的复杂海量组学数据的分析需求,且深刻解析基因组结构与功能进化的本质规律。在过去的十几年里,利用微观/宏观共线性分析所开展的比较基因组学研究带来了生物学领域诸多重大发现和突破。目前,大多数共线性分析方法主要集中在微观进化尺度上,或仅......阅读全文
具有遗传风险的基因介绍EPCAM基因
该基因编码癌相关抗原,是一个家族的成员,至少包含两种I型膜蛋白。这种抗原在大多数正常上皮细胞和胃肠道癌上表达,并作为一种同型钙依赖性细胞粘附分子发
关于基因重组的基因诊断的介绍
通过使用基因芯片分析人类基因组,可找出致病的遗传基因。癌症、糖尿病等,都是遗传基因缺陷引起的疾病。医学和生物学研究人员将能在数秒钟内鉴定出最终会导致癌症等的突变基因。借助一小滴测试液,医生们能预测药物对病人的功效,可诊断出药物在治疗过程中的不良反应,还能当场鉴别出病人受到了何种细菌、病毒或其他微
具有遗传风险的基因介绍VHL基因
VHL基因的突变会导致林岛综合征(Von Hippel—Lindau Syndrome,VHL),即VHL综合征,也VHL基因名字的来源。VHL综合征是常染色体显性遗传性肿瘤疾病,一般包括肾囊肿、肾细胞癌、胰腺囊肿、胰腺癌、嗜铬细胞瘤、视网膜血管瘤、上皮性囊腺瘤和大脑脊髓的血管瘤病。发病机制为VHL
具有遗传风险的基因介绍MITF基因
该基因编码一个转录因子,包含碱性螺旋环螺旋和亮氨酸拉链结构特征。调节黑素细胞视网膜色素上皮的分化和发育,并负责黑素生成酶基因的色素细胞特异性转录。该基因的杂合子突变引起听觉色素综合征,如Waardenburg综合征2型和Tietz综合征。另外,还发现了编码不同亚型的剪接转录变体。
具有遗传风险的基因介绍MUTYH基因
该基因编码一种参与dna氧化损伤修复的dna糖苷酶。这种酶在腺嘌呤与鸟嘌呤、胞嘧啶或8-氧-7,8-二氢鸟嘌呤(一种主要的氧化损伤的DNA损伤)不适当配对的部位从DNA主干上切除腺嘌呤碱。蛋白质定位于细胞核和线粒体。这种基因产物被认为通过在氧化损伤后引入单链断裂而在细胞凋亡信号中发挥作用。该基因突变
转基因技术的转基因标识方法
我国对转基因产品实行按目录定性强制标识制度。2002年,农业部发布了《农业转基因生物标识管理办法》,制定了首批标识目录,对在中华人民共和国境内销售的大豆、油菜、玉米、棉花、番茄5类17种转基因产品进行强制定性标识,其它转基因农产品可自愿标识。 目前,包括中国在内,全世界有70%的人口居住在已经批准种
基因突变和基因重组的区别
基因重组是指控制不同性状的基因重新组合。能产生大量的变异类型,但只产生新的基因型,不产生新的基因。基因重组发生在有性生殖的减数第一次分裂过程中,即四分体时期,同源染色体的非姐妹染色单体交叉互换和减数第一次分裂后期非等位基因随着非同源染色体的自由组合而自由组合,基因重组是杂交育种的理论基础。基因突变是
目的基因的Ct值小于内参基因,这个内参基因还能用吗
如何通过荧光定量目的基因和GAPDH计算相对表达量内参就是一个表达量在各个组基本保持不变的基因,又叫看家基因,比如常用的GAPDH, actin。或者18s rRNA也可以。如果内参表达量一致,说明你PCR的上样量一致,样本的质量也一致。如果出入很大,说明你的样本的浓度或者是质量有问题。测到的目的基
目的基因的Ct值小于内参基因,这个内参基因还能用吗
如何通过荧光定量目的基因和GAPDH计算相对表达量内参就是一个表达量在各个组基本保持不变的基因,又叫看家基因,比如常用的GAPDH, actin。或者18s rRNA也可以。如果内参表达量一致,说明你PCR的上样量一致,样本的质量也一致。如果出入很大,说明你的样本的浓度或者是质量有问题。测到的目的基
