菌种检定16SrDNA测序技术介绍
一、简介微生物鉴定是指借助现有的分类系统，通过对未知微生物的特征测定，对其进行细菌、酵母菌和霉菌大类的区分，或属、种及菌株水平确定的过程，它是药品微生物检验中的重要环节。菌种鉴定的常规手段包括形态学观察、生理生化特性鉴定和分子生物学鉴定等，而通过分子生物学的方法进行菌种鉴定不受生长培养基或分离物活性的影响，只需分离到纯菌落便可用于分析，更为直接和可靠。通过对细菌16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA gene，16S rRNA)基因特征序列的测定，可实现细菌的生物学鉴定。图1 核糖体16S rDNA[1]核糖体RNA按沉降系数分为5S、16S和23S rRNA。16S rRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16S rDNA就是编码该亚基的基因，存在于所有细菌的基因组中。16S rDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟，由于大小适中，约1.5kb左右，既能体现不同菌属之间的差异，又能利用测序技术较容易地......阅读全文
CFAS食品与农产品安全微生物检测专题报告集锦
2015年6月17日，第四届中国食品与农产品质量安全检测技术国际论坛暨展览会（简称 CFAS 2015）在北京国家会议中心举办。在18日的食品与农产品安全微生物检测专题会场上，来自企事业单位、科研院所的近百人就食品微生物检测的热点问题进行了探讨。食品与农产品安全微生物检测专题现场江南大
色差计通用技术要求的检定
色差计由麦哲仪器生产销售，可测量各种液体、胶体、固体和粉末样品的色度。色差计结构简单，使用方便，测量结果完全符合国际上公认的罗维朋色标度。在购买的时候可以根据以下内容进行产品的自检： 1、仪器外观：电镀及喷漆表面不应有脱皮、脱漆和显著色泽不均匀现象。外部机件接合处应整齐，无毛刺、无粗糙
时间检定仪的技术指标
机械秒表和电子秒表输入时间范围300ms~9 999 999 999s准确度优于±（1×10-7×T0＋3ms）物理接口香蕉座指针式电秒表输入时间范围0.02s ~ 9 999 999 999s准确度优于±（市电频率准确度×T0＋0.6ms）物理接口香蕉座毫秒表和数字式电秒表输入时间范围0.01μs
研究人员提出小核糖体RNA新概念
中科院上海生科院营养科学研究所翟琦巍研究组在一项研究中，提出了小核糖体RNA (srRNA)这一新概念，并初步发现srRNA和糖尿病存在相关性并具有生物学功能。相关成果近日在线发表在美国《公共科学图书馆—综合》(PLOS ONE)杂志上。 据介绍，近年来，小RNA的研究发展迅猛，各
菌种是什么，菌株和菌种的区别
菌种是用于发酵过程中作为活细胞催化剂的微生物，是指食用菌、工业菌、农用菌菌丝体及其生长基质组成的繁殖材料，其中包括细菌、放线菌、酵母菌和霉菌四大类。菌株是一种菌类系列中一个品种，表示同种微生物不同来源的纯种培养，从自然界中分离得到的每一个微生物纯培养都可称一个菌株。一、菌种是什么1、是指用于发酵过程
威尼克何德霉致儿童掌黑癣病例分析
掌黑癣（tinea nigra）是一种浅表的皮肤真菌病， 临床表现为掌跖部位褐色或黑色的斑疹或斑片，常单 发，一般无明显自觉症状。近期我科门诊收治 1 例掌 黑癣，现报告如下。临床资料患儿，女，4 岁，广东深圳人。因右手掌小鱼 际出现褐色斑片2 个月就诊。患儿2 个月前无明显 诱因右手掌出现类圆形浅
DNA测序的测序原理介绍
化学修饰法测序原理 化学试剂处理末段DNA片段，造成碱基的特异性切割，产生一组具有各种不同长度的DNA链的反应混合物，经凝胶电泳分离。化学切割反应：包括碱基的修饰，修饰的碱基从其糖环上转移出去在失去碱基的糖环处DNA断裂。 Sanger法测序的原理 就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定
荧光定量PCR对肠道乳酸杆菌的定量问题
我个人理解是重组质粒应该是将16s rDNA的序列重组到某质粒上，然后根据质粒的量来计算质粒的拷贝数作为标准品，这种标准品有些是有商业化的，并不是你所谓的在基因组中是否是单拷贝，我们实验室的标准品都是这么来的，没有用细菌的基因组DNA做过标准品。
