最新基因组测序成果盘点
近来，各大杂志上陆续发表了不少重要的基因组测序成果。the scientist杂志对此进行了盘点，以飨读者。 种属：野鸭，绿头鸭(Anas platyrhynchos) 基因组：约13 billion bp 鸭子是几乎所有甲型流感病毒的天然宿主(包括H5N1)。日前，研究人员测序了一只北京雌鸭的基因组，并将其与其他鸟类和哺乳动物基因组进行比较。研究显示，鸭基因组中的免疫相关基因与鸡类似，差不多是哺乳动物的一半。 研究人员通过深度转录组分析，在鸭基因组中，鉴定了应答禽流感病毒的基因。大多数情况下，鸭在感染流感病毒之后并不表现出症状。研究人员发现，鸭的β-防御素基因多样性很高，赋予这种水鸟独特的病毒防御机制。他们还分别研究了，感染H5N1高致病菌株和弱毒株的鸭子，并在此基础上阐明了与病毒免疫有关的基因。(详见：北京鸭基因组研究或助力抗击“禽流感”) Y. Huang et al., “The duc......阅读全文
研究揭示斑马鱼肠脑调节关键机制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517493.shtm
敲降斑马鱼基因的方法学比较
一、基因敲降的前期准备工作相同 1.1 生物信息学分析目标基因在斑马鱼早期胚胎发送过程中是否有表达。 1.2 收集斑马鱼早期发育胚胎（通常为48 hpf前的胚胎），提取总RNA，然后进行体外转录（RT）。 1.3 设计检测目标基因表达的PCR引物，以1.2获得的cDNA为模板，
除了小鼠，斑马鱼也被盯上了－|－PNAS
植有人类肿瘤细胞（红色）的斑马鱼胚胎，这一模型有望帮助医生快速筛选癌症患者最佳的治疗方案（图片来源：Rita Fior团队） 最新一期《PNAS》在线发表了一篇题为“Single-cell functional and chemosensitive profiling of combinato
斑马鱼的胚胎原位杂交试验实录
收集斑马鱼的胚胎，在Holfretor水中培养，到达所需要的发育时期时，用蛋白酶去除卵膜，用4%多聚甲醛固定，在4℃保存，二十四小时后用50%甲醇2%多聚甲醛溶液洗，然后换成甲醇，在-20C 保存，待用（两天和两天以上的胚胎需要用双氧水处理，去除色素。或者使用苯锍脲稀溶液培养，可阻断色素的形成）原位
斑马鱼胚胎细胞的培养——细胞系
实验材料链酶蛋白酶E用D-PBSA配制1%胰蛋白酶和1mmol L EDTAZEM-2细胞（或等同物）试剂、试剂盒LDF基础培养液LDF原代培养液LDF维持培养液D培养液Holtfreter缓冲液实验步骤鳟鱼胚胎提取物：(a)收集胚胎（受精后 28 天的 Shasta Rainbow 或其他鳟鱼种系
斑马鱼基因敲除是怎么做的
一、基因敲除的设计方案 1.1 基因的基本信息 确认斑马鱼基因的基本信息，包括名称ID号等，一般会在NCBI等查询。 1.2 分析基因结构、氨基酸序列等做生物学信息的分析 1.3分析蛋白质的保守结构功能域 通过综合考虑，设计最佳的KO靶点。 1.4
－Nat－Commun：斑马鱼可用于癫痫药物筛选
化学药物Clemizole在“Dravet综合症”的一个斑马鱼模型中能有效防止癫痫类发作。在Nature Communications上发表的这一发现确认了一个新方法，后者有可能被用来识别癫痫病的另类疗法。 “Dravet综合症”是一种从婴儿时期开始的严重癫痫，以严重的、自发的和复发的
敲降斑马鱼基因的方法学比较
一、基因敲降的前期准备工作相同1.1 生物信息学分析目标基因在斑马鱼早期胚胎发送过程中是否有表达。1.2 收集斑马鱼早期发育胚胎（通常为48 hpf前的胚胎），提取总RNA，然后进行体外转录（RT）。1.3 设计检测目标基因表达的PCR引物，以1.2获得的cDNA为模板，进行PCR扩增，确认目标基因
斑马鱼基因敲除是怎么做的？
一、基因敲除的设计方案1.1 基因的基本信息确认斑马鱼基因的基本信息，包括名称ID号等，一般会在NCBI等查询。 1.2 分析基因结构、氨基酸序列等做生物学信息的分析 1.3分析蛋白质的保守结构功能域通过综合考虑，设计最佳的KO靶点。 1.4 分析并设计CRISPR，分析其效率及脱靶的情况一般使用C