Coimbra基因和华大基因联合发起胃癌基因组研究计划
2013年9月30日,华大基因和来自葡萄牙的一家新兴生物公司Coimbra基因联合发起了一项胃癌基因组研究计划,以解密胃癌背后的遗传奥秘。该项目的启动经费达90万美元,将成为胃癌领域内首个大规模基因组研究项目。该项目的科研团队包括来自葡萄牙波尔图顶级癌症研究所 ――IPATIMUP的遗传学家
基因置换实验——两步基因置换法
实验步骤
组蛋白修饰基因通路KDM6A基因
该基因位于X染色体上,是编码四肽重复序列(TPR)蛋白的Y连锁基因的相应位点。该基因的编码蛋白包含一个JMJC结构域,并催化三/二甲基化组蛋白H3的去甲基化。已发现该基因的多个选择性剪接转录变体。
Notch信号通路的相关基因介绍REL基因
该基因编码一种属于rel同源域/免疫球蛋白样折叠、丛蛋白、转录因子(rhd/ipt)家族的蛋白质。这个家族的成员调节参与细胞凋亡、炎症、免疫反应和致癌过程的基因。这种原癌基因在B淋巴细胞的存活和增殖中起作用。这种基因的突变或扩增与B细胞淋巴瘤,包括霍奇金淋巴瘤有关。该基因的单核苷酸多态性与溃疡性结肠
Notch信号通路的相关基因介绍CBL基因
这个基因是一个原癌基因,编码一个无名指E3泛素连接酶。编码蛋白是蛋白酶体降解底物所需的酶之一。该蛋白介导泛素从泛素结合酶(E2)转移到特定底物。该蛋白还包含一个N端磷酸酪氨酸结合域,使其与许多酪氨酸磷酸化底物相互作用,并以蛋白酶体降解为靶点。因此,它作为许多信号转导途径的负调节器发挥作用。该基因在包
Hedgehog信号通路的相关基因介绍GNAS基因
GNAS作为一个重要的信号转导蛋白,主要功能是在G蛋白偶联受体信号转导途径中,激活腺苷酸环化酶,导致cAMP水平的升高,参与调控细胞生长和细胞分裂。
hog信号通路的相关基因介绍SUFU基因
刺猬信号通路在人类早期发育中起着重要作用。该通路是一个信号级联,在发育过程中起到模式形成和细胞增殖的作用。这个基因编码了刺猬信号通路的负调节因子。这个基因的缺陷是髓母细胞瘤的原因。选择性剪接导致多个转录变体。
华大基因再发Science进行基因组比对
来自深圳华大基因研究院,丹麦哥本哈根大学,澳洲科学院等处的研究人员利用Illumina的 HiSeq 系统,完成了两种蝙蝠的高通量全基因组测序分析,并进行了基因比对,为解析蝙蝠的飞行起源,以及蝙蝠为何会携带多种致病性强的病毒,提出了新的观点。相关成果公布在Science杂志上。 文章的
Hedgehog信号通路的相关基因介绍GNAQ基因
GNAQ基因所编码的蛋白属于鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)的家族,GNAQ与GNA11形成的复合物为G蛋白α亚基,这两个基因调控细胞分裂,增强MEK(有丝分裂原活化蛋白激酶的激酶)蛋白活性,在80%的葡萄膜黑色素瘤病人中发现GNA11和GNAQ基因的突变,其机制为基因突变导致MEK的异常激活,目前正
Hippo信号通路相关的基因介绍PRKCI基因
该基因编码丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶蛋白激酶c(pkc)家族的一个成员。pkc家族至少由8个成员组成,它们是差异表达的,参与多种细胞过程。这种蛋白激酶不依赖钙和磷脂。它不被佛波酯或甘油二酯激活。这种激酶可以通过与小gtpase rab2的直接相互作用被募集到囊泡管簇(vtcs),在那里这种激酶磷酸化甘油
Wnt信号通路的相关基因介绍GNAS基因