李兰娟团队发现肠道菌群的变化与新冠患者预后关系
COVID-19在世界范围内迅速传播，导致超过1亿的感染和200万以上的死亡。肠道菌群失调可能与长期的COVID-19风险有关。很少有研究关注SARS-CoV-2感染后肠道菌群的恢复过程。 2021年4月8日，浙江大学李兰娟团队在Gut（IF=19.82）在线发表题为”Six-month fo
数字PCR技术发现，癌细胞正在偷工减料
美国Stowers医学研究所的研究人员近日在《PLoS Genetics》上发文称，癌细胞可能正在简化它们的基因组。它们减少了核糖体DNA（rDNA）的拷贝数，从而更容易增殖。 “尽管核糖体DNA对细胞功能很重要，但由于定位和分析的挑战，我们几乎不知道是什么在控制其拷贝数的稳定性，”研究人员称
全新测序技术利弊比较之单分子测序
在去年召开的美国微生物学会上，来自明斯特大学的医学微生物学家Dag Harmsen开始听到了有关德国大肠杆菌疫情爆发的传言，这场疫情首先在德国北部地区爆发，感染了至少4000人，夺去了超过50人的生命(德国范围内)，在德国以外的欧洲地区也发现了76名患者。 Harmsen教授在这场疫情
无需建库，直接测序的测序新技术
来自英国老牌测序研究机构Sanger研究院，以及英国剑桥巴布拉汉研究所的研究人员发表了题为“Direct sequencing of small genomes on the Pacific Biosciences RS without library preparation”的文章，首
纳米孔测序技术有望颠覆DNA测序市场？
Scott Tighe（左）等研究人员利用MinION设备在南极泰勒谷测序微生物DNA。 “我们能从手机上的残留物预言谁刚吃了一个橘子或者谁吃了猪肉。”美国纽约威尔康奈尔医学院计算生物学家Mason表示。你们相信吗？Christopher Mason有一个喜欢在会议上展示的技巧。通过从志愿者手机
科研人员筛选出对枸杞根腐病具有拮抗效果的4种病原菌
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/7/503982.shtm枸杞是茄科植物（Lycium barbarum），它不仅是我国传统的珍贵中药材，还是被我国批准为药食同源的首批产品之一。但是，近几年枸杞根腐病的发病率高达53.2%以上，还呈逐步上升趋
微生物多样性分析的常见问题
一般做二代测序（即扩增子测序）可以鉴定到属，三代一般是测菌的全长，信息量更多一些，有一些种属可以精确到种的信息，但是个别亲缘关系很近的，不一定能鉴别开。 1.微生物多样性是否能鉴定到菌株的种或者属？测全长和扩增子有什么区别？ 一般做二代测序（即扩增子测序）可以鉴定到属，三代一般是测菌的全长，
微生物检测:NGS和质谱为行业变革带来契机
微生物检测主要用于辅助诊断，百亿级市场市场空间，潜力很大你可能知道，“抗生素滥用”在中国很普遍。改变这个现状就要靠微生物检测。2011年卫生部颁布了史上最苛刻的《抗菌药物临床管理办法》，把微生物检测的地位提到了前所未有的高度。微生物检测属于IVD的一个细分领域，是对感染性疾病的病原体或代谢物进行检测
一代测序技术，二代测序技术具有哪些优点
相比一代测序技术，二代测序技术优点如下：1、Illumina 原理：桥式PCR+4色荧光可逆终止+激光扫描成像优势：Illumina的这种测序技术每次只添加一个dNTP的特点能够很好的地解决同聚物长度的准确测量问题，它的主要测序错误来源是碱基的替换。而读长短（200bp-500bp）也让其应用有所局
DNA三代测序技术原理、平台、特点介绍
人类基因组计划、基因芯片、个性化分子诊断、生物云计算……这些在21世纪第一个十年里吸引无数眼球的热门词汇，都和一个产业颇有渊源——DNA测序。生物技术和信息技术在这片创意新天地里水乳交融，如果用一句诗来形容坐拥两大技术护航的DNA测序产业，那就是——天生丽质难自弃。随着人类基因组计划的完成，人类对自
关于新型基因检测技术—基因测序的原理介绍
基因测序是一种新型基因检测技术，能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。 基因测序相关产品和技术已由实验室研究演变到临床使用，可以说基因测序技术是下一个改变世界的技术。 基因测序技术能锁定个人病
454高通量测序——研究土壤微生物的新手段