斑马鱼胚胎细胞的培养——原代培养
实验方法原理收集胚胎，除去绒毛膜，用胰蛋白酶分散胚胎细胞，然后在胚胎成纤维细胞饲养层上培养从斑马鱼囊胚和原肠期胚获得的原代细胞。实验材料链酶蛋白酶E用D-PBSA配制1%胰蛋白酶和1mmol L EDTA胚胎成纤维细胞饲养层人重组白血病抑制因子试剂、试剂盒LDF基础培养液LDF原代培养液LDF维持培
Nat.－Comm.：CRISPR基因编辑会导致可遗传的基因组结构突变
CRISPR-Cas9是对微生物、动植物，以及人类基因组进行修饰的强有力工具。在医疗保健领域，CRISPR-Cas9基因编辑为治愈遗传病、癌症，乃至心脏病等重大疾病带来了前所未有的希望。但这一切的前提是DNA被正确的修饰，而没有产生意外的变化。 在进行CRISPR基因编辑时，脱靶性是一个重点关
斑马鱼——CRISPR高通量基因功能研究新平台
近日，来自美国NIH的研究人员进行了一项研究，他们利用CRISPR-CAS9技术靶向斑马鱼特定DNA序列进行基因功能探索和人类治病基因的发现研究，相关研究成果在线发表在国际学术期刊genome research。 在这项研究中，研究人员发现利用基因编辑技术CRISPR-CAS9进行斑马鱼基因靶
4月25日《自然》杂志内容精选
验证量子性的经典方法 与量子系统所发生的实验相互作用是有限的，也是有必要如此的，那么是否有可能控制和命令这样的系统?Ben Reichardt等人参考量子计算和密码学(它们都涉及不完美模拟的或“不可信的”系统)来探讨关于量子力学的这一基础哲学问题。他们描述了一个能对大型量子系
国际首例－他们用光指挥斑马鱼的白细胞
未来，如果你生病了，除了吃药外，还有更多简单高效的治疗方式可选择，比如用光照一照身体就能远程遥控白细胞，从而主动调动身体的免疫能力。这并非科幻。我国科学家已实现了在活体上用光将白细胞变成“医学微机器人”，可自主控制白细胞的激活和运动，这在国际上是第一例。7月13日，暨南大学李宝军教授和郑先创教授研究
斑马鱼：一条游上“试药路”的小鱼
蓝色的世界、嗡嗡作响的机器、不时出现的人影……湖蓝色的塑料鱼缸里，七八条小鱼在水中自由游弋，不时停下来盯着外面的世界。看见人影走近，有的小鱼开始在鱼缸里打转，有的则依旧悠然地游来游去。 这些体长不过５厘米、带有墨蓝色斑纹的斑马鱼并不知道，它们从一出生就已同那些野外的同类们分道扬镳，成为人类医药
淋巴管帮助斑马鱼“培育”早期脑细胞
在大脑发育的胚胎阶段，一些神经元和突触可以正常形成并连接，但另一些不能，导致一些部分和部分被丢弃。这会留下死亡或垂死的细胞，这就需要中枢神经系统雇佣一种清理人员。小胶质细胞接受了这个挑战，“摄取”废物，因此对大脑发育至关重要。然而，科学家们对它们是如何在大脑中繁殖的还缺乏充分的了解。美国圣母大学生物
《自然》：发现斑马鱼造血干细胞生成机理
为医学界研究白血病疗法提供了新思路 法国科学家日前通过对斑马鱼胚胎进行即时监控，发现了其造血干细胞的生成机理。这一成果为医学界研究白血病疗法提供了新思路。 该研究由法国国家科研中心和巴斯德研究所共同完成。研究人员在最新一期英国《自然》杂志上报告说，他们采用即时成像技术对斑马鱼的胚胎进行了观察
国际首例－他们用光指挥斑马鱼的白细胞
未来，如果你生病了，除了吃药外，还有更多简单高效的治疗方式可选择，比如用光照一照身体就能远程遥控白细胞，从而主动调动身体的免疫能力。这并非科幻。我国科学家已实现了在活体上用光将白细胞变成“医学微机器人”，可自主控制白细胞的激活和运动，这在国际上是第一例。7月13日，暨南大学李宝军教授和郑先创教授
《干细胞》：斑马鱼细胞可修复人视网膜
在最新一期的《干细胞》（Stem Cells）杂志上，来自英国的研究人员发现，斑马鱼眼睛中的一类叫做Muller胶质细胞的特殊细胞对对视网膜的再生至关重要，该细胞还有助于视力的恢复。研究人员预言，这种Muller胶质细胞可能用于恢复人类受损视网膜。 已经知道，视网膜损伤是造成失明的主要原因，引起视
诺奖得主Science解开斑马鱼条纹的秘密