GNAS作为一个重要的信号转导蛋白,主要功能是在G蛋白偶联受体信号转导途径中,激活腺苷酸环化酶,导致cAMP水平的升高,参与调控细胞生长和细胞分裂。
基因疗法:改良病毒为患者导入健康基因
所谓基因疗法,就是利用正常基因填补或替代基因疾病中某些病变或缺失的基因的治疗方法。近年来,英国牛津和美国费城的一些研究人员宣布,他们对因患有罕见基因疾病而影响视力的病人们进行了治疗,成功使他们的视力获得改善。意大利的科学家们也宣布,他们使患有另外两种基因疾病的病人病情得到了减轻。这些研究结果,以
Hedgehog信号通路的相关基因介绍SMO基因
Hedgehog(Hh)信号通过两个跨膜蛋白Patched(Ptc)和Smoothened(Smo)介导,在无Hedgehog的情况下,Ptc抑制Smo。当Hedgehog与Ptc结合时,则解除了Ptc对Smo的抑制作用,激活的Smo可导致下游靶基因的活化。Smo或者Hh基因突变或表达异常均可导致细
关于基因治疗的按基因操作介绍
一类为基因修正(gene correction)和基因置换(gene replacement),即将缺陷基因的异常序列进行矫正,对缺陷基因精确地原位修复,不涉及基因组的其他任何改变。通过同源重组(homologous recombination)即基因打靶(gene targetting)技术将
组蛋白修饰基因通路MEN1-基因
这个基因编码脑膜,一种与多发性内分泌肿瘤1型综合征相关的假定的肿瘤抑制因子。体外研究表明,脑膜定位于细胞核,具有两种功能性核定位信号,并通过JUND抑制转录激活,但这种蛋白的功能尚不清楚。在Northern blots上检测到两条信息,但未对较大的信息进行描述。选择性剪接导致多个转录变体。
组蛋白修饰基因通路MEN1基因
这个基因编码脑膜,一种与多发性内分泌肿瘤1型综合征相关的假定的肿瘤抑制因子。体外研究表明,脑膜定位于细胞核,具有两种功能性核定位信号,并通过JUND抑制转录激活,但这种蛋白的功能尚不清楚。在Northern blots上检测到两条信息,但未对较大的信息进行描述。选择性剪接导致多个转录变体。
Wnt信号通路的相关基因介绍CREBBP基因
该基因广泛表达,参与多种不同转录因子的转录共激活。首先作为一种结合cAMP反应元件结合蛋白(creb)的核蛋白被分离出来,该基因通过将染色质重塑与转录因子识别结合,在胚胎发育、生长控制和体内平衡中发挥关键作用。该基因编码的蛋白质具有固有的组蛋白乙酰转移酶活性,也作为支架稳定与转录复合物的额外蛋白质相
澳将用基因测序技术诊断罕见基因疾病
澳大利亚加文医学研究所27日宣布,全澳罕见病患者现在可以通过全基因测序技术获得更准确的诊断。澳大利亚也成为继美国后第二个向公众提供该项测试的国家。 全基因测序技术可以将罕见病的确诊几率提高三倍。这项前沿技术现在已经走出实验室,应用于遗传病检测。加文研究所主任、约翰·马蒂克教授认为,这项技术的普
-基因疗法:改良HIV为患者导入健康基因
据国外媒体报道,所谓基因疗法,就是利用正常基因填补或替代基因疾病中某些病变或缺失的基因的治疗方法。近年来,英国牛津和美国费城的一些研究人员宣布,他们对因患有罕见基因疾病而影响视力的病人们进行了治疗,成功使他们的视力获得改善。意大利的科学家们也宣布,他们使患有另外两种基因疾病的病人病情得到了减轻
Wnt信号通路的相关基因介绍TERT基因
端粒酶是一种核糖核蛋白聚合酶,通过添加端粒重复序列TTagg来维持端粒末端。这种酶由一种具有逆转录酶活性的蛋白质成分(由该基因编码)和一种作为端粒重复模板的RNA成分组成。端粒酶的表达在细胞衰老中起作用,因为它通常在出生后的体细胞中被抑制,导致端粒逐渐缩短。体细胞端粒酶表达的放松调控可能与肿瘤发生有