在陆地生态系统中，在土壤中生活有数量庞大的微生物种群，包括原核微生物如细菌、蓝细菌、放线菌及超显微结构微生物, 以及真核生物如真菌、藻类( 蓝藻除外) 、地衣等。它们与植物和动物有着明确的分工，主要扮演“分解者”的角色，几乎参与土壤中一切生物和生物化学反应，担负着地球C、N、P、S 等物质循环的
简述单分子测序技术—第三代测序技术的基因组测序应用
由于具有读长长的特点，SMRT测序平台在基因组测序中能降低测序后的Contig数量，明显减少后续的基因组拼接和注释的工作量，节省大量的时间[25]。Christophern等[26]仅仅用0.5*的Pacbio RS系统长度的数据与38*的二代测序(NGS)的测序数据，对马达加斯加的一种指猴基因
单细胞测序技术的技术特点
单细胞测序技术是一种在单个细胞水平上对基因组、转录组、表观遗传组等进行高通量测序分析的技术。 它具有以下几个重要特点和优势： 1. 揭示细胞异质性：能够发现细胞群体中不同细胞之间的细微差异，识别罕见细胞类型和细胞的不同状态。 2. 深入了解细胞发育和分化：追踪细胞从干细胞到成熟细胞的发育轨迹，揭
焦磷酸测序(Pyrosequencing)原理
焦磷酸测序 技术(pyrosequencing)是一种新型的酶联级联测序技术，焦磷酸测序法适于对已知的短序列的测序分析，其可重复性和精确性能与SangerDNA测序法相媲美，而速度却大大的提高。焦磷酸测序技术产品具备同时对大量样品进行测序分析的能力，为大通量、低成本、适时、快速、直观地进行
中国学者Nature发表突破性宏基因组研究改写病毒学教科书
中国疾病控制中心与悉尼大学合作十一月二十四日在Nature杂志上发表了一项突破性的宏基因组研究。研究人员深入无脊椎动物的病毒世界，从中发现了1445种病毒，包括不少新病毒家族。文章通讯作者是中国疾病控制中心的张永振（Yong-Zhen Zhang）研究员。 从这项研究来看，过去人们了解的只是病
枸椽酸的菌种的培养介绍
在柠檬酸的工业生产中都采用微生物发酵法，而有价值的只有几种曲霉菌和酵母菌，其中黑曲霉菌是工业中具有竞争力的菌种，酵母中竞争力强的有解脂假丝酵母和季也蒙赤酵母等。 黑曲霉是在琼脂上培养的，在琼脂上成局限菌落，在室温下培养10~14天，成为丰富密集的孢子梗，菌落为黑色，有时也为深褐黑色。考虑到柠檬
微生物检测：NGS和质谱为行业变革带来契机
微生物检测主要用于辅助诊断，百亿级市场市场空间，潜力很大你可能知道，“抗生素滥用”在中国很普遍。改变这个现状就要靠微生物检测。2011年卫生部颁布了史上最苛刻的《抗菌药物临床管理办法》，把微生物检测的地位提到了前所未有的高度。 微生物检测属于IVD的一个细分领域，是对感染性疾病的病原体或代谢物进
青岛能源所等提出微生物组功能校正算法MetaApo
基于元基因组测序的微生物组功能分析和比较，在疾病诊断、生态监控、生物安全等领域具有应用价值，而高昂的成本限制了其更广泛应用。近日，中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞研究中心开发出微生物组功能校正算法Meta-Apo（Metagenomic Apochromat），为大规模的菌群功能比较提供
DNA的测序技术1
DNA序列的正确测定，是进行基因结构和功能分析，绘制基因图谱、转基因检测等方面工作的重要前提。同时DNA测序技术为快速、简捷分析蛋白序列及结构提供了工具。DNA序列测定技术是在DNA内切酶、合成酶的应用，基因克隆及亚克隆技术，高分辨率聚丙烯酰胺变性胶电泳技术等基础上建立起来的。这些技术主要有三部分组
基因测序的技术原理
基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。[2] 自上世纪90年代初，学界开始涉足“人类基因组计划”。而传统的测序方式是利用光学测序技术。用不同颜色的荧光标记四种不同的碱基，然后用激光光源去捕捉荧光信号从而获得待测基因的序列信息。[2] 虽然这种方法检测可靠，但是价格不菲也是有目共睹的
二代测序技术
人们常说“事后诸葛亮”，可见“料事如神”是一个让人艳羡的能力。现代科技的发展让人们无限接近这种能力，天气预报就是现代人诸多“料事如神”本领中的一种，不断进步中切实提高了生活品质与舒适度。个人体会进步主要体现在两个方面：1.越来越说人话。印象里小时候听天气预报感觉听的是中文，但是这些中国话想表达什么听