斑马鱼，一种小的淡水鱼，得名于一种醒目的蓝黄色相间条纹图案。在幼鱼皮肤生长过程中，有三种主要的色素细胞类型——黑色细胞、反光银色细胞和黄色细胞出现，它们多层镶嵌，构成特征性的颜色图案。 众所周知，所有这三种细胞类型必须相互作用才能形成适当的条纹，但是，形成成鱼条纹的色素细胞的胚胎起源，直到现在
从斑马鱼身上竟然获得治疗帕金森的方法
与哺乳动物相比，成年斑马鱼会使大脑中的神经元再生，但这种能力的程度和变异性尚不清楚。来自Edinburgh大学脑神经科学研究中心的Thomas Becker及其研究团队探寻了各种多巴胺能神经元群体的丧失是否足以触发神经元的功能性再生。 他们的研究结果为未来治疗具有运动异常、震颤等症状的神经系统
最新基因组测序成果盘点
近来，各大杂志上陆续发表了不少重要的基因组测序成果。the scientist杂志对此进行了盘点，以飨读者。 种属：野鸭，绿头鸭(Anas platyrhynchos) 基因组：约13 billion bp 鸭子是几乎所有甲型流感病毒的天然宿主(包括H5N1)。日前，研究人员测
关于肝损伤修复及其分子调控机制
利用 CRISPR/Cas9 技术，针对靶基因序列设计 sgRNA， 指导 Cas9 蛋白在特定基因位点引起 DNA 双链断裂，在非同源性末端接合修复断裂 DNA 的过程中，靶基因碱基突变或缺失被引入到斑马鱼基因组中，最终导致靶基因无法正常转录翻译，达到基因敲除的目的。目前我们利用 CRISPR
斑马鱼的基因敲除定制（Cas9KO）法介绍
利用 CRISPR/Cas9 技术，针对靶基因序列设计 sgRNA， 指导 Cas9 蛋白在特定基因位点引起 DNA 双链断裂，在非同源性末端接合修复断裂 DNA 的过程中，靶基因碱基突变或缺失被引入到斑马鱼基因组中，最终导致靶基因无法正常转录翻译，达到基因敲除的目的。目前我们利用 CRISPR
斑马鱼的基因敲除定制（Cas9KO）法介绍
利用 CRISPR/Cas9 技术，针对靶基因序列设计 sgRNA， 指导 Cas9 蛋白在特定基因位点引起 DNA 双链断裂，在非同源性末端接合修复断裂 DNA 的过程中，靶基因碱基突变或缺失被引入到斑马鱼基因组中，最终导致靶基因无法正常转录翻译，达到基因敲除的目的。目前我们利用 CRIS
近期最热门的基因组测序成果
大千世界无奇不有，这都是进化的功劳。大航海时代，科学家们扬帆远航去探索大自然的神奇造化。如今，科学家们正在测序技术的帮助下进一步揭示生命的奥秘。The scientist杂志对近期最热门的一些基因组测序成果进行了盘点，华大基因参与的两项测序研究格外引人瞩目。 种属：长颈鹿和okapi 基因组
深受科学家的热爱斑马鱼基因编辑技术介绍
斑马鱼又叫蓝条鱼，因为其体表有暗蓝色和银色的类似于斑马一样的条纹而命名。斑马鱼属于鲤科鱼类，同属鲤科的还有我们十分熟悉的鲤鱼、鲫鱼等。斑马鱼的体型较小，成鱼体长约4-6厘米，而且成鱼常年产卵且产卵量大，可达300-1000粒，还是体外受精并发育，因此十分适合进行实验室的大规模养殖与筛选。
深受科学家的热爱斑马鱼基因编辑技术介绍
斑马鱼又叫蓝条鱼，因为其体表有暗蓝色和银色的类似于斑马一样的条纹而命名。斑马鱼属于鲤科鱼类，同属鲤科的还有我们十分熟悉的鲤鱼、鲫鱼等。斑马鱼的体型较小，成鱼体长约4-6厘米，而且成鱼常年产卵且产卵量大，可达300-1000粒，还是体外受精并发育，因此十分适合进行实验室的大规模养殖与筛选。
2016热门基因组测序，华大基因风头劲
大千世界无奇不有，这都是进化的功劳。大航海时代，科学家们扬帆远航去探索大自然的神奇造化。如今，科学家们正在测序技术的帮助下进一步揭示生命的奥秘。The scientist杂志对近期最热门的一些基因组测序成果进行了盘点，华大基因参与的两项测序研究格外引人瞩目。 种属：大西洋鲑 基因组：2.97
我国科学家完成鲤鱼全基因组序列图谱绘制
近日，由中国水产科学研究院首席科学家孙效文牵头，中国水产科学研究院联合黑龙江水产研究所、中科院基因组研究所、哈佛大学、奥本大学等单位组建的国际合作研究团队，完成了鲤鱼全基因组序列图谱绘制，在国际上首个完成全面解析的异源四倍体硬骨鱼类基因组图谱。该研究成果于9月21日在国际生物学权威期刊《自